هذا هو أمر hhalign الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
hhalign - محاذاة محاذاة الاستعلام / HMM لمحاذاة القالب / HMM
موجز
hhalign -i سؤال [-t قالب] [الخيارات]
الوصف
HHalign الإصدار 2.0.16 (يناير 2013) قم بمحاذاة محاذاة الاستعلام / HMM إلى قالب
المحاذاة / HMM بواسطة محاذاة HMM-HMM إذا تم إعطاء محاذاة واحدة / HMM تتم مقارنتها بـ
نفسها وأفضل محاذاة قطرية بالإضافة إلى جميع المحاذاة الأخرى غير المتداخلة
فوق عتبة الأهمية. Remmert M و Biegert A و Hauser A و Soding J.
HHblits: البحث عن تسلسل البروتين التكراري بسرعة البرق بواسطة محاذاة HMM-HMM. نات.
الطرق 9: 173-175 (2011). (سي) يوهانس سودينغ ، مايكل ريميرت ، أندرياس بيجيرت ، أندرياس
هاوزر
-i
محاذاة استعلام الإدخال (fasta / a2m / a3m) أو ملف HMM (.hhm)
-t
محاذاة قالب الإدخال (fasta / a2m / a3m) أو ملف HMM (.hhm)
الناتج الخيارات:
-o
اكتب محاذاة الإخراج إلى الملف
-أوفاس
كتابة محاذاة في FASTA ، A2M (-وا 2 م) أو A3M (-وا 3 م) شكل
-أو 3 م
كتابة محاذاة الاستعلام بتنسيق a3m إلى ملف (افتراضي = لا شيء)
-Aa3m
إلحاق محاذاة الاستعلام بتنسيق a3m بالملف (افتراضي = لا شيء)
-عب
كتابة المحاذاة كجدول (مع الملصقات) للملف (افتراضي = لا شيء)
-فهرس استخدام المحاذاة المعطاة لحساب درجة فيتربي (الافتراضي = لا شيء)
-v
الوضع المطول: 0: بدون خرج شاشة 1: تحذيرات فقط 2: مطول
-seq [1 ، الوقود النووي المشع [كحد أقصى. عدد تسلسلات الاستعلام / القالب المعروضة (معرف = 1)
-المقابس
لا تظهر تسلسل الإجماع في المحاذاة (افتراضي = إظهار)
نوبريد
لا تظهر الهيكل الثاني المتوقع في المحاذاة (افتراضي = إظهار)
-nodssp
لا تُظهر بنية DSSP الثانية في المحاذاة (افتراضي = إظهار)
-ssconf
إظهار الثقة للهيكل الثاني المتوقع في المحاذاة
-اليو مادبا
عدد الأعمدة لكل سطر في قائمة المحاذاة (معرف = 80)
-P
للمقارنة الذاتية: الحد الأقصى لقيمة p للمحاذاة (def = 0.001
-p
الحد الأدنى من الاحتمالية في قائمة الملخص والمحاذاة (معرف = 0)
-E
الحد الأقصى للقيمة الإلكترونية في قائمة الملخص والمحاذاة (معرف = 1E + 06)
-Z
الحد الأقصى لعدد الأسطر في قائمة النتائج الموجزة (عريف = 100)
-z
الحد الأدنى لعدد الأسطر في قائمة النتائج الموجزة (التعريف = 1)
-B
الحد الأقصى لعدد المحاذاة في قائمة المحاذاة (معرف = 100)
-b
الحد الأدنى لعدد المحاذاة في قائمة المحاذاة (معرف = 1)
-رتبة مادبا
تحديد رتبة المحاذاة للكتابة بها -أو 3 م or -Aa3m الخيار (افتراضي = 1)
فلتر إدخال اكتساب (خيارات يمكن be مجموع):
-هوية شخصية [0,100،90] الحد الأقصى لمعرف التسلسل الزوجي (٪) (معرف = XNUMX)
