plastimatch - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

plastimatch - تسجيل الصور أو تحويلها أو تشويهها أو معالجتها

موجز

بلاستيماتش أمر [خيارات]

الوصف

يتم استخدام الملف القابل للتنفيذ plastimatch لمجموعة متنوعة من العمليات على الصور ثنائية الأبعاد أو ثلاثية الأبعاد،
بما في ذلك تسجيل الصور، وتزييفها، وإعادة تشكيلها، وتحويل تنسيق الملف. الاستمارة
من الخيارات يعتمد على الأمر المعطى. يمكن رؤية قائمة الأوامر المحتملة
ببساطة عن طريق كتابة "plastimatch" دون أي وسيطات سطر أوامر إضافية:

$بلاستيماتش
نسخة بلاستيماتش 1.6.0 بيتا (5023)
الاستخدام: أمر plastimatch [خيارات]
الأوامر:
إضافة ضبط متوسط ​​المحاصيل الحدودية
قارن يؤلف تحويل النرد الفرق
dmap dvh ملء مرشح جاما
رأس جاكوبيان مابس قناع التحقيق
تسجيل إحصائيات شريحة النطاق
موالفة موالفة VF عتبة الصورة المصغرة الاتحاد
الاعوجاج تحويل XF

للاستخدام التفصيلي لأمر معين، اكتب:
أمر بلاستيماتش

بلاستيماتش أضف

إنّ تضيف يُستخدم الأمر لإضافة صورة واحدة أو أكثر معًا وإنشاء صورة مخرجة.
يمكن ترجيح مساهمات الصور المدخلة باستخدام ناقل الوزن.

يتم إعطاء استخدام سطر الأوامر على النحو التالي:

الاستخدام: إضافة بلاستيماتش [خيارات] ملف الإدخال [ملف_الإدخال ...]
خيارات:
--average ينتج ملف إخراج وهو متوسط ​​ملف
ملفات الإدخال (إذا لم يتم تحديد الأوزان)، أو
اضرب الأوزان بـ 1/ن
--انتاج صورة الإخراج
--وزن تحديد ناقل الأوزان؛ الصور هي
مضروبا في الوزن قبل إضافة بهم
القيم

أمثلة
لجمع الملفات 01.mha و 02.mha و 03.mha وحفظ النتيجة في الملف
put.mha، يمكنك تشغيل الأمر التالي:

إضافة بلاستيماتش - إخراج الإخراج.mha 01.mha 02.mha 03.mha

إذا أردت أن يكون الإخراج.mha 2 * 01.mha + 0.5 * 02.mha + 0.1 * 03.mha، فيجب عليك
افعل هذا:

إضافة بلاستيماتش \
--إخراج الإخراج.mha \
--الوزن "2 0.5 0.1" \
01.mha 02.mha 03.mha

بلاستيماتش يعدل

إنّ ضبط يتم استخدام الأمر لضبط قيم الكثافة داخل الصورة. التعديل
العمليات المتاحة هي الاقتطاع والقياس الخطي.

يتم إعطاء استخدام سطر الأوامر على النحو التالي:

الاستخدام: ضبط البلاستيماتش [خيارات]
مطلوب:
--مدخل دليل الإدخال أو اسم الملف
--انتاج صورة الإخراج
اختياري:
--pw-خطي سلسلة تشكل خطيًا متعدد التعريف
خريطة من قيم المدخلات إلى قيم المخرجات،
من النموذج "in1، out1، in2، out2، ..."

يمكن استخدام أمر الضبط لإجراء ضبط خطي متعدد الأبعاد للصورة
شدة. يتم استخدام الخيار --pw-linear لإنشاء التعيين من شدة الإدخال
لكثافة الإخراج. يجب أن تزيد شدة المدخلات في المنحنى من اليسار إلى
مباشرة في السلسلة، ولكن شدة الإخراج تعسفية.

يتم تحويل شدة الإدخال أسفل الزوج الأول أو بعد الزوج الأخير بواسطة
استقراء المنحنى إلى ما لا نهاية مع ميل +1. قد يكون هناك منحدر مختلف
تم تحديدها إلى اللانهاية الإيجابية أو السلبية عن طريق تحديد قيم الإدخال الخاصة بـ
-inf و +inf. في هذه الحالة، الرقم الثاني في الزوج هو ميل المنحنى، وليس
كثافة الإخراج.

أمثلة
سيضيف الأمر التالي 100 إلى جميع وحدات البكسل الموجودة في الصورة:

ضبط البلاستيماتش \
--input infile.nrd \
--إخراج outfile.nrrd \
--pw الخطي "0,100"

الأمر التالي يفعل نفس الشيء، ولكن مع تحديد واضح للمنحدر
منطقة الاستقراء:

ضبط البلاستيماتش \
--input infile.nrd \
--إخراج outfile.nrrd \
--pw-خطي "-inf,1,0,100,inf,1"

يقوم الأمر التالي باقتطاع المدخلات إلى نطاق [-1000,+1000]:

ضبط البلاستيماتش \
--input infile.nrd \
--إخراج outfile.nrrd \
--pw-linear "-inf,0,-1000,-1000,+1000,+1000,inf,0"

بلاستيماتش متوسط

إنّ المتوسط يتم استخدام الأمر لحساب المتوسط ​​(المرجح) لصور الإدخال المتعددة.
وهو نفس البلاستيماتش تضيف الأمر، مع تحديد خيار --average.
يرجى الرجوع إلى بلاستيماتش تضيف للحصول على قائمة وسيطات سطر الأوامر.

مثال
سيحسب الأمر التالي متوسط ​​ثلاث صور مدخلة:

متوسط ​​البلاستيماتش \
--إخراج outfile.nrrd \
01.mha 02.mha 0.3.mha

بلاستيماتش التسمية التلقائية

إنّ تسمية تلقائية الأمر هو برنامج تجريبي يستخدم التعلم الآلي لتحديد
الفقرات الصدرية في الأشعة المقطعية.

يتم إعطاء استخدام سطر الأوامر على النحو التالي:

الاستخدام: تسمية تلقائية من البلاستيك [خيارات]
خيارات:
-h, --help عرض رسالة المساعدة هذه
--مدخل اسم ملف صورة الإدخال (مطلوب)
--شبكة إدخال اسم ملف الشبكة المدرب (مطلوب)
--انتاج اسم ملف CSV الناتج (مطلوب)

بلاستيماتش الحدود

إنّ حدود يأخذ الأمر صورة تسمية ثنائية كمدخل، ويقوم بإنشاء صورة للملف
حدود الصورة كإخراج. يتم تعريف الحدود على أنها وحدات فوكسل داخل الملصق
التي لها وحدات فوكسل مجاورة خارج التسمية.

يتم إعطاء استخدام سطر الأوامر على النحو التالي:

الاستخدام: حدود بلاستيماتش [خيارات] input_file
مطلوب:
--انتاج اسم الملف لصورة الإخراج

بلاستيماتش ا & قتصاص

إنّ محصول يقوم الأمر باقتصاص جزء مستطيل من ملف الإدخال وحفظ هذا الجزء
إلى ملف الإخراج. يتم إعطاء استخدام سطر الأوامر على النحو التالي:

الاستخدام: محصول بلاستيماتش [خيارات]
مطلوب:
--input=image_in
--output=image_out
--voxels = "x-min x-max y-min y-max z-min z-max" (أعداد صحيحة)

تتم فهرسة وحدات voxels بدءًا من الصفر. بمعنى آخر، إذا كان حجم الصورة هو M
imes N imes P، ينبغي أن تتراوح قيم x بين 0 وM-1.

