هذا هو الأمر obrotate الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
مخطئ - زوايا ثنائية السطوح تدور على دفعات تتوافق مع أنماط SMARTS
موجز
مخطئ "نمط ذكي" اسم الملف atom1 atom2 atom3 atom4 زاوية
الوصف
يقوم برنامج obrotate بتدوير الزاوية الالتوائية (ثنائية السطوح) لرابطة محددة في الجزيئات
إلى ما يحدده المستخدم. وبعبارة أخرى، فإنه يفعل نفس ما يقوم به المستخدم من ضبط زاوية
حزمة النمذجة الجزيئية، ولكنها أسرع بكثير وفي وضع الدفعة (أي عبر عدة
جزيئات في ملف).
معرفات الذرة الأربعة المطلوبة هي فهارس في نمط SMARTS، والذي يبدأ عند الذرة 0
(صفر). الزاوية المقدمة بالدرجات. الذرتان المستخدمتان لضبط زاوية ثنائي السطوح
و لا تحتاج إلى أن تكون متصلاً بذرات الرابطة و
بأي طريقة.
ترتيب الذرات مهم - جزء الجزيء المرتبط به و
تبقى ثابتة، ولكن الجزء المستعبدين و & التحركات.
أمثلة
لنفترض أنك تريد تحديد شكل عدد كبير من الجزيئات باستخدام أ
سقالة بيريديل واستبدالها بسلسلة أليفاتية في الموضع 3، على سبيل المثال ل
لرسو السفن أو لأغراض 3D-QSAR.
لتعيين قيمة الزاوية ثنائية السطوح الأولى على 90 درجة:
obrotate 'c1ccncc1CCC' بيريدينس.sdf 5 6 7 8 90
هنا يحدد 6 و7 الرابطة التي سيتم تدويرها في طقطق SMARTS، أي c1-C والذرات 5 و8
تحديد زاوية ثنائي السطوح معينة للتدوير.
نظرًا لأن الذرات التي تحدد ثنائي السطوح لا تحتاج إلى أن تكون متصلة بشكل مباشر، فإن النيتروجين موجود
يمكن استخدام البيريدين:
obrotate 'c1ccncc1CCC' بيريدينس.sdf 4 6 7 8 90
أبقِ حلقة البيريديل ثابتة وحرك السلسلة الأليفاتية:
obrotate 'c1ccncc1CCC' بيريدينس.sdf 5 6 7 8 90
أبقِ السلسلة الأليفاتية ثابتة وحرك حلقة البيريديل:
obrotate 'c1ccncc1CCC' بيريدينس.sdf 8 7 6 5 90
استخدم obrotate عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
