gmx-sasa - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

gmx-sasa - حساب مساحة السطح التي يمكن الوصول إليها بالمذيبات

موجز

جي ام اكس ساسا [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-odg [<.xvg>]] [أو [<.xvg>]] [-وا [<.xvg>]]
[-تلفزيون [<.xvg>]] [-q [<.pdb>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [انت ] [-xvg ] [- [لا] rmpbc]
[- [لا] pbc] [- سادس ] [-سيلربس ] [-مسبار ]
[-ndots ] [-[لا]البروت] [-dgs ]
[-سطح ] [-انتاج ]

الوصف

GMX ساسا يحسب المساحات السطحية التي يمكن الوصول إليها بالمذيبات. انظر آيزنهابر إف، لينزاد بي، أرغوس
بي، ساندر سي، وشارف إم (1995) جي كومبيوت. الكيمياء. 16، 273-284 للخوارزمية المستخدمة. مع
-q، يمكن إنشاء سطح كونولي أيضًا في .pdb الملف حيث العقد
ممثلة بالذرات والحواف التي تربط أقرب العقد كسجلات CONECT. -odg
يسمح بتقدير الطاقات الحرة من طاقات الذوبان لكل ذرة لكل
مساحة السطح المكشوفة.

يتطلب البرنامج تحديدًا لحساب السطح المراد تحديده
-سطح. يجب أن يتكون هذا دائمًا من جميع الذرات غير المذيبة في النظام. منطقة
يتم حساب هذه المجموعة دائمًا. اختياريا، -انتاج يمكن تحديد اختيارات إضافية،
والتي ينبغي أن تكون مجموعات فرعية من مجموعة الحساب. المناطق التي يمكن الوصول إليها بالمذيبات لهذه
يتم أيضًا استخراج المجموعات من السطح الكامل.

يمكن حساب المتوسط ​​والانحراف المعياري للمنطقة على المسار لكل
البقايا والذرة (options أو -وا).

مع -تلفزيون خيار يمكن حساب الحجم الكلي وكثافة الجزيء. مع
- بي بي سي (الافتراضي)، يجب عليك التأكد من عدم تقسيم الجزيء/المجموعة السطحية
لجنة البرنامج والميزانية. وإلا فإنك سوف تحصل على نتائج غير حسية. يرجى أيضًا النظر فيما إذا كان
نصف قطر المسبار الطبيعي مناسب في هذه الحالة أو ما إذا كنت تفضل استخدامه، على سبيل المثال، 0.
ومن الجيد أن نضع في اعتبارنا أن نتائج الحجم والكثافة تقريبية للغاية.
على سبيل المثال، في الجليد Ih، يمكن للمرء بسهولة وضع جزيئات الماء في المسام التي قد تنتج
حجم منخفض جدًا، ومساحة السطح وكثافته مرتفعة جدًا.

OPTIONS

خيارات لتحديد ملفات الإدخال:

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc) (اختياري)
مسار الإدخال أو التكوين الفردي: نشوة مفاعل طهران البحثي لجنة مناهضة التعذيب غرو g96 فوسفات الحكومة الوطنية الانتقالية

-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr) (اختياري)
هيكل الإدخال: نظام الحماية المؤقت غرو g96 فوسفات brk

-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختياري)
مجموعات الفهرس الإضافية

خيارات لتحديد ملفات الإخراج:

-o [<.xvg>] (منطقة.xvg)
المساحة الكلية كدالة للزمن

-odg [<.xvg>] (dgsolv.xvg) (اختياري)
تقدير الطاقة الحرة المذيبة كدالة للوقت

أو [<.xvg>] (ريساريا.xvg) (اختياري)
متوسط ​​المساحة لكل بقايا

-وا [<.xvg>] (atomarea.xvg) (اختياري)
متوسط ​​مساحة الذرة

-تلفزيون [<.xvg>] (المجلد.xvg) (اختياري)
الحجم الكلي والكثافة كدالة للوقت

-q [<.pdb>] (connolly.pdb) (اختياري)
ملف PDB لسطح كونولي

خيارات أخرى:

-b (0)
الإطار الأول (ps) للقراءة من المسار

-e (0)
الإطار الأخير (بس) للقراءة من المسار

-dt (0)
استخدم الإطار فقط إذا كان t MOD dt == المرة الأولى (ps)

انت (ملاحظة)
وحدة قيم الوقت: fs ، ps ، ns ، us ، ms ، s

-xvg (xmgrace)
تنسيق قطعة الأرض: لا شيء ، xmgrace ، xmgr

- [لا] rmpbc (نعم)
اجعل الجزيئات كاملة لكل إطار

- [لا] pbc (نعم)
استخدم شروط الحدود الدورية لحساب المسافة

- سادس
توفير التحديدات من الملفات

-سيلربس (ذرة)
مواقع مرجعية التحديد: atom، res_com، res_cog، mol_com، mol_cog،
whole_res_com، whole_res_cog، whole_mol_com، whole_mol_cog، part_res_com،
part_res_cog ، part_mol_com ، part_mol_cog ، dyn_res_com ، dyn_res_cog ، dyn_mol_com ،
dyn_mol_cog

-مسبار (0.14)
نصف قطر مسبار المذيب (نانومتر)

-ndots (24)
عدد النقاط في كل كرة، والمزيد من النقاط يعني المزيد من الدقة

-[لا]البروت (نعم)
إخراج البروتين إلى كونولي .pdb الملف أيضا

-dgs (0)
القيمة الافتراضية للطاقة الخالية من المذيبات لكل منطقة (كيلو جول/مول/نانومتر^2)

-سطح
اختيار حساب السطح

-انتاج
اختيار (اختيارات) الإخراج

استخدم gmx-sasa عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net