هذا هو الأمر PerseusD الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
AmpliconNoise - إزالة الضوضاء من بيانات تسلسل النوكليوتيدات عالية الإنتاجية
VERSION
تشير هذه الوثائق إلى الإصدار 1.22
موجز
يرى /usr/share/doc/ampliconnoise/Doc.pdf.gz للحصول على تفاصيل حول كيفية الجري.
الوصف
يتم تضمين الأدوات التالية. معظمهم لديهم مكافئ MPI ، على سبيل المثال
يحتوي SeqNoise على SeqNoiseM مكافئ يمكن استخدامه مع mpirun.
فاستا فريد - يزيل نسخ ملف فاستا
-في اسم ملف إدخال السلسلة
خيارات:
الكتلة
-في اسم ملف إدخال مسافة السلسلة
-خارج سلسلة ملف الإخراج كعب روتين
خيارات:
-r القرار
- ارتباط متوسط
-w استخدام الأوزان
-أقرأ المعرفات
-س مقياس التوزيع.
NDist - مصفوفة مسافة تسلسل زوجي Needleman-Wunsch من ملف fasta
-في سلسلة اسم ملف fata
خيارات:
-أ معرّفات الإخراج
فرساوس - يذبح الوحوش
-sin سلسلة اسم الملف seq
خيارات:
- ملف تسلسل مرجعي لسلسلة القصدير
- محاذاة الإخراج
-د استخدام عدم التوازن
-rin اسم ملف البحث عن سلسلة
بيروديست - مصفوفة المسافة الزوجية من التدفق
-في اسم ملف تدفق السلسلة
-أوت كعب خارج كعب الملف
خيارات:
- لا يوجد فهرس في ملف دات
-rin اسم ملف البحث عن سلسلة
بيرونواز - مجموعات التدفق بدون محاذاة
-دين اسم ملف تدفق سلسلة
-من سلسلة اسم ملف الإدخال العنقودي
-ملف قائمة سلسلة الخط
خيارات:
-v مطول
- c- قطع أولي مزدوج
- لا يوجد فهرس في ملف دات
الدقة المزدوجة
-rin اسم ملف البحث
SeqDist - مصفوفة المسافة الزوجية من ملف Fasta
-في سلسلة فاستا اسم الملف
خيارات:
-أ معرّفات الإخراج
-rin اسم ملف البحث عن سلسلة
Seq الضوضاء - متواليات العناقيد
-في اسم ملف تسلسل السلسلة
-دين سلسلة اسم ملف مصفوفة المسافة
-من سلسلة اسم ملف الإدخال العنقودي
-ملف قائمة سلسلة الخط
خيارات:
-مين تعيين ملف
-v مطول
- c- قطع أولي مزدوج
الدقة المزدوجة
-rin اسم ملف البحث عن سلسلة
سبليت كلاستر
-دين سلسلة dat اسم الملف
-min اسم ملف خريطة السلسلة
- اسم ملف شجرة سلسلة القصدير
حجم الانقسام
-m دقيقة الحجم
استخدم PerseusD عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
