Convert_project - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

Convert_project - تحويل أنواع ملفات التجميع والتسلسل

الوصف

هذا البرنامج جزء من حزمة مجمع MIRA. يتم استخدامه لتحويل ملف المشروع
أنواع إلى أنواع أخرى. يرجى مراجعة الوثائق أدناه لمزيد من التفاصيل
معلومات حول Convert_project.

موجز

تحويل_مشروع
[-F ] [-ر [-ر ...]] [-aChimMsuZ] [-AcflnNoqrtvxXyz
{...}] {ملف} {ملف خارجي} [ ...]

OPTIONS

-f
تحميل هذا النوع من ملفات المشروع ، حيث fromtype هو:

caf تجميع كامل أو تسلسل واحد من CAF

maf تجميع كامل أو تسلسل واحد من CAF

تسلسلات fasta من ملف FASTA

تسلسلات fastq من ملف FASTQ

تسلسلات gbf من ملف GBF

تسلسلات الدكتوراه من ملف الدكتوراه

com.fofnexp
التسلسلات في ملفات EXP من ملف أسماء الملفات

-t
اكتب التسلسلات / التجميع لهذا النوع (إشارات متعددة لـ -t مسموح):

تسلسل الآس أو التجميع الكامل لآس

تسلسلات caf أو التجميع الكامل لـ CAF

تسلسلات maf أو التجميع الكامل لـ MAF

سام التجمع الكامل لSAM

samnbb كما هو مذكور أعلاه، ولكن مع ترك المرجع (العمود الفقري) في تعيين التجميعات

تسلسلات gbf أو الإجماع على GBF

إجماع gff3 على GFF3

معلومات تغطية تجميع الشعر المستعار لملف التذبذب

معلومات محتوى gcwig Assembly gc لتحريك الملف

تسلسلات fasta أو الإجماع على ملف FASTA (صفات to

.Qual)

تسلسلات fastq أو الإجماع على ملف FASTQ

تسلسلات EXP أو التجميع الكامل لملفات EXP في

الدلائل. التجميعات الكاملة مناسبة لاستيراد الفجوة 4 كتجميع موجه.
ملاحظة: يوصى باستخدام caf2gap للاستيراد إلى الفجوة 4

تجميع النص بالكامل لمحاذاة النص (فقط عندما -f is

مقهى، ماف أو غبف)

html التجميع الكامل إلى HTML (فقط عندما -f هو كاف، ماف أو

جي بي إف)

TCS التجميع الكامل لـ TCS

hsnp المحيط بعلامات SNP (SROc، ​​SAOc، SIOc) إلى HTML (فقط عندما -f هو كاف، ماف أو
جي بي إف)

تحليل asnp لعلامات SNP (فقط عندما -f هو مقهى، ماف أو غبف)

ملف إحصائيات cstats contig مثل MIRA (فقط عندما يحتوي المصدر على contigs)

crlist contig قراءة ملف القائمة مثل MIRA (فقط عندما يحتوي المصدر على contigs)

مقنع
يقرأ المكان الذي يتم فيه إخفاء ناقل التسلسل (مع X) إلى ملف FASTA (صفات
.Qual)

تسلسلات scaf أو التجميع الكامل لتسلسلات فردية CAF

-a إلحاق بالملفات المستهدفة بدلاً من إعادة الكتابة

-A
سلسلة تحتوي على معلمات MIRA المراد تحليلها مفيدة عند تحديد المعلمات المؤثرة
الدعوة بالإجماع مثل -CO:mrpg الخ. على سبيل المثال: -a "454_SETTINGS -CO: ميلا في الغالون = 3 "

-b البيانات العمياء تستبدل جميع القواعد في القراءات/contigs بـ "c"

-C قم بإجراء مقطع ثابت للقراءات عند قراءة التنسيقات التي تحدد نقاط القطع، سيتم ذلك

احفظ فقط الجزء غير المقصوص في ملف النتيجة.

ينطبق فقط على الملفات/التنسيقات التي لا تحتوي على

contigs.

-d حذف أعمدة الفجوة فقط عندما يكون الإخراج عبارة عن contigs: احذف الأعمدة الموجودة

فجوات كاملة (مثل بعد حذف القراءات أثناء التحرير في فجوة 4 أو ما شابه ذلك)

عندما يقرأ الإخراج: احذف الفجوات في القراءات

-F تصفية لقراءة المجموعات حالة الاستخدام الخاص، لا تستخدم بعد.

-m جعل contigs (فقط من أجل -t = caf أو maf) قم بتغليف القراءات المفردة كمفردات contig في
ملف CAF/MAF.

-n
عند إعطائه ، يختار فقط القراءة أو contigs المعطاة بالاسم في هذا الملف.

