هذا هو الأمر Prettyplote الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
Prettyplot - ارسم محاذاة تسلسلية بتنسيق جميل
موجز
com.betyplot العواقب تسلسل [- مصفوفة البخور] [-الخطوط الثابتة عدد صحيح]
[-resbreak عدد صحيح] [-ألوان منطقية] [-cidentity سلسلة]
[-تشابه سلسلة] [-cother سلسلة] [-docolor منطقية] [ظل سلسلة]
[-زوج مجموعة] [-هوية عدد صحيح] [-صندوق منطقية] [-boxcol منطقية]
[-boxuse سلسلة] [-اسم منطقية] [-maxnamelen عدد صحيح] [-رقم منطقية]
[-listoptions منطقية] [-تعدد الطفو] [-إجماع منطقية]
[-تصادم منطقية] [-بديل الإدارية] [-تظهر النتيجة عدد صحيح]
[-صورة منطقية] -رسم بياني رسم بياني
com.betyplot -مساعدة
الوصف
com.betyplot هو برنامج سطر أوامر من EMBOSS ("البيولوجيا الجزيئية الأوروبية المفتوحة
مجموعة برامج"). وهو جزء من مجموعة (مجموعات) الأوامر "Alignment:Multiple,Display".
OPTIONS
إدخال قسم
العواقب تسلسل
- مصفوفة البخور
هذا هو ملف مصفوفة التسجيل المستخدم عند مقارنة التسلسلات. افتراضيا هو
ملف 'EBLOSUM62' (للبروتينات) أو ملف 'EDNAFULL' (للتسلسلات النووية). هؤلاء
تم العثور على الملفات في دليل "البيانات" لتثبيت EMBOSS.
إضافي قسم
-الخطوط الثابتة عدد صحيح
عدد البقايا التي سيتم عرضها على كل سطر القيمة الافتراضية: 50
-resbreak عدد صحيح
القيمة الافتراضية: $(residuesperline)
-ألوان منطقية
القيمة الافتراضية: ص
-cidentity سلسلة
القيمة الافتراضية: أحمر
-تشابه سلسلة
القيمة الافتراضية: أخضر
-cother سلسلة
القيمة الافتراضية: أسود
-docolor منطقية
القيمة الافتراضية: N
ظل سلسلة
اضبط على BPLW للتظليل العادي (أسود، شاحب، فاتح، أبيض) لذلك للزوج = 1.5,1.0,0.5،XNUMX،XNUMX
والظل = بقايا BPLW اللون 1.5 أو أكثر... أسود (B) 1.0 إلى 1.5... بني
(P) 0.5 إلى 1.0 ... القمح (L) أقل من 0.5 .... الأبيض (W) الأحرف الأربعة الوحيدة المسموح بها
هي BPLW، بأي ترتيب.
-زوج مجموعة
القيمة الافتراضية: 1.5,1.0,0.5
-هوية عدد صحيح
-صندوق منطقية
القيمة الافتراضية: ص
-boxcol منطقية
القيمة الافتراضية: N
-boxuse سلسلة
القيمة الافتراضية: رمادي
-اسم منطقية
القيمة الافتراضية: ص
-maxnamelen عدد صحيح
القيمة الافتراضية: 10
-رقم منطقية
القيمة الافتراضية: ص
-listoptions منطقية
القيمة الافتراضية: ص
-تعدد الطفو
القيمة الافتراضية: @( $(sequences.totweight) / 2)
إجماع قسم
-إجماع منطقية
القيمة الافتراضية: N
-تصادم منطقية
القيمة الافتراضية: ص
-بديل الإدارية
القيم هي 0: فحص التصادم العادي. (افتراضي) 1: يقارن النتائج المتطابقة مع
تم العثور على أقصى درجة. لذا، إذا كانت هناك أي بقايا أخرى تطابق النتيجة نفسها، فهذا يعني حدوث تصادم
قد حدث. 2: إذا كانت هناك بقايا أخرى أكبر من أو تساوي درجة المطابقة و
هذه غير متطابقة ثم حدث تصادم. 3: يتحقق من كل من ليس في
الإجماع الحالي. إذا كان أي من هؤلاء يعطي أعلى الدرجات للمطابقة أو الدرجات المتطابقة
ثم حدث الاصطدام.
-تظهر النتيجة عدد صحيح
القيمة الافتراضية: -1
-صورة منطقية
القيمة الافتراضية: N
الناتج قسم
-رسم بياني رسم بياني
استخدم Prettyplote عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
