ProgressiveMauve - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

ProgressiveMauve - إنشاء محاذاة جينوم متعددة بكفاءة

الوصف

استخدام التقدمي:

عندما يتواجد كل جينوم في ملف منفصل: ProgressiveMauve [خيارات]
...

عندما تكون جميع الجينومات في ملف واحد: ProgressiveMauve [خيارات]

OPTIONS

- حجم فجوة الجزيرة =تعتبر فجوات المحاذاة التي تزيد عن هذا الحجم في النيوكليوتيدات
تكون جزر [20]

- الملف الشخصي =(لم يتم التنفيذ بعد) اقرأ محاذاة تسلسل موجودة بتنسيق XMFA
ومواءمتها مع تسلسلات أو محاذاة أخرى

- تطبيق العمود الفقري =اقرأ محاذاة تسلسل موجودة بتنسيق XMFA وطبقها
إحصاءات العمود الفقري لها

--تعطيل العمود الفقري تعطيل الكشف عن العمود الفقري

- أمهات ابحث عن MUMs فقط ، ولا تحاول تحديد الكتل الخطية محليًا (LCBs)

- وزن البذور =استخدم وزن البذور المحدد لحساب المراسي الأولية

- الخرج =ضع اسم الملف.
يطبع على الشاشة بشكل افتراضي

- إخراج العمود الفقري =اسم ملف الإخراج الأساسي (اختياري).

- مطابقة المدخلات =استخدم ملف المطابقة المحدد بدلاً من البحث عن التطابقات

--input-id-matrix =مصفوفة هوية تصف التشابه بين جميع أزواج المدخلات
التسلسلات / المحاذاة

- أقصى طول محاذاة فجوة =أقصى عدد من الأزواج الأساسية لمحاولة المحاذاة معها
تقويم الأسنان ذو فجوات

- دليل الإدخال - شجرة =شجرة دليل علم الوراثة بتنسيق NEWICK تصف ملف
الترتيب الذي سيتم محاذاة التسلسلات

- إخراج دليل شجرة =اكتب شجرة الدليل المستخدمة للمحاذاة مع ملف

--الإصدار عرض معلومات إصدار البرنامج

--Debug التشغيل في وضع التصحيح (إجراء فحوصات التناسق الداخلية - بطيء جدًا)

- مسار الخدش 1 =قم بتعيين مسار يمكن استخدامه لتخزين البيانات المؤقتة.
يجب تحديد مسارين أو أكثر.

- مسار الخدش 2 =قم بتعيين مسار يمكن استخدامه لتخزين البيانات المؤقتة.
يجب تحديد مسارين أو أكثر.

- وصلة خطية افترض أن تسلسل الإدخال على علاقة خطية - ليس لديهم إعادة ترتيب

- مخطط النتائج =يحدد وظيفة نقاط التثبيت.
الافتراضي هو مجموع الأزواج الموجودة (sp).

- عدم تحجيم الوزن لا تقم بقياس أوزان LCB من خلال مسافة الحفظ ونقطة التوقف
مسافة

- max-breakpoint-مسافة-scale =قم بتعيين الحد الأقصى لتحجيم الوزن
مسافة نقطة التوقف.
الافتراضي هو 0.5

- مقياس مسافة الحفظ =مقياس مسافات الحفظ بهذا المقدار.
الافتراضي هو 0.5

- عضلات أرجس =خيارات سطر الأوامر الإضافية لـ MUSCLE.
يجب إفلات أي اقتباسات بشرطة مائلة للخلف

- التخطي الصقل لا تقم بإجراء صقل تكراري

- تخطي محاذاة فجوة لا تقم بإجراء محاذاة فجوة

--bp-dist-التقدير-min-Score =الحد الأدنى لدرجة LCB لتقدير نقطة التوقف الزوجي
مسافة

- نظيفة اضبط هذا على صحيح عند تصحيح أخطاء تخصيصات الذاكرة

- الفجوة المفتوحة =ركلة جزاء مفتوحة

- تكرار عقوبة =يضبط ما إذا كانت درجات التكرار سالبة أو تذهب إلى الصفر
للتسلسلات شديدة التكرار.
الافتراضي هو سلبي.

- تمديد الفجوة =الفجوة تمدد العقوبة

- مصفوفة الاستبدال =مصفوفة استبدال النوكليوتيدات بتنسيق NCBI

- الوزن =الحد الأدنى من نقاط LCB المزدوجة

- عقوبة دقيقة =الحد الأدنى من ركلة الجزاء بعد زيادة العقوبة بمقدار
الاختلاف المتوقع

--hmm-p-go-homologous =احتمالية الانتقال من غير المرتبط بـ
حالة متجانسة [0.00001]

--hmm-p-go-unrelated =احتمالية الانتقال من المتماثل إلى
حالة غير ذات صلة [0.000000001]

--hmm- الهوية =المستوى المتوقع لهوية التسلسل بين أزواج المتتاليات ،
تتراوح بين 0 و 1 [0.7]

- عائلة البذور استخدم عائلة من البذور المتباعدة لتحسين الحساسية

- بذور صلبة استخدم البذور الصلبة. لا تسمح بالتبديلات في مباريات الربط.

- ترميز البذور استخدم بذور نمط الترميز. مفيد لتوليد التطابقات مع مناطق الترميز
3 انحطاط موقف الكودون.

--تعطيل ذاكرة التخزين المؤقت تعطيل التخزين المؤقت لبحث الارتساء المتكرر لحل خطأ التعطل

--لا العودية تعطيل البحث المتكرر المرساة

أمثلة

ProgressiveMauve --output = my_seqs.xmfa my_genome1.gbk my_genome2.gbk my_genome3.fasta

إذا كانت الجينومات في ملف واحد وليس لها إعادة ترتيب: ProgressiveMauve --collinear
- Output = my_seqs.xmfa my_genomes.fasta

استخدم ProgressiveMauve عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net