eprimer32e - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

eprimer32 - يختار البادئات PCR و oligos التهجين

موجز

إبريمير 32 -تسلسل seqall [-الرئيسية تبديل] -مهمة الإدارية [-مسبار هجين تبديل]
-Mishyblibraryfile شرير -ملف mispriminglibrary شرير [-عودة عدد صحيح]
[- بما في ذلك المنطقة نطاق] [-المنطقة المستهدفة نطاق] [-المنطقة المستبعدة نطاق]
[-المدخلات سلسلة] [-Reverseinput سلسلة] -Gcclamp عدد صحيح الحجم عدد صحيح
- دقيقة عدد صحيح -اقصى حجم عدد صحيح -tm الطفو -نعناع الطفو -maxtm الطفو
-الحد الأقصى الطفو -ogcpercent الطفو -مينغ الطفو -ماكسجك الطفو -سالتكونك الطفو
-دناكونك الطفو -maxpolyx عدد صحيح -الحجم عدد صحيح -النطاق نطاق -ptmopt الطفو
-بتمين الطفو -بتماكس الطفو -منطقة مستبعدة نطاق - إدخال سلسلة
-osizeopt عدد صحيح - أنتماء عدد صحيح - الحجم عدد صحيح -otmopt الطفو
-أتمين الطفو -أو ماكس الطفو -ogcopt الطفو -ogcmin الطفو -ogcmax الطفو
-وسالتكونك الطفو -أدناكونك الطفو -نفسه الطفو -انفسك الطفو
احتكار عدد صحيح -omishybmax الطفو - شرح منطقية -خلف منطقية
-firstbaseindex عدد صحيح -بيكانيواي منطقية -الحد الأقصى الطفو
- أزواج مكسرة الطفو -قبول عدد صحيح -نفسيا الطفو -نفس الطفو
-تصحيح الإدارية -tmformula الإدارية -الاستقرار الطفو -ملف ملف

إبريمير 32 -مساعدة

الوصف

إبريمير 32 هو برنامج سطر أوامر من EMBOSS ("البيولوجيا الجزيئية الأوروبية المفتوحة
مجموعة برامج"). إنه جزء من مجموعة (مجموعات) القيادة "النووية: البادئة".

OPTIONS

إدخال قسم
-تسلسل seqall
التسلسل الذي يتم اختيار الاشعال منه. يجب تقديم التسلسل من 5 إلى 3

-الرئيسية تبديل
أخبر Eprimer32 باختيار التمهيدي (البادئات) القيمة الافتراضية: Y

-مهمة الإدارية
أخبر Eprimer32 بالمهمة التي يجب القيام بها. القيم القانونية هي 1: "اختيار بادئات PCR"، 2: "اختيار".
التمهيدي الأمامي فقط '، 3:' اختيار التمهيدي العكسي فقط '، 4:' لا حاجة إلى مواد أولية '. تقصير
القيمة: 1

-مسبار هجين تبديل
من المفترض أن يتم استخدام "القلة الداخلية" كمسبار تهجين (مسبار hyb)
الكشف عن منتج PCR بعد التضخيم. القيمة الافتراضية: N

