تبرئة - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

تبرئة - أداة عامة لمقارنة التسلسل

موجز

أبرئ [ الخيارات ] <query المسار> <الهدف المسار>

الوصف

أبرئ هي أداة عامة لمقارنة التسلسل.

ويستخدم C4 مكتبة البرمجة الديناميكية. إنه مصمم ليكون عامًا وسريعًا.
يمكن أن ينتج إما محاذاة فجوة أو غير محدثة ، وفقًا لمجموعة متنوعة من المحاذاة
نماذج المحاذاة. تسمح مكتبة C4 بمحاذاة التسلسل باستخدام مساحة مخفضة ممتلئة
تنفيذ البرمجة الديناميكية ، ولكنه يسمح أيضًا بإنشاء الاستدلال الآلي
من نماذج المحاذاة ، باستخدام البرمجة الديناميكية المتفرقة المحدودة ، بحيث تكون هذه
قد يتم أيضًا إنشاء المحاذاة بسرعة. تم إنشاء المحاذاة باستخدام هذه الاستدلال
سيمثل مسارًا صالحًا من خلال نموذج المحاذاة ، ولكن (على عكس الشامل
المحاذاة) ، فإن النتائج ليست مضمونة لتكون مثالية.

الاتفاقيات

يتم استخدام عدد من الاصطلاحات (والخصوصيات) داخل الإعفاء. تفاهم
منهم يسهل تفسير المخرجات.

إحداثيات
يتم استخدام نظام إحداثيات بينية ، حيث يتم حساب المواضع بينهما
الرموز وليس على الرموز. يبدأ مخطط الترقيم هذا من الصفر.
يظهر هذا الترقيم أدناه للتسلسل "ACGT":

ACGT
0 1 2 3 4

ومن ثم يبدأ "CG" اللاحقة = 1 ، والنهاية = 3 ، والطول = 2. هذا
يستخدم نظام الإحداثيات داخليًا في exonerate ولجميع تنسيقات الإخراج
تم إنتاجه باستثناء عرض المحاذاة "المقروء على الإنسان" و GFF
الناتج حيث تملي الاتفاقية والمعايير خلاف ذلك.

عكس تكملة
عندما يتم الإبلاغ عن محاذاة على التكملة العكسية للتسلسل ، فإن
يتم إعطاء الإحداثيات ببساطة على النسخة التكميلية العكسية للتسلسل. لذلك
المواضع على التسلسلات ليست سلبية أبدًا. عموما ، حبلا إلى الأمام
يشار إليها بعلامة "+" ، والحبل العكسي بواسطة "-" ، وغير معروف أو غير قابل للتطبيق
يُشار إلى حبلا (كما في حالة تسلسل البروتين) بـ "."

انحياز قطعة موسيقى
حاليًا ، يتم عرض درجات المحاذاة الأولية فقط. هذه النتيجة هي مجرد مجموع
من عشرات الترانزستيون المستخدمة في البرمجة الديناميكية. على سبيل المثال ، في حالة
محاذاة Smith-Waterman ، سيكون هذا مجموع درجات مصفوفة الاستبدال
والعقوبات الفجوة.

يمكنك تحويل أي لحظة سعيدة إلى ذكرى ثمينة وخالدة – احتفظ بها على شكل صورة أو مقطع فيديو باستخدام الكاميرا الخلفية المضمنة. ومن خلال اتصال Bluetooth، يمكنك مشاركة الملفات ذات المحتوى العزيز على قلبك مع أجهزة المقربين منك. OPTIONS

معظم الحجج لها أشكال قصيرة وطويلة. الأشكال الطويلة
من المرجح أن تكون مستقرة بمرور الوقت ، وبالتالي يجب استخدامها في البرامج النصية التي
دعوة تبرئ.

-h | - المساعدة
عرض المساعدة. سيعرض هذا ملخصًا موجزًا ​​للخيارات المتاحة والافتراضيات
والقيم المحددة حاليا.

