نورسب - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

norsp - توقع البنية الثانوية NOn العادية (NORS)

موجز

norsp [الخيارات] -fileSeq -ملف -ملف -ملف
-fileCoils

الوصف

تلعب العديد من المناطق المرنة هيكليًا أدوارًا مهمة في العمليات البيولوجية. لديها
تم إثبات أن مناطق الحلقة الممتدة وفيرة جدًا في طبيعتها ، وأنها كذلك
تطوريًا محفوظًا. NORSp هو مؤشر متاح للجمهور للمناطق المضطربة
في البروتين. على وجه التحديد ، يتنبأ بمناطق طويلة بدون بنية ثانوية منتظمة.
عند تقديم المستخدم لتسلسل البروتين ، سيقوم NORSp بتحليل البروتين حوله
الهيكل الثانوي ، ووجود حلزونات عبر الغشاء وملف ملفوف. بعد ذلك
إعادة البريد الإلكتروني إلى المستخدم حول وجود ووضع المناطق المضطربة.

يمكن أن يكون NORSp مفيدًا لعلماء الأحياء بعدة طرق. على سبيل المثال ، يمكن لعلماء البلورات
تحقق مما إذا كانت البروتينات تحتوي على مناطق NORS واتخذ قرارًا بشأن ما إذا كنت تريد ذلك
تابع التجارب حيث قد يكون من الصعب بلورة بروتينات NORS ، مثل
يتضح من انخفاض حدوثها في PDB. يهتم علماء الأحياء بالبروتين
قد تجد علاقة البنية - الوظيفة أيضًا أنه من المثير للاهتمام التحقق مما إذا كان
تتطابق مواقع تفاعل البروتين البروتين مع منطقة NORS.

انظر الموقع الرسمي للمساعدة
.

الناتج شكل
التعليق الذاتي ، راجع أمثلة المخرجات بتنسيق / usr / share / doc / norsp / أمثلة.

المراجع

Liu، J. and Rost، B. (2003). NORSp: تنبؤات المناطق الطويلة دون الثانوية العادية
بناء. Res الأحماض النووية ، 31(13)، 3833-5.
ليو ، ج. ، هـ. تان ، ب. روست. تظهر بروتينات Loopy محفوظة في التطور. جيه مول بيول ،
322(1): 53-64 ، 2002.

OPTIONS

-fileSeq =FILE
ملف تسلسل الإدخال

-ملف Hssp =FILE
إدخال ملف hssp

-filePhd =FILE
إدخال ملف هيكل ثانوي

-filePhdHtm =FILE
إدخال ملف حلزونات عبر الغشاء

-fileCoils =FILE
ملف لفائف الإدخال. لاحظ أن 'FILE_raw 'تمت قراءته أيضًا. قم بتوليد هذه باستخدام
لفائف(1).

-fileSum =FILE
ملف ملخص التنبؤ الناتج

-o =FILE
ملف التنبؤ الناتج

--وين =عدد
بحجم النافذه

- secCut =عدد
محتوى الهيكل الأقصى

--accLen =عدد
الحد الأدنى من المخلفات المكشوفة المتتالية

-لغة البرمجة
الإخراج بتنسيق HTML

-v ، - الإصدار
إصدار norsp

-ديبوغ
رسائل التصحيح

-؟، --يساعد
شاشة المساعدة

استخدم norsp عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net