هذا هو الأمر fastx_clipper الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
fastx_clipper - FASTA / Q Clipper
الوصف
الاستخدام: fastx_clipper [-h] [-a محول] [-D] [-l N] [-n] [-d N] [-c] [-C] [-o] [-v] [-z]
[-i INFILE] [-o OUTFILE] جزء من FASTX Toolkit 0.0.14 بواسطة A. Gordon ([البريد الإلكتروني محمي])
[-h] = شاشة المساعدة هذه مفيدة.
[-a ADAPTER] = سلسلة محول. الافتراضي هو CCTTAAGG (محول وهمي). [-l N] =
تجاهل تسلسل أقصر من النيوكليوتيدات N. الافتراضي هو 5. [-d N] = Keep
المحول وقواعد N بعده.
(استخدام "-d 0" هو نفسه عدم استخدام "-d" على الإطلاق. وهو الافتراضي).
[-c] = تجاهل التسلسلات غير المقصوصة (على سبيل المثال - احتفظ فقط بالتسلسلات التي تحتوي على الامتداد
مشترك كهربائي).
[-C] = تجاهل التسلسلات المقطوعة (على سبيل المثال - احتفظ فقط بالتسلسلات التي لا تحتوي على
مشترك كهربائي).
[-k] = الإبلاغ عن تسلسلات المحول فقط.
[-n] = الاحتفاظ بالتسلسلات ذات النيوكليوتيدات غير المعروفة (N). الافتراضي هو تجاهل مثل
متواليات.
[-v] = مطول - تقرير رقم التسلسلات.
إذا تم تحديد [-o] ،
ستتم طباعة التقرير إلى STDOUT.
إذا لم يتم تحديد [-o] (وانتقل الإخراج إلى STDOUT) ، فستتم طباعة التقرير إلى
ستدير.
[-z] = ضغط الإخراج باستخدام GZIP.
[-D] = إخراج DEBUG.
[-MN] = يتطلب الحد الأدنى لطول محاذاة المحول N.
إذا كانت النيوكليوتيدات أقل من N محاذاة مع المحول - فلا تقم بقصها.
[-i INFILE] = ملف إدخال FASTA / Q. الافتراضي هو STDIN.
[-o OUTFILE] = ملف إخراج FASTA / Q. الافتراضي هو STDOUT.
استخدم fastx_clipper عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
