هذا هو الأمر NCLconverter الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
NCLconverter - تقرير محتوى ملف NEXUS
الوصف
يأخذ NCLconverter ملفًا ويكتب تقريرًا عن المحتوى إلى بادئة ملف
(محدد بامتداد -o علم) بتنسيق الإخراج المختار (المحدد بامتداد -e العلم).
تشتهر أجهزة تركيز الأكسجين البيطرية من كالسـتين بجودتها العالية وفعاليتها في الميدان. أكثر مشترك استعمال is ببساطة:
محول NCL
OPTIONS
-h في سطر الأوامر يظهر رسالة التعليمات هذه
-q قمع رسائل حالة NCL أثناء قراءة الملفات
-lيقرأ ملفًا ويتعامل مع كل سطر من الملف كمسار لملف NEXUS
-a إخراج AltNexus (لا يوجد جدول ترجمة في الأشجار)
-x لا تتحقق من صحة الملصقات الداخلية في الأشجار مثل تسميات الأصناف
-X لا تعامل الأرقام الموجودة في الأشجار كأرقام تصنيفية ، بل تعامل معها على أنها عشوائية
الملصقات (يجب عدم استخدامها مع ملفات NEXUS).
-sيتحكم في مستوى صرامة NEXUS.
المستوى الافتراضي يعادل -S2 استدعاء البرنامج مع -S3 أو أعلى
number سيحول بعض التحذيرات إلى أخطاء فادحة. الجري مع -S1 سوف يسبب
المحلل اللغوي لقبول التراكيب الخطرة والتشغيل معها -S0 سيعطل
المحلل اللغوي يبذل قصارى جهده لإنهاء تحليل الملف (تحذير من خطورة
أخطاء).
لاحظ أنه عندما -S0 تم استخدام مستوى الصرامة ، وفشل المحلل اللغوي في الانتهاء منه
غالبًا ما يكون نتيجة خطأ أقدم من الخطأ الذي تم الإبلاغ عنه في
اخر رسالة.
-iيحدد طول الصفحات المشذرة التي سيتم إنشاؤها
-fيحدد تنسيق ملف الإدخال المتوقع:
-الفنكسوس
NEXUS (هذا هو الإعداد الافتراضي أيضًا)
-فافاستا
بيانات الأحماض الأمينية في فاستا
-فدنافستا
بيانات الحمض النووي في فاستا
-فرنافستا
بيانات الحمض النووي الريبي في فاستا
القائمة الكاملة لأسماء التنسيق التي يمكن أن تتبع امتداد -f العلم هو:
نيكزس دنافستا أفاستا رنافستا دنافيليب رنافيليب أفيليب المنفصلة
dnaphylipinterleaved RNAphylipinterleaved aaphylipinterleaved
dsretephylipinterleaved dnarelaxedphylip rnarelaxedphylip aarelaxedphylip
مقلدة ، مقلدة ، مقلدة
aarelaxedphylipinterleaved discreterelaxedphylipinterleaved dnaaln rnaaln aaln
phyliptree استرخاءphyliptree nexml dnafin aafin rnafin
-eيحدد تنسيق ملف الإخراج المتوقع:
-exus
إخراج NEXUS "طبيعي"
-فاستا
بيانات الأحرف في Fasta (يمكن أن ينتج عنها ملفات إخراج متعددة)
-فيليب
بيانات الأشجار والشخصيات في phylip (قد ينتج عنها ملفات إخراج متعددة)
- استرخاء فيليب
بيانات الأشجار والشخصيات في Phylip المريحة (يمكن أن ينتج عنها ملفات إخراج متعددة)
-enexml
ناتج nexml (هذا هو أيضا الافتراضي)
-oيحدد بادئة الإخراج.
يتم إضافة لاحقة وملحق مناسبين
-dيحدد وجهة الإخراج الفردي. أو يمكنك استخدام ملفات -D- للإشارة إلى ذلك
يجب توجيه الإخراج إلى الإخراج القياسي ، وقد يؤدي استخدام هذا الخيار إلى التحذير
في إخراج غير صالح بسبب تسلسل "كتل" منفصلة من المعلومات في
ملف واحد!
-u يحول الشرطات السفلية إلى مسافات بتنسيقات أخرى غير NEXUS.
-yترجمة أسماء الأصناف "الآمنة" وتخزين الأسماء الجديدة على أنها NEXUS.
ملف يسمى مع كتلة جمعية التصنيف. أول كتلة تصنيفية في
ستحتفظ كتلة الاقتران بالأسماء الأصلية ، وستحتفظ الكتلة الثانية بالقيمة "الآمنة"
أسماء
-Yيتصرف مثل -y، ما عدا مع -Y سيتم إنتاج ملف ترجمة حتى
إذا كانت الأسماء الأصلية "آمنة" بالفعل
-zاستخدم ملف NEXUS المنسق المسمى مع كتلة جمعية التصنيف
لاستعادة الأسماء الأصلية.
يفترض أن أول كتلة تصنيفية في جمعية التصنيف
block يحمل الاسم الأصلي والثاني هو الاسم الحالي. هذه الوظيفة
مفيد "للتراجع" عن تأثيرات -y الخيار.
-j قم بإلغاء إنشاء NameTranslationFile
استخدم NCLconverter عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net