--مساعدة
يعرض هذا جميع خيارات المساعدة بما في ذلك الإعدادات الافتراضية ، والقيمة المحددة حاليًا ،
ومتغير البيئة الذي يمكن استخدامه لتعيين كل معلمة. سوف هناك
يكون مؤشرا على الخيارات الإلزامية. الخيارات الإلزامية لا تحتوي على
افتراضي ، ويجب أن تحتوي على قيمة يتم توفيرها للتشغيل. إذا كانت الخيارات إلزامية
بالترتيب ، يمكن تخطي أعلامها من سطر الأوامر (انظر الأمثلة
أقل). بخلاف صفحة الدليل هذه ، ستكون المعلومات من هذا الخيار دائمًا متاحة
حتى الآن مع أحدث إصدار من البرنامج.

-v | --الإصدار
اعرض رقم الإصدار. يعرض أيضًا معلومات أخرى مثل تاريخ الإنشاء
ونسخة glib المستخدمة.

تسلسل INPUT OPTIONS

سيتم إجراء المقارنات الزوجية بين جميع تسلسلات الاستعلام وجميع الأهداف
التسلسلات. بشكل عام ، للحصول على أفضل أداء ، تسلسل أقصر (مثل ESTs ، بندقية
القراءة والبروتينات) كتسلسلات استعلام وتسلسلات أطول (مثل الجينوم
يجب استخدام التسلسلات) كتسلسلات مستهدفة.

-q | --استفسار
حدد تسلسلات الاستعلام المطلوبة. يجب أن تكون هذه في ملف بتنسيق FASTA.
قد يتم توفير تسلسل استعلام مفرد أو متعدد. بالإضافة إلى نسخ متعددة
من ملف fasta باتباع علامة --query flag ، أو باستخدام
متعددة - أعلام الاستعلام.

-t | --استهداف
حدد التسلسلات المستهدفة المطلوبة. أيضًا ، يجب أن يكون في ملف بتنسيق FASTA. مثل
مع تسلسل الاستعلام ، قد تكون التسلسلات والملفات المستهدفة الفردية أو المتعددة
زودت. جديد: يمكن استبدال اسم الملف الهدف باسم الخادم ورقم المنفذ
في شكل اسم المضيف: المنفذ عند استخدام يبرئ الخادم. انظر الى صفحة الرجل
يبرئ الخادم لمزيد من المعلومات حول تشغيل exonerate في العميل: وضع الخادم.

-Q | --نوع الاستعلام <الحمض النووي | بروتين>
حدد نوع الاستعلام المراد استخدامه. إذا لم يتم توفير هذا ، فسيتم افتراض نوع الاستعلام
أن يكون DNA عندما يحتوي التسلسل الأول في الملف على أكثر من 85٪ من قواعد [ACGTN].
خلاف ذلك ، من المفترض أن يكون الببتيد. يفرض هذا الخيار نوع الاستعلام مثل البعض
يمكن أن تقع متواليات النوكليوتيدات والببتيد على جانبي هذه العتبة.

-T | --نوع الهدف <الحمض النووي | بروتين>
حدد نوع الهدف المراد استخدامه. كمثل --نوع الاستعلام (أعلاه) ، ما عدا ذلك
ينطبق على الهدف. سيؤدي تحديد نوع التسلسل إلى تجنب النفقات العامة لـ
الاضطرار إلى قراءة التسلسل الأول في قاعدة البيانات مرتين (مما قد يكون مهمًا
مع تسلسل بحجم الكروموسوم)

--querychunkid

--querychunktotal

--targetchunkid

--targetchunktotal
هذه الخيارات لتسهيل تشغيل الإعفاء في مزارع الحوسبة ، وتجنب الاضطرار إلى ذلك
تقسيم قواعد بيانات التسلسل إلى أجزاء صغيرة لتشغيلها على عقد مختلفة. إذا ، من أجل
على سبيل المثال ، كنت ترغب في تقسيم قاعدة البيانات الهدف إلى ثلاثة أجزاء ، يمكنك تشغيلها
ثلاث وظائف تبرئ في عقد مختلفة بما في ذلك الخيارات:

--targetchunkid 1 --targetchunktotal 3
--targetchunkid 2 --targetchunktotal 3
--targetchunkid 3 --targetchunktotal 3
ملحوظة. الدقة التي يوفرها هذا الخيار تنخفض فقط إلى تسلسل واحد ، لذلك
عندما يكون هناك قطع أكثر من التسلسلات في قاعدة البيانات ، فإن بعض العمليات ستفعل
لا شى.

