هذا هو الأمر gmx-x2top الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
gmx-x2top - إنشاء طوبولوجيا بدائية من الإحداثيات
موجز
جي ام اكس اكس 2 توب [-f [<.gro / .g96 / ...>]] [-o [<.top>]] [-r [<.rtp>]]
[-ف ] [- [لا]] [-Nexcl ] [- [لا] H14]
[- [لا] الديه] [- [لا] رمديه] [- أزواج [لا]] [-اسم ]
[- [لا] pbc] [- [لا] pdbq] [- [لا] بارام] [- [لا] جولة]
[-كب ] [-كت ] [-ك.ب ]
الوصف
GMX x2top يولد طبولوجيا بدائية من ملف إحداثيات. يفترض البرنامج كل شيء
الهيدروجين موجود عند تحديد التهجين من اسم الذرة وعدد
سندات. يمكن للبرنامج أيضًا إنشاء ملف .rtp الدخول ، والذي يمكنك إضافته بعد ذلك إلى ملف .rtp
قاعدة البيانات.
متى -معلمة تم ضبطه ، ستتم طباعة مسافات التوازن والزوايا وثوابت القوة
في الهيكل لجميع التفاعلات. تؤخذ مسافات وزوايا التوازن من
إحداثيات الإدخال ، يتم تعيين ثابت القوة بخيارات سطر الأوامر. القوة
الحقول المدعومة إلى حد ما حاليًا هي:
G53a5 GROMOS96 53a5 Forcefield (التوزيع الرسمي)
oplsaa OPLS-AA / L مجال قوة كل الذرة (2001 ثنائي السطوح aminoacid)
يمكن العثور على ملفات البيانات المقابلة في دليل المكتبة بالاسم
atomname2type.n2t. راجع الفصل 5 من الدليل لمزيد من المعلومات حول تنسيقات الملفات.
بشكل افتراضي ، يكون تحديد مجال القوة تفاعليًا ، ولكن يمكنك استخدام -ف الخيار ل
حدد أحد الأسماء القصيرة أعلاه في سطر الأوامر بدلاً من ذلك. في هذه الحالة GMX x2top
يبحث فقط عن الملف المقابل.
OPTIONS
خيارات لتحديد ملفات الإدخال:
-f [<.gro / .g96 / ...>] (conf.gro)
ملف الهيكل: غرو g96 فوسفات brk ent esp نظام الحماية المؤقت
خيارات لتحديد ملفات الإخراج:
-o [<.top>] (خارج أعلى) (اختياري)
ملف الطوبولوجيا
-r [<.rtp>] (out.rtp) (اختياري)
ملف نوع المخلفات المستخدم بواسطة pdb2gmx
خيارات أخرى:
-ف (أوبلسا)
مجال القوة للمحاكاة الخاصة بك. اكتب "تحديد" للاختيار التفاعلي.
- [لا] (لا)
قم بإنشاء إخراج مطول في الملف العلوي.
-Nexcl (3)
عدد الاستثناءات
- [لا] H14 (نعم)
استخدم تفاعلات الجار الثالث لذرات الهيدروجين
- [لا] الديه (لا)
توليد كل ثنائي السطوح السليم
- [لا] رمديه (لا)
إزالة ثنائي السطوح من نفس الرابطة مثل غير لائق
- أزواج [لا] (نعم)
إخراج 1-4 تفاعلات (أزواج) في ملف الهيكل
-اسم (جليد)
اسم الجزيء الخاص بك
- [لا] pbc (نعم)
استخدم شروط الحدود الدورية.
- [لا] pdbq (لا)
استخدم العامل B المقدم في أ .pdb ملف الشحنات الذرية
- [لا] بارام (نعم)
معلمات الطباعة في الإخراج
- [لا] جولة (نعم)
تقريب القيم المقاسة
-كب (400000)
ثابت القوة المستعبدة (kJ / mol / nm ^ 2)
-كت (400)
ثابت قوة الزاوية (kJ / mol / rad ^ 2)
-ك.ب (5)
ثابت قوة الزاوية ثنائي السطوح (kJ / mol / rad ^ 2)
معروف قضايا
· اختيار نوع الذرة بدائي. عمليا لا يتم استخدام أي معرفة كيميائية
· ظروف الحدود الدورية تؤدي إلى إفساد الترابط
· لا يتم إنشاء ثنائيات السطوح غير السليمة
· جدول ترجمة الذرات إلى النوع غير مكتمل (atomname2type.n2t ملف في
دليل البيانات). يرجى تمديدها وإرسال النتائج إلى طاقم GROMACS.
استخدم gmx-x2top عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net