مثال
يقوم الأمر التالي بتحديد المنطقة ذات الحجم 10 imes 10 imes 10، مع أول فوكسل
لصورة الإخراج الموجودة في الموقع (5,8,12،XNUMX،XNUMX) من صورة الإدخال:

محصول بلاستيماتش \
--إدخال in.mha \
--إخراج out.mha \
--فوكسيلز "5 14 8 17 12 21"

بلاستيماتش مقارنة

إنّ قارن يقارن الأمر ملفين عن طريق طرح ملف واحد من الآخر، و
الإبلاغ عن إحصاءات الصورة الفرق. يجب أن يكون لملفي الإدخال نفس الشيء
الهندسة (الأصل والأبعاد وتباعد فوكسل). يتم إعطاء استخدام سطر الأوامر كـ
يتبع:

الاستخدام: مقارنة البلاستيك image_in_1 image_in_2

مثال
الأمر التالي يطرح Synth_2 من Synth_1، ويبلغ عن الإحصائيات:

$ plastimatch قارن Synth_1.mha Synth_2.mha
الحد الأدنى -558.201904 الطريق 7.769664 الحد الأقصى 558.680847
ماي 85.100204 مس 18945.892578
ديف 54872 رقم 54872

يتم تفسير الإحصائيات المبلغ عنها على النحو التالي:

MIN الحد الأدنى لقيمة اختلاف الصورة
AVE متوسط ​​قيمة اختلاف الصورة
MAX الحد الأقصى لقيمة اختلاف الصورة
MAE يعني متوسط ​​قيمة الصورة الفرق
MSE يعني الفرق التربيعي بين الصور
DIF عدد البكسلات ذات الكثافات المختلفة
NUM إجمالي عدد وحدات البكسل في الصورة الفرقية

بلاستيماتش مؤلف موسيقى

إنّ تشكل يتم استخدام الأمر لإنشاء تحويلين. يتم إعطاء استخدام سطر الأوامر كـ
يتبع:

الاستخدام: إنشاء ملف plastimatch file_1 file_2 outfile

ملاحظة: يتم تطبيق file_1 أولاً، ثم file_2.
الملف الخارجي = file_2 أو file_1
س -> س + file_2(x + file_1(x))

يمكن أن تكون التحويلات من أي نوع، بما في ذلك الترجمة، أو الجامدة، أو المتقاربة، أو itk B-spline، أو
الحقول B-spline الأصلية، أو الحقول المتجهة. يكون ملف الإخراج دائمًا حقلًا متجهًا.

هناك قيود أخرى تتمثل في أن واحدًا على الأقل من ملفات الإدخال يجب أن يكون إما ملف
الخط B الأصلي أو حقل المتجه. هذا القيد مطلوب لأن هذه هي الطريقة
يتم اختيار الدقة وتباعد فوكسل لحقل ناقل الإخراج.

مثال
لنفترض أننا نريد إنشاء تحويل جامد (rigid.tfm) مع حقل متجه (vf.mha)،
بحيث يكون تحويل الإخراج مكافئًا لتطبيق التحويل الجامد أولاً، و
مجال المتجه الثاني

plastimatch يؤلف جامد.tfm vf.mha مؤلف_vf.mha

بلاستيماتش CONVERT

إنّ تحول يستخدم الأمر لتحويل الملفات من تنسيق إلى تنسيق آخر. كجزء
من عملية التحويل، يمكن أيضًا تطبيق تحويلات هندسية (خطية أو قابلة للتشوه).
إلى الصور المدخلة. في الحقيقة، تحول هو مجرد اسم مستعار لـ انفتل أمر.

يتم إعطاء استخدام سطر الأوامر على النحو التالي:

الاستخدام: تحويل بلاستيماتش [خيارات]
خيارات:
--algorithm خوارزمية لاستخدامها في التزييف أيضًا
"itk" أو "أصلي"، الافتراضي هو أصلي
--ctats ملف سمات ct (يستخدمه dij warper)
--القيمة الافتراضية القيمة التي سيتم تعيينها للبكسلات غير المعروفة
القيمة الافتراضية هي 0
--dicom-with-uids تم ضبطه على خطأ لإزالة uids من الإنشاء
أسماء ملفات dicom، الافتراضي هو صحيح
--dif dif (يستخدمه dij warper)
--dim حجم صورة الإخراج في فوكسل "x [yz]"
--اتجاه جيب التمام
اتجاه المحاور x وy وz؛ تحديد
إما القيمة المحددة مسبقا،
{الهوية،تدوير-{1,2,3،9،XNUMX}،المقصومة}، أو XNUMX
سلسلة مصفوفة الأرقام "abcdefghi"
- مقياس الجرعة قم بقياس الجرعة بهذه القيمة
--مُثَبَّت صورة ثابتة (تطابق حجم الإخراج مع هذا
صورة)
--مدخل دليل الإدخال أو اسم الملف؛ يمكن أن يكون
الصورة، ملف مجموعة الهيكل (cxt أو
dicom-rt)، ملف الجرعة (dicom-rt،
مونتي كارلو أو xio)، دليل dicom، أو
دليل شيو
--input-cxt أدخل ملف cxt
--input-جرعة-ast إدخال حجم جرعة أسترويد
--input-جرعة-img أدخل حجم الجرعة
--input-dose-mc أدخل حجم مونتي كارلو
--input-جرعة-xio إدخال حجم جرعة شيو
--input-prefix أدخل دليل مجموعة البنية
الصور (صورة واحدة لكل ملف)
--input-ss-img إدخال ملف صورة مجموعة الهيكل
--input-ss-list إدخال ملف قائمة مجموعة الهيكل
تحتوي على أسماء وألوان
--إقحام الاستيفاء لاستخدامه عند إعادة أخذ العينات،
إما "nn" لأقرب الجيران أو
"خطي" للخط الثلاثي، الافتراضي هو
خطي
--البيانات الوصفية البيانات الوصفية للمريض (يمكنك استخدام هذا
الخيار عدة مرات)، الخيار مكتوب
كـ "XXXX,YYYY=string"
--طريقة البيانات الوصفية للطريقة: مثل {CT، MR، PT}،
الافتراضي هو CT
--أصل موقع فوكسل الصورة الأولى بالملليمتر "xy
z"
--خريطة ألوان الإخراج قم بإنشاء ملف colormap الذي يمكن استخدامه
مع القطاعة 3D
--output-cxt إخراج ملف مجموعة بنية بتنسيق cxt
--output-dicom قم بإنشاء دليل يحتوي على dicom و
ملفات dicom-rt
--output-dij إنشاء ملف مصفوفة dij
--output-dose-img إنشاء حجم صورة الجرعة
--output-img صورة الإخراج؛ يمكن أن يكون mha، mhd، nii،
nrrd، أو أي تنسيق آخر يدعمه ITK
--output-labelmap إنشاء صورة مجموعة هيكل مع كل منهما
فوكسل المسمى كهيكل واحد
--output-pointset إنشاء ملف Pointset الذي يمكن استخدامه
مع القطاعة 3D
--output-prefix إنشاء دليل مع صورة منفصلة
لكل هيكل
--output-prefix-fcsv
قم بإنشاء دليل باستخدام ملف fcsv منفصل
ملف Pointset لكل هيكل
--output-ss-img إنشاء صورة مجموعة الهيكل الذي
يسمح بالهياكل المتداخلة
--output-ss-list إنشاء ملف قائمة مجموعة الهيكل
تحتوي على أسماء وألوان
--نوع الإخراج نوع الصورة الناتجة، واحدة من {uchar،
قصيرة، تعويم، ...}
--output-vf إنشاء حقل متجه من المدخلات xf
--output-xio قم بإنشاء دليل يحتوي على تنسيق xio
ملفات
--رقم المريض البيانات الوصفية لمعرف المريض: سلسلة
--اسم المريض البيانات الوصفية لاسم المريض: سلسلة
--مريض-POS البيانات الوصفية لموقف المريض: واحدة من
{هفس، هفب، فس، فب}
--تنسيق البادئة تنسيق ملف الهياكل النقطية،
إما "mha" أو "nrrd"
--Prune-empty يحذف الهياكل الفارغة من الإخراج
--المشار إليه-ط م دليل dicom يستخدم لتعيين UIDs و
البيانات الوصفية
--وصف السلسلة
البيانات الوصفية لوصف السلسلة: سلسلة
--تبسيط-نسبة مئوية يمسح في المئة من القمم
من الخطوط المتعددة الإخراج
--تباعد تباعد فوكسل بالملليمتر "x [yz]"
--version يعرض إصدار البرنامج
--xf تحويل المدخلات المستخدم لتشويه الصورة (الصور)
--xor-contours يجب أن تكون الخطوط المتداخلة xor'd
بدلا من أود

أمثلة
يوضح المثال الأول كيفية تحويل وحدة تخزين DICOM إلى NRRD. صور ديكوم
التي تشتمل على وحدة التخزين يجب أن يتم تخزينها في دليل واحد، وهو في هذا المثال
يسمى "ديكوم في دير". لأنه لم يتم تحديد خيار --output-type، فإن الإخراج
سيتم مطابقة النوع مع نوع وحدة تخزين DICOM المدخلة. تنسيق ملف الإخراج
(NRRD) يتم تحديده من امتداد اسم الملف.