-Mishyblibraryfile شرير
على غرار MISPRIMING-LIBRARY ، باستثناء أن الحدث الذي نسعى لتجنبه هو التهجين
من القلة الداخلية للتسلسلات في هذه المكتبة بدلاً من البدء منها. ال
يجب أن يكون الملف بتنسيق FASTA (مقيد قليلاً) (WB Pearson و DJ Lipman ،
PNAS 85: 8 pp 2444-2448 [1988]) ؛ نناقش بإيجاز تنظيم هذا الملف
أقل. إذا تم تحديد هذه المعلمة، فسيقوم Eprimer32 بمحاذاة كل مرشح محليًا
oligo ضد كل تسلسل مكتبة ويرفض تلك الاشعال المحلية
مرات المحاذاة يتجاوز الوزن المحدد (انظر أدناه)
الداخلية- OLIGO-MAX-MISHYB. (يتم تعيين الحد الأقصى لقيمة الوزن بشكل تعسفي على
12.0.) يجب أن يبدأ كل إدخال تسلسل في ملف بتنسيق FASTA بـ "سطر معرف"
يبدأ بـ ">". محتويات سطر المعرف "مقيدة قليلاً" في ذلك
يقوم Eprimer32 بتوزيع كل شيء بعد أي علامة نجمية اختيارية ('*') كنقطة عائمة
رقم لاستخدامه كالوزن المذكور أعلاه. إذا كان سطر المعرف لا يحتوي على علامة النجمة إذن
الوزن الافتراضي 1.0. نظام تسجيل المحاذاة المستخدم هو نفسه بالنسبة لـ
حساب التكامل بين oligos (مثل SELF-ANY). ما تبقى من دخول
يحتوي على التسلسل كسطر تتبع سطر المعرف حتى السطر الذي يبدأ بـ ">"
أو نهاية الملف. يتم تجاهل المسافات والأسطر الجديدة. الأحرف "A" و "T" و "G"
يتم الاحتفاظ بـ "C" و "a" و "t" و "g" و "c" وتحويل أي حرف آخر إلى "N" (مع
نتيجة تحويل أي رموز IUB / IUPAC للقواعد الغامضة إلى "N").
لا توجد قيود على طول الخط. تشير قيمة فارغة لهذه المعلمة
أنه لا ينبغي استخدام أي مكتبة.

-ملف mispriminglibrary شرير
اسم الملف الذي يحتوي على مكتبة تسلسل النوكليوتيدات لتتجنبها
تضخيم (على سبيل المثال التسلسلات المتكررة ، أو ربما تسلسل الجينات في
عائلة الجينات التي لا ينبغي تضخيمها.) يجب أن يكون الملف في (مقيد قليلاً)
تنسيق FASTA (WB Pearson and DJ Lipman، PNAS 85: 8 pp 2444-2448 [1988]) ؛ نحن
ناقش بإيجاز تنظيم هذا الملف أدناه. إذا تم تحديد هذه المعلمة
ثم يقوم Eprimer32 بمحاذاة كل كتاب تمهيدي مرشح محليًا مقابل كل تسلسل مكتبة و
يرفض تلك البادئات التي يسجل لها المحاذاة المحلية وزنًا محددًا
(انظر أدناه) يتجاوز MAX-MISPRIMING. (القيمة القصوى للوزن تعسفيا
تعيين إلى 100.0.) يجب أن يبدأ كل إدخال تسلسل في ملف تنسيق FASTA بـ 'id
سطر "يبدأ بـ"> ". محتويات سطر المعرف "مقيدة قليلاً" في
يقوم Eprimer32 بتوزيع كل شيء بعد أي علامة نجمية اختيارية ('*') كنقطة عائمة
رقم لاستخدامه كالوزن المذكور أعلاه. إذا كان سطر المعرف لا يحتوي على علامة النجمة إذن
الوزن الافتراضي 1.0. نظام تسجيل المحاذاة المستخدم هو نفسه بالنسبة لـ
حساب التكامل بين oligos (مثل SELF-ANY). ما تبقى من دخول
يحتوي على التسلسل كسطر تتبع سطر المعرف حتى السطر الذي يبدأ بـ ">"
أو نهاية الملف. يتم تجاهل المسافات والأسطر الجديدة. الأحرف "A" و "T" و "G"
يتم الاحتفاظ بـ "C" و "a" و "t" و "g" و "c" وتحويل أي حرف آخر إلى "N" (مع
نتيجة تحويل أي رموز IUB / IUPAC للقواعد الغامضة إلى "N").
لا توجد قيود على طول الخط. تشير قيمة فارغة لهذه المعلمة
أنه لا ينبغي استخدام مكتبة مكررة.

إضافي قسم
البرنامج الخيارات
-عودة عدد صحيح
الحد الأقصى لعدد أزواج البرايمر المراد إرجاعها. أزواج التمهيدي التي تم إرجاعها مرتبة حسب
"جودتهم" ، بمعنى آخر من خلال قيمة الوظيفة الموضوعية (حيث يكون أقل
الرقم يشير إلى زوج تمهيدي أفضل). تحذير: ضبط هذه المعلمة على حجم كبير
ستزيد القيمة من وقت التشغيل. القيمة الافتراضية: 5

تسلسل الخيارات
- بما في ذلك المنطقة نطاق
منطقة فرعية من التسلسل المحدد لاختيار البادئات. على سبيل المثال ، غالبًا
الدزينة الأولى من قواعد التسلسل هي ناقلات ، ويجب استبعادها من
اعتبار. قيمة هذه المعلمة لها الشكل (البداية) ، (النهاية) حيث (البداية)
هو فهرس القاعدة الأولى التي يجب مراعاتها ، و (النهاية) هي الأخيرة في
منطقة قطف التمهيدي.

