gmx-trjconv - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

gmx-trjconv - تحويل ومعالجة ملفات المسار

موجز

جي إم إكس ترجكونف [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-الاب [<.ndx>]] [-الفرعية [<.ndx>]] [-يسقط [<.xvg>]]
[-o [<.xtc / .trr / ...>]] [-b ] [-e ]
[انت ] [-[حاليا] [-xvg ] [-يتخطى ]
[-dt ] [- [لا] جولة] [تفريغ ] [-t0 ]
[-خطوة زمنية ] [- بي بي سي ] [-أ ]
[- [لا] مركز] [-بوكس سنتر ] [-صندوق ]
[-عبر ] [-تحول ] [-لائق بدنيا ]
[-ndec ] [-[رواية] [-[لا قوه] [-trunc ]
[إكسيك ] [-انشق، مزق ] [-[لا]سبتمبر]
[-صفر ] [-dropunder ] [-dropover ]
[-[لا] إتصال]

الوصف

GMX trjconv يمكن تحويل ملفات المسار بعدة طرق:

· من شكل إلى آخر

· تحديد مجموعة فرعية من الذرات

· تغيير تمثيل الدورية

· إبقاء الجزيئات المتعددة القسيمات معاً

· مركز الذرات في الصندوق

· تناسب الذرات مع البنية المرجعية

· تقليل عدد الإطارات

· تغيير الطوابع الزمنية للإطارات (-t0 -خطوة زمنية)

· قطع المسار إلى مسارات فرعية صغيرة وفقاً للمعلومات الموجودة في ملف الفهرس.
وهذا يسمح بالتحليل اللاحق للمسارات الفرعية التي يمكن، على سبيل المثال، أن تكون
نتيجة التحليل العنقودي. استخدم الخيار -الفرعية. هذا يفترض أن الإدخالات في
ملف الفهرس عبارة عن أرقام إطارات ويقوم بتفريغ كل مجموعة في ملف الفهرس إلى ملف منفصل
ملف المسار.

· حدد الإطارات ضمن نطاق معين من الكمية الواردة في .xvg ملف.

GMX trjcat هو أكثر ملاءمة لتسلسل ملفات المسار المتعددة.

يتم دعم التنسيقات التالية للإدخال والإخراج: .xtc, .trr, .gro, .g96 .pdb.
يتم الكشف عن تنسيقات الملفات من امتداد الملف. دقة .xtc .gro
يتم أخذ الإخراج من ملف الإدخال ل .xtc, .gro .pdbو من -ndec خيار
تنسيقات الإدخال الأخرى. الدقة تؤخذ دائما من -ndec، عند ضبط هذا الخيار.
جميع التنسيقات الأخرى لها دقة ثابتة. .trr يمكن أن يكون الإخراج دقة مفردة أو مزدوجة،
اعتمادا على دقة GMX trjconv الثنائية. لاحظ أن السرعات هي فقط
مدعوم في .trr, .gro .g96 الملفات.

خيار -النهاية يمكن استخدامها لكتابة كل إطار إلى منفصل .غرو، .g96 or .pdb ملف. بواسطة
افتراضيا، كل الإطارات كلها مكتوبة في ملف واحد. .pdb الملفات مع كافة الإطارات متسلسلة يمكن
يمكن مشاهدتها مع راسمول -نمربدب.

من الممكن تحديد جزء من المسار الخاص بك وكتابته في ملف مسار جديد
من أجل توفير مساحة القرص، على سبيل المثال لترك الماء من مسار البروتين
في الماء. اولويز ضع المسار الأصلي على الشريط! ننصح باستخدام المحمول
.xtc تنسيق لتحليلك لتوفير مساحة القرص والحصول على ملفات محمولة.

هناك خياران لملاءمة المسار مع مرجع إما للضرورة
تحليل الديناميكيات، وما إلى ذلك. الخيار الأول مناسب تمامًا للبنية المرجعية
في ملف الهيكل الخيار الثاني هو التوافق التدريجي الذي يتم فيه الإطار الزمني الأول
تم تركيبها على البنية المرجعية في ملف البنية للحصول على كل منها لاحقاً
تم تركيب الإطار الزمني على الهيكل المجهز مسبقًا. بهذه الطريقة مسار مستمر
يتم إنشاء هذا الأمر، وهو ما قد لا يكون هو الحال عند استخدام طريقة الملاءمة العادية، على سبيل المثال متى
يخضع البروتين الخاص بك إلى تحولات توافقية كبيرة.

خيار - بي بي سي يحدد نوع علاج حالة الحدود الدورية:

· مول يضع مركز كتلة الجزيئات في الصندوق، ويتطلب تشغيل ملف الإدخال إليه
يتم توفيرها مع -s.

· الدقة يضع مركز كتلة البقايا في الصندوق.

· ذرة يضع كل الذرات في الصندوق.