تحويل بلاستيماتش \
--إدخال ديكوم في دير \
--output-img outfile.nrrd

يقوم هذا المثال أيضًا بتحويل نوع شدة الصورة إلى تعويم.

تحويل بلاستيماتش \
--إدخال ديكوم في دير \
--output-img outfile.nrrd \
- تعويم من نوع الإخراج

يوضح المثال التالي كيفية إعادة تشكيل الصورة الناتجة إلى شكل هندسي مختلف. ال
--Origin الخيار يعين موضع (مركز) فوكسل الأول من الصورة،
يقوم الخيار --dim بتعيين عدد وحدات البكسل، بينما يقوم الخيار --spacing بتعيين المسافة بينهما
فوكسل. من المفترض أن تكون وحدات الأصل والتباعد بالملليمتر.

تحويل بلاستيماتش \
--إدخال ديكوم في دير \
--output-img outfile.nrrd \
-- الأصل "-200 -200 -165" \
--خافت "250 250 110" \
- التباعد "2 2 2.5"

بشكل عام، من الصعب تحديد الشكل الهندسي لملف الإخراج يدويًا. لو
إذا كنت تريد مطابقة الشكل الهندسي لملف الإخراج مع ملف موجود، فيمكنك القيام بذلك
باستخدام الخيار --fixed.

تحويل بلاستيماتش \
--إدخال ديكوم في دير \
--output-img outfile.nrrd \
--مرجع ثابت.nrrd

يوضح هذا المثال التالي كيفية تحويل ملف مجموعة بنية DICOM RT إلى صورة باستخدام
خيار --output-ss-img. نظرًا لأن الهياكل في DICOM RT عبارة عن خطوط متعددة، فهي كذلك
تنقيط لإنشاء الصورة. وحدات فوكسل الصورة الناتجة هي أعداد صحيحة 32 بت، حيث
البتة i^ من كل عدد صحيح لها قيمة واحدة إذا كان فوكسل يقع في المقابل
البنية، والقيمة صفر إذا كان فوكسل يقع خارج البنية. أسماء البنية
يتم تخزينها في ملف منفصل باستخدام خيار --output-ss-list.

تحويل بلاستيماتش \
--هياكل الإدخال.dcm \
--output-ss-img outfile.nrrd \
--output-ss-list outfile.txt

في المثال السابق، لم يتم تحديد الشكل الهندسي لملف الإخراج. عندما
لم يتم تحديد هندسة مجموعة بنية DICOM RT، ومن المفترض أن تتطابق مع الهندسة
لصورة DICOM CT المرتبطة بالمعالم. إذا كانت صورة DICOM CT المرتبطة
في نفس الدليل مثل ملف مجموعة البنية، سيتم العثور عليه تلقائيًا.
بخلاف ذلك، يتعين علينا إخبار plastimatch بمكان وجوده باستخدام خيار --dicom-dir.

تحويل بلاستيماتش \
--هياكل الإدخال.dcm \
--output-ss-img outfile.nrrd \
--output-ss-list outfile.txt \
--dicom-dir ../ct-directory

بلاستيماتش DICE

البلاستيماتش النرد يقارن صور التسمية الثنائية باستخدام معامل النرد، هاوسدورف
المسافة، أو كفاف يعني المسافة. يتم التعامل مع الصور المدخلة على أنها منطقية، حيث
تعني القيم غير الصفرية أن فوكسل موجود داخل الهيكل والقيم الصفرية تعني أن
فوكسل خارج الهيكل.

يتم إعطاء استخدام سطر الأوامر على النحو التالي:

الاستخدام: النرد البلاستيكي [خيارات] صورة اختبارية مرجعية
خيارات:
--كل حساب النرد، وHausdorff، والمتوسط ​​الكفافي
المسافة (أي ما يعادل --dice --hausdorff
-- كفاف يعني)
--contour-mean حساب الكفاف يعني المسافة
--dice حساب معامل النرد (افتراضي)
--hausdorff حساب مسافة Hausdorff ومتوسط ​​Hausdorff
مسافة

مثال
يحسب الأمر التالي جميع الإحصائيات الثلاثة لـ Mask1.mha وmask2.mha:

النرد البلاستيكي --جميع الأقنعة1.mha قناع2.mha

بلاستيماتش مهرجان دبي السينمائي الدولي

البلاستيماتش فرق يقوم الأمر بطرح صورة من أخرى، ويحفظ الإخراج كملف
صورة جديدة. يجب أن يكون لملفي الإدخال نفس الشكل الهندسي (الأصل والأبعاد والفوكسيل
تباعد).

يتم إعطاء استخدام سطر الأوامر على النحو التالي:

الاستخدام: اختلاف البلاستيك image_in_1 image_in_2 image_out

مثال
يحسب الأمر التالي file1.nrrd ناقص file2.nrrd، ويحفظ النتيجة فيه
outfile.nrd:

plastimatch diff file1.nrrd file2.nrrd outfile.nrrd

بلاستيماتش DMAP

البلاستيماتش com.dmap يأخذ الأمر صورة تسمية ثنائية كمدخل، وينشئ مسافة
صورة الخريطة كإخراج. الصورة الناتجة لها نفس هندسة الصورة (الأصل،
الأبعاد، تباعد فوكسل) كصورة الإدخال.

يتم إعطاء استخدام سطر الأوامر على النحو التالي:

الاستخدام: plastimatch dmap [خيارات]
مطلوب:
--مدخل دليل الإدخال أو اسم الملف
--انتاج صورة الإخراج
اختياري:
--algorithm سلسلة تحدد الخوارزمية المستخدمة
لحساب خريطة المسافة، سواء
"مورير" أو "دانيلسون" أو "إيتك-دانيلسون"
(الافتراضي هو "دانيلسون")
- ينبغي أن تكون وحدات فوكسل إيجابية داخل الهيكل
إيجابية (افتراضيا فهي سلبية)
-المسافة القصوى
فوكسل مع مسافات أكبر من هذا
سيتم اقتطاع المسافة إلى الرقم
هذا العدد
--squared-distance تُرجع المسافة التربيعية بدلاً من
مسافة

مثال
يحسب الأمر التالي ملف خريطة المسافة dmap.nrrd من صورة خريطة تسمية ثنائية
التسمية.nrd.:

plastimatch dmap --input label.nrrd --output dmap.nrrd

بلاستيماتش الحد من مخاطر الكوارث

هذا الأمر قيد الإنشاء.

بلاستيماتش DVH

إنّ dvh يقوم الأمر بإنشاء رسم بياني لقيمة الجرعة (DVH) من صورة وبنية جرعة معينة
تعيين الصورة. يتم إعطاء استخدام سطر الأوامر على النحو التالي:

الاستخدام: بلاستيماتش DVH [خيارات]
--input-ss-img ملف
--input-ss-list
- ملف جرعة الإدخال
--ملف الإخراج CSV
--وحدات الإدخال {gy,cgy}
- تراكمي
- صناديق الأرقام
--عرض بن

المدخلات المطلوبة هي --input-dose، --input-ss-img، --input-ss-list، و-output-csv.
يجب أن تكون وحدات جرعة الإدخال إما Gy أو cGy. سيتم إنشاء قيم حاوية DVH
لجميع الهياكل الموجودة في ملفات مجموعة البنية. سيتم إنشاء الإخراج كـ
ملف جدول بيانات بتنسيق ASCII csv، يمكن قراءته بواسطة OpenOffice.org أو Microsoft Excel.