-V | - الإسراف
كن مطولًا - اعرض معلومات حول ما يجري أثناء التحليل. ال
الافتراضي هو 1 (معلومات قليلة) ، كلما زاد الرقم المعطى ، زاد عدد
يتم طباعة المعلومات. لإسكات كل المخرجات الافتراضية من الإعفاء ، استخدم
- مطول 0 - إظهار رقم المحاذاة - شووفولجار لا

تحليل OPTIONS

-E | --شاملة
حدد ما إذا كان يجب استخدام المحاذاة الشاملة أم لا. بشكل افتراضي ، هذا هو
سيتم استخدام FALSE ، واستدلال المحاذاة. إذا تم تعيينه على TRUE ، فسيتم تعيين ملف
سيتم احتساب المحاذاة. هذا يتطلب وقتًا تربيعيًا ، وسيكون كثيرًا
أبطأ ، ولكنه سيوفر النتيجة المثلى للنموذج المحدد.
-B | - كبير
أداء محاذاة التسلسلات الكبيرة (متعددة ميغا). هذه ذاكرة كبيرة
فعال وسريع عندما يكون كلا التسلسلين بحجم الكروموسوم ، لكنه ليس كذلك حاليًا
تسمح حاليًا باستخدام كلمة جوار (أي مطابقة البذور تمامًا فقط).
- forcescan <لا شيء | سؤال | الهدف>
إجبار FSM على مسح تسلسل الاستعلام بدلاً من الهدف. هذا الخيار هو
مفيد ، على سبيل المثال ، إذا كان لديك جزء واحد من التسلسل الجيني وأنت تريد
مقارنتها بكامل dbEST. عن طريق مسح قاعدة البيانات ، بدلاً من الاستعلام ،
سيتم الانتهاء من التحليل بسرعة أكبر ، مثل النفقات العامة المتعددة
بناء الاستعلام FSM ، والقراءة المستهدفة متعددة والتنبؤات موقع لصق سيكون
إزالة. بشكل افتراضي ، تخمن exonerate الاستراتيجية المثلى بناءً على قاعدة البيانات
أحجام التسلسل.
- التشبع العتبة
عند التعيين على الصفر ، فإن هذا الخيار لا يفعل شيئًا. خلاف ذلك ، مرة واحدة أكثر من هذا الرقم
من الكلمات (بالإضافة إلى العدد المتوقع للكلمات بالصدفة) تطابق أ
موضع في الاستعلام ، سيتم "تخدير" الموضع في الاستعلام (مزيد من التجاهل
مباريات) للمقارنة الزوجية الحالية.
--خادم مخصص
جديد: عند استخدام exonerate في العميل: وضع الخادم مع خادم غير قياسي ، هذا
يسمح لك الأمر بإرسال أمر مخصص إلى الخادم. تم إرسال هذا الأمر من قبل
العميل (يبرئ) قبل أي أوامر أخرى ، ويتم توفيرها كطريقة
تمرير المعلمات أو الأوامر الأخرى الخاصة بالخادم المخصص. انظر
يبرئ الخادم man page لمزيد من المعلومات حول تشغيل exonerate في
العميل: وضع الخادم.

فاستا DATABASE OPTIONS

--فاستاسوفيكس
إذا تم إعطاء أي من المدخلات مع --استفسار or --استهداف هي أدلة ، ثم تبرئ
سوف ينزل بشكل متكرر هذه الدلائل ، وقراءة جميع الملفات التي تنتهي بهذا
لاحقة كإدخال بتنسيق fasta.

