هذا هو الأمر pbdagcon الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
pbdagcon - إجماع على التسلسل باستخدام الرسوم البيانية الحلقية الموجهة
الوصف
com.pbdagcon هي أداة تنفذ DAGCon (إجماع الرسم البياني غير الدوري المباشر) وهو ملف
تعتمد خوارزمية إجماع التسلسل على استخدام رسوم بيانية حلقية موجهة لتشفير عدة
محاذاة التسلسل.
يستخدم معلومات المحاذاة من بلاسر(1) لمحاذاة تسلسل القراءة إلى "العمود الفقري"
تسلسل. بناءً على المحاذاة الأساسية للرسم البياني غير الدوري الموجه (DAG) ، سيكون قادرًا
لاستخدام المعلومات الجديدة من القراءات للعثور على التناقضات بين القراءات و
تسلسلات "العمود الفقري". ثم يتم تطبيق عملية البرمجة الديناميكية على DAG إلى
العثور على التسلسل الأمثل للقواعد مثل الإجماع. يمكن استخدام الإجماع الجديد كملف
تسلسل العمود الفقري الجديد لتحسين جودة الإجماع بشكل متكرر.
بينما يتم تطوير الكود لمعالجة بيانات التسلسل الأولي لـ PacBio (TM) ، يمكن للخوارزمية القيام بذلك
تستخدم لغرض الإجماع العام. حاليًا ، لا يتطلب الأمر سوى إدخال FASTA. لأقصر
قراءة التسلسل ، قد يحتاج المرء إلى ضبط بلاسر(1) معلمات المحاذاة للحصول على ملف
سلسلة المحاذاة بشكل صحيح.
تم استخدام الكود وبنية البيانات الرسومية الأساسية لبعض الخوارزميات
تطوير النماذج الأولية بما في ذلك القراءة المرحلية والتجميع المسبق والعمل على حل المشكلة
الحصول على إجماع من مخرجات Celera Assembler الوسيطة.
OPTIONS
يتوفر ملخص للخيارات من قائمة تعليمات البرنامج.
--مساعدة إظهار ملخص الخيارات.
استخدم pbdagcon عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
