hhmake - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

hhmake - إنشاء HMM من محاذاة الإدخال أو التحويل بين تنسيق HMMER و HHsearch
شكل

موجز

هماك -i ملف [الخيارات]

الوصف

HHmake الإصدار 2.0.16 (يناير 2013) إنشاء HMM من محاذاة الإدخال في A2M أو A3M أو
FASTA ، أو التحويل بين تنسيق HMMER (.hmm) وتنسيق HHsearch (.hhm). تذكر
M و Biegert A و Hauser A و Soding J HHblits: تسلسل البروتين التكراري بسرعة البرق
البحث عن طريق محاذاة HMM-HMM. نات. الطرق 9: 173-175 (2011). (ج) يوهانس سودينغ ،
مايكل ريميرت ، أندرياس بيجرت ، أندرياس هاوزر

-i
محاذاة الاستعلام (A2M أو A3M أو FASTA) ، أو استعلام HMM

الناتج الخيارات:
-o
ملف HMM المراد الكتابة إليه (افتراضي = )

-a
ملف HMM المراد إلحاقه به

-v
الوضع المطول: 0: بدون خرج شاشة 1: تحذيرات فقط 2: مطول

-seq
الأعلى. عدد تسلسلات الاستعلام / القالب المعروضة (def = 10) احذر من الفائض! الجميع
يتم تخزين هذه التسلسلات في الذاكرة.

-سلبيات جعل تسلسل توافق الآراء الرئيسي التسلسل MSA الاستعلام

-اسم
استخدم هذا الاسم لـ HMM (الافتراضي: استخدم اسم التسلسل الأول)

تصفية الاستعلام محاذاة تسلسل متعدد

-هوية شخصية [0,100،90] الحد الأقصى لمعرف التسلسل الزوجي (٪) (معرف = XNUMX)

-الفرق [0، inf [
قم بتصفية MSA عن طريق اختيار مجموعة متنوعة من التسلسلات ، مع الاحتفاظ بهذا العدد على الأقل
المتسلسلة في كل كتلة MSA بطول 50 (def = 100)

-كوف [0,100،0] الحد الأدنى من التغطية مع الاستعلام (٪) (def = XNUMX)

-قم [0,100،0] الحد الأدنى من هوية التسلسل مع الاستعلام (٪) (def = XNUMX)

-QSC [0,100،20.0] الحد الأدنى من الدرجات لكل عمود مع الاستعلام (معرف = -XNUMX)

-نف [1، inf]
التنوع المستهدف للمحاذاة (افتراضي = إيقاف)

إدخال اكتساب شكل:
-M a2m استخدم A2M / A3M (افتراضي): الأحرف الكبيرة = مطابقة ؛ أحرف صغيرة = إدراج ؛ '-' = حذف ؛ "." =
الفجوات المحاذاة للإدخالات (يمكن حذفها)

-M أول
استخدم FASTA: الأعمدة التي بها بقايا في التسلسل الأول هي حالات مطابقة

-M [0,100]
استخدم FASTA: الأعمدة التي بها فجوات أقل من X٪ هي حالات مطابقة

العد الكاذب (الكمبيوتر) الخيارات:
-بسم 0-2 يعتمد الموقف على مزيج الكمبيوتر "تاو" (وضع الكمبيوتر ، الافتراضي = 0)

0: لا يوجد عدد زائف:
تاو = 0

1: ثابت
تاو = أ

2: الاعتماد على التنوع: tau = a / (1 + ((Neff [i] -1) / b) ^ c) (Neff [i]: عدد
المتسلسلات الفعالة في MSA المحلي حول العمود i) 3: التعداد الزائف للتنوع المستمر

-PCA [0,1،1.0] خليط العد الكاذب العام (def = XNUMX)

-ثنائي الفينيل متعدد الكلور [1 ، INF [قيمة عتبة Neff لـ -بسم 2 (def = 1.5)

-pcc [0,3،XNUMX] الأس الانقراض ج لـ -بسم 2 (def = 1.0)

-pre_pca [0,1]
خليط العدد الزائف للتصفية الأولية (def = 0.8)

-pre_pcb [1، inf [PREFILTER threshold for Neff (def = 1.8)

سياق محدد التهم الزائفة:
-nocontxt
استخدام مصفوفة الاستبدال بدلاً من الأعداد الزائفة الخاصة بالسياق

-الاتصال ملف سياق لحساب الأعداد الزائفة الخاصة بالسياق
(افتراضي =. / data / Context_data.lib)

-cslib
ملف حالة العمود للترشيح المسبق لقاعدة البيانات السريعة (افتراضي =. / data / cs219.lib)

مثال: hhmake -i اختبار

استخدم hhmake عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net