مفغر انتقام OPTIONS

-m | --نموذج <محاذاة نموذج>
حدد نموذج المحاذاة المراد استخدامه. النماذج المدعومة حاليًا هي:
غير محدب
أبسط نوع من النماذج ، يتم استخدامه افتراضيًا. نموذج مناسب مع be
تم تحديده تلقائيًا لنوع تسلسل الإدخال المقدم.
ungapped: عبر
يتضمن هذا النموذج غير المعين ترجمة جميع الإطارات لكل من الاستعلام و
التسلسلات المستهدفة. هذا مشابه لبحث نوع tblastx غير المقيد.
أفيني: عالمي
هذا يؤدي إلى محاذاة عالمية فجوة ، على غرار Needleman-Wunsch
الخوارزمية ، باستثناء الثغرات الأفينية. تتطلب المواءمة العالمية أن كلا من
يتم تضمين التسلسلات في مجملها في المحاذاة.
أفيني: bestfit
يؤدي هذا إلى إجراء أفضل ملاءمة أو محاذاة موقع أفضل للاستعلام على ملف
التسلسل المستهدف. سيتم تضمين تسلسل الاستعلام بالكامل في ملف
المحاذاة ، ولكن فقط أفضل موقع لمحاذاة الهدف
تسلسل.
أفيني: محلي
هذا هو المحاذاة المحلية مع الثغرات ذات الصلة ، على غرار Smith-Waterman-
خوارزمية غوتو. خوارزمية محاذاة للأغراض العامة. لأن هذا محلي
المحاذاة ، قد تظهر أي تداعيات للاستعلام وتسلسل الهدف في
المحاذاة.
أفيني: تداخل
يجد هذا النوع من المحاذاة أفضل تداخل بين الاستعلام والهدف.
يجب أن تتضمن محاذاة التداخل بداية الاستعلام أو الهدف و
نهاية الاستعلام أو التسلسل الهدف ، لمحاذاة التسلسلات التي تتداخل في
النهايات ، أو في منتصف المقطع لتسلسل أطول .. هذا هو نوع
تستخدم المحاذاة بشكل متكرر في خوارزميات التجميع.
est2genome
هذا النموذج مشابه للنموذج الأفيني: النموذج المحلي ، لكنه يشمل أيضًا intron
النمذجة على التسلسل الهدف للسماح بمحاذاة المقسمة إلى غير المقسمة
تسلسل الترميز لكل من الجينات الأمامية والمعكوسة. هذا مشابه لـ
نماذج المحاذاة المستخدمة في برامج مثل EST_GENOME و sim4.
المجموع NERs هي مناطق غير متكافئة - مناطق كبيرة في كل من الاستعلام و
الهدف التي لم تتم محاذاتها. يمكن استخدام هذا النموذج لمحاذاة البروتين
حيث سيتم محاذاة مناطق اللولب المحفوظة بقوة ، ولكن يتم حفظها بشكل ضعيف
مناطق الحلقة ليست كذلك. وبالمثل ، يمكن استخدام هذا النموذج للبحث عن
المناطق المحفوظة خطيًا بالمقارنة مع التسلسلات الجينومية.
بروتين 2 dna
يقارن هذا النموذج تسلسل البروتين بتسلسل الحمض النووي ، متضمنًا الكل
الفجوات المناسبة وتحولات الإطارات.
بروتين 2 دينا: بيست فيت
جديد: هذه هي أفضل نسخة من نموذج protein2dna ، والتي يستخدمها ملف
يتم تضمين البروتين بأكمله في المحاذاة. هو متاح حاليا فقط
عند استخدام محاذاة شاملة.
بروتين الجينوم
يسمح هذا النموذج بمحاذاة تسلسل البروتين إلى الحمض النووي الجيني. هذا هو
على غرار نموذج protein2dna ، مع إضافة نمذجة الإنترونات
ومراحل intron. هذا النموذج مشابه لتلك المستخدمة من قبل Genewise.
بروتين 2 جينوم: بيست فيت
جديد: هذه هي أفضل نسخة من نموذج protein2genome ، والتي يستخدمها
يتم تضمين البروتين بأكمله في المحاذاة. هو متاح حاليا فقط
عند استخدام محاذاة شاملة.
الترميز 2 الترميز
هذا النموذج مشابه للنموذج ungapped: trans ، فيما عدا أن الفجوات و
يُسمح بنقل الإطارات. إنه مشابه لبحث tblastx محدد.
الترميز
هذا مشابه لنموذج est2genome ، فيما عدا أن تسلسل الاستعلام هو
مترجمة أثناء المقارنة ، مما يتيح مقارنة أكثر حساسية.
cdna2genome
هذا يجمع بين خصائص نماذج est2genome و coding2genome ، إلى
السماح بنمذجة (كدنا) كامل حيث يمكن محاطة منطقة تشفير مركزية
بواسطة UTRs غير المشفرة. عند معرفة بداية ونهاية CDS ، يمكن تحديد ذلك
باستخدام خيار التعليقات - (انظر أدناه) للسماح فقط بالشفرة الصحيحة
المنطقة التي ستظهر في محاذاة.
الجينوم
هذا النموذج مشابه لنموذج التشفير 2 ، باستثناء الإنترونات
على غرار كلا التسلسل. (لا تعمل بشكل جيد بعد)

