هذا هو الأمر make_das_confp الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
؛ make_das_conf.pl - إنشاء GB استعراض ملفات التكوين من مصادر DAS
موجز
٪ make_das_conf.pl http://genome.cse.ucsc.edu/cgi-bin/das/hg16 > /usr/local/apache/conf/gbrowse.conf/ucsc.conf
الوصف
ينشئ هذا البرنامج النصي ملف تكوين أولي لمسودة مناسب لتصفح DAS البعيد
الخادم.
لاستخدام هذا البرنامج النصي ، أعطه عنوان URL لخادم DAS. إذا وجهته إلى عنوان URL الأساسي لـ DAS
(بدون اسم مصدر البيانات) ، كما في "http://genome.cse.ucsc.edu/cgi-bin/das"، فإنه سوف
اطبع قائمة بمصادر البيانات الصالحة للمخرجات المعيارية. إذا أعطيته عنوان URL كاملًا لـ DAS ،
مثل "http://genome.cse.ucsc.edu/cgi-bin/das/hg16"، فسيتم طباعة تكوين gbrowse
ملف إلى الإخراج القياسي.
ربما تريد تعديل ملف التكوين بعد إنشائه. في
بشكل خاص ، سترغب في تخصيص أنواع الحروف الرسومية المرتبطة بكل مسار و
اضبط قائمة الأمثلة الواردة في التعليمات (بشكل افتراضي ، يستخدم هذا البرنامج النصي
قائمة كاملة بنقاط الدخول ، والتي قد تكون طويلة نوعًا ما).
اعلم أيضًا أن هذا البرنامج النصي ينشئ مجموعة من المجمعات التي قد تكون أو لا تكون كذلك
صحيح. ضع في اعتبارك حالة خادم DAS الذي يستخدم البنية الأساسية لملف
تقسم مرنا:
الطريقة الرئيسية: مرنا
الأجزاء الفرعية: 5'-UTR، CDS، 3'-UTR
سينشئ برنامج التحويل النصي هذا المجموعة التالية من المجمعات:
مرنا {مرنا}
5'-UTR {5'-UTR}
أقراص مضغوطة {أقراص مضغوطة}
3'-UTR {3'-UTR}
كما ستولد ما مجموعه أربعة مسارات ، واحد لكل من mRNA وكل جزء من أجزائه.
هذا ، بالطبع ، غير صحيح. سوف ترغب في دمج هذه في ملف واحد
المجمع:
مرنا {5'-UTR، 3'-UTR، CDS / mRNA}
استخدم make_das_confp عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