الافتراضي هو الرسم البياني التفاضلي (القياسي)، بدلاً من DVH التراكمي الذي
هو الأكثر شيوعا في العلاج الإشعاعي. لإنشاء DVH تراكمي، استخدم الخيار --cumulative.

الافتراضي هو إنشاء 256 حاوية، يبلغ عرض كل منها 1 غراي. يمكنك ضبط هذه القيم
باستخدام خيار --num-bins و --bin-width.

مثال
لإنشاء DVH لكسر واحد يبلغ 2 Gy، قد نختار 250 صندوقًا لكل منها عرض 1
cGy. إذا كانت جرعة الإدخال محددة بالفعل في cGy، فيمكنك استخدام الأمر التالي:

بلاستيماتش دفه \
--input-ss-img Structures.mha \
--input-ss-list Structures.txt \
--إدخال الجرعة الجرعة.mha \
--output-csv dvh.csv \
--وحدات الإدخال cgy \
--عدد الصناديق 250 \
--عرض الصندوق 1

بلاستيماتش ملء

إنّ شغل يتم استخدام الأمر لملء منطقة الصورة بكثافة ثابتة. المنطقة
يتم تعريف التعبئة بواسطة ملف قناع، مع وحدات فوكسل ذات كثافة غير صفرية في صورة القناع
يتم ملؤها.

يتم إعطاء استخدام سطر الأوامر على النحو التالي:

الاستخدام: تعبئة بلاستيماتش [خيارات]
خيارات:
--مدخل دليل الإدخال أو اسم الملف؛ يمكن أن تكون صورة
أو دليل ديكوم
--قناع اسم ملف الإدخال لصورة القناع
--قيمة القناع القيمة التي سيتم تعيينها للبكسلات داخل القناع (for
"ملء")، أو خارج القناع (لـ "القناع"
--انتاج اسم ملف الإخراج (لملف الصورة) أو الدليل
(للديكوم)
--تنسيق الإخراج يجب أن يكون arg "dicom" لإخراج dicom
--نوع الإخراج نوع الصورة الناتجة، واحدة من {uchar، short،
يطفو، ...}

أمثلة
لنفترض أن لدينا ملف بروستات.nrd وهو صفر خارج البروستات، وغير صفر
داخل البروستاتا. يمكننا حشو البروستاتا بقوة 1000 أثناء المغادرة
المناطق غير البروستاتا بشدتها الأصلية باستخدام الأمر التالي.

تعبئة بلاستيماتش \
--input infile.nrd \
--إخراج outfile.nrrd \
--قيمة القناع 1000 \
--قناع البروستاتا.nrd

بلاستيماتش منقي

إنّ تصفية يطبق الأمر عامل تصفية على الصورة المدخلة، وينشئ صورة تمت تصفيتها كصورة خاصة به
انتاج. يمكن أن يكون الفلتر مدمجًا أو مخصصًا.

يتم إعطاء استخدام سطر الأوامر على النحو التالي:

الاستخدام: مرشح بلاستيماتش [خيارات] input_image
خيارات:
--جابور-ك-فيب اختر اتجاه غابور في الفهرس i بالداخل
دوامة فيبوناتشي بطول n؛ محدد ك
"في" حيث i و n أعداد صحيحة، و i كذلك
بين 0 و n-1
--غاوس العرض العرض (مم) للغاوسي الموحد
مرشح التنعيم
--kernel اسم ملف صورة النواة
--انتاج اسم ملف الصورة الناتج
--النواة الإخراج اسم ملف نواة الإخراج
--نمط نوع الفلتر: {gabor، gauss، kernel}،
الافتراضي هو غاوس

المرشحات المدمجة المدعومة هي "gabor" و"gauss". بالنسبة للغاوسي، عرض
يمكن التحكم في Gaussian باستخدام خيار --gauss-width. مرشح غابور حاليا
يقتصر على الاختيار التلقائي لاتجاهات المرشح، والتي تكون متباعدة بشكل شبه منتظم
مجال الوحدة. يتم تحديد عوامل التصفية المخصصة من خلال توفير ملف kernel، وهو
متشابك مع الصورة.

مثال
سيقوم الأمر التالي بإنشاء صورة تمت تصفيتها من مرشح جابور الأول داخل ملف
بنك من 10 مرشحات.:

مرشح بلاستيماتش - اختبار جابور نمط / rect-1.mha \
--gabor-k-fib "0 5" --output g-05.mha

بلاستيماتش جاما

إنّ نطاق يقوم الأمر بمقارنة صورتين باستخدام ما يسمى بمعيار جاما. جاما
يحدد المعيار أن الصور متشابهة في موقع معين داخل صورة مرجعية
إذا كان هناك فوكسل بكثافة مماثلة قريبة في صورة المقارنة. كلاهما محلي
يمكن تنفيذ جاما وجاما العالمية باستخدام هذا الأمر.

يتم إعطاء استخدام سطر الأوامر على النحو التالي:

الاستخدام: بلاستيماتش جاما [الخيارات] image_1 image_2
خيارات:
--عتبة التحليل
عتبة التحليل للجرعة في التعويم (ل
على سبيل المثال، أدخل 0.1 لتطبيق 10% من
الجرعة المرجعية). جرعة العتبة النهائية
(جي) يتم حسابها بضرب هذا
القيمة والجرعة المرجعية المحددة (أو
الجرعة القصوى إذا لم تعطى). (الافتراضي هو
0.1)
--compute-full-region مع هذا الخيار، ستكون خريطة جاما كاملة
تم إنشاؤها على منطقة الصورة بأكملها
(حتى بالنسبة لمنطقة الجرعة المنخفضة). إنها
يوصى بعدم استخدام هذا الخيار ل
تسريع الحساب. انه ليس لديها
التأثير على معدل تمرير جاما.
- تحمل الجرعة معامل التحجيم للجرعة
اختلاف. (على سبيل المثال، ضع 0.02 إذا كنت تريد ذلك
تطبيق معيار فرق الجرعة 2٪)
(الافتراضي هو 0.03)
--DTA التسامح مقياس المسافة إلى الاتفاق (DTA).
المعامل بالملم (الافتراضي هو 3)
--جاما ماكس الحد الأقصى لقيمة جاما لحسابها؛
تعمل القيم الأصغر بشكل أسرع (الافتراضي هو
2.0)
--inherent-resample
قيمة التباعد بـ [مم]. المرجع
سيتم إعادة تشكيل الصورة نفسها بهذا
القيمة (ملاحظة: إعادة تشكيل مقارنة الصورة بـ
ref-image متأصلة بالفعل). إذا أرج
0، تم تعطيل هذا الخيار. (الافتراضي هو
-1.0)
--interp-search مع هذا الخيار، الاستيفاء الذكي
سيتم استخدام البحث في النقاط القريبة من
نقطة مرجعية. سيؤدي هذا إلى القضاء على
احتياجات إعادة التشكيل الجميلة. ومع ذلك، فإنه
سوف يستغرق وقتا أطول لحساب.
--local-gamma مع هذا الخيار، فرق الجرعة هو
تحسب على أساس الجرعة المحلية
اختلاف. خلاف ذلك، مرجع معين
سيتم استخدام الجرعة، وهو ما يسمى
غاما العالمية.
--انتاج صورة الإخراج
--خريطة فشل الإخراج مسار الملف لتقييم غاما الثنائي
نتيجة.
--نص الإخراج مسار الملف النصي لتقييم جاما
نتيجة.
--الجرعة المرجعية الجرعة الموصوفة (Gy) المستخدمة
حساب تحمل الجرعة؛ إذا لم يتم تحديدها،
ثم الجرعة القصوى في الحجم المرجعي هي
مستعمل
--resample-nn باستخدام هذا الخيار، سيقوم أقرب جار بذلك
يمكن استخدامها بدلا من الاستيفاء الخطي
في إعادة تشكيل الصورة المقارنة إلى
صورة المرجعية. لا ينصح به ل
نتائج افضل.

مثال
يتم إنتاج صورة جاما من صورتين مدخلتين باستخدام المعلمات الافتراضية. هذا سوف
تكون غاما عالمية، وذلك باستخدام أقصى كثافة للصورة المرجعية مثل غاما
قيمة التطبيع.:

بلاستيماتش جاما --إخراج جاما.mha \
مرجع-image.mha مقارنة-image.mha

بلاستيماتش HEADER

إنّ رأس يتم استخدام الأمر لعرض خصائص بسيطة حول وحدة التخزين، مثل
نوع بيانات الصورة وهندسة الصورة.