الأسماء القصيرة u ، u: t ، a: g ، a: b ، a: l ، a: o ، e2g ، ner ،
يمكن أيضًا استخدام p2d و p2d: b p2g و p2g: b و c2c و c2g cd2g و g2g لتحديد
.

-s | --نتيجة
هذا هو الحد الإجمالي للنتيجة. لن يتم الإبلاغ عن المحاذاة أدناه
عتبة. بالنسبة إلى المحاذاة الاستكشافية ، كلما زادت هذه العتبة ، قل الوقت الذي يستغرقه
سوف يستغرق التحليل.

--نسبه مئويه
الإبلاغ فقط عن المحاذاة التي سجلت هذه النسبة المئوية على الأقل من الدرجة القصوى لـ
كل استعلام. على سبيل المثال يستخدم --نسبه مئويه 90 للإبلاغ عن محاذاة بنسبة 90٪ من الحد الأقصى
النتيجة المختارة لهذا الاستعلام. هذا الخيار مفيد ليس فقط لأنه يقلل
المطابقات الهامشية في الإخراج ، ولكن لأنها تولد استعلامًا محددًا
عتبات (على عكس --نتيجة ) لمجموعة من الاستفسارات ذات الأطوال والإرادة المختلفة
أيضًا تسريع البحث بشكل كبير. NB. مع هذا الخيار ، من الممكن
لديك (كدنا) تطابق الجين المقابل لها تمامًا ، ومع ذلك لا تزال تسجل أقل من 100 ٪ ،
بسبب إضافة درجات عقوبة intron ، وبالتالي يجب استخدام هذا الخيار
بحذر.

- المحاذاة
اعرض المحاذاة في شكل يمكن قراءته من قبل الإنسان.

- شووسوغار
عرض إخراج "السكر" للمحاذاة غير المقيدة. السكر هو محاذاة بسيطة غير مغطاة
التقرير ، الذي يعرض محاذاة غير مرتبطة بمعدل واحد لكل سطر. يبدأ خط السكر
مع السلسلة "sugar:" لسهولة الاستخراج من الإخراج ، ويتبعها
الحقول التسعة التالية بالترتيب أدناه:

معرّف_ الاستعلام معرف الاستعلام
query_start موضع الاستعلام في بداية المحاذاة
الاستعلام_نهاية نهاية محاذاة موضع الاستعلام
query_strand تم مطابقة عنصر الاستعلام
target_id |
target_start | نفس الحقول الأربعة
target_end | للتسلسل المستهدف
target_strand |
أحرز هدفاً درجة المحاذاة الأولية

- شو سيجار
اعرض المحاذاة بتنسيق "السيجار". السيجار عبارة عن فجوة ذاتية مدمجة
تقرير المحاذاة ، الذي يعرض محاذاة متقطعة واحدة لكل سطر. يبدأ التنسيق
مع نفس الحقول التسعة مثل إنتاج السكر (انظر أعلاه) ، ويتبعها سلسلة من
أزواج حيث تكون العملية واحدة من المطابقة أو الإدراج أو الحذف و
يصف الطول عدد مرات تكرار هذه العملية.

