التقعر - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

التقعر - تنبئ بمواقع ارتباط بروتين يجند من الهيكل والحفظ

موجز

التقعر [خيارات] PDBFILE OUTPUT_NAME

الوصف

يتنبأ ConCavity بمواقع ارتباط البروتينات الرابطة من خلال الجمع بين التسلسل التطوري
الحفظ والبنية ثلاثية الأبعاد.

يأخذ ConCavity كمدخلات بنية بروتين بتنسيق PDB ملف بدب واختياريا ملفات ذلك
وصف التسلسل التطوري لحفظ السلاسل في ملف الهيكل.

يتم إنشاء ملفات النتائج التالية بشكل افتراضي:

· تنبؤات ربط الترابط المتبقي لكل سلسلة (*. درجات).

· تنبؤات ربط الترابط المتبقي في ملف بتنسيق PDB (يتم وضع درجات البقايا في ملف
درجة حرارة. حقل العامل * _residue.pdb).

مواقع التنبؤ الجيب في ملف تنسيق DX (* .dx).

نص PyMOL لتصور التنبؤات (* .pml).

لتصور التنبؤات في PyMol (إذا كان مثبتًا على نظامك) ، قم بتحميل البرنامج النصي
عن طريق كتابة "pymol 1G6C_test1.pml" في الموجه أو عن طريق تحميله من خلال pymol
واجهة.

يمكن إدخال ملفات PDB و DX في أجهزة العرض الجزيئي الأخرى إذا كان ذلك مفضلاً. عديد
تتوفر تنسيقات الإخراج الإضافية ؛ انظر أدناه. لاحظ أن البقايا ترقيم في
قد لا تتطابق ملفات .scores مع ملف PDB.

يستمر نهج ConCavity في ثلاث خطوات مفاهيمية: إنشاء الشبكة والجيب
الاستخراج ورسم الخرائط البقايا (انظر الطرق في الورق). أولا ، الهيكلية و
تُستخدم الخصائص التطورية للبروتين لإنشاء شبكة محيطية ثلاثية الأبعاد منتظمة
البروتين الذي تمثل فيه الدرجة المرتبطة بكل نقطة شبكة تقديرية
احتمالية تداخلها مع ذرة ليجند مرتبطة. الثانية ، مجموعات متجاورة عالية-
يتم تجميع نقاط شبكة التهديف لاستخراج الجيوب التي تلتزم بالشكل والحجم المحددين
قيود. أخيرًا ، يتم تسجيل كل بقايا بروتين بتقدير لمدى احتمالية حدوثها
للالتزام برباط استنادًا إلى قربه من الجيوب المستخرجة.

يتم تنفيذ كل من الخوارزميات الموصوفة لهذه الخطوات في التقعر. انظر
أمثلة.

المراجع

Capra JA و Laskowski RA و Thornton JM و Singh M و Funkhouser TA(2009) توقع البروتين
مواقع ربط Ligand من خلال الجمع بين حفظ التسلسل التطوري والبنية ثلاثية الأبعاد.
PLoS Comput Biol ، 5(12).

OPTIONS

ملف بدب هو ملف بنية البروتين بتنسيق PDB. OUTPUT_NAME يصبح جزءًا من الإخراج
أسماء الملفات ولا يجوز أن تحتوي على "/". يتم كتابة الإخراج إلى الدليل الحالي.

إدخال
-الحفاظ على PATH
إذا لم يتم توفير خيار "الحفظ" ، فلن يتم تقديم معلومات الحفظ
يعتبر. لاحظ أن هناك ملفات حفظ منفصلة لكل سلسلة بروتين بتنسيق
البنية والمدخلات إلى خيار -conservation هو بادئة هذه الملفات.
تتوفر ملفات الحفظ المحسوبة مسبقًا لنظام PQS بأكمله تقريبًا في ConCavity
موقع إلكتروني. إذا كنت ترغب في حساب قيم حفظ التسلسل الخاصة بك
المحاذاة ، نوصي بخوارزمية JSD:
<http://compbio.cs.princeton.edu/conservation/> ، متاح بتنسيق تسجيل_حفظ(1)
من حزمة كود الحفظ.

شبكة خلق
-شبكة_طريقة ligsite | شبكة تصفح | أداة تحديد الجيب | مخصصة
-الدقة مادبا مادبا مادبا
اضبط دقة الشبكة.

-تباعد الطفو
اضبط تباعد الشبكة.

جيب استخلاص
-طريقة_الاستخراج البحث | أعلى | مخصص
-استخراج_الحد_العربي_ترانج_قطع تطفو
توقف عن التكرار . عندما يكون قطر نافذة البحث الثنائي أقل
من -استخراج_الحد_العربي_ترانج_قطع * العتبة العلوية. القيمة الموصى بها: 1e-6.
الافتراضي: 0.

بقايا التخطيط
-res_map_method طمس | توزيع | عتبة | مخصص

كل من هذه الخوارزميات موصوفة في النص ، ولكل منها عدد من الخوارزميات الإضافية
المعلمات التي تغير سلوكهم. يسمح لك الخيار "مخصص" بتعيين القيم
من جميع المعلمات لكل خطوة بنفسك. قد تكون الإعدادات المسبقة (على سبيل المثال ، ligsite ، بحث ، طمس)
تجاوز القيم التي قمت بتعيينها في سطر الأوامر ، لذا استخدم "مخصص" للحصول على تحكم كامل.

الناتج
هناك أيضًا العديد من خيارات تنسيق الإخراج. يمكن إخراج قيم شبكة التنبؤ الجيب
بالصيغ التالية:

-print_grid_dx 0 | 1
صيغة DX. هذا هو 1 بشكل افتراضي.

-print_grid_pdb 0 | 1
تنسيق PDB. يتم إخراج تنبؤات المخلفات كملف PDB مع درجات البقايا
تعيينها إلى درجة الحرارة. حقل العامل وأرقام الجيب في حقل تسلسل المخلفات.

-print_grid_txt 0 | 1
نص خام.

-v وضع مفصل.

أمثلة

ملاحظة: قد تضطر إلى نسخ ملفات البيانات النموذجية وإلغاء ضغطها قبل تشغيل ملف
الأمثلة التالية.

1. سيؤدي هذا إلى حدوث تقعر مع القيم الافتراضية (مكافئة لـ ConCavity ^ L في الورق)
على الهيكل 1G6C.pdb والنظر في قيم الحفظ الموجودة في
بيانات الحفظ /. ستسمى هذه المجموعة من التوقعات "test1". هذا ينتج
ملفات النتائج الافتراضية التالية في الدليل الحالي:

التقعر - الحفظ / usr / share / doc / التقعر / الأمثلة / الحفظ_data / 1G6C /usr/share/doc/concavity/examples/1G6C.pdb test1

2. على سبيل المثال لتسجيل البنية 1G6C.pdb باستخدام ConCavity_Pocketfinder و Search و
طمس ، يجب أن تكتب:

التقعر - الحفظ / usr / share / doc / التقعر / الأمثلة / الحفظ_data / 1G6C-Grid_method pocketfinder -extraction_method search -res_map_method blur /usr/share/doc/concavity/examples/1G6C.pdb cc-pocketfinder_search_blur

الملاحظات

يستخدم المؤلفون أساسًا PyMol و Chimera للتصور ، ولكن نطاق الإنتاج
تعني التنسيقات أنه يجب أن تكون قادرًا على استيراد البيانات إلى معظم برامج التحليل البنيوي.
أخبرنا إذا كانت هناك تنسيقات إخراج أخرى ترغب في رؤيتها.

استخدم التقعر عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net