-المنطقة المستهدفة نطاق
إذا تم تحديد هدف واحد أو أكثر ، فيجب أن يحيط زوج تمهيدي قانوني واحد على الأقل
منهم. قد يكون الهدف عبارة عن موقع تكرار تسلسل بسيط (على سبيل المثال تكرار CA) أو
تعدد الأشكال أحادي القاعدة. يجب أن تكون القيمة قائمة مفصولة بمسافات من
(البداية) ، (النهاية) أزواج حيث (البداية) هي فهرس القاعدة الأولى للهدف ، و
(النهاية) هو الأخير Eg 50,51،2 يتطلب من البادئات أن تحيط القاعدتين في المواضع 50
و 51

-المنطقة المستبعدة نطاق
قد لا يتراكب الأوليجوس الأوليجوس مع أي منطقة محددة في هذه العلامة. القيمة المرتبطة
يجب أن تكون قائمة مفصولة بمسافات من (البداية) ، (النهاية) أزواج حيث (البداية) هي فهرس
القاعدة الأولى للمنطقة المستبعدة ، و (النهاية) هي الأخيرة. هذه العلامة مفيدة
لمهام مثل استبعاد المناطق ذات جودة التسلسل المنخفضة أو استبعاد المناطق
تحتوي على عناصر متكررة مثل ALUs أو LINEs. على سبيل المثال ، يحظر 401,407 68,70
اختيار البرايمر في القواعد السبعة بدءًا من 7 والقواعد الثلاثة عند 401.

-المدخلات سلسلة
تسلسل التمهيدي الأمامي الذي يجب فحصه وحوله لتصميم البادئات العكسية
و oligos الداخلية الاختيارية. يجب أن تكون سلسلة فرعية لـ SEQUENCE.

-Reverseinput سلسلة
تسلسل البادئة العكسية التي يجب فحصها وحولها لتصميم البادئات الأمامية
و oligos الداخلية الاختيارية. يجب أن يكون سلسلة فرعية للخيط العكسي للتسلسل.

برايمر الخيارات
-Gcclamp عدد صحيح
اطلب العدد المحدد من Gs و Cs المتتالية في الطرف 3 'لكل من
التمهيدي الأمامي والخلفي. (هذه المعلمة ليس لها أي تأثير على القلة الداخلية إذا كان واحدًا
مطلوب.)

الحجم عدد صحيح
الطول الأمثل (في القواعد) بنسبة ضئيلة التمهيدي. سيحاول Eprimer32 اختيار الاشعال
قريب من هذا الطول. القيمة الافتراضية: 20

- دقيقة عدد صحيح
الطول الأدنى المقبول للبرايمر. يجب أن يكون أكبر من 0 وأقل من أو يساوي
إلى الحجم الأقصى. القيمة الافتراضية: 18

-اقصى حجم عدد صحيح
الطول الأقصى المقبول (في القواعد) من مادة التمهيدي. حاليا لا يمكن أن تكون هذه المعلمة
أكبر من 35. هذا الحد محكوم بالحد الأقصى لحجم القلة الذي يناسبه Eprimer32
درجة حرارة الانصهار صالحة. القيمة الافتراضية: 27

-tm الطفو
درجة حرارة الانصهار المثلى (مئوية) لنسبة ضئيلة من التمهيدي. سيحاول Eprimer32 الاختيار
البادئات ذات درجات حرارة الانصهار قريبة من درجة الحرارة هذه. ذوبان القلة
صيغة درجة الحرارة في Eprimer32 هي تلك الواردة في Rychlik وSpencer وRhoads، Nucleic
أبحاث الأحماض ، المجلد 18 ، العدد 21 ، الصفحات 6409-6412 وبريسلاور ، فرانك ، بلويكر وماركي ،
بروك. ناتل. أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية ، المجلد 83 ، ص 3746-3750. يرجى الرجوع إلى الورقة السابقة لـ
مناقشة الخلفية. القيمة الافتراضية: 60.0

