جعبة - على الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

جعبة - المتصل بالإجماع الجينومي المصمم لبيانات العلوم البيولوجية في المحيط الهادئ

الوصف

ارتجاف هي خوارزمية لاستدعاء إجماع عالي الدقة من قراءات PacBio المتعددة ،
باستخدام زوج-HMM يستغل كلاً من استدعاءات الأساس ومقاييس QV لاستنتاج الأساس الحقيقي
تسلسل الحمض النووي.

البيانات ملف المتطلبات
لإجراء مكالمات إجماع أكثر دقة ممكنة ، يستخدم Quiver بطارية
مقاييس قيمة الجودة المحسوبة بواسطة المتصل الأساسي. إذا كنت تستخدم بوابة SMRT
التثبيت الإصدار 1.4 أو أحدث ، ثم SMRTportal سوف تحميل جميع المعلومات Quiver
حتى تتمكن من تخطي بقية هذا القسم.

في إصدارات SMRTportal 1.3.3 وما قبلها ، بشكل افتراضي مجموعة فرعية فقط من قيم الجودة هذه
مدرجة في .cmp.h5 الملفات التي تم إنتاجها بواسطة SMRTanalysis. للحصول على .cmp.h5 مع كل
إذا تم تحميل QVs ، فستحتاج إلى استخدام ملف RS_Mapping_QVs بروتوكول لإنشاء ملف سمب h5 ملف ل
جعبة.

إذا كنت تستخدم إصدارًا أقدم من SMRTportal / SMRTanalysis 1.3.3 ، فالرجاء الترقية.

أمثلة

الركض ارتجاف
على سبيل المثال،

جعبة $ -j8 align_reads.bam \
> -r المسار / إلى / lambda.fasta \
> -o variants.gff -o توافق

سيستخدم 8 وحدات معالجة مركزية لتشغيل Quiver عليها align_reads.bam، وإخراج تسلسل الإجماع و
المتغيرات.

لاحظ أنك إذا كنت تستخدم ملف cmp.h5 ولم تستخدم امتداد الملف RS_Mapping_QVs بروتوكول ل
إنشاء هذا الملف --- أو إذا تم إنشاء ملف المصدر bas.h5 بواسطة أداة ما قبل 1.3.1
البرنامج - لن يحتوي cmp.h5 على البطارية الكاملة لمقاييس QV المطلوبة للأفضل
دقة الجعبة. سيستمر الأمر في العمل ، لكنه سيعطي تحذيرًا بأن الأمر
ستكون الدقة دون المستوى الأمثل.

يجري ارتجاف on قد يؤدي إجراء إدخال ملفات
يمكن ارتجاف ملفات المحاذاة المتعددة في FOFN (ملف أسماء الملفات) مقابل ملف واحد
المرجعي (إجماع الجينوم > = 1.1.0).

مثال على إدخال FOFN:

$ قطة align_reads.fofn
/path/to/reads1.bam
/path/to/reads2.bam

يمكن استخدامها بدلاً من ملف reads:

جعبة $ -j8 align_reads.fofn \
> -r المسار / إلى / lambda.fasta \
> -o variants.gff -o توافق

يمكن أيضًا استخدام Quiver مع ملفات DataSet XML. راجع pbcore للحصول على تفاصيل حول إنشاء ملفات جديدة
ملفات XML DataSet لملفات المحاذاة الخاصة بك.

درجة عالية من الدقة جمعية إجماع
يتيح Quiver دقة الإجماع على تجميعات الجينوم بدقة تقترب أو حتى
يتجاوز Q60 (خطأ واحد لكل مليون قاعدة). إذا كنت تستخدم بروتوكول تجميع HGAP بتنسيق
SMRTportal 2.0 أو أحدث ، يعمل Quiver تلقائيًا كخطوة "تلميع التجميع" النهائية.

استخدم quiver عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net