· com.nojump يتحقق مما إذا كانت الذرات تقفز عبر الصندوق ثم يعيدها مرة أخرى. هذا لديه
تأثير أن جميع الجزيئات ستبقى كاملة (شريطة أن تكون كاملة في البداية
التشكل). ملاحظات أن هذا يضمن مسارًا مستمرًا ولكن الجزيئات قد تفعل ذلك
منتشر خارج منطقة الجزاء. تكوين البداية لهذا الإجراء مأخوذ من
ملف البنية، إذا تم توفيره، وإلا فهو الإطار الأول.

· كتلة يقوم بتجميع كافة الذرات الموجودة في الفهرس المحدد بحيث تكون جميعها أقرب إلى بعضها البعض
إلى مركز كتلة الكتلة، والذي يتم تحديثه بشكل متكرر. ملاحظات أن هذا
لن يعطي نتائج ذات معنى إلا إذا كان لديك بالفعل مجموعة. لحسن الحظ يمكن أن يكون
فحصها بعد ذلك باستخدام عارض المسار. لاحظ أيضًا أنه إذا كانت جزيئاتك
كسر هذا لن ينجح أيضا.

الخيار المنفصل -مركز الكتلة يمكن استخدامها لتحديد مركز تقريبي ل
الكتلة. وهذا مفيد، على سبيل المثال، إذا كان لديك حويصلتان كبيرتان، وتريد ذلك
الحفاظ على مواقعهم النسبية.

· كامل فقط يجعل الجزيئات المكسورة كاملة.

خيار -أ يضبط تمثيل خلية الوحدة للخيارات مول, الدقة ذرة of - بي بي سي. جميع
ثلاثة خيارات تعطي نتائج مختلفة لصناديق التريكلينك ونتائج متطابقة ل
صناديق مستطيلة. المستطيل هو شكل الطوب العادي. tric هي خلية وحدة triclinic.
اتفاق يضع جميع الذرات على أقرب مسافة من مركز الصندوق. هذا يمكن أن يكون
مفيد للتصور، على سبيل المثال، الثماني الأسطح المقطوعة أو الاثني عشر وجهًا المعينية. المركز ل
الخيارات tric اتفاق is tric (انظر أدناه)، ما لم يكن الخيار -بوكس سنتر تم تعيين
بشكل مختلف.

خيار -مركز توسيط النظام في المربع. يمكن للمستخدم تحديد المجموعة المستخدمة
لتحديد المركز الهندسي. خيار -بوكس سنتر يحدد موقع مركز
مربع للخيارات - بي بي سي -مركز. خيارات المركز هي: tric: نصف المبلغ
ناقلات الصندوق, المستطيل: نصف المربع قطريا، صفر: صفر. استخدم الخيار - بي بي سي مول وبالإضافة إلى ذلك
إلى -مركز عندما تريد أن تكون جميع الجزيئات في الصندوق بعد التوسيط.

خيار -صندوق يحدد حجم الصندوق الجديد. يعمل هذا الخيار فقط مع الأبعاد البادئة
وبالتالي فهو مفيد بشكل عام فقط للصناديق المستطيلة. إذا كنت ترغب في تعديل بعض فقط
للأبعاد، على سبيل المثال، عند القراءة من مسار ما، يمكنك استخدام -1 لتلك الأبعاد
الأبعاد التي يجب أن تظل كما هي ليس من الممكن دائمًا استخدام مجموعات من
- بي بي سي, -لائق بدنيا, -أ -مركز لتفعل بالضبط ما تريد في مكالمة واحدة GMX trjconv.
فكر في استخدام مكالمات متعددة، وراجع موقع GROMACS الإلكتروني للحصول على اقتراحات.

بدافع -dt، من الممكن تقليل عدد الإطارات في الإخراج. يعتمد هذا الخيار
على دقة الأوقات في مسار الإدخال الخاص بك، لذلك إذا كانت هذه غير دقيقة استخدم
-خطوة زمنية خيار تعديل الوقت (يمكن القيام بذلك في وقت واحد). لصنع سلس
افلام, برنامج GMX تصفية يمكن أن يقلل عدد الإطارات أثناء استخدام التمرير المنخفض
تصفية التردد، وهذا يقلل من التعرجات للحركات عالية التردد.

باستخدام -trunc GMX trjconv يمكن اقتطاع .trr في مكانه، أي دون نسخ الملف. هذا
يكون مفيدًا عند تعطل التشغيل أثناء الإدخال/الإخراج للقرص (أي القرص الكامل)، أو عندما يكون هناك قرصان متجاوران
يجب أن تكون المسارات متسلسلة دون وجود إطارات مزدوجة.

خيار تفريغ يمكن استخدامه لاستخراج إطار في وقت محدد أو بالقرب منه
المسار، ولكنه يعمل بشكل موثوق فقط إذا كان الفاصل الزمني بين الإطارات موحدًا.

