هذا هو الأمر gmx-rotacf الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
gmx-rotacf - حساب وظيفة الارتباط الدوراني للجزيئات
موجز
جي إم إكس روتاكف [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-dt ]
[-[حاليا] [-xvg ] [- [لا] د] [- متوسط [لا]]
[-تقلب ] [- [لا] تطبيع] [-P ]
[- فيتفن ] [-البدء ] [-نظافه ]
الوصف
GMX com.rotacf يحسب وظيفة الارتباط الدوراني للجزيئات. ثلاثية الذرة
يجب إعطاء (i,j,k) في ملف الفهرس، مع تحديد المتجهين ij وjk. الدوران
يتم حساب ACF كدالة الارتباط الذاتي للمتجه n = ij x jk، أي
المنتج المتقاطع للمتجهين. وبما أن ثلاث ذرات تمتد على المستوى، فإن ترتيب الثلاث ذرات
الذرات لا يهم. بشكل اختياري، عن طريق استدعاء -d التبديل، يمكنك حساب
دالة الارتباط الدوراني للجزيئات الخطية عن طريق تحديد أزواج الذرات (i,j) في
ملف الفهرس.
أمثلة
GMX com.rotacf -P 1 -nparm 2 -fft -n مؤشر -o روتاكف-x-P1 -fa اكسفيت-x-P1 -البدء 2.5
-نظافه 20.0
سيؤدي هذا إلى حساب دالة الارتباط الدوراني باستخدام Legendre من الدرجة الأولى
متعدد الحدود لزاوية المتجه المحدد بواسطة ملف الفهرس. وظيفة الارتباط
سيتم تركيبها من 2.5 ps حتى 20.0 ps إلى أسي ذي معلمتين.
OPTIONS
خيارات لتحديد ملفات الإدخال:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
مسار: نشوة مفاعل طهران البحثي لجنة مناهضة التعذيب غرو g96 فوسفات الحكومة الوطنية الانتقالية
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
xdr المحمولة تشغيل ملف الإدخال
-n [<.ndx>] (index.ndx)
ملف الفهرس
خيارات لتحديد ملفات الإخراج:
-o [<.xvg>] (روتاكف.xvg)
xvgr / xmgr
خيارات أخرى:
-b (0)
الإطار الأول (ps) للقراءة من المسار
-e (0)
الإطار الأخير (بس) للقراءة من المسار
-dt (0)
استخدم الإطار فقط عندما يكون t MOD dt = المرة الأولى (ps)
-[حاليا (لا)
عرض الإخراج .xvg, .xpm, .EPS .pdb ملفات
-xvg
تنسيق قطعة xvg: xmgrace ، xmgr ، لا شيء
- [لا] د (لا)
استخدم فهرس الزوجي (المتجهات) لوظيفة الارتباط بدلاً من الثلاثيات (الطائرات)
- متوسط [لا] (نعم)
المتوسط على الجزيئات
-تقلب (-1)
طول ACF ، الافتراضي هو نصف عدد الإطارات
- [لا] تطبيع (نعم)
تطبيع ACF
-P (0)
ترتيب متعدد الحدود Legendre لـ ACF (0 يشير إلى لا شيء): 0 ، 1 ، 2 ، 3
- فيتفن (لا يوجد)
وظيفة مناسبة: لا شيء ، إكسب ، أكسب ، إكسب_كسب ، إكسب 5 ، إكسب 7 ، إكسب 9
-البدء (0)
حان الوقت لبدء التوافق الأسي لوظيفة الارتباط
-نظافه (-1)
الوقت الذي يتم فيه إنهاء التوافق الأسي لوظيفة الارتباط ، -1 حتى
النهاية
استخدم gmx-rotacf عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net