RNAhybrid - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

RNAhybrid - حساب تهجين البنية الثانوية للـ RNAs

موجز

هجين [-ح] [-ب hit_number] [-ه قطع الطاقة] [-ص ف القيمة_قطع] [-ج] [-د الحادي عشر ، ثيتا]
[-س اسم مجموعة] [-F من الى] [-م max_target_length] [-ن max_query_length] [-ش
iloop_upper_limit] [-الخامس bloop_upper_limit] [-ز (ps | png | jpg | الكل)] [-ر الملف الهدف] [-س
ملف_الاستعلام] [الهدف] [سؤال]

الوصف

هجين هي أداة لإيجاد الحد الأدنى من تهجين الطاقة الحرة (mfe) لفترة طويلة
(الهدف) و RNA قصير (استعلام). يتم إجراء التهجين في نوع من وضع المجال ،
أي. يتم تهجين التسلسل القصير إلى أفضل الأجزاء الملائمة للجزء الطويل. الأداة
هو المقصود في المقام الأول كوسيلة للتنبؤ الهدف microRNA. بالإضافة إلى mfes ، فإن ملف
يحسب البرنامج قيم p بناءً على توزيعات القيمة القصوى للطول المقيس
الطاقات.

OPTIONS

-h أعط ملخصًا قصيرًا لخيارات سطر الأوامر.

-b hit_number
أقصى عدد من النتائج المراد عرضها. hit_number يضرب مع زيادة الحد الأدنى من الطاقة الحرة
(تذكير: الطاقات الأكبر هي الأسوأ) ، ما لم يتم استخدام الخيار -e و
تم تجاوز انقطاع الطاقة (انظر الخيار أدناه) أو لم يعد هناك
يضرب. قد تتداخل النتائج فقط عند القواعد المتدلية (5 'أو 3' نهاية غير متزاوجة للهدف).

-c تنتج مخرجات مضغوطة. يتم إنشاء سطر واحد من الإخراج لكل زوج هدف / استعلام.
كل سطر عبارة عن نقطتين (:) قائمة منفصلة من الحقول التالية: اسم الهدف ، الاستعلام
الاسم ، الحد الأدنى من الطاقة الحرة ، الموضع في الهدف ، خط المحاذاة 1 ، السطر 2 ، السطر 3 ،
السطر 4. إذا تم إعطاء هدف أو استعلام في سطر الأوامر (على سبيل المثال ، no -t أو -q
على التوالي) ، سيكون اسمه في الإخراج "سطر الأوامر".

-d الحادي عشر ، ثيتا
xi و theta هما معلمات الموضع والشكل ، على التوالي ، من أقصى
توزيع القيمة (evd). من المفترض أن يتم توزيع قيم p لطاقات الطباعة على الوجهين
وفقا لمثل هذا إيفد. للحصول على طاقة طبيعية بطول en ، لدينا P [X <= ar] = 1
- exp (-exp (- (- en-xi) / theta)) ، حيث en = e / log (m * n) حيث m و n هما الأطوال
من الهدف والاستعلام ، على التوالي. إذا تم حذف الخيار -d ، فسيكون xi و
يتم تقدير ثيتا من الطاقة المزدوجة القصوى للاستعلام ، بافتراض خطي
الاعتماد. يتم ترميز معلمات هذا الاعتماد الخطي في البرنامج ،
ولكن يجب إعطاء الخيار -s للاختيار من بين المجموعة المناسبة. نلاحظ أن
evd معكوس ، لأن mfes الجيدة هي قيم سلبية كبيرة.

-s اسم مجموعة
تستخدم لتقدير سريع لمعلمات توزيع القيمة القصوى (انظر الخيار د
فوق). يخبر RNA Hybrid الذي يستهدف مجموعة البيانات التي يجب افتراضها. المعلمات الصالحة هي
3utr_fly و 3utr_worm و 3utr_human.

-e قطع الطاقة
يضرب مع زيادة الحد الأدنى من الطاقة الحرة (تذكير: الطاقات الأكبر هي الأسوأ) أقل
من أو يساوي قطع الطاقة ، ما لم يتم استخدام الخيار -b و
وصل عدد النتائج التي تم الإبلاغ عنها بالفعل إلى الحد الأقصى hit_number (انظر -ب الخيار
فوق). قد تتداخل النتائج فقط عند القواعد المتدلية (5 'أو 3' نهاية غير متزاوجة للهدف).

-p ف القيمة_قطع
فقط النتائج ذات القيم الاحتمالية التي لا تزيد عن ف القيمة_قطع تم عمل تقرير لها. أنظر أيضا
خيارات- د و-.

-f من الى
يفرض على جميع الهياكل أن يكون لها حلزون من موضعها تبدأ من إلى موقع إلى مع
فيما يتعلق بالاستعلام. القاعدة الأولى لها الموضع 1.

-m max_target_length
الطول الأقصى المسموح به للتسلسل المستهدف. القيمة الافتراضية هي 2000. هذه
الخيار له تأثير فقط إذا تم إعطاء الملف الهدف مع الخيار -t (انظر أدناه).

-n max_query_length
الطول الأقصى المسموح به لتسلسل الاستعلام. القيمة الافتراضية هي 30. هذا
الخيار له تأثير فقط إذا تم توفير ملف استعلام مع الخيار -q (انظر أدناه).

-u iloop_upper_limit
العدد الأقصى المسموح به من النيوكليوتيدات غير المزاوجة في أي من جانبي الجزء الداخلي
عقدة.

-v bloop_upper_limit
العدد الأقصى المسموح به من النيوكليوتيدات غير المزاوجة في حلقة الانتفاخ.

-g (ps | png | jpg | الكل)
قم بإنشاء قطعة من التهجين ، إما بتنسيق ps أو png أو jpg أو للجميع
