هذا هو الأمر arden-create الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
arden-create - إنشاء جينوم مرجعي اصطناعي (AR) من مدخلات معينة
موجز
arden-create [الخيارات] [مجلد الإخراج] [INPUT فاستا] ...
الوصف
برنامج نصي لإنشاء جينوم مرجعي اصطناعي (AR) من مدخلات معينة. AR
يفي بالشروط التالية حسب الإعدادات الافتراضية:
1 لديه توزيع النوكليوتيدات يساوي جينوم الإدخال
2 له توزيع حمض أميني (aa) يساوي جينوم الإدخال
3 يبقي الحي aa مشابهًا للحي في جينوم الإدخال
4 ـ يحمي كودونات البداية والإيقاف من الطفرات
OPTIONS
الحجج المطلوبة:
مجلد الإخراج
المسار الكامل لمجلد وجهة الإخراج
INPUT فاستا
ملف Fasta تسلسل واحد.
--الإصدار
إظهار رقم إصدار البرنامج والخروج
-h, --مساعدة
إظهار رسالة المساعدة هذه والخروج
-d مسافة، --مسافه: بعد=مسافه: بعد
المسافة بين طفرتين على مستوى الحمض النووي. سيكون الحد الأدنى للمسافة بعد ذلك d-2.
[الافتراضي: 15]
-o أورف, --orf=ORF
1- حماية بنية ORF من الطفرات. 0 - السماح بحدوث طفرات في البداية/التوقف
الكودون [الافتراضي: 1]
-r ريفسوب، --revsub=ريفسوب
1- الاستبدال العكسي إذا لم يتم العثور على النظير المناسب (طفرة متوازنة).
0 - الحفاظ على الطفرات غير المتوازنة.[الافتراضي: 1]
-m عشوائي، --عشوائي=RANDOM
1/0 متغير. 1 - تبديل أوضاع البداية لل
الطفرات. 0 - طفرة خطية [الافتراضي: 1]
-s سورف, --saveorfs=SORF
احفظ رموز البداية والإيقاف التي تم العثور عليها في ملف مخلل (يمكن تحميله إذا كان الإدخال fasta
يتم استخدامه مرة أخرى إذا تم تحديد اسم ملف). [تقصير: ]
-l لورف، --loadorfs=لورف
حدد اسم الملف لملف مخلل تم إنشاؤه مسبقًا (يحتوي على مواضع
رموز البدء/الإيقاف) [الافتراضي:]
-n اسم، --اسم=اسم
حدد الاسم الذي سيتم استخدامه كرأس. [تقصير: ]
-p أمثلة، --أمثلة=أمثلة
اضبط على 1 إذا كنت تريد طباعة الأمثلة
استخدم Arden-Create عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
