هذا هو الأمر fastq-multx الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
fastq-multx - ea-utils: استبدل٪ بمعرف الرمز الشريطي في ملف الباركود
موجز
fastq-multx [-g | -l | -B] -o r1.٪. fq [ماتي -o r2.٪. fq] ...
الوصف
fastq-multx: خيار غير صالح -- 'h' خيار غير معروف "-h".
الإصدار: 1.02.684
يجب أن تحتوي ملفات الإخراج على علامة '٪' يتم استبدالها بمعرف الرمز الشريطي في الرموز الشريطية
ملف. يمكن أن يكون ملف الإخراج غير متوفر لتجاهل البيانات المقابلة (استخدم هذا للرمز الشريطي
يقرأ)
ملف الباركود (-B) يشبه هذا:
...
الافتراضي هو تخمين رمز or -يول بناء على احصائيات واضحة.
If -g يتم استخدام ، ثم المعلمة هي حارة الفهرس ، وكثيرًا ما تحدث التسلسلات
مستخدم.
If -l ثم يتم تجربة جميع الرموز الشريطية الموجودة في الملف ، ويتم استخدام المجموعة * التي تحتوي على * الأكثر *
يتم اختيار المباريات.
ملف الباركود المجمع (-l or -L) يشبه هذا:
...
القراءات المتزاوجة ، إذا تم توفيرها ، تظل متزامنة
OPTIONS
-o ملفات الإخراج FIL1 (واحد لكل إدخال ، مطلوب) -g SEQFIL تحديد الرموز الشريطية من
قراءة مفهرسة SEQFIL -l BCFIL حدد الرموز الشريطية من أي قراءة ، باستخدام BCFIL كمفتاح رئيسي
الإدارية -L BCFIL تحديد الرموز الشريطية من ، باستخدام BCFIL كقائمة رئيسية -B BCFIL
استخدم الرموز الشريطية من الملف المحدد ، ولا تقم بتنفيذ خطوة تحديد -b القوة
بداية السطر (5 ') لمطابقة الباركود -e فرض نهاية السطر (3 ') لكود بات كود
مطابقة -t NUM عتبة القسمة للتحديد التلقائي بواسطة العامل NUM (1) ،> 1 = أكثر
حساس -G NAME استخدم المجموعات التي تطابق NAME فقط -x لا تقطع الباركود
قبل كتابة الوجهة -n لا تنفذ ، فقط اطبع قائمة الباركود المحتملة
-v C تحقق من تطابق معرف التزاوج مع الحرف C (استخدم "لـ illumina) -m N
السماح بما يصل إلى N من عدم التطابق ، طالما أنها فريدة (1) -d N تتطلب حدًا أدنى
مسافة N بين الأفضل والأفضل التالي (2) -q N تتطلب حد أدنى من phred
جودة N لقبول قاعدة الباركود (0)
استخدم fastq-multx عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
