Palogist - على الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

Palogist - إجراء تحليل الارتباط على مستوى الجينوم باستخدام نموذج لوجستي

موجز

Palogist [ سطر الأوامر الخيارات ]

الوصف

Palogist يدير انحدارًا خطيًا على مجموعات كبيرة من البيانات المحتسبة بطريقة فعالة.

مزيد من الخيارات

مطلوب: أمر خط الخيارات
-p ، - فينو FILE
قراءة بيانات النمط الظاهري من FILE

-أنا، --معلومات FILE
قراءة معلومات SNP من FILE (مثل ملف MLINFO).

-د، --جرعة FILE
اسم ملف توقع SNP (مثل MLDOSE / MLPROB).

اختياري أمر خط الخيارات
م ، --خريطة FILE
اسم ملف الخريطة ، الذي يحتوي على مواضع الزوج الأساسي لكل SNP.

-ن، - nids عدد
عدد الأشخاص المراد تحليلهم.

-c ، - كروم FILE
الكروموسوم (ليتم تمريره إلى الإخراج).

-o ، --خارج FILE
اسم ملف الإخراج (الافتراضي هو الانحدار. out.txt ).

-س، - سكيبد عدد
كم عدد الأعمدة التي يجب تخطيها في ملف التوقع (الجرعة / الاختبار) (الافتراضي هو 2).

-t ، - النغمات عدد
كم عدد السمات التي يتم تحليلها (الافتراضي هو 1).

-g ، --ngpreds عدد
كم عدد أعمدة التوقع لكل علامة (الافتراضي 1 = MLDOSE ، وإلا استخدم 2 لـ MLPROB).

-a، - منفصل FILE
حرف لحقول منفصلة (الافتراضي هو المسافة).

-r ، --نتيجة
استخدم اختبار النتيجة.

-e، --بلا رأس
لا تبلغ عن سطر العنوان في الإخراج.

-l --الكوف
تقرير تقديرات لجميع المتغيرات المشتركة (مخرجات كبيرة!).

-ب، --تفاعل
المتغير المشترك الذي يجب استخدامه للتفاعل مع تحليل SNP (الافتراضي هو لا
التفاعل ، 0).

-ك، --التفاعل_فقط
اعجاب --تفاعل ولكن دون أن يعمل المتغير المشترك بالتفاعل مع SNP (الافتراضي هو
لا يوجد تفاعل ، 0).

-الخامس، - mmscore FILE
يسجل الاختبار في عينات من الأفراد ذوي الصلة. وسيطة FILE هي اسم ملف
ملف مع مصفوفة الارتباط العكسي. لاحظ أن هذه الميزة لا تزال ثابتة
تجريبي!

--قوي
الإبلاغ عن الأخطاء المعيارية القوية (المعروفة أيضًا باسم الساندويتش ، المعروف أيضًا باسم Hubert-White).

--مساعدة تعليمات الطباعة.

استخدم Palogist عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net