خيار -يسقط يقرأ .xvg ملف مع الأوقات والقيم. عندما الخيارات -dropunder و / أو
-dropover يتم تعيين إطارات ذات قيمة أقل وأعلى من قيمة الخيارات المعنية
لن يكتب.

OPTIONS

خيارات لتحديد ملفات الإدخال:

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
مسار: نشوة مفاعل طهران البحثي لجنة مناهضة التعذيب غرو g96 فوسفات الحكومة الوطنية الانتقالية

-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr) (اختياري)
الهيكل + الكتلة (ديسيبل): نظام الحماية المؤقت غرو g96 فوسفات brk

-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختياري)
ملف الفهرس

-الاب [<.ndx>] (الإطارات.ndx) (اختياري)
ملف الفهرس

-الفرعية [<.ndx>] (الكتلة.ndx) (اختياري)
ملف الفهرس

-يسقط [<.xvg>] (drop.xvg) (اختياري)
xvgr / xmgr

خيارات لتحديد ملفات الإخراج:

-o [<.xtc / .trr / ...>] (trajout.xtc)
مسار: نشوة مفاعل طهران البحثي غرو g96 فوسفات الحكومة الوطنية الانتقالية

خيارات أخرى:

-b (0)
الإطار الأول (ps) للقراءة من المسار

-e (0)
الإطار الأخير (بس) للقراءة من المسار

انت (ملاحظة)
وحدة قيم الوقت: fs ، ps ، ns ، us ، ms ، s

-[حاليا (لا)
عرض الإخراج .xvg, .xpm, .EPS .pdb ملفات

-xvg
تنسيق قطعة xvg: xmgrace ، xmgr ، لا شيء

-يتخطى (1)
اكتب فقط كل إطار nr-th

-dt (0)
اكتب فقط الإطار عندما يكون t MOD dt = المرة الأولى (ps)

- [لا] جولة (لا)
قم بتقريب القياسات إلى أقرب بيكو ثانية

تفريغ (-1)
تفريغ الإطار في أقرب وقت محدد (ps)

-t0 (0)
وقت البدء (ps) (الافتراضي: لا تتغير)

-خطوة زمنية (0)
تغيير الخطوة الزمنية بين إطارات الإدخال (ps)

- بي بي سي (لا يوجد)
معالجة PBC (انظر نص المساعدة للحصول على الوصف الكامل): لا شيء، mol، res، atom، nojump،
الكتلة، كلها

-أ (مستقيم)
تمثيل خلية الوحدة: مستقيم، ثلاثي، مدمج

- [لا] مركز (لا)
ذرات المركز في المربع

-بوكس سنتر (تريك)
مركز -pbc و -center: ثلاثي، مستقيم، صفر

-صندوق (0 0 0)
حجم الصندوق المكعب الجديد (الافتراضي: القراءة من الإدخال)

-عبر (0 0 0)
سيتم ترجمة جميع الإحداثيات عن طريق النقل. يمكن الجمع بين هذا بشكل مفيد
مع -pbc mol -ur مدمج.

-تحول (0 0 0)
سيتم تحويل كافة الإحداثيات بواسطة Framenr*shift

-لائق بدنيا (لا يوجد)
احتواء الجزيء على البنية المرجعية في ملف البنية: لا شيء، rot+trans،
روتكسي+ترانكسي، ترجمة، ترانسيسي، تقدمي

-ndec (3)
الدقة في كتابة .xtc و.gro بعدد المنازل العشرية

-[رواية (نعم)
اقرأ واكتب السرعات إن أمكن

-[لا قوه (لا)
قراءة وكتابة القوات إذا كان ذلك ممكنا

-trunc (-1)
اقتطاع ملف مسار الإدخال بعد هذا الوقت (ملاحظة)

إكسيك
قم بتنفيذ الأمر لكل إطار إخراج باستخدام رقم الإطار كوسيطة

-انشق، مزق (0)
ابدأ في كتابة ملف جديد عندما يكون تقسيم t MOD = المرة الأولى (ps)

-[لا]سبتمبر (لا)
اكتب كل إطار في ملف .gro أو .g96 أو .pdb منفصل

-صفر (0)
إذا تم تعيين علامة -sep، فاستخدم هذه الأرقام العديدة لأرقام الملفات والأضافة المسبقة
صفر حسب الحاجة

-dropunder (0)
قم بإسقاط كافة الإطارات أسفل هذه القيمة

-dropover (0)
قم بإسقاط كافة الإطارات فوق هذه القيمة

-[لا] إتصال (لا)
إضافة سجلات conect عند الكتابة .pdb ملفات. مفيدة للتصور
الجزيئات غير القياسية، مثل الحبيبات الخشنة

استخدم gmx-trjconv عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net