يتم إعطاء استخدام سطر الأوامر على النحو التالي:

الاستخدام: رأس plastimatch [خيارات] input_file [input_file ...]
خيارات:
-h, --help في عرض رسالة المساعدة هذه
--version يعرض إصدار البرنامج

مثال
يمكننا عرض الشكل الهندسي لأي نوع ملف مدعوم، مثل mha أو nrrd أو dicom. نحن
يمكن تشغيل الأمر على النحو التالي:

$ plastimatch رأس input.mha
النوع = تعويم
الطائرات = 1
الأصل = -180 -180 -167.75
الحجم = 512 512 120
التباعد = 0.7031 0.7031 2.5
الاتجاه = 1 0 0 0 1 0 0 0 1

من معلومات الرأس نرى أن الصورة بها 120 شريحة، وكل شريحة 512×
512 بكسل. يبلغ تباعد الشرائح 2.5 مم، وتباعد البكسل داخل الطائرة 0.7031 مم.

بلاستيماتش جاكوبيان

إنّ جاكوبيان الأمر يحسب المحدد اليعقوبي لحقل المتجه. إما أ
يمكن حساب صورة المحدد اليعقوبي أو إحصائياتها الموجزة.

يتم إعطاء استخدام سطر الأوامر على النحو التالي:

الاستخدام: بلاستيماتش جاكوبيان [خيارات]
خيارات:
--مدخل دليل الإدخال أو اسم ملف الصورة
--output-img صورة الإخراج؛ يمكن أن يكون mha، mhd، nii، nrrd،
أو أي تنسيق آخر يدعمه ITK
--احصائيات الإخراج ملف احصائيات الإخراج. تنسيق النص

مثال
لإنشاء صورة محدد جاكوبي من ملف حقل متجه vf.mha، قم بتشغيل ما يلي:

بلاستيماتش جاكوبيان \
--input vf.mha --output-img vf_jac.mha

بلاستيماتش مابس

إنّ MABS ينفذ الأمر عملية تجزئة تعتمد على الأطلس المتعدد (MABS). الامر
يمكن أن تعمل في أحد أوضاع التدريب المتعددة، أو في وضع التجزئة.

يتم إعطاء استخدام سطر الأوامر على النحو التالي:

الاستخدام: mabs plastimatch [خيارات] Command_file
خيارات:
--atlas-selection قم بتشغيل اختيار الأطلس فقط
- تحويل أطلس ما قبل العملية
--انتاج دليل الإخراج (غير dicom) عند القيام بذلك
تجزئة
--output-dicom إخراج دليل dicom عند القيام ب
تقسيم
- أطلس ما قبل المعالجة المسبقة
--شريحة استخدم mabs لتقسيم الصورة المحددة
أو الدليل
- تدريب أداء التدريب الكامل للعثور على الأفضل
معلمات التسجيل والتجزئة
--train-atlas-selection قم بتشغيل اختيار أطلس القطار فقط
--تدريب التسجيل إجراء تدريب محدود للعثور على
أفضل معلمات التسجيل فقط

قبل تشغيل الأمر mabs، يجب عليك إنشاء ملف تكوين، ويجب عليك ذلك
ترتيب بيانات التدريب الخاصة بك في تنسيق الدليل المناسب. للحصول على وصف كامل
من بناء جملة ملف الأوامر وأمثلة الاستخدام، يرجى الرجوع إلى mabs_guidebook و
section_command_file_reference.

بلاستيماتش MASK

إنّ قناع يتم استخدام الأمر لملء منطقة الصورة بكثافة ثابتة. المنطقة
يتم تعريف التعبئة بواسطة ملف قناع، مع وجود وحدات فوكسل ذات كثافة صفرية في صورة القناع
مملوء. وبالتالي فهو عكس شغل أمر.

يتم إعطاء استخدام سطر الأوامر على النحو التالي:

الاستخدام: قناع بلاستيماتش [خيارات]
خيارات:
--مدخل دليل الإدخال أو اسم الملف؛ يمكن أن يكون
دليل الصورة أو dicom
--قناع اسم ملف الإدخال لصورة القناع
--قيمة القناع القيمة التي سيتم تعيينها للبكسلات داخل القناع (for
"ملء")، أو خارج القناع (لـ "القناع"
--انتاج اسم ملف الإخراج (لملف الصورة) أو
الدليل (للديكوم)
--تنسيق الإخراج يجب أن يكون arg "dicom" لإخراج dicom
--نوع الإخراج نوع الصورة الناتجة، واحدة من {uchar، short،
يطفو، ...}

أمثلة
لنفترض أن لدينا ملف يسمى Patient.nrrd، وهو صفر خارج المريض، و
غير الصفر داخل المريض. إذا أردنا ملء المنطقة خارج المريض
القيمة -1000، نستخدم الأمر التالي.

قناع بلاستيماتش \
--input infile.nrd \
--إخراج outfile.nrrd \
--قناع النفي \
--قيمة القناع -1000 \
--قناع المريض.nrd

بلاستيماتش تحويل ML

أن تكون مكتوبة.

بلاستيماتش مسبار

البلاستيماتش مسبار يتم استخدام الأمر لفحص كثافة الصورة أو مجال المتجه
الإزاحة في موضع واحد أو أكثر داخل الحجم. يمكن أن تكون مواقف التحقيق
المحددة في الإحداثيات العالمية (مم)، باستخدام خيار --location، أو كمؤشرات للصور
باستخدام خيار --index. يتم تحريف المواقع أو المؤشرات خطيًا إذا كانت تكذب
بين فوكسل.

يتم إعطاء استخدام سطر الأوامر على النحو التالي:

الاستخدام: ملف مسبار البلاستيماتش [خيارات].
خيارات:
-i، --index قائمة مؤشرات فوكسل، مثل
"إيجك;إيجك;..."
-ل، --الموقع قائمة المواقع المكانية، مثل
"إيجك;إيجك;..."

سيقوم الأمر بإخراج سطر واحد لكل مسبار مطلوب. يتضمن كل سطر إخراج
الحقول التالية.:

PROBE# رقم المسبار، يبدأ بالصفر
INDEX الموضع (الكسري) للمسبار كمؤشر فوكسل
LOC موقع المسبار في الإحداثيات العالمية
VALUE الكثافة (للأحجام) أو الإزاحة
(للحقول المتجهة)

مثال
نستخدم خيار الفهرس لرؤية شدة الصورة عند الإحداثيات (2,3,4،XNUMX،XNUMX)، والموقع
خيار لرؤية شدة الصورة في موقعين مختلفين:

مسبار البلاستيماتش \
--الفهرس "2 3 4" \
--الموقع "0 0 0; 0.5 0.5 0.5" \
infile.nrd

وسوف يتضمن الإخراج ثلاث نتائج التحقيق. يُظهر كل مسبار مؤشر المسبار، فوكسل
الفهرس وموقع فوكسل والشدة.

0: 2.00، 3.00، 4.00؛ -22.37، -21.05، -19.74؛ -998.725891
1: 19.00، 19.00، 19.00؛ 0.00، 0.00، 0.00؛ -0.000197
2: 19.38، 19.38، 19.38؛ 0.50، 0.50، 0.50؛ -9.793450

بلاستيماتش سجل

البلاستيماتش تسجيل جديد يتم استخدام الأمر لإجراء تسجيل خطي أو قابل للتشوه
صورتين. يتم إعطاء استخدام سطر الأوامر على النحو التالي:

الاستخدام: سجل البلاستيماتش Command_file

ملف الأوامر هو ملف نصي عادي يحتوي على قسم عام واحد وقسم واحد
أو أكثر من أقسام المراحل. يبدأ القسم العام بسطر يحتوي على السلسلة فقط
"[عالمي]"، وتبدأ كل مرحلة بسطر يحتوي على السلسلة "[STAGE]".