- شووفولغار
يظهر المحاذاة بتنسيق "مبتذل". Vulgar هو مطول مفيد المسمى Gapped
تقرير المحاذاة ، يبدأ هذا التنسيق أيضًا بنفس الحقول التسعة مثل إخراج السكر
(انظر أعلاه) ، ويتبعها سلسلة من
ثلاثة توائم. قد يكون الملصق واحدًا مما يلي:

M مباراة
C كودون
G فجوة
N منطقة غير معادلة
5 5 'موقع لصق
3 3 'موقع لصق
I انترون
S سبليت كودون
F تغيير الإطارات

--شوكويريغف
تقرير إخراج GFF للميزات في تسلسل الاستعلام. يرى
http://www.sanger.ac.uk/Software/formats/GFF للمزيد من المعلومات.

- شووتارجتجف
تقرير إخراج GFF للميزات في التسلسل المستهدف.

--ريو
لفة تنسيق الإخراج الخاص بك. يسمح هذا بتحديد تنسيق printf-esque
يتم استخدامه لتحديد المعلومات التي سيتم تضمينها في الإخراج وكيف
يجب أن تظهر. قد يحتوي حقل التنسيق على الحقول التالية:

٪ [qt] [idlsSt]
لأي من {query، target} ، قم بالإبلاغ عن
{المعرف ، التعريف ، الطول ، التسلسل ، العنصر ، النوع} يتم الإبلاغ عن التسلسلات في ملف
كتلة تشبه شكل فاستا (بدون رؤوس).
٪ [qt] أ [بيل]
لأي من منطقة {query، target} التي تحدث in هيه انتقام، تقرير
{البداية ، النهاية ، الطول ، التسلسل}
٪ [qt] c [بيل]
بالنسبة إلى منطقة {query، target} التي تحدث في Coding تسلسل في ال
محاذاة ، قم بالإبلاغ عن {البداية ، النهاية ، الطول ، التسلسل}
%s النتيجة الأولية
%r الترتيب (في نتائج البحث الأفضل)
%m نموذج اسم
٪ e [tism]
معادلة {total، id، تشابه، عدم تطابق} (أي٪ em == (٪ et -٪ ei))
٪ p [هي] النسبة المئوية {id، مماثلة} على الأجزاء المتكافئة من المحاذاة.
(على سبيل المثال ،٪ pi == 100 * (٪ ei /٪ et))
%g الاتجاه الجيني ('+' = للأمام ، '-' = عكسي ، '.' = غير معروف)
%S كتلة السكر (9 حقول تستخدم في إنتاج السكر (انظر أعلاه)
%C كتلة السيجار (حقول خط السيجار بعد جزء السكر)
%V الكتلة المبتذلة (حقول الخط المبتذل بعد جزء السكر)
%% يتوسع إلى علامة النسبة المئوية (٪)
\n خط جديد
\t علامة التبويب
\ يتم توسيعه إلى شرطة مائلة للخلف (\)
\{ فتح قوس مجعد
\} إغلاق الدعامة المتعرجة
{ بدء قسم الإخراج لكل انتقال
} قسم الإخراج لكل انتقال
٪ P [كيو تي] [ساب]
إخراج لكل عملية انتقال لـ {استعلام ، هدف} {تسلسل ، تقدم ، بداية ، نهاية}
٪ P [nsl]
إخراج لكل انتقال لـ {الاسم ، النتيجة ، التسمية}

هذا الخيار مفيد ومرن للغاية. على سبيل المثال ، للإبلاغ عن جميع أقسام الاستعلام
التسلسلات التي تظهر في محاذاة بتنسيق فاستا ، استخدم:

--ريو ">٪ qi ٪ qd \ n٪ qas \ n "

لإخراج جميع الرموز والنتائج في محاذاة ، جرب شيئًا مثل:

--ريو "٪ V {٪ Pqs ٪ نقاط ٪ Ps \ n} "

-n | --أفضل
الإبلاغ عن أفضل نتائج N لكل استعلام. (النتائج التي تسجل أفضل من
عتبة النتيجة
سيتم الإبلاغ عنها). يقلل الخيار من كمية المخرجات الناتجة وأيضًا
يسمح بإبراء الذمة لتسريع البحث.

