ألتريب - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

altree - اختبارات الارتباط والتوطين باستخدام أشجار النشوء والتطور

موجز

ألتري [خيارات]

خيارات:
- إصدار برنامج الإصدار
- تعليمات قصيرة | رسالة تعليمات موجزة ح
- رسالة تعليمات مع أوصاف الخيارات
- الوثائق الكاملة للرجل
--association|a إجراء اختبار الارتباط
--s-localization|l قم بإجراء الترجمة باستخدام الحرف S
--first-input-file|i result_file من برامج إعادة بناء السلالة
-- Second-input-file|j ملف يحتوي على عدد كبير من الحالات/عناصر التحكم التي تحمل النمط الفرداني
--ملف الإخراج|أو ملف الإخراج
--نوع البيانات|t DNA|SNP
--data-qual|q نوعية|كمية
--outgroup outgroup_name
--إزالة المجموعة الخارجية
--برنامج-بناء الشجرة|p phylip|paup|paml
--splitmode|s nosplit|chi2split
- عدم الإطالة
--chi2-threshold|n القيمة
--التباديل|رقم r
- عدد الأشجار المراد تحليلها
--شجرة لتحليل الرقم
--s-رقم الموقع
--s-site-characters حالة الأجداد -> الحالة المشتقة
--co-evo|e simple|double
- طباعة شجرة
--anc-seq تسلسل الأجداد (فقط مع فيليب)
--nb-files عدد ملفات الإدخال المراد تحليلها (فقط لاختبار الارتباط)

OPTIONS

--الإصدار
طباعة نسخة البرنامج والمخارج.

- مساعدة قصيرة
اطبع رسالة تعليمات موجزة ومخارج.

--مساعدة اطبع رسالة تعليمات مع أوصاف الخيارات والمخارج.

--رجل يطبع صفحة الدليل ويخرج.

--الجمعية|أ
إجراء اختبار الارتباط

--s-localization|l
تحديد موضع الحساسية باستخدام "طريقة الحرف S"

--ملف الإدخال الأول | i result_file
ملف الإدخال 1 (ملف نتائج paup أو phylip أو paml). إذا كانت هناك عدة ملفات إدخال
وبعد تحليلها، يجب الفصل بين أسمائهم بنقطتين. مثال: الإدخال 1: الإدخال 2 وما إلى ذلك

- ملف الإدخال الثاني | j match_file
ملف الإدخال 2، الافتراضي يتوافق.txt. يجب أن يكون عدد ملف الإدخال 2 هو نفسه
كرقم ملف الإدخال 1. يجب أن يكون اسم ملف الإدخال المختلف 2
مفصولة بنقطتين

- ملف الإخراج | o ملف
ملف إلاخراج

- نوع البيانات | t "الحمض النووي"|"SNP"
نوع البيانات: DNA (ATGCU) أو SNP (0-1)

- جودة البيانات | q "نوعي"|"كمي"
تحليل البيانات النوعية (الحالة/التحكم) أو الكمية

- خارج المجموعة خارج المجموعة
جذر الشجرة بهذه المجموعة الخارجية

--إزالة المجموعة الخارجية
قم بإزالة المجموعة الخارجية من الشجرة قبل إجراء الاختبارات

--برنامج-بناء الشجرة|ص "فيليب"|"بابو"|"بامل"
برنامج إعادة بناء السلالة

--splitmode|s "نوسبليت"|"chi2سبليت"
كيفية إجراء الاختبارات من مستوى إلى آخر

- عدم الإطالة
عدم إطالة الفروع في الشجرة

--chi2-عتبة|n قيمنا
عتبة الأهمية لـ chi2 (القيمة الافتراضية 0.01)

--التباديل|ص عدد
عدد التباديل المستخدمة لحساب قيم p_values ​​الدقيقة (فقط للارتباط
اختبار)

- عدد الأشجار المراد تحليلها عدد
عدد الأشجار المطلوب تحليلها في تحليل التعريب (فقط للتوطين
الطريقة باستخدام حرف S)

--شجرة للتحليل عدد
باستخدام هذا الخيار، يمكنك تحديد الشجرة المراد استخدامها (بدلاً من العشوائية). ممكن استخدامه
عدة مرات لتحديد أشجار متعددة.

--s-رقم الموقع عدد
رقم موقع الحرف S في التسلسل (فقط لطريقة الترجمة التي تستخدم
حرف S)

--s-site-characters انتقال
حالات الحرف للحرف S: حالة الأجداد -> الحالة المشتقة على سبيل المثال: G->C أو
0->1 (فقط لطريقة الترجمة باستخدام الحرف S)

--co-evo|e "بسيط"|"مزدوج"
نوع مؤشر التطور المشترك
بسيط: يتم استخدام انتقال anc -> der لـ S فقط
مزدوج: يتم استخدام التحولين المحتملين

- طباعة شجرة
إذا تم تحديد هذا الخيار، سيتم طباعة الشجرة إلى الإخراج

--anc-seq anc_seq
باستخدام هذا الخيار، يمكنك تحديد تسلسل الأجداد. هذا الخيار فقط
يكون مفيدًا عند إعادة بناء الشجرة باستخدام برنامج المزج الخاص بـ phylip مع
حالات الأجداد المحددة في ملف "الأسلاف"

--nb-files عدد
باستخدام هذا الخيار، يمكنك تحديد عدد ملفات الإدخال (1 و 2) لتحليل هذا
الخيار يعمل فقط لاختبار الارتباط. كن حذرا إذا كان عدد الأشجار
ليس هو نفسه بالنسبة لملفات الإدخال المختلفة: إذا كانت الشجرة المختارة غير موجودة
ملف واحد، البرنامج لن يعمل بشكل صحيح

الوصف

هذه برنامج ينفذ

(أ) اختبار الارتباط بين الجين المرشح والمرض أو السمة الكمية

(ب) اختبارات التوطين: فهي تسمح باكتشاف أي SNP يشارك في حتمية
المرض أو السمة الكمية

يعتمد هذان الاختباران على تحليل أشجار النمط الفرداني.

استخدم altreep عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net