يتم استخدام القسم العام لتعيين ملفات الإدخال وملفات الإخراج والمعلمات العامة
يحدد قسم كل مرحلة مرحلة متسلسلة من المعالجة. للحصول على كامل
وصف بناء جملة ملف الأوامر، يرجى الرجوع إلى
Registration_command_file_reference.

أمثلة
إذا كنت تريد تسجيل image_2.mha لمطابقة image_1.mha باستخدام تسجيل B-spline،
قم بإنشاء ملف أوامر مثل هذا:

# ملف_الأمر.txt
[عالمي]
Fixed=image_1.mha
متحرك=image_2.mha
img_out=warped_2.mha
xform_out=bspline_coefficiency.txt

[منصة]
xform=bspline
impl=plastimatch
Threading=openmp
max_its=30
Regularization_lambda=0.005
Grid_spac=100
الدقة=4 4 2

ثم قم بتشغيل التسجيل هكذا:

سجل plastimatch command_file.txt

المثال أعلاه ينفذ مرحلة تسجيل واحدة فقط. إذا كنت تريد أن تفعل
التسجيل متعدد المراحل، استخدم أقسام [STAGE] متعددة. مثله:

# ملف_الأمر.txt
[عالمي]
Fixed=image_1.mha
متحرك=image_2.mha
img_out=warped_2.mha
xform_out=bspline_coefficiency.txt

[منصة]
xform=bspline
impl=plastimatch
Threading=openmp
max_its=30
Regularization_lambda=0.005
Grid_spac=100
الدقة=4 4 2

[منصة]
max_its=30
Grid_spac=80
الدقة=2 2 1

[منصة]
max_its=30
Grid_spac=60
الدقة=1 1 1

لمزيد من الأمثلة، يرجى الرجوع إلى image_registration_guidebook.

بلاستيماتش إعادة تشكيل

إنّ إعادة أخذ العينات يمكن استخدام الأمر لتغيير هندسة الصورة.

يتم إعطاء استخدام سطر الأوامر على النحو التالي:

الاستخدام: إعادة تشكيل البلاستيماتش [خيارات]
مطلوب: --input=file
- الإخراج = ملف
اختياري: --subsample = "xyz"
--fixed=file
--الأصل = "xyz"
--تباعد = "xyz"
--الحجم = "xyz"
--output_type={uchar,short,ushort,float,vf}
--الاستيفاء = {ن، خطي}
--default_val=val

مثال
يمكننا استخدام خيار --subsample لدمج عدد صحيح من وحدات البكسل في وحدة فوكسل واحدة.
على سبيل المثال، إذا أردنا تجميع مكعب بحجم 3x3x1 فوكسل في فوكسل واحد، فسنقوم بذلك
قم بما يلي.

إعادة تشكيل البلاستيماتش \
--input infile.nrd \
--إخراج outfile.nrrd \
- العينة الفرعية "3 3 1"

بلاستيماتش مقياس

إنّ مقياس يقوم الأمر بقياس صورة أو حقل متجه عن طريق ضرب كل فوكسل بثابت
.

يتم إعطاء استخدام سطر الأوامر على النحو التالي:

الاستخدام: مقياس البلاستيماتش [خيارات] input_file
خيارات:
--انتاج اسم الملف لصورة الإخراج أو حقل المتجه
--وزن قم بقياس صورة الإدخال أو حقل المتجه بهذا
القيمة (العائمة)

مثال
يقوم هذا الأمر بإنشاء ملف إخراج بكثافة صورة (أو طول فوكسل) أكبر بمرتين
كقيم الإدخال:

مقياس البلاستيماتش - الخرج الخرج.mha - الوزن 2.0 المدخلات.mha

بلاستيماتش القطاعي

إنّ قطعة يقوم الأمر بالتقسيم البسيط القائم على العتبة. استخدام سطر الأوامر هو
تعطى على النحو التالي:

الاستخدام: قطعة بلاستيماتش [خيارات]
خيارات:
-h, --help عرض رسالة المساعدة هذه
--مدخل اسم ملف صورة الإدخال (مطلوب)
--العتبة السفلى العتبة السفلية (تشمل وحدات فوكسل
فوق هذه القيمة)
--output-dicom دليل إخراج dicom (لـ RTSTRUCT)
--output-img اسم ملف صورة الإخراج
--العتبة العليا العتبة العليا (تشمل وحدات فوكسل
أقل من هذه القيمة)

مثال
لنفترض أن لدينا صورة مقطعية لخزان مياه، ونرغب في إنشاء صورة بها تلك
حيث يوجد الماء، والأصفار حيث يوجد الهواء. ثم يمكننا أن نفعل هذا:

قطعة بلاستيماتش \
--إدخال الماء.mha \
--output-img water-label.mha \
--العتبة السفلية -500

إذا أردنا بدلاً من ذلك إنشاء مجموعة بنية DICOM-RT، فيجب علينا تحديد صورة DICOM
كمدخل. سيسمح هذا لـ plastimatch بإنشاء DICOM-RT مع المريض الصحيح
الاسم ومعرف المريض والمعرفات الفريدة (UIDs). سيتم تسمية ملف الإخراج "ss.dcm".

قطعة بلاستيماتش \
--إدخال water_dicom \
--إخراج ديكوم water_dicom \
--العتبة السفلية -500

بلاستيماتش STATS

يعرض الأمر plastimatch stats بعض الإحصائيات الأساسية حول الصورة على الملف
الشاشة.

يتم إعطاء استخدام سطر الأوامر على النحو التالي:

الاستخدام: ملف إحصائيات البلاستيماتش [ملف ...]

يمكن أن تكون ملفات الإدخال إما صور إسقاط ثنائية الأبعاد، أو وحدات تخزين ثلاثية الأبعاد، أو حقول متجهة ثلاثية الأبعاد.

مثال
يعرض الأمر التالي إحصائيات الحجم ثلاثي الأبعاد Synth_3.mha.

$ احصائيات البلاستيماتش Synth_1.mha
الحد الأدنى -999.915161 الطريق -878.686035 الحد الأقصى 0.000000 العدد 54872

يتم تفسير الإحصائيات المبلغ عنها على النحو التالي:

MIN الحد الأدنى للكثافة في الصورة
AVE متوسط ​​الشدة في الصورة
MAX أقصى كثافة في الصورة
NUM عدد وحدات البكسل في الصورة

مثال
يعرض الأمر التالي إحصائيات حقل المتجه ثلاثي الأبعاد vf.mha:

احصائيات $ plastimatch vf.mha
الحد الأدنى: 0.000 -0.119 -0.119
المتوسط: 13.200 0.593 0.593
الحد الأقصى: 21.250 1.488 1.488
متوسط ​​عضلات البطن: 13.200 0.594 0.594
الطاقة: مينديل -6.79 ماكسديل 0.166 ماكسسترين 41.576 توسترين 70849
الحد الأدنى للتمدد عند: (29 19 19)
اليعقوبي: MINJAC -6.32835 MAXJAC 1.15443 MINABSJAC 0.360538
مين عبس جاكوبيان في: (28 36 36)
المشتقات الثانية: MINSECDER 0 MAXSECDER 388.82 TOTSECDER 669219
انتسيدر 1.524e+06
الحد الأقصى للمشتق الثاني: (29 36 36)

تحتوي الصفوف المقابلة لـ "Min وMean وMax وMean abs" على ثلاثة أرقام، وهي
تتوافق مع إحداثيات x وy وz. ولذلك، فإنهم يحسبون هذه الإحصائيات ل
كل اتجاه متجه على حدة.

وفيما يلي وصف للإحصائيات المتبقية:

مينديل: الحد الأدنى من التمدد
ماكسديل الحد الأقصى للتمدد
MAXSTRAIN أقصى قدر من الضغط
TOTSTRAIN سلالة كاملة
MINJAC الحد الأدنى اليعقوبي
MAXJAC الحد الأقصى اليعقوبي
MINABSJAC الحد الأدنى المطلق اليعقوبي
MINSECDER الحد الأدنى للمشتق الثاني
MAXSECDER الحد الأقصى للمشتق الثاني
TOTSECDER إجمالي المشتق الثاني
INTSECDER المشتق الثاني المتكامل

بلاستيماتش سينث

إنّ موالفة يقوم الأمر بإنشاء صورة اصطناعية. يمكن أن تكون الأنواع التالية من الصور
تم إنشاؤه عن طريق تحديد خيار --pattern المناسب. كل من هذه الأنماط تأتي مع
مجموعة بنية اصطناعية وجرعة اصطناعية يمكن استخدامها للاختبار.

