هذا هو الأمر gmx-genrestr الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
gmx-genrestr - إنشاء قيود الموضع أو قيود المسافة لمجموعات الفهرس
موجز
نوع جي إم إكس [-f [<.gro / .g96 / ...>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.itp>]]
[-من [<.ndx>]] [-fc ] [-تجميد ]
[-[لا]إزعاج] [-disre_dist ] [-disre_frac ]
[-disre_up2 ] [-قطع ] [-[لا]عقد]
الوصف
GMX النوع ينتج ملف #include للطوبولوجيا التي تحتوي على قائمة أرقام الذرة
وثلاثة ثوابت القوة ل x-, y-، و z-الاتجاه على أساس محتويات -f
ملف. يمكن إعطاء ثابت قوة متناحية واحد في سطر الأوامر بدلاً من ثلاثة
المكونات.
تحذير: قيود الموضع عبارة عن تفاعلات داخل الجزيئات، لذلك يجب أن تكون كذلك
متضمنة في الصحيح [ النوع الجزيئي ] كتلة في الطوبولوجيا. المؤشرات الذرية
في حدود [ Position_restraints ] يجب أن تكون الكتلة ضمن نطاق مؤشرات الذرة
هذا النوع من الجزيء. نظرًا لأن أرقام الذرة في كل نوع جزيء في الطوبولوجيا تبدأ من
1 والأرقام الموجودة في ملف الإدخال لـ GMX النوع عدد على التوالي من 1، GMX
النوع سوف ينتج فقط ملفًا مفيدًا للجزيء الأول. قد ترغب في تحرير
ملف الفهرس الناتج لإزالة الأسطر للذرات اللاحقة، أو إنشاء فهرس مناسب
مجموعة لتقديمها كمدخلات ل GMX النوع.
تشير -من ينتج عن هذا الخيار ملف فهرس يمكن استخدامه لتجميد الذرات. في هذه الحالة،
يجب أن يكون ملف الإدخال a .pdb ملف.
مع -ديسري الخيار، يتم إنشاء نصف مصفوفة من قيود المسافة بدلا من
قيود الموقف. مع هذه المصفوفة، هذا ينطبق عادةً على ذرات كالفا في أ
البروتين، يمكن للمرء الحفاظ على الشكل العام للبروتين دون ربطه بـ
موقف محدد (كما هو الحال مع قيود الموقف).
OPTIONS
خيارات لتحديد ملفات الإدخال:
-f [<.gro / .g96 / ...>] (conf.gro)
ملف الهيكل: غرو g96 فوسفات brk ent esp نظام الحماية المؤقت
-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختياري)
ملف الفهرس
خيارات لتحديد ملفات الإخراج:
-o [<.itp>] (posre.itp)
تضمين ملف للطوبولوجيا
-من [<.ndx>] (تجميد.ndx) (اختياري)
ملف الفهرس
خيارات أخرى:
-fc (1000 1000 1000)
ثوابت القوة (كيلو جول/مول نانومتر^2)
-تجميد (0)
إذا كان -من سيتم كتابة الخيار أو يتم إعطاء هذا الخيار ملف فهرس يحتوي على
الأعداد الذرية لجميع الذرات التي لها عامل B أقل من المستوى الموضح هنا
-[لا]إزعاج (لا)
إنشاء مصفوفة ضبط المسافة لجميع الذرات الموجودة في الفهرس
-disre_dist (0.1)
نطاق المسافة حول المسافة الفعلية لتوليد قيود المسافة
-disre_frac (0)
جزء من المسافة يجب استخدامه كفاصل زمني بدلاً من مسافة ثابتة. إذا
جزء من المسافة التي تحددها هنا أقل من المسافة المذكورة
الخيار السابق، يتم استخدام هذا الخيار بدلاً من ذلك.
-disre_up2 (1)
المسافة بين الحد الأعلى لقيود المسافة، والمسافة التي عندها
تصبح القوة ثابتة (انظر الدليل)
-قطع (-1)
فقط قم بإنشاء قيود المسافة لأزواج الذرات ضمن القطع (نانومتر)
-[لا]عقد (لا)
قم بإنشاء مصفوفة قيد بدلاً من قيود المسافة. القيود من النوع 2
سيتم إنشاء تلك الاستثناءات.
استخدم gmx-genrestr عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
