hmmpgmd - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

hmmpgmd - برنامج خفي للبحث عن استعلام بروتين مقابل قاعدة بيانات بروتين

موجز

hmmpgmd [خيارات]

الوصف

إنّ hmmpgmd البرنامج هو البرنامج الخفي الذي نستخدمه داخليًا لخادم الويب hmmer.org ، و
يقف أساسًا أمام برامج البحث عن البروتين فمر, hmmsearchو هممسكان.

لاستخدام hmmpgmd، أولاً يجب بدء مثيل كملف رئيسي الخادم ، ومزودة بـ
واحد على الأقل من أ تسلسل قاعدة بيانات (باستخدام - صادق علم) و / أو HMM قاعدة بيانات (باستخدام
هيه - هممدب علَم). يجب أن تكون قاعدة بيانات التسلسل بتنسيق hmmpgmd ، والذي قد يكون
أنتجت باستخدام إعادة تنسيق esl. قاعدة بيانات HMM من النموذج الذي تم إنتاجه بواسطة hmmbuild.
سيتم تحميل قاعدة بيانات الإدخال في الذاكرة بواسطة السيد. عندما ينتهي السيد
عند تحميل قاعدة (قواعد) البيانات ، فإنه يطبع السطر: "البيانات المحملة في الذاكرة. الماجستير جاهز."

فقط بعد أن يصبح المعلم جاهزًا ، يمكن بدء تشغيل مثيل واحد أو أكثر من hmmpgmd كعاملين.
قد يكون هؤلاء العمال (وعادة ما يكونون) على أجهزة مختلفة عن السيد ، لكن يجب عليهم ذلك
الوصول إلى نفس ملف (ملفات) قاعدة البيانات المقدمة للسيد ، بنفس المسار. مثل
مع السيد ، يقوم كل عامل بتحميل قاعدة (قواعد) البيانات في الذاكرة ، ويشير إلى الاكتمال
عن طريق طباعة: "البيانات تم تحميلها في الذاكرة. العامل جاهز".

من المتوقع أن يظل الخادم الرئيسي والعمال قيد التشغيل. عميل واحد أو أكثر بعد ذلك
الاتصال بالسيد وإرسال العديد من الاستفسارات. السيد يوزع عمل
استعلام بين العمال ، ويجمع النتائج ، ويدمجها قبل الرد على
عميل. تم تضمين مثالين لبرنامج العميل في دليل HMMER3.1 src - ملف C
برنامج هممك 2 ونص بيرل hmmpgmd_client_example.pl. هذه هي القصد منها
أمثلة فقط ، ويجب تمديدها حسب الضرورة لتلبية احتياجاتك.

يتم إرسال استعلام إلى السيد من العميل كسلسلة أحرف. قد تكون الاستفسارات
النوع الذي عادة ما يتم التعامل معه فمر (تسلسل البروتين مقابل قاعدة بيانات البروتين) ،
hmmsearch (استعلام البروتين HMM مقابل قاعدة بيانات البروتين) ، أو هممسكان (الاستعلام عن البروتين مقابل البروتين
قاعدة بيانات HMM).

الشكل العام لاستعلام العميل هو البدء بسطر واحد من النموذج @[خيارات],
متبوعًا بأسطر نصية متعددة تمثل إما الاستعلام HMM أو تنسيق Fasta
تسلسل. السطر الأخير من كل استعلام هو الفاصل //.

على سبيل المثال ، لأداء ملف فمر اكتب البحث عن تسلسل مقابل قاعدة بيانات التسلسل
ملف ، السطر الأول من النموذج @ - seqdb 1، ثم تسلسل الاستعلام بتنسيق fasta
بدءًا من سطر العنوان > اسم التسلسل، متبوعًا بسطر واحد أو أكثر من التسلسل ،
وأخيرًا الإغلاق //.

لأداء hmmsearch اكتب البحث ، يتم استبدال تسلسل الاستعلام بالنص الكامل لـ
استعلام بتنسيق HMMER HMM.

لأداء هممسكان اكتب البحث ، يتطابق النص مع ملف فمر اكتب البحث ، باستثناء
أن السطر الأول يتغير إلى @ - hmmdb 1.

في ملف قاعدة بيانات التسلسل المنسق hmmpgmd ، يمكن ربط كل تسلسل بواحد
أو المزيد من قواعد البيانات الفرعية. ال - صادق يشير العلم إلى أي من قواعد البيانات الفرعية هذه ستكون
تساءل. لا يدعم تنسيق قاعدة بيانات HMM قواعد البيانات الفرعية.

نتيجة كل استعلام هي بنية بيانات غير موثقة بتنسيق ثنائي. فى المستقبل
سيتم إرجاع البيانات في بنية متسلسلة مناسبة ، ولكنها تتطلب في الوقت الحالي
تفريغ دقيق داخل العميل. يوضح العملاء المثال كيف يتم ذلك.

OPTIONS

-h يساعد؛ اطبع تذكيرًا موجزًا ​​باستخدام سطر الأوامر وجميع الخيارات المتاحة.

EXPERT OPTIONS

--رئيسي - سيد
تشغيل كخادم رئيسي.

--عامل
تشغيل كعامل ، والاتصال بالخادم الرئيسي الذي يعمل على عنوان IP .

- ديمون
قم بتشغيله كخادم باستخدام ملف التكوين: /etc/hmmpgmd.conf

- ميناء
منفذ لاستخدامه للاتصال بين العملاء والخادم الرئيسي. الافتراضي
هو 51371.

--wport
منفذ لاستخدامه للتواصل بين العمال والخادم الرئيسي. الافتراضي
هو 51372.

--ccncts
العدد الأقصى لاتصالات العميل المطلوب قبولها. الافتراضي هو 16.

--wcncts
الحد الأقصى لعدد اتصالات العمال لقبولها. الافتراضي هو 32.

--معرّف
اسم الملف الذي سيتم كتابة معرف العملية فيه.

- صادق
اسم الملف (بتنسيق hmmpgmd) الذي يحتوي على تسلسلات البروتين. محتويات
سيتم تخزين هذا الملف في ذاكرة التخزين المؤقت لعمليات البحث.

- هممدب
اسم الملف الذي يحتوي على بروتين HMMs. سيتم تخزين محتويات هذا الملف مؤقتًا
لعمليات البحث.

--وحدة المعالجة المركزية
عدد الخيوط المتوازية المراد استخدامها (لـ --عامل ).

استخدم hmmpgmd عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net