هذا هو الأمر Kissnp2 الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
Kissnp2 - الصفحة اليدوية لـ Kissnp2 1.2.6
الوصف
الاسم Kissnp، الإصدار DiscoSnp - الوحدة الفرعية لـ Kissnp 1.2.6 - حقوق الطبع والنشر INRIA - ترخيص CeCILL
ملخص Kissnp2/kissnp2 [ [ -o الاسم
[-t] [-e length] [-l] [-b] [قيمة-k] [قيمة-c] [قيمة-g] [-h]
أو:
Kissnp2/kissnp2 input_names_file.txt -o الاسم [-t] [-e length] [-l] [-b] [-قيمة k] [-c
القيمة] [-قيمة ز] [-ح]
مع كون "input_names_file.txt" ملفًا يحتوي على اسم القراءة في كل سطر
ملفات
الوصف
"kissnp2"، يكتشف SNPs من مجموعة (مجموعات) القراءة. وينبغي عادة أن يتبعه
"kissreads" لاستعادة التغطية والمعلومات عالية الجودة من القراءات.
إلزامي
مجموعة قراءة واحدة على الأقل. -o file_name_prefix: مكان كتابة المخرجات وdebruijn
ملفات هيكل الرسم البياني.
OPTIONS
-t تم العثور على تمديد وتوقف عند تعدد الأشكال الأول (امتداد صارم = وحدات) SNPs.
غير متوافق مع -T
-T تم العثور على تمديد وتوقف عند تعدد الأشكال الكبير (الامتداد = contigs) SNPs. غير متوافق مع
-t
-e الطول: تمديد SNPs الموجود (option -t) والحفاظ فقط على أولئك الذين دقيقة (يسارًا ويمينًا).
الامتداد) أكبر أو يساوي "الطول"
-l الحفاظ على SNPs منخفضة التعقيد. الافتراضي: خطأ (تصفية النتائج منخفضة التعقيد)
-b INT:
0: منع SNPs لأي من المسارين المتفرعين (دقة عالية، استدعاء منخفض).
القيمة الافتراضية
1: منع SNPs من أن المسارين متفرعان (على سبيل المثال يمكن أن يكون المساران
تم إنشاؤه إما باستخدام "A" أو "C" في نفس الموضع 2: لا توجد قيود على
المتفرعة (دقة منخفضة، استدعاء عالية)
-k size_seed: سوف تستخدم بذور بطول size_seed. الافتراضي: 27.
-c min_coverage: يتم تغطية التسلسل بقراءات متماسكة على الأقل min_coverage. الافتراضي: 2
-C max_coverage: تتم تغطية التسلسل بقراءات متماسكة max_coverage على الأكثر. تقصير:
infiny (=2147483647 على جهاز الكمبيوتر الخاص بك :))
-g المقدرة_حجم_الجينوم: تقدير حجم الجينوم الذي تأتي منه القراءات.
إنه في bp، ولا يحتاج إلى أن يكون دقيقًا، ويتحكم فقط في استخدام الذاكرة. الافتراضي: 3
مليار
-h يطبع هذه الرسالة ويخرج
DiscoSnp - Kissnp submodule 1.2.6 - حقوق الطبع والنشر INRIA - ترخيص CeCILL كان سطر الأوامر هو:
Kissnp2/kissnp2 -h
استخدم Kissnp2 عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