-S | - subopt
يسمح هذا الخيار بالإبلاغ عن (أسلوب Waterman-Eggert) دون المستوى الأمثل
المحاذاة. (يتم تشغيله افتراضيًا.) كل ما دون المستوى الأمثل (أي غير المتقاطع)
سيتم الإبلاغ عن المحاذاة لكل زوج من التتابعات يسجل على الأقل
العتبة المقدمة من قبل --نتيجة.

عندما يتم استخدام هذا الخيار مع محاذاة شاملة ، عدة مرات تربيعية كاملة
ستكون هناك حاجة لمرور ، لذلك سيتم زيادة وقت التشغيل بشكل كبير.

-g | - التمديد
يتسبب في إجراء مرحلة تمديد فجوة أي. يتم تطبيق البرمجة الديناميكية
في المناطق ذات الحجم الديناميكي والمتشكلة بشكل تعسفي المحيطة ببذور HSP. ال
يتم التحكم في عتبة التمديد بواسطة خيار - extensionthreshold.

على الرغم من أنه في بعض الأحيان يكون أبطأ من BSDP ، إلا أن التمديد الفجائي يحسن الحساسية مع
محاذاة ضعيفة وغنية بالفجوات مثل أثناء المقارنة بين الأنواع.

NB. هذه خيار is الآن هيه افتراضي. بكج it إلى زائف للعودة إلى نوع BSDP القديم
المحاذاة. قد يكون هذا الخيار أبطأ من BSDP لبعض التحليلات واسعة النطاق مع
نماذج المحاذاة البسيطة.

--صقل
فرض تبرئة لتحسين المحاذاة الناتجة عن الاستدلال باستخدام ديناميكي
البرمجة على مناطق أكبر. يستغرق هذا مزيدًا من الوقت ، ولكنه يعمل على تحسين جودة ملفات
المحاذاة النهائية.

الاستراتيجيات المتاحة للتنقيح هي:

لا شيء الافتراضي - لا يتم استخدام أي صقل.
بالإضافة إلى يتم حساب المحاذاة الشاملة من زوج التسلسل في
مجمل.
منطقة يتم تطبيق DP فقط على منطقة التسلسلات التي يغطيها الكشف عن مجريات الأمور
انتقام.

- إعادة تأهيل الحدود
حدد حدًا إضافيًا ليتم تضمينه في المنطقة الخاضعة للمحاذاة أثناء
صقل حسب المنطقة.

فيتربي الخوارزمية OPTIONS

-D | --dpmemory
تستخدم إجراءات التتبع الشامل للمحاذاة ذاكرة مخفضة على غرار Hughey
تقنية. يحدد هذا الخيار مقدار الذاكرة التي سيتم استخدامها لهذا الغرض.
بشكل عام ، كلما زاد عدد الذاكرة المسموح بها هنا ، زادت سرعة المحاذاة
أنتجت.

CODE GENERATION OPTIONS

-C | --تجميع وانتاج
يسمح هذا الخيار بتعطيل التعليمات البرمجية التي تم إنشاؤها من أجل البرمجة الديناميكية. إنها
تستخدم بشكل رئيسي أثناء تطوير الإعفاء. عند التعيين على FALSE ، يتم "تفسير"
يتم استخدام إصدار من تنفيذ البرمجة الديناميكية ، وهو أبطأ بكثير.

إرشادي OPTIONS

--ترمينالرينجينت
--ترمينالرينجيكست
--جوينانجينت
--تضافرالنص
--spanrangeint
--spanrangeext
تُستخدم هذه الخيارات لتحديد حجم مناطق المحاذاة الفرعية التي يتم استخدام DP لها
يتم تطبيقه حول نهايات HSPs. يمكن أن يكون هذا في نهايات HSP (المحطة الطرفية
النطاق) ، بين HSPs (نطاق الانضمام) ، أو بين HSPs التي قد تكون متصلة بواسطة a
منطقة كبيرة مثل منطقة intron أو منطقة غير متكافئة (مدى المدى). هؤلاء
يمكن تحديد النطاقات لعدد من التطابقات مرة أخرى على HSP (النطاق الداخلي)
أو الخروج من HSP (النطاق الخارجي).

استخدم برنامج الإعفاء عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net