· دونات - هيكل على شكل دونات

· غاوس - طمس غاوسي

· الشبكة - شبكة ثلاثية الأبعاد

· الرئة – رئة اصطناعية بها ورم

· المستقيم - مستطيل موحد ضمن خلفية موحدة

· المجال - مجال موحد ضمن خلفية موحدة

· xramp -- صورة تتغير شدتها خطيًا في الاتجاه x

· yramp - صورة تتغير كثافتها خطيًا في الاتجاه y

· zramp -- صورة تتغير كثافتها خطيًا في الاتجاه z

يتم إعطاء استخدام سطر الأوامر على النحو التالي:

الاستخدام: موالفة البلاستيماتش [خيارات]
خيارات:
--خلفية شدة المنطقة الخلفية
--مركز الاسطوانة موقع مركز الاسطوانة بالملم "x [y
ض]"
- نصف قطر الاسطوانة حجم الاسطوانة بالملم "x [yz]"
--dicom-with-uids تم ضبطه على خطأ لإزالة uids من الإنشاء
أسماء ملفات dicom، الافتراضي هو صحيح
--dim حجم صورة الإخراج في فوكسل "x [yz]"
--اتجاه جيب التمام
اتجاه المحاور x وy وz؛ تحديد
إما القيمة المحددة مسبقا،
{الهوية،تدوير-{1,2,3،9،XNUMX}،المقصومة}، أو XNUMX
سلسلة مصفوفة الأرقام "abcdefghi"
--دونات سنتر موقع مركز الدونات بالملليمتر "x [yz]"
--دونات نصف قطرها حجم الدونات بالملم "x [yz]"
--حلقات الدونات عدد حلقات الدونات (2حلقة ل
الدونات التقليدية)
--مركز الجرعة موقع مركز الجرعة بالملليمتر "xyz"
--حجم الجرعة أبعاد فتحة الجرعة بالملم "x [y
z]"، أو مواقع زوايا المستطيل
بالملم "x1 x2 y1 y2 z1 z2"
--مُثَبَّت صورة ثابتة (تطابق حجم الإخراج مع هذا
صورة)
--المقدمة شدة المنطقة الأمامية
--جابور-ك-فيب اختر اتجاه غابور في الفهرس i بالداخل
دوامة فيبوناتشي بطول n؛ محدد
كـ "في" حيث i وn أعداد صحيحة، و
أنا بين 0 و n-1
--مركز غاوس موقع المركز الغوسي بالملم "x [y
ض]"
--غاوس الأمراض المنقولة جنسيا عرض غاوسي بالملم "x [yz]"
--نمط الشبكة تباعد نمط الشبكة في voxels "x [yz]"
--مدخل صورة الإدخال (أضف نمطًا صناعيًا إليها
الصورة الموجودة)
-- ورم الرئة موضع الورم بالملليمتر "z" أو "xyz"
--البيانات الوصفية البيانات الوصفية للمريض (يمكنك استخدام هذا
الخيار عدة مرات)
--الضوضاء يعني متوسط ​​شدة الضوضاء الغوسية
--الضوضاء الأمراض المنقولة جنسيا الانحراف المعياري للضوضاء الغوسية
--أصل موقع فوكسل الصورة الأولى بالملليمتر "xy
z"
--انتاج ضع اسم الملف
--output-dicom دليل إخراج ديكوم
--output-dose-img اسم الملف لصورة جرعة الإخراج
--output-ss-img اسم الملف لصورة مجموعة هيكل الإخراج
--output-ss-list اسم الملف لملف الإخراج الذي يحتوي على
أسماء البنية
--نوع الإخراج نوع البيانات لصورة الإخراج: {uchar،
قصيرة، قصيرة، ulong، تعويم}، الافتراضي هو
الطفو
--رقم المريض البيانات الوصفية لمعرف المريض: سلسلة
--اسم المريض البيانات الوصفية لاسم المريض: سلسلة
--مريض-POS البيانات الوصفية لموقف المريض: واحدة من
{هفس، هفب، فس، فب}
--نمط نمط اصطناعي لإنشاء: {اسطوانة،
دونات، الجرعة، جابور، غاوس، الشبكة، الرئة،
الضوضاء، المستقيم، المجال، xramp، yramp،
zramp}، الافتراضي هو غاوس
--الظليل عرض الظل الجزئي للجرعة مم
--المستقيم عرض المستطيل بالملم "x [yz]"، أو
مواقع زوايا المستطيل بالملم "x1
x2 y1 y2 z1 z2"
--تباعد تباعد فوكسل بالملليمتر "x [yz]"
--مركز المجال موقع مركز الكرة بالملليمتر "xyz"
--نصف قطر الكرة نصف قطر الكرة بالملم "x [yz]"
--حجم الحجم حجم الصورة الناتجة بالملليمتر "x [yz]"

أمثلة
قم بإنشاء فانتوم ماء مكعب بأبعاد 30 × 30 × 40 سم مع وضع الصفر في وسط الماء
السطح:

موالفة البلاستيماتش \
--النمط المستقيم \
--إخراج water_tank.mha \
--الحجم المستقيم "-150 150 0 400 -150 150" \
-- الأصل "-245.5 245.5 -49.5 449.5 -149.5 149.5" \
--تباعد "1 1 1" \
--خافت "500 500 300"

إنشاء أشباح الرئة مع موقعين مختلفين للورم، والإخراج إلى ديكوم:

موالفة البلاستيماتش \
--نمط الرئة \
--إخراج ديكوم الرئة_inhale \
-- ورم الرئة "0 0 10"
موالفة البلاستيماتش \
--نمط الرئة \
--إخراج ديكوم الرئة_زفير \
-- ورم الرئة "0 0 -10"

بلاستيماتش سينث-VF

إنّ موالفة-vf يقوم الأمر بإنشاء حقل ناقل اصطناعي. الأنواع التالية من ناقلات
يمكن إنشاء الحقول، عن طريق تحديد الخيار المناسب.

· غاوس - اعوجاج غاوسي

· شعاعي - توسع شعاعي أو انكماش

· الترجمة – ترجمة موحدة

· صفر - حقل متجه يكون صفرًا في كل مكان

يتم إعطاء استخدام سطر الأوامر على النحو التالي:

الاستخدام: موالفة البلاستيماتش-vf [خيارات]
خيارات:
--dim حجم صورة الإخراج في فوكسل "x [yz]"
--اتجاه جيب التمام
اتجاه المحاور x وy وz؛ تحديد
إما القيمة المحددة مسبقًا، {identity،
تم تدويرها-{1,2,3}، أو مقطوعة}، أو 9 أرقام
سلسلة المصفوفة "abcdefghi"
--مُثَبَّت صورة إدخال تستخدم لضبط حجم الملف
الناتج
--مركز غاوس موقع مركز الالتواء الغوسي "x [y
ض]"
--غاوس ماج حجم الإزاحة للالتواء الغاوسي
مم "س [yz]"
--غاوس الأمراض المنقولة جنسيا عرض القياس الغوسي بالملليمتر "x [yz]"
--أصل موقع فوكسل الصورة الأولى بالملليمتر "xy
z"
--انتاج ضع اسم الملف
--مركز شعاعي موقع مركز الالتواء الشعاعي "x [y
ض]"
--radial-mag حجم الإزاحة للالتواء الشعاعي
مم "س [yz]"
--تباعد تباعد فوكسل بالملليمتر "x [yz]"
--حجم الحجم حجم الصورة الناتجة بالملليمتر "x [yz]"
--xf-غاوس الاعوجاج الغاوسي
--xf- شعاعي التوسع الشعاعي (أو الانكماش)
--xf-trans ترجمة موحدة في ملم "xyz"
--xf-صفر تحويل فارغ

بلاستيماتش العتبة

إنّ عتبة يقوم الأمر بإنشاء صورة خريطة تسمية ثنائية من صورة كثافة الإدخال.