-الفرق [0، inf [قم بترشيح مجموعة التسلسلات الأكثر تنوعًا ، مع الاحتفاظ بهذا على الأقل
العديد من التسلسلات في كل كتلة من 50 عمودًا (معرف = 100)
-كوف [0,100،0] الحد الأدنى من التغطية مع الاستعلام (٪) (def = XNUMX)
-قم [0,100،0] الحد الأدنى من هوية التسلسل مع الاستعلام (٪) (def = XNUMX)
-QSC [0,100،20.0] الحد الأدنى من الدرجات لكل عمود مع الاستعلام (معرف = -XNUMX)
إدخال اكتساب شكل:
-M a2m استخدم A2M / A3M (افتراضي): الأحرف الكبيرة = مطابقة ؛ أحرف صغيرة = إدراج ؛ '-' = حذف ؛ "." =
الفجوات المحاذاة للإدخالات (يمكن حذفها)
-M أول
استخدم FASTA: الأعمدة التي بها بقايا في التسلسل الأول هي حالات مطابقة
-M [0,100]
استخدم FASTA: الأعمدة التي بها فجوات أقل من X٪ هي حالات مطابقة
هممم-هم اكتساب الخيارات:
الكرة/ -loc
وضع المحاذاة العام أو المحلي (def = local)
- بديل
إظهار هذا العدد من المحاذاة البديلة (معرف = 1)
-تحقيق
إعادة تنظيم النتائج المعروضة مع الحد الأقصى. دقة (MAC)
-Norealign
لا تقم بإعادة محاذاة النتائج المعروضة باستخدام خوارزمية MAC (def = إعادة التنظيم)
-تأثير [0,1،XNUMX [
حد الاحتمال اللاحق لمحاذاة MAC (معرف = 0.350) قيمة عتبة
0.0 تنتج محاذاة عالمية.
-إلى
استخدام خوارزمية أخذ العينات العشوائية العالمية لأخذ عينات من هذه المحاذاة العديدة
-غير شامل استبعاد مواضع الاستعلام من المحاذاة ، على سبيل المثال "1-33,97،168-XNUMX"
-تحول [-1,1،0.030] معادلة النتيجة (def = -XNUMX)
-كور [0,1]
وزن المصطلح للارتباطات الزوجية (def = 0.10)
-سم 0-4 0: لا توجد نتائج ss [افتراضي = 2]
تسجيل نقاط 1: ss بعد المحاذاة 2: ss التهديف أثناء المحاذاة
-ssw [0,1،0.11] وزن النتيجة ss (def = XNUMX)
-ديف قراءة الخيارات الافتراضية من ./.hhdefaults أو /.
مثال: hhalign -i T0187.a3m -t d1hz4a_.hhm -بي إن جي T0187pdb.png
الناتج الخيارات:
-o
اكتب محاذاة الإخراج إلى الملف
-أوفاس
كتابة محاذاة في FASTA ، A2M (-وا 2 م) أو A3M (-وا 3 م) شكل
-أو 3 م
كتابة محاذاة الاستعلام بتنسيق a3m إلى ملف (افتراضي = لا شيء)
-Aa3m
إلحاق محاذاة الاستعلام بتنسيق a3m بالملف (افتراضي = لا شيء)
-عب
كتابة المحاذاة كجدول (مع الملصقات) للملف (افتراضي = لا شيء)
-v
الوضع المطول: 0: بدون خرج شاشة 1: تحذيرات فقط 2: مطول
-seq [1 ، الوقود النووي المشع [كحد أقصى. عدد تسلسلات الاستعلام / القالب المعروضة (معرف = 1)
-المقابس
لا تظهر تسلسل الإجماع في المحاذاة (افتراضي = إظهار)
نوبريد
لا تظهر الهيكل الثاني المتوقع في المحاذاة (افتراضي = إظهار)
-nodssp
لا تُظهر بنية DSSP الثانية في المحاذاة (افتراضي = إظهار)
-ssconf
