هذا هو الأمر bp_biofetch_genbank_proxyp الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
bp_biofetch_genbank_proxy.pl - وكيل الويب المتوافق مع BioFetch للتخزين المؤقت لـ GenBank
موجز
التثبيت في دليل cgi-bin لخادم الويب. ارجع للخلف.
الوصف
يعمل هذا البرنامج النصي CGI كجانب الخادم من بروتوكول BioFetch كما هو موضح في
http://obda.open-bio.org/Specs/. يوفر خدمتين للوصول إلى قاعدة البيانات ، واحدة للبيانات
المصدر "genbank" (مدخلات النيوكليوتيدات) والآخر لمصدر البيانات "genpep" (البروتين
إدخالات).
يعمل هذا البرنامج النصي عن طريق إعادة توجيه طلباته إلى برنامج eutils الخاص بـ NCBI ، والذي يعيش في
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi. ثم يقوم بإعادة تنسيق الإخراج
وفقًا لتنسيق BioFetch بحيث يمكن معالجة التسلسلات وإعادتها بواسطة ملف
Bio :: DB :: BioFetch module. يتم تخزين الإدخالات التي تم إرجاعها مؤقتًا على خادم الويب
نظام الملفات ، مما يسمح باسترجاع الإدخالات التي يتم الوصول إليها بشكل متكرر دون جولة أخرى
رحلة إلى NCBI.
تركيب
يجب أن يكون لديك ما يلي مثبتًا لتشغيل هذا البرنامج النصي:
1) بيرل
2) وحدات بيرل LWP و Cache :: FileCache
3) خادم ويب (يوصى بـ Apache)
لتثبيت هذا البرنامج النصي ، قم بنسخه في دليل cgi-bin الخاص بخادم الويب. قد ترغب
لتقصير اسمها ؛ يوصى باستخدام "dbfetch".
هناك العديد من الثوابت الموجودة في الجزء العلوي من البرنامج النصي والتي قد ترغب في تعديلها.
هذه هي:
ذاكرة التخزين المؤقت
هذا هو الموقع على نظام الملفات حيث سيتم وضع الملفات المخزنة مؤقتًا. ال
الافتراضي هو / usr / tmp / dbfetch_cache.
اقصى حجم
هذا هو الحجم الأقصى الذي يمكن أن تنمو ذاكرة التخزين المؤقت إليه. عندما تتجاوز ذاكرة التخزين المؤقت هذا الحجم
سيتم حذف الإدخالات الأقدم تلقائيًا. الإعداد الافتراضي هو 100,000,000،XNUMX،XNUMX بايت
(شنومكس مب).
انتهاء الصلاحية
ستتم إزالة الإدخالات التي لم يتم الوصول إليها خلال هذه المدة من ذاكرة التخزين المؤقت.
الافتراضي هو أسبوع واحد.
تطهير
يحدد هذا الثابت عدد المرات التي سيتم فيها مسح ذاكرة التخزين المؤقت للإدخالات القديمة. الافتراضي
1 ساعة.
اختبارات الدخول
لمعرفة ما إذا كان هذا البرنامج النصي يعمل كما هو متوقع ، يمكنك اختباره باستخدام هذا البرنامج النصي:
استخدم Bio :: DB :: BioFetch ؛
$ db = Bio :: DB :: BioFetch-> new (-baseaddress => 'http://localhost/cgi-bin/dbfetch',
-format => "genbank" ،
-db => "genbank") ؛
my $ seq = $ db-> get_Seq_by_id ('DDU63596') ؛
print $ seq-> seq، "\ n"؛
هذا يجب أن يطبع تسلسل الحمض النووي.
استخدم bp_biofetch_genbank_proxyp عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
