محاذاة التسلسل البديل - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

تبديل التسلسل المحاذاة - تسلسل الجينوم محاذاة تحويل البيئة

موجز

تبديل التسلسل المحاذاة [اختيار] [تسلسل]

الوصف

ALTER (محاذاة تحويل البيئة) هي أداة للتحويل
بين تنسيقات محاذاة تسلسل متعددة. يركز ALTER على
مواصفات برامج المحاذاة والتحليل السائدة بدلاً من
على التحويل بين تنسيقات أكثر أو أقل تحديدًا.

OPTIONS

-c (--ينهار)
تسلسل الانهيار إلى أنماط الفرد.

-CG (- الانهيار الفجوات)
تعامل مع الفجوات على أنها بيانات مفقودة عند الانهيار.

-cl (- collapseLimit) ن
حد الاتصال (التسلسلات التي تختلف عند <= سيتم طي المواقع) (الافتراضي هو
ل = 0).

-سم (--طي)
عد البيانات المفقودة على أنها اختلافات عند الانهيار.

-i (--إدخال) ملف
ملف الإدخال.

-I ل (--InputAutodetect)
تنسيق الكشف التلقائي (تم حذف خيارات الإدخال الأخرى).

-لو (--نمط الإدخال) فال
تنسيق الإدخال (ALN أو FASTA أو GDE أو MEGA أو MSF أو NEXUS أو PHYLIP أو PIR).

-io (- المدخلات) فال
نظام تشغيل الإدخال (Linux أو MacOS أو Windows)

-يب (- برنامج الإدخال) فال
برنامج الإدخال (Clustal أو MAFFT أو MUSCLE أو PROBCONS أو TCoffee).

-o (--انتاج) ملف
ملف إلاخراج.

-من (--تنسيق الإخراج) فال
تنسيق الإخراج (ALN أو FASTA أو GDE أو MEGA أو MSF أو NEXUS أو PHYLIP أو PIR).

-ol (- OutputLowerCase)
إخراج حالة Lowe.

ام (- OutputMatch)
إخراج الأحرف المتطابقة.

أون (- OutputResidueNumbers)
أرقام المخرجات المتبقية (تنسيق ALN فقط).

-oo (--مخرجات) فال
نظام تشغيل الإخراج (Linux أو MacOS أو Windows).

-أعلى (- برنامج الإخراج) فال
برنامج الإخراج (jModelTest ، MrBayes ، PAML ، PAUP ، PhyML ، ProtTest ، RAxML ، TCS ،
CodABC و BioEdit و MEGA و dnaSP و Se-Al و Mesquite و SplitsTree و Clustal و MAFFT و MUSCLE و
PROBCONS أو TCoffee أو Gblocks أو SeaView أو trimAl أو GENERAL)

-س (- OutputSequential. - إخراج تسلسلي)
إخراج متسلسل (فقط تنسيقات NEXUS و PHYLIP).

استخدم محاذاة تبديل التسلسل عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net