إظهار الثقة للهيكل الثاني المتوقع في المحاذاة
-اليو مادبا
عدد الأعمدة لكل سطر في قائمة المحاذاة (معرف = 80)
-P
للمقارنة الذاتية: الحد الأقصى لقيمة p للمحاذاة (def = 0.001
-p
الحد الأدنى من الاحتمالية في قائمة الملخص والمحاذاة (معرف = 0)
-E
الحد الأقصى للقيمة الإلكترونية في قائمة الملخص والمحاذاة (معرف = 1E + 06)
-Z
الحد الأقصى لعدد الأسطر في قائمة النتائج الموجزة (عريف = 100)
-z
الحد الأدنى لعدد الأسطر في قائمة النتائج الموجزة (التعريف = 1)
-B
الحد الأقصى لعدد المحاذاة في قائمة المحاذاة (معرف = 100)
-b
الحد الأدنى لعدد المحاذاة في قائمة المحاذاة (معرف = 1)
-رتبة مادبا
تحديد رتبة المحاذاة للكتابة بها -أو 3 م or -Aa3m الخيار (افتراضي = 1)
-ح
اكتب ملف مكتبة TCoffee للمقارنة الزوجية
-tct [0,100]
دقيقة. احتمالية وجود أزواج متبقية لـ TCoffee (def = 5٪)
مزيد من الخيارات إلى تصفية إدخال اكتساب (خيارات يمكن be مجموع):
-هوية شخصية [0,100،90] الحد الأقصى لمعرف التسلسل الزوجي (٪) (معرف = XNUMX)
-الفرق [0، inf [
تصفية مجموعة التسلسلات الأكثر تنوعًا ، مع الاحتفاظ على الأقل بهذا العدد الكبير من التسلسلات في كل منها
كتلة من> 50 عمودًا (معرف = 100)
-كوف [0,100،0] الحد الأدنى من التغطية مع الاستعلام (٪) (def = XNUMX)
-قم [0,100،0] الحد الأدنى من هوية التسلسل مع الاستعلام (٪) (def = XNUMX)
-QSC [0,100،20.0] الحد الأدنى من الدرجات لكل عمود مع الاستعلام (معرف = -XNUMX)
HMM- بناء الخيارات:
-M a2m استخدم A2M / A3M (افتراضي): الأحرف الكبيرة = مطابقة ؛ أحرف صغيرة = إدراج ؛ '-' = حذف ؛ "." =
الفجوات المحاذاة للإدخالات (يمكن حذفها)
-M أول
استخدم FASTA: الأعمدة التي بها بقايا في التسلسل الأول هي حالات مطابقة
-M [0,100]
استخدم FASTA: الأعمدة التي بها فجوات أقل من X٪ هي حالات مطابقة
-العلامات لا تحيد علامات His- و C-myc و FLAG وتسلسل التعرف على التربسين إلى
توزيع الخلفية
العد الكاذب (الكمبيوتر) الخيارات:
-بسم 0-2 يعتمد الموقف على مزيج الكمبيوتر "تاو" (وضع الكمبيوتر ، الافتراضي = 2)
0: لا يوجد عدد زائف:
تاو = 0
1: ثابت
تاو = أ
2: الاعتماد على التنوع: tau = a / (1 + ((Neff [i] -1) / b) ^ c) (Neff [i]: عدد
المتسلسلات الفعالة في MSA المحلي حول العمود i) 3: التعداد الزائف للتنوع المستمر
-PCA [0,1،1.0] خليط العد الكاذب العام (def = XNUMX)
-ثنائي الفينيل متعدد الكلور [1 ، INF [قيمة عتبة Neff لـ -بسم 2 (def = 1.5)
-pcc [0,3،XNUMX] الأس الانقراض ج لـ -بسم 2 (def = 1.0)
-pre_pca [0,1]
خليط العدد الزائف للتصفية الأولية (def = 0.8)
-pre_pcb [1، inf [PREFILTER threshold for Neff (def = 1.8)
