هذا هو الأمر asn2gb الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
asn2gb - تحويل البيانات البيولوجية ASN.1 إلى تنسيق مسطح على غرار GenBank
موجز
com.asn2gb [-] [-A الانضمام] [-F] [-a نوع asn] [-b] [-c] [-d] [-f شكل] [-g N] [-h N]
[-i اسم الملف] [-j N] [-k N] [-l اسم الملف] [-m طريقة] [-n اسم الملف] [-o اسم الملف] [-p]
[-q اسم الملف] [-r] [-s نمط] [-t N] [-u N] [-y N]
الوصف
com.asn2gb يحول أوصاف التسلسلات البيولوجية من تنسيق ASN.1 الخاص بـ NCBI إلى تنسيق
العديد من تنسيقات الملفات المسطحة، وهو خليفة com.asn2ff(1).
OPTIONS
يتم تضمين ملخص من الخيارات أدناه.
- طباعة رسالة الاستخدام
-A الانضمام
الانضمام إلى الجلب؛ قد تأخذ النموذج الانضمام,تعقيد,الأعلام أين تعقيد
ينبغي أن يكون عادة 0 و الأعلام قيمة -1 يتيح جلب الميزات الخارجية
(كما هو الحال مع التراث -F خيار)
-F جلب التعليقات التوضيحية عن بعد (أي ما يعادل تحديد -A الانضمام,0,-1)
-a نوع asn
نوع ASN.1:
[سجل واحد]
أي (تم اكتشافه تلقائيًا؛ افتراضي)
eq-Entry
ب بيوزك
مجموعة bioseq
م التسلسل الفرعي
ف متصل
[ملف الإصدار؛ تمت معالجة المكونات بشكل فردي وتحريرها]
ر baTch bioseq-set
u تسلسل الإرسال
-b ملف الإدخال ثنائي
-c يتم ضغط الملف الدفعي
-d Seq-loc ناقص حبلا
-f شكل
شكل:
ب GenBank (افتراضي)
بي بي أو بي بي
بنك الجينات وGenPept
ه EMBL
ع GenPept
ف النوكليوتيدات GBSet (XML)
ص البروتين GBSet (XML)
Tجدول الميزات فقط
× النوكليوتيدات INSDSet (XML)
تسلسل صغير (XML)
واي فاستا
بروتين زي INSDSet (XML)
-g N إشارات البت (كلها افتراضية معطلة):
1 أتش تي أم أل
2 إكس إم إل
4 مآثر ContigFeats
8 كونتيجسركس
16 فارترانسل
-h N علامات القفل/البحث (كلها افتراضية معطلة):
8 لوكبرود
16 شركة البحث
64 بحث برود
-i اسم الملف
اسم ملف الإدخال (الافتراضي = stdin)
-j N موقع البدء (الافتراضي هو 0، بداية التسلسل)
-k N موقع النهاية (الافتراضي هو 0، نهاية التسلسل)
-l اسم الملف
ملف تسجيل
-m طريقة
الوضع:
الإصدار
ه انتريز
الترتر (افتراضي)
د تفريغ
-n اسم الملف
Asn2Flat قابل للتنفيذ (افتراضي = asn2flat)
-o اسم الملف
اسم ملف الإخراج (الافتراضي = stdout)
-p نشر أهم الواصفات
-q اسم الملف
Ffdiff قابل للتنفيذ (الافتراضي = /netopt/genbank/subtool/bin/ffdiff)
-r تمكين الجلب عن بعد
-s نمط
النمط:
ن عادي (افتراضي)
قطعة
م ماستر
ج كونتيج
-t N دفعة:
تقرير 1
2 الترتر/الإفراج
3 asn2gb SSEC/nocleanup
4 asn2flat BSEC/nocleanup
5 asn2gb/asn2flat
6 asn2gb dbxref الجديد/dbxref القديم
7 Oldasn2gb/newasn2gb
-u N العلامات المخصصة (جميعها افتراضية معطلة):
4 إخفاء الميزات
1792 إخفاء المراجع
8192 إخفاء المصادر
262144 اخفاء الترجمات
-y N معرف عنصر الميزة
استخدم asn2gb عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
