هذا هو اختصار الأوامر الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
Clearcut - انضمام الجار المريح
موجز
واضح - في = - خارج = [الخيارات] ...
الوصف
يمكنك تحويل أي لحظة سعيدة إلى ذكرى ثمينة وخالدة – احتفظ بها على شكل صورة أو مقطع فيديو باستخدام الكاميرا الخلفية المضمنة. ومن خلال اتصال Bluetooth، يمكنك مشاركة الملفات ذات المحتوى العزيز على قلبك مع أجهزة المقربين منك. والخيارات:
-h, --مساعدة
اعرض هذه المعلومات.
-V, --الإصدار
اطبع نسخة هذا البرنامج.
-v, - الإسراف
المزيد من الإخراج. (الافتراضي: إيقاف)
-q, --هادئ
عملية صامتة. (افتراضي في)
-s, - البذور =
اضبط بذور PRNG بشكل صريح على قيمة محددة.
-r, - عشوائي
المحاولة تنضم بشكل حاسم. (الافتراضي: إيقاف)
-S, --خلط
ترتيب عشوائي لمصفوفة المسافة. (الافتراضي: إيقاف)
-N, --جار
استخدم خوارزمية ربط الجوار التقليدية. (الافتراضي: إيقاف)
INPUT والخيارات:
-I, - ستدين
قراءة المدخلات من STDIN.
-d, --مسافه: بعد
ملف الإدخال عبارة عن مصفوفة مسافة. (افتراضي في)
-a, --تنسيق
ملف الإدخال عبارة عن مجموعة من التسلسلات المتوافقة. (الافتراضي: إيقاف)
-D, --الحمض النووي
محاذاة المدخلات هي تسلسل الحمض النووي.
-P, --بروتين
محاذاة المدخلات هي تسلسلات بروتينية.
تصحيح فئة الساعة : لأي الحوسبة مسافه: بعد MATRIX (تقصير: لا تصحيح):
-j, - يوكس
استخدم تصحيح Jukes-Cantor لحساب مصفوفة المسافة.
-k, - كيمورا
استخدم تصحيح Kimura لمصفوفة المسافة.
OUTPUT والخيارات:
-O, - stdout
شجرة الإخراج إلى STDOUT.
-m, - matrixout =مصفوفة مسافة الإخراج إلى الملف المحدد.
-n, - الشوائب =
إخراج ن الأشجار. (الافتراضي: 1)
-e, - اكسببلن
تدوين أسي لأطوال الفروع. (الافتراضي: إيقاف)
-E, - اكسبيديست
تدوين أسي في إخراج المسافة. (الافتراضي: إيقاف)
أمثلة:
حساب الشجرة عن طريق توفير مصفوفة المسافة عبر stdin:
واضح --مسافه: بعد <distances.txt> treefile.tre
احسب الشجرة عن طريق توفير محاذاة تسلسل الحمض النووي من ملف:
واضح --تنسيق --الحمض النووي --في=اكتساب.رسالة قصيرة --خارج=ملف.tre
استخدم clearcut عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net