-نعناع الطفو
درجة حرارة الانصهار الدنيا المقبولة (مئوية) للبرايمر الأوليجو. القيمة الافتراضية:
57.0

-maxtm الطفو
درجة حرارة الانصهار القصوى المقبولة (مئوية) للطلاء الأولي. القيمة الافتراضية:
63.0

-الحد الأقصى الطفو
أقصى فرق مقبول (غير موقع) بين درجات حرارة انصهار
التمهيدي الأمامي والخلفي. القيمة الافتراضية: 100.0

-ogcpercent الطفو
التمهيدي الأمثل GC في المئة. القيمة الافتراضية: 50.0

-مينغ الطفو
النسبة المئوية الدنيا المسموح بها من Gs و Cs في أي أساس. القيمة الافتراضية: 20.0

-ماكسجك الطفو
النسبة المئوية القصوى المسموح بها من Gs و Cs في أي أساس تم إنشاؤه بواسطة Primer. تقصير
القيمة: 80.0

-سالتكونك الطفو
تركيز الملليمولار من الملح (عادة KCl) في PCR. يستخدم Eprimer32 هذا
حجة لحساب درجات حرارة ذوبان القلة. القيمة الافتراضية: 50.0

-دناكونك الطفو
تركيز النانومولار من الصلب oligos في PCR. يستخدم Eprimer32 هذا
حجة لحساب درجات حرارة ذوبان القلة. الافتراضي (50 نانومتر) يعمل بشكل جيد مع ملفات
البروتوكول القياسي المستخدم في Whitehead / MIT Center for Genome Research - 0.5
ميكرولتر بتركيز 20 ميكرومولار لكل برايمر قليل النقص في 20 ميكرولتر
التفاعل مع قالب 10 نانوجرام ، 0.025 وحدة / ميكروليتر طاق بوليميريز في 0.1 ملي مولار
كل dNTP ، 1.5mM MgCl2 ، 50mM KCl ، 10mM Tris-HCL (الرقم الهيدروجيني 9.3) باستخدام 35 دورة مع
الصلب درجة حرارة 56 درجة مئوية. هذا المعامل يتوافق مع 'c' في
معادلة Rychlik و Spencer و Rhoads (18) (Nucleic Acids Research ، المجلد 21 ، العدد XNUMX)
حيث تكون القيمة المناسبة (لتركيز أولي أقل للقالب) "تجريبيًا"
عازم'. قيمة هذه المعلمة أقل من التركيز الفعلي لـ
oligos في التفاعل لأنه تركيز التلدين oligos ، والذي فيه
يعتمد الدوران على كمية القالب (بما في ذلك منتج PCR) في دورة معينة. هذا
يزيد التركيز بشكل كبير خلال تفاعل البوليميراز المتسلسل ؛ لحسن الحظ ، يبدو PCR قويًا جدًا
لمجموعة متنوعة من درجات حرارة ذوبان القلة. انظر نصيحة لاختيار البرايمر. تقصير
القيمة: 50.0

-maxpolyx عدد صحيح
الطول الأقصى المسموح به لتكرار أحادي النوكليوتيد في التمهيدي ، على سبيل المثال
AAAAAA. القيمة الافتراضية: 5

المنتج الخيارات
-الحجم عدد صحيح
الحجم الأمثل لمنتج PCR. 0 يشير إلى عدم وجود منتج مثالي
مقاس. القيمة الافتراضية: 200

-النطاق نطاق
تحدد القيم المرتبطة أطوال المنتج الذي يريده المستخدم
البادئات لإنشاء ، وهي قائمة مفصولة بمسافة من عناصر النموذج (x) - (y) حيث
الزوج (س) - (ص) هو نطاق قانوني لأطوال المنتج. على سبيل المثال ، إذا أراد المرء
يجب أن تتراوح منتجات PCR بين 100 إلى 150 قاعدة (شاملة) ، ثم يقوم أحدهم بتعيين هذا
المعلمة 100-150. إذا رغب المرء في منتجات PCR في النطاق من 100 إلى 150
القواعد أو في النطاق من 200 إلى 250 قاعدة ، ثم يقوم أحدهم بتعيين هذه المعلمة إلى
100-150 200-250. يفضل Eprimer32 النطاقات الموجودة على الجانب الأيسر من سلسلة المعلمة.
سوف يقوم Eprimer32 بإرجاع أزواج البادئات القانونية في النطاق الأول بغض النظر عن قيمة
الوظيفة الموضوعية لهذه الأزواج. فقط إذا كان هناك عدد غير كافٍ من
سوف تقوم البادئات في النطاق الأول بإرجاع البادئات Eprimer32 في النطاق اللاحق.
القيمة الافتراضية: 100-300