سياق محدد التهم الزائفة:
-nocontxt
استخدام مصفوفة الاستبدال بدلاً من الأعداد الزائفة الخاصة بالسياق
-الاتصال ملف سياق لحساب الأعداد الزائفة الخاصة بالسياق
(افتراضي =. / data / Context_data.lib)
-cslib
ملف حالة العمود للترشيح المسبق لقاعدة البيانات السريعة (افتراضي =. / data / cs219.lib)
فجوة كلف الخيارات:
جاب [0، inf [
الانتقال المختلط العد الزائف (def = 1.00)
-Gapd [0، inf [
الانتقال إلى إضافة العد الزائف للفجوة المفتوحة (الافتراضي = 0.15)
-تثاءب [0,1.5]
الانتقال مضافات العد الزائفة لتمديد الفجوة (def = 1.00)
-جابف ] 0 ، inf]
عامل لزيادة / تقليل الفجوة المفتوحة للعقوبة للحذف (def = 0.60)
-جابج ] 0 ، inf]
عامل لزيادة / تقليل الفجوة المفتوحة للعقوبة للإدخالات (عيوب = 0.60)
-غف ] 0 ، inf]
عامل لزيادة / تقليل الفجوة تمديد العقوبة للحذف (def = 0.60)
-جابي ] 0 ، inf]
عامل لزيادة / تقليل الفجوة تمديد العقوبة للإدخالات (عيوب = 0.60)
-egq [0، inf [جزاء (بت) للفجوات النهائية المتوافقة مع مخلفات الاستعلام (def = 0.00)
-الفصل [0 ، inf [جزاء (بت) للفجوات النهائية المحاذاة مع بقايا القالب (def = 0.00)
انحياز الخيارات:
الكرة/ -loc
وضع المحاذاة العام أو المحلي (def = global)
-ماك استخدم محاذاة الدقة القصوى (MAC) بدلاً من محاذاة Viterbi
-تأثير [0,1]
حد الاحتمال الخلفي لمحاذاة MAC (عتبة = 0.350)
-إلى
استخدام خوارزمية أخذ العينات العشوائية العالمية لأخذ عينات من هذه المحاذاة العديدة
-SC درجة الأحماض الأمينية (tja: template HMM في العمود j) (def = 1)
0 = مجموع log2 (tja * qia / pa) (pa: aa background Frequencies)
1 = log2 Sum (tja * qia / pqa) (pqa = 1/2 * (pa + ta))
2 = مجموع log2 (tja * qia / ta) (ta: av. aa freqs في القالب)
3 = مجموع log2 (tja * qia / qa) (qa: av. aa freqs في الاستعلام)
-كور [0,1]
وزن المصطلح للارتباطات الزوجية (def = 0.10)
-تحول [-1,1،XNUMX،XNUMX،XNUMX،XNUMX]
تعويض النتيجة (def = -0.030)
-r تكرار تحديد الهوية: الزيارات المتعددة لا تعامل على أنها مستقلة
-سم 0-2 0: لا توجد نتائج ss [افتراضي = 2]
تسجيل نقاط 1: ss بعد المحاذاة 2: ss التهديف أثناء المحاذاة
-ssw [0,1،0.11] وزن درجة SS مقارنة بدرجة العمود (معرف = XNUMX)
-سا [0,1،1] مصفوفة الارتباك ss = (1.00-ssa) * I + ssa * psipred-confusion-matrix [def = XNUMX)
-هدوء 0-3
معايرة النتيجة التجريبية 0: الاستعلام 1: القالب 2: كلاهما (def = off)
يمكن تحديد الخيارات الافتراضية في "./.hhdefaults" أو "~ / .hhdefaults'
استخدم hhalign عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
