هذا هو الأمر bp_revtrans-motifp الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
bp_revtrans-motif - ترجمة عكسية لمخطط بروتيني شبيه بـ Profam
VERSION
نسخة 0.01
موجز
من ملف:
bp_revtrans-motif.pl -i motifs.txt
باستخدام الأنابيب:
bp_revtrans-motif.pl <motifs.txt> output.txt
الاستخدام التفاعلي في موجه الأوامر:
$ bp_revtrans-motif.pl
مايئيل [VIKP]
1. أتجكنجكنججاراريتنفهن
[^ P] H (IW) {2,3،XNUMX}
2. NDNCAY (ATHTGG) {2,3،XNUMX}
الوصف
يأخذ هذا البرنامج النصي شكلاً بروتينيًا كمدخل ويعيد قليل النوكليوتيد المنحل
التسلسل المقابل لها. السبب الرئيسي للقيام بذلك هو التصميم المتدهور
الاشعال التي تضخم نمط تسلسل معين.
يتكون شكل الإدخال من سلسلة من المخلفات المكونة من حرف واحد ، مع أي مما يلي
العناصر النحوية:
[...] : موقف زائدة عن الحاجة.
موضع يُسمح فيه بأكثر من بقايا. مثال:
[TS] YW [RKSD]
^ ^ ^ ^ ^
[^ ...] : موقف سلبي.
موضع يُسمح فيه بأي بقايا ، ويتم حفظها بين قوسين. مثال:
[^ PW] MK [LAE]
^^
(...) {ن ، م ، ...} : عزر متكرر.
فكرة تتكرر n or m مرات. يمكن أن تحتوي على أي من القواعد النحوية السابقة
عناصر. مثال:
ا [SN] ج (TXX) {2,4,8،XNUMX،XNUMX}
^^^
الأحرف المسموح بها هي تلك التي تتوافق مع الأحماض الأمينية الطبيعية العشرين ، بالإضافة إلى:
ب = N + د
Z = Q + E.
X = الكل
OPTIONS
-i ملف الإدخال:
ملف مع قائمة الزخارف لعكس الترجمة.
-h
اعرض رسالة المساعدة هذه.
استخدم bp_revtrans-motifp عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
