gt-shredder - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

gt-shredder - ملف (ملفات) تسلسل التقطيع إلى قطع متتالية بطول عشوائي.

موجز

gt التقطيع [خيار ...] [ملف تسلسلي ...]

الوصف

-تغطية [قيمنا]
اضبط عدد المرات التي يتم فيها تقطيع ملف التسلسل (الافتراضي: 1)

-طول دقيقة [قيمنا]
قم بتعيين الحد الأدنى لطول الأجزاء المقطعة (الافتراضي: 300)

-الحد الاقصى للطول [قيمنا]
اضبط الحد الأقصى لطول الأجزاء المقطعة (الافتراضي: 700)

-تداخل [قيمنا]
اضبط التداخل بين القطع المتتالية (الافتراضي: 0)

-عينة [قيمنا]
أخذ عينات من قطع التسلسل المتولدة مع الاحتمال المحدد (الافتراضي:
1.000000)

-clipdesc [نعم | لا]
أوصاف المقطع بعد المسافة الأولى (ينخدع بها \t, \n الخ) تضيف الإزاحة والطول إلى
ضمان معرف فريد (الافتراضي: لا)

-عرض [قيمنا]
قم بتعيين عرض الإخراج لطباعة تسلسل FASTA (0 تعطيل التنسيق) (افتراضي: 0)

-o [اسم الملف]
إعادة توجيه الإخراج إلى ملف محدد (الافتراضي: غير محدد)

-gzip [نعم | لا]
كتابة ملف الإخراج المضغوط gzip (الافتراضي: لا)

-bzip2 [نعم | لا]
كتابة ملف إخراج مضغوط bzip2 (الافتراضي: لا)

-فرض [نعم | لا]
فرض الكتابة إلى ملف الإخراج (الافتراضي: لا)

-مساعدة
عرض المساعدة والخروج

-الإصدار
عرض معلومات الإصدار والخروج

كل تسلسل معين في تسلسل_ملف يتم تقطيعه إلى قطع متتالية من العشوائية
الطول (بين -طول دقيقة -الحد الاقصى للطول) حتى يتم استهلاكها. من خلال هذا يعني الأخير
يمكن أن يكون الجزء المقطوع من تسلسل معين أقصر من وسيطة الخيار
-طول دقيقة. للتخلص من هذه الأجزاء ، استخدم gt seqfilter (انظر المثال أدناه).

أمثلة:

تقطيع BAC معين:

تمزيق gt $ U89959_genomic.fas> fragments.fas

تقطيع مجموعة EST إلى قطع بين 50 و 100 نقطة أساس والتخلص من الكل (طرفي)
شظايا أقصر من 50 نقطة أساس:

$ gt فرامة - حد أدنى 50 - طول 100 U89959_ests.fas \
| gt seqfilter - الحد الأدنى للطول 50 -> fragments.fas
تمت إزالة # 130 من أصل 1260 تسلسلًا (10.317٪)

قم بتقطيع مجموعة EST وإظهار 10 ٪ عشوائيًا من الأجزاء الناتجة:

آلة التقطيع $ gt - عينة 0.1 U89959_ests.fas

التبليغ بق

إبلاغ عن الأخطاء إلى[البريد الإلكتروني محمي]>.

استخدم gt-shredder عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net