gmx-freevolume - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

gmx-freevolume - حساب الحجم الحر

موجز

جي إم إكس حجم حر [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]]
[-n [<.ndx>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [انت ] [-xvg ] [- [لا] rmpbc]
[- سادس ] [-سيلربس ] [-تحديد ]
[-نصف القطر ] [-بذرة ] [-غير إدراج ]

الوصف

GMX com.freevolume يحسب الحجم الحر في الصندوق كدالة للوقت. الحجم الحر
يتم رسمها كجزء من الحجم الإجمالي. يحاول البرنامج إدخال مسبار باستخدام ملف
نصف القطر المحدد، في مربع المحاكاة وإذا كانت المسافة بين المسبار وأي ذرة
أقل من مجموع نصف قطر فان دير فالس لكلا الذرتين، يتم أخذ الموضع في الاعتبار
أن تكون مشغولة، أي غير حرة. وباستخدام نصف قطر مسبار قدره 0، يكون الحجم الحر الحقيقي هو
محسوب. باستخدام نصف قطر أكبر، على سبيل المثال 0.14 نانومتر، يقابل الماء تقريبًا
الجزيء، سيتم إنتاج الحجم الحر لجسيم افتراضي بهذا الحجم.
ومع ذلك، لاحظ أنه نظرًا لأنه يتم التعامل مع الذرات على أنها كرات صلبة، فإن هذا العدد كبير جدًا
عادةً ما تكون التغييرات التقريبية والنسبية فقط ذات معنى، على سبيل المثال عن طريق القيام بـ
سلسلة من المحاكاة في درجات حرارة مختلفة.

تعتبر المجموعة المحددة بواسطة التحديد بمثابة تحديد لحجم غير حر. ال
يعد عدد الإدخالات لكل وحدة حجم أمرًا مهمًا للحصول على نتيجة متقاربة. عن
1000/nm^3 ينتج عنه انحراف معياري إجمالي يتم تحديده بواسطة التقلبات في
المسار وليس عن طريق التقلبات بسبب الأرقام العشوائية.

النتائج تعتمد بشكل حاسم على نصف قطر فان دير فالس؛ نوصي باستخدام
القيم ترجع إلى بوندي (1964).

يتم إعطاء الحجم الحر الكسري (FFV) الذي يحب بعض المؤلفين استخدامه بواسطة 1 - 1.3*(1-Free
مقدار). تتم طباعة هذه القيمة على المحطة.

OPTIONS

خيارات لتحديد ملفات الإدخال:

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc) (اختياري)
مسار الإدخال أو التكوين الفردي: نشوة مفاعل طهران البحثي لجنة مناهضة التعذيب غرو g96 فوسفات الحكومة الوطنية الانتقالية

-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr) (اختياري)
هيكل الإدخال: نظام الحماية المؤقت غرو g96 فوسفات brk

-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختياري)
مجموعات الفهرس الإضافية

خيارات لتحديد ملفات الإخراج:

-o [<.xvg>] (freevolume.xvg) (اختياري)
الحجم الحر المحسوب

خيارات أخرى:

-b (0)
الإطار الأول (ps) للقراءة من المسار

-e (0)
الإطار الأخير (بس) للقراءة من المسار

-dt (0)
استخدم الإطار فقط إذا كان t MOD dt == المرة الأولى (ps)

انت (ملاحظة)
وحدة قيم الوقت: fs ، ps ، ns ، us ، ms ، s

-xvg (xmgrace)
تنسيق قطعة الأرض: لا شيء ، xmgrace ، xmgr

- [لا] rmpbc (نعم)
اجعل الجزيئات كاملة لكل إطار

- سادس
توفير التحديدات من الملفات

-سيلربس (ذرة)
مواقع مرجعية التحديد: atom، res_com، res_cog، mol_com، mol_cog،
whole_res_com، whole_res_cog، whole_mol_com، whole_mol_cog، part_res_com،
part_res_cog ، part_mol_com ، part_mol_cog ، dyn_res_com ، dyn_res_cog ، dyn_mol_com ،
dyn_mol_cog

-تحديد
الذرات التي تعتبر جزءًا من الحجم المستبعد

-نصف القطر (0)
نصف قطر المسبار المراد إدخاله (نانومتر، 0 يعطي الحجم الحر الحقيقي)

-بذرة (-1)
البذور لمولد رقم عشوائي.

-غير إدراج (1000)
عدد عمليات إدخال المسبار لكل نانومتر مكعب لمحاولة كل إطار في المسار.

استخدم gmx-freevolume عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net