يتم إعطاء استخدام سطر الأوامر على النحو التالي:

الاستخدام: عتبة البلاستيمات [خيارات]
خيارات:
--فوق القيمة التي يكون الإخراج فوقها ذا قيمة عالية
--أقل القيمة التي يكون الناتج أقل منها ذا قيمة عالية
--مدخل دليل الإدخال أو اسم الملف
--انتاج صورة الإخراج
--يتراوح سلسلة تشكل قائمة بنطاقات العتبة
من النموذج "r1-lo،r1-hi،r2-lo،r2-hi،..."،
مثل هذا voxels مع شدة داخل أي
من النطاقات ([r1-lo,r1-hi], [r2-lo,r2-hi],
...) لها قيمة إخراج عالية

مثال
يقوم الأمر التالي بإنشاء صورة تسمية ثنائية بقيمة 1 عندما تكون شدة الإدخال هي
بين 100 و200، والقيمة 0 بخلاف ذلك.:

عتبة البلاستيمات \
--إدخال input_image.nrrd \
--outputput_labe.nrrd \
--النطاق "100,200"

بلاستيماتش ظفري

إنّ صورة مصغرة يقوم الأمر بإنشاء صورة مصغرة ثنائية الأبعاد لشريحة محورية من
حجم الإدخال. ليس من الضروري أن تتوافق الصورة الناتجة تمامًا مع شريحة عدد صحيح
رقم. يتم دائمًا توسيط موقع الصورة الناتجة داخل الشريحة.

يتم إعطاء استخدام سطر الأوامر على النحو التالي:

الاستخدام: ملف إدخال مصغر من البلاستيك [خيارات]
خيارات:
--ملف الإدخال
--ملف إلاخراج
--حجم الصورة المصغرة خافت
- حجم تباعد الصور المصغرة
--مكان الشريحة

مثال
نقوم بإنشاء صورة ثنائية الأبعاد بدقة 10 × 10 بكسل، في الموقع المحوري 0، و
بحجم 20 × 20 مم:

الصورة المصغرة البلاستيكية \
--إدخال in.mha --إخراج out.mha \
--صورة مصغرة خافتة 10 \
--تباعد الصور المصغرة 2 \
--شريحة لوك 0

بلاستيماتش UNION

إنّ الاتحاد يقوم الأمر بإنشاء وحدة تخزين ثنائية وهي الاتحاد المنطقي لصورتين مُدخلتين.
تكون قيمة وحدات فوكسل في الصورة الناتجة واحدة إذا كانت وحدات فوكسل غير صفرية في أي من الصورتين المدخلتين،
أو القيمة صفر إذا كان فوكسل صفرًا في كلتا الصورتين المدخلتين.

يتم إعطاء استخدام سطر الأوامر على النحو التالي:

الاستخدام: الاتحاد البلاستيكي [خيارات] input_1 input_2
خيارات:
-h, --help في عرض رسالة المساعدة هذه
--انتاج اسم الملف لصورة الإخراج
--version يعرض إصدار البرنامج

مثال
يقوم الأمر التالي بإنشاء وحدة تخزين تمثل اتحاد صورتين مدخلتين:

الاتحاد البلاستيماتش \
--إخراج itv.mha \
phase_1.mhaphase_2.mha

بلاستيماتش WARP

إنّ انفتل الأمر هو اسم مستعار لـ تحول. يرجى الرجوع إلى بلاستيماتش تحول ل
قائمة معلمات سطر الأوامر.

أمثلة
لتشويه صورة باستخدام معاملات B-spline الناتجة عن سجل البلاستيماتش
الأمر (المحفوظ في الملف bspline.txt)، قم بما يلي:

اعوجاج بلاستيماتش \
--input infile.nrd \
--إخراج outfile.nrrd \
--xf bspline.txt

في المثال السابق، تم تحديد الشكل الهندسي لملف الإخراج بواسطة الشكل الهندسي
المعلومات في ملف معامل bspline. يمكنك إعادة تشكيلها إلى هندسة مختلفة
باستخدام --fixed، أو --origin، --dim، و--spacing.

اعوجاج بلاستيماتش \
--input infile.nrd \
--إخراج outfile.nrrd \
--xf bspline.txt \
--مرجع ثابت.nrrd

عند تشويه صورة مجموعة البنية، حيث تتوافق البتات الصحيحة مع البنية
العضوية، فأنت بحاجة إلى استخدام الاستيفاء المجاور الأقرب بدلاً من الاستيفاء الخطي
إقحام.

اعوجاج بلاستيماتش \
--هياكل الإدخال-in.nrd \
--هياكل الإخراج-out.nrrd \
--xf bspline.txt \
-- الاستيفاء ن

في بعض الأحيان، سيتم تشويه وحدات فوكسل الموجودة خارج هندسة الصورة المدخلة
هندسة الصورة الناتجة. بشكل افتراضي، يتم "ملء" هذه المناطق بـ
شدة الصفر. يمكنك اختيار قيمة مختلفة لهذه المناطق باستخدام
- خيار القيمة الافتراضية.

اعوجاج بلاستيماتش \
--input infile.nrd \
--إخراج outfile.nrrd \
--xf bspline.txt \
--القيمة الافتراضية -1000

بالإضافة إلى الصور والهياكل، يمكن أيضًا أن تكون المعالم المصدرة من 3D Slicer
مشوه.

اعوجاج بلاستيماتش \
--إدخال ثابت_landmarks.fcsv \
--output-pointset warped_landmarks.fcsv \
--xf bspline.txt

في بعض الأحيان، قد يكون من المرغوب فيه تطبيق تحويل محدد بشكل صريح بواسطة حقل متجه
بدلاً من استخدام معاملات B-spline. للسماح بذلك، يقبل الخيار --xf أيضًا
أحجام حقل المتجهات. على سبيل المثال، يصبح المثال السابق.

اعوجاج بلاستيماتش \
--إدخال ثابت_landmarks.fcsv \
--output-pointset warped_landmarks.fcsv \
--xf vf.mha

بلاستيماتش تحويل XF

إنّ xf-تحويل يقوم الأمر بالتحويل بين أنواع التحويل. يمكن أن يكون التحول إما أ
تحويل B-spline، أو حقل متجه. هناك نوعان مختلفان من B-spline
تنسيقات التحويل: التنسيق الأصلي لـ plastimatch، وتنسيق ITK. بالإضافة إلى
تحويل نوع التحويل، و xf-تحويل يمكن للأمر أيضًا تغيير تباعد الشبكة
تحويلات الخط B.

يتم إعطاء استخدام سطر الأوامر على النحو التالي:

الاستخدام: plastimatch xf-convert [خيارات]
خيارات:
--dim حجم الصورة الناتجة بالفوكسل "x [yz]"
--تباعد الشبكة تباعد الشبكة على شكل حرف B بالملم "x [yz]"
--مدخل إدخال اسم ملف xform (مطلوب)
--nobulk حذف التحويل المجمع لـ itk_bspline
--أصل موقع فوكسل الصورة الأولى بالملليمتر "xyz"
--انتاج اسم ملف إخراج Xform (مطلوب)
--نوع الإخراج نوع xform المراد إنشاؤه (مطلوب)، اختر
من {bspline، itk_bspline، vf}
--تباعد تباعد فوكسل بالملليمتر "x [yz]"

مثال
نريد تحويل تحويل B-spline إلى حقل متجه. إذا كان تحويل B-spline
في التنسيق الأصلي، يتم تحديد هندسة حقل المتجه من خلال القيم الموجودة في ملف
تحويل الرأس.:

بلاستيماتش XF تحويل \
--إدخال bspline.txt \
--الإخراج vf.mha \
--نوع الإخراج vf

وبالمثل، إذا أردنا تحويل حقل متجه إلى مجموعة من معاملات الخط B مع a
تباعد نقطة التحكم بمقدار 30 ملم في كل اتجاه.

بلاستيماتش XF تحويل \
--الإدخال vf.mha \
--إخراج bspline.txt \
--نوع الإخراج bspline \
--تباعد الشبكة 30

استخدم plastimatch عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net