-i متى -n يستخدم لعكس التحديد

-o إزاحة جودة fastq (فقط لـ -f = 'fastq') إزاحة قيم الجودة في FASTQ
ملف. الافتراضي 0 يحاول التعرف تلقائيًا.

-Q
قم بتعيين الجودة الافتراضية للقواعد في أنواع الملفات دون قيم الجودة علاوة على ذلك، افعل ذلك
لا تتوقف إذا كانت ملفات الجودة المتوقعة مفقودة (مثل ".fasta")

-R
أعد تسمية contigs / singlets / reads بسلسلة اسم معينة يكون العداد لها
ملحق. خطأ معروف: سيتم إنشاء أسماء مكررة إذا تم إدخالها

يحتوي على contigs/singlets بالإضافة إلى قراءات مجانية، أي لا يقرأ في contigs ولا
المفردات.

-S
(الاسم) مخطط لإعادة تسمية القراءات، مهم للنهايات المزدوجة فقط "solexa" هو
مدعوم حاليا.

إنّ متابعيك مفاتيح العمل فقط متى إدخال (كاف or ماف) يحتوي contigs.
احذر: يمكن أن تحتوي CAF وMAf أيضًا على قراءات فقط.

-M لا تستخرج contigs (أو إجماعهم) ، لكن تسلسل القراءات هم
يتألف من.

-N
مثل -n، ولكن يفرز الإخراج وفقًا للترتيب الوارد في الملف.

-r [ككف]
إعادة حساب الإجماع و / أو قيم الجودة المتفق عليها و / أو علامات ميزة SNP.
"ج" إعادة حساب السلبيات والصفات (مع IUPAC) "ج" إعادة حساب السلبيات والصفات
(إجبار غير IUPAC) إعادة حساب صفات الإجماع 'q' فقط إعادة حساب ميزات SNP
ملاحظة: فقط الحرف الأخير من cCq هو المناسب، ويعمل f كـ a

التبديل ويمكن دمجه مع cQq (على سبيل المثال "-r C -r F")

ملاحظة: إذا كان CAF / MAF يحتوي على سلالات متعددة ، فيجب إعادة حساب السلبيات والعيوب
الصفات مجبرة يا أنت

يمكن أن يؤثر فقط على ما إذا كان سيتم استخدام IUPACs أم لا.

-s تقسيم الإخراج إلى ملفات متعددة بدلاً من إنشاء ملف واحد

-u "جينومات سلالة fillUp" قم بملء الفجوات في جينوم سلالة واحدة (N أو @) بها
التسلسل من إجماع السلالات الأخرى لا يسري إلا مع -r -t جي بي إف أو
fasta/q في FASTA/Q: القواعد المملوءة بأحرف صغيرة في GBF: القواعد المملوءة هي
في الحالة الكبيرة

-q
يحدد الحد الأدنى من الجودة الذي يجب أن يكون لقاعدة إجماع لسلالة ما ، قواعد الإجماع
أسفل هذا سيكون "N" الافتراضي: 0 يستخدم فقط مع -rو -f هو caf / maf و -t is
(فاستا

أو جي بي إف)

-v اطبع رقم النسخة واخرج

-x
الحد الأدنى لطول contig أو القراءة عند التحميل، تجاهل جميع contigs / القراءات مع a
طول أقل من هذه القيمة. الافتراضي: 0 (= مغلق) ملاحظة: لا ينطبق على القراءات
في contigs!

-X
على غرار -x ولكنه ينطبق فقط على القراءات ثم على الطول المقصوص.

-y
الحد الأدنى لمتوسط ​​تغطية contig عند التحميل ، تجاهل كل contig بمتوسط
تغطية أقل من هذه القيمة. الافتراضي: 1

-z
الحد الأدنى لعدد القراءات في contig عند التحميل ، تجاهل جميع contigs برقم
من يقرأ أقل من هذه القيمة. الافتراضي: 0 (= مغلق)

-l
عند الإخراج كنص أو HTML: عدد القواعد المعروضة في سطر محاذاة واحد. تقصير:
IBAN: NO60 XNUMX XNUMX XNUMX BIC/SWIFT: NDEANOKK

-c
عند الإخراج كنص أو HTML: الحرف المستخدم في ملء الفراغات النهائية. الافتراضي: "(فارغ)

الأسماء المستعارة: caf2html، exp2fasta، ... إلخ. أي مجموعة من " 2 "
يمكن استخدامه كاسم برنامج (أيضًا باستخدام الروابط) بحيث يتم تحويل_المشروع تلقائيًا
اطقم كامله -f -t وفقا لذلك.

أمثلة

تحويل_مشروع source.maf dest.sam

Convert_project source.caf dest.fasta شعر مستعار الآس

تحويل_مشروع -x 2000 -y 10 source.caf dest.caf

caf2html -l 100 -c . source.caf dest

استخدم Convert_project عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net