-ptmopt الطفو
درجة حرارة الانصهار المثلى لمنتج PCR. 0 يشير إلى عدم وجود
درجة الحرارة المثلى. القيمة الافتراضية: 0.0

-بتمين الطفو
الحد الأدنى المسموح به لدرجة حرارة انصهار الأمبليكون. يرجى الاطلاع على الوثائق
على أقصى درجة حرارة انصهار للمنتج للحصول على التفاصيل. القيمة الافتراضية:
-1000000.0

-بتماكس الطفو
درجة حرارة الانصهار القصوى المسموح بها للأمبليكون. يتم حساب المنتج Tm
باستخدام الصيغة من Bolton and McCarthy ، PNAS 84: 1390 (1962) كما هو معروض في
Sambrook، Fritsch and Maniatis، Molecular Cloning، p 11.46 (1989، CSHL Press). تم =
81.5 + 16.6 (log10 ([Na +])) + .41 * (٪ GC) - 600 / length حيث [Na +} هو المولي الصوديوم
التركيز ، (٪ GC) هو النسبة المئوية لـ Gs و Cs في التسلسل ، والطول هو
طول التسلسل. يتم استخدام صيغة مماثلة من خلال اختيار التمهيدي الأولي
برنامج في GCG ، والذي يستخدم بدلاً من ذلك 675.0 / length في الفصل الأخير (بعد F. Baldino ،
الابن ، M.-F. Chesselet، and ME Lewis، Methods in Enzymology 168: 766 (1989) eqn (1) on
صفحة 766 بدون عدم التطابق وشروط فورماميد). الصيغ هنا وفي Baldino
وآخرون. افترض Na + بدلاً من K +. وفقًا لـ JG Wetmur ، فإن المراجعات النقدية في
بيوكيم. ومول. السيرة الذاتية. 26: 227 (1991) 50 ملي مولار + يجب أن تكون مكافئة في هذه الصيغ
إلى .2 م نا +. يستخدم Eprimer32 نفس قيمة تركيز الملح لحساب كل من
درجة حرارة انصهار البرايمر ودرجة حرارة انصهار القلة. إذا كنت تخطط ل
استخدام منتج PCR للتهجين لاحقًا ، لن يمنحك هذا السلوك Tm
تحت ظروف التهجين. القيمة الافتراضية: 1000000.0

داخلي قلة إدخال
-منطقة مستبعدة نطاق
لا يجوز أن يتراكب القلة المتوسطة مع أي منطقة محددة بواسطة هذه العلامة. القيمة المرتبطة
يجب أن تكون قائمة مفصولة بمسافات من أزواج (البداية) ، (النهاية) ، حيث (البداية) هي فهرس
القاعدة الأولى لمنطقة مستبعدة ، و (النهاية) هي الأخيرة. في كثير من الأحيان يمكن للمرء أن يفعل
المناطق المستهدفة مستبعدة من مناطق oligos الداخلية.

- إدخال سلسلة
تسلسل القلة الداخلية لفحصها وحولها للتصميم للأمام و
الاشعال العكسي. يجب أن تكون سلسلة فرعية لـ SEQUENCE.

داخلي قلة الخيارات
-osizeopt عدد صحيح
الطول الأمثل (في القواعد) بنسبة ضئيلة داخلية. سيحاول Eprimer32 اختيار الاشعال
قريب من هذا الطول. القيمة الافتراضية: 20

- أنتماء عدد صحيح
الطول الأدنى المقبول للقلة الداخلية. يجب أن يكون أكبر من 0 وأقل من
أو يساوي INTERNAL-OLIGO-MAX-SIZE. القيمة الافتراضية: 18

- الحجم عدد صحيح
الطول الأقصى المقبول (في القواعد) للقلة الداخلية. حاليا هذه المعلمة
لا يمكن أن يكون أكبر من 35. هذا الحد محكوم بأقصى حجم ضئيل له
درجة حرارة انصهار Eprimer32 صالحة. القيمة الافتراضية: 27

-otmopt الطفو
درجة حرارة الانصهار المثلى (مئوية) للقليلة الداخلية. سوف Eprimer32 محاولة
اختر oligos ذات درجات حرارة ذوبان قريبة من درجة الحرارة هذه. اليغو
صيغة درجة حرارة الانصهار في Eprimer32 هي تلك الواردة في Rychlik وSpencer وRhoads،
أبحاث الأحماض النووية، المجلد 18، العدد 21، الصفحات 6409-6412 وبريسلاور، فرانك، بلوكر
و ماركي، بروك. ناتل. أكاد. الخيال العلمي. الولايات المتحدة الأمريكية، المجلد 83، الصفحات 3746-3750. يرجى الرجوع إلى
الورقة السابقة لمناقشة الخلفية. القيمة الافتراضية: 60.0

-أتمين الطفو
درجة حرارة الانصهار الدنيا المقبولة (مئوية) للقلة الداخلية. القيمة الافتراضية:
57.0

-أو ماكس الطفو
درجة حرارة الانصهار القصوى المقبولة (مئوية) للقليل الداخلي. القيمة الافتراضية:
63.0

-ogcopt الطفو
نسبة GC المثلى الداخلية oligo. القيمة الافتراضية: 50.0

-ogcmin الطفو
النسبة المئوية الدنيا المسموح بها من Gs و Cs في قلة داخلية. القيمة الافتراضية: 20.0

-ogcmax الطفو
النسبة المئوية القصوى المسموح بها من Gs و Cs في أي قلة داخلية ناتجة عن Primer.
القيمة الافتراضية: 80.0

-وسالتكونك الطفو
تركيز الملح بالملليمول (عادة KCl) في التهجين. إيبريمر32
يستخدم هذه الوسيطة لحساب درجات حرارة ذوبان القلة الداخلية. القيمة الافتراضية:
50.0

-أدناكونك الطفو
تركيز نانومولار من التلدين الداخلي للقلة في التهجين. تقصير
القيمة: 50.0

-نفسه الطفو
درجة المحاذاة المحلية القصوى المسموح بها عند اختبار قلة داخلية لـ (محلي)
التكامل الذاتي. يتم أخذ التكامل الذاتي المحلي للتنبؤ بميل
oligos لتصلب لأنفسهم نظام التسجيل يعطي 1.00 للقواعد التكميلية ،
-0.25 لمطابقة أي أساس (أو N) مع N ، و -1.00 لعدم التطابق ، و -2.00 لـ
فجوة. يسمح فقط بفجوات زوج القاعدة الواحدة. على سبيل المثال ، المحاذاة 5 "ATCGNA 3"
|| | | يُسمح بـ 3 "TA-CGT 5" (وتنتج درجة 1.75) ، لكن المحاذاة 5 "
ATCCGNA 3 '|| | | 3 "TA - CGT 5" لم يتم اعتباره. الدرجات غير سلبية ، و أ
تشير الدرجة 0.00 إلى عدم وجود محاذاة محلية معقولة بين اثنين
oligos. القيمة الافتراضية: 12.00

-انفسك الطفو
درجة المحاذاة العالمية القصوى المسموح بها 3 بوصات عند اختبار قلة واحدة
للتكامل الذاتي. نظام التسجيل هو كما هو الحال بالنسبة للتكامل الأقصى
دعوى. في الأمثلة أعلاه الدرجات هي 7.00 و 6.00 على التوالي. عشرات
غير سالبة ، وتشير الدرجة 0.00 إلى عدم وجود 3'-مثبتة معقولة
محاذاة عالمية بين اثنين من القلة. من أجل تقدير 3 'راسية عالمية
المحاذاة لـ oligos المرشحة ، يفترض Primer أن التسلسل الذي يتم الاختيار منه
يتم تقديم oligos من 5 إلى 3. INTERNAL-OLIGO-SELF-END لا معنى له عند تطبيقه على
oligos الداخلية المستخدمة في الكشف القائم على التهجين ، لأن التمهيدي-dimer لن يفعل ذلك
يحدث. نوصي بتعيين INTERNAL-OLIGO-SELF-END على الأقل على ارتفاع
الداخلية- OLIGO-SELF-ANY. القيمة الافتراضية: 12.00

احتكار عدد صحيح
أقصى طول مسموح به لتكرار أحادي نيوكليوتيد قليل النوى الداخلي ، على سبيل المثال
AAAAAA. القيمة الافتراضية: 5

-omishybmax الطفو
مشابه لـ MAX-MISPRIMING فيما عدا أن هذه المعلمة تنطبق على تشابه
مرشح oligos الداخلي للمكتبة المحددة في INTERNAL-OLIGO-MISHYB-LIBRARY.
القيمة الافتراضية: 12.0

تقدم قسم
- شرح منطقية
إذا كانت هذه العلامة صحيحة ، فقم بإنتاج LEFT-EXPLAIN و RIGHT-EXPLAIN و INTERNAL-OLIGO-EXPLAIN
علامات الإخراج ، والتي تهدف إلى توفير معلومات عن عدد oligos و
أزواج التمهيدي التي فحصها Eprimer32، ​​وإحصائيات حول العدد الذي تم التخلص منه
أسباب مختلفة. القيمة الافتراضية: N

-خلف منطقية
إذا كانت القيمة المقترنة صحيحة، فسيقوم Eprimer32 بإنشاء ملفي إخراج لكل منهما
تسلسل الإدخال. يسرد الملف (sequence-id).for جميع الاشعال المقبولة للأمام
(معرف التسلسل) و (معرف التسلسل) .rev يسرد جميع الاشعال العكسي المقبولة لـ
(معرف التسلسل) ، حيث (معرف التسلسل) هي قيمة علامة معرف التسلسل (والتي يجب أن تكون
زودت). بالإضافة إلى ذلك، إذا كانت علامة الإدخال TASK هي 1 أو 4، فإن Eprimer32 ينتج ملفًا
(معرف التسلسل) .int ، الذي يسرد جميع القلة الصغيرة الداخلية المقبولة. القيمة الافتراضية: N

-firstbaseindex عدد صحيح
هذه المعلمة هي فهرس القاعدة الأولى في تسلسل الإدخال. للمدخلات و
الناتج باستخدام الفهرسة المستندة إلى 1 (مثل تلك المستخدمة في GenBank والتي يستخدمها العديد من المستخدمين
اعتدوا) اضبط هذه المعلمة على 1. للمدخلات والمخرجات باستخدام الفهرسة على أساس 0
اضبط هذه المعلمة على 0. (تؤثر هذه المعلمة أيضًا على الفهارس الموجودة في محتويات
الملفات التي تم إنتاجها عند تعيين علامة ملف التمهيدي.) القيمة الافتراضية: 1

-بيكانيواي منطقية
إذا كان هذا صحيحًا ، فاختر زوجًا من البرايمر حتى إذا كان LEFT-INPUT أو RIGHT-INPUT أو INTERNAL-OLIGO-INPUT
ينتهك قيود محددة. القيمة الافتراضية: N

-الحد الأقصى الطفو
الحد الأقصى للتشابه الموزون المسموح به مع أي تسلسل في MISPRIMING-LIBRARY.
القيمة الافتراضية: 12.00

- أزواج مكسرة الطفو
أقصى مجموع مسموح به لأوجه التشابه الموزونة للزوج التمهيدي (تشابه واحد لـ
كل تمهيدي) مع أي تسلسل واحد في MISPRIMING-LIBRARY. القيمة الافتراضية: 24.00

-قبول عدد صحيح
أقصى عدد مسموح به من القواعد غير المعروفة (N) في أي جهاز تمهيدي.

-نفسيا الطفو
درجة المحاذاة المحلية القصوى المسموح بها عند اختبار جهاز تمهيدي واحد لـ (محلي)
التكامل الذاتي وأقصى درجات المحاذاة المحلية المسموح بها عند اختبار
التكامل بين الاشعال الأمامي والخلفي. التكامل الذاتي المحلي هو
مأخوذ للتنبؤ بميل الاشعال إلى أن تلتحم مع بعضها البعض دون الضرورة
تسبب في فتيلة ذاتية في PCR. يعطي نظام التسجيل 1.00 للمكمل
القواعد ، -0.25 لمطابقة أي أساس (أو N) مع N ، و -1.00 لعدم التطابق ، و -2.00
للفجوة. يسمح فقط بفجوات زوج القاعدة الواحدة. على سبيل المثال ، المحاذاة 5 '
ATCGNA 3 '... || | | يُسمح بـ 3 "TA-CGT 5" (وتنتج درجة 1.75) ، ولكن
محاذاة 5 'ATCCGNA 3' ... || | | 3 "TA - CGT 5" لم يتم اعتباره. عشرات
غير سالب ، وتشير الدرجة 0.00 إلى عدم وجود محلي معقول
المحاذاة بين اثنين من القلة. القيمة الافتراضية: 8.00

-نفس الطفو
الحد الأقصى المسموح به لدرجة المحاذاة العالمية 3 بوصات عند اختبار جهاز تمهيدي واحد
للتكامل الذاتي ، والحد الأقصى المسموح به من درجة المحاذاة العالمية المثبتة 3'.
عند اختبار التكامل بين البادئات الأمامية والخلفية. 3 'رسو
يتم أخذ درجة المحاذاة العالمية للتنبؤ باحتمالية تحضير PCR
التمهيدي الثنائيات ، على سبيل المثال 5 'ATGCCCTAGCTTCCGGATG 3' ............. ||| |||||
.......... 3 'AAGTCCTACATTAGCCTAGT 5' أو 5 'AGGCTATGGGCCTCGCGA 3'
............... ||||| ............ 3 'AGCGCTCCGGGTATCGGA 5' نظام التسجيل هو كما
من أجل وسيطة أقصى قدر من التكامل. في الأمثلة أعلاه ، كانت الدرجات 7.00
و 6.00 على التوالي. الدرجات غير سلبية ، وتشير الدرجة 0.00 إلى ذلك
لا توجد محاذاة عالمية معقولة 3 'بين اثنين من oligos. بغرض
تقدير المحاذاة العالمية 3 'الراسية لأزواج التمهيدي وأزواج التمهيدي ، التمهيدي
يفترض أن التسلسل الذي يتم اختيار البادئات منه يتم تقديمه من 5 إلى 3. إنها
غير منطقي لتوفير قيمة أكبر لهذه المعلمة من القيمة القصوى (المحلية)
معلمة التكامل لأن درجة المحاذاة المحلية ستكون دائمًا عند
أقل من درجة المحاذاة العالمية. القيمة الافتراضية: 3.00

-تصحيح الإدارية
يحدد معادلة تصحيح الملح لحساب درجة حرارة الانصهار. تقصير
القيمة: 1

-tmformula الإدارية
يحدد تفاصيل حساب درجة حرارة الانصهار. القيمة الافتراضية: 1

برايمر ركلة جزاء الأوزان
-الاستقرار الطفو
أقصى قدر من الثبات للقواعد الخمس مقاس 3 بوصات من برايمر أمامي أو عكسي. أكبر
الأرقام تعني نهايات أكثر استقرارًا 3 '. القيمة هي أقصى دلتا G للطباعة على الوجهين
تعطل القواعد الخمسة الثلاثة كما تم حسابها باستخدام أقرب معلمات الجوار
نُشر في Breslauer، Frank، Bloecker and Marky، Proc. ناتل. أكاد. علوم. الولايات المتحدة الأمريكية ، المجلد 83 ،
ص 3746-3750. يستخدم Eprimer32 قيمة افتراضية متساهلة تمامًا للخلف
التوافق (الذي قد نغيره في الإصدار التالي). يوصي Rychlik بحد أقصى
قيمة 9 (Wojciech Rychlik ، "اختيار الاشعال لتفاعل البوليميراز المتسلسل" في
بكالوريوس وايت ، محرر ، "طرق في البيولوجيا الجزيئية ، المجلد. 15: بروتوكولات PCR: الأساليب الحالية
والتطبيقات ، 1993 ، ص 31-40 ، هيومانا برس ، توتوا نيوجيرسي). القيمة الافتراضية: 9.0

الناتج قسم
-ملف ملف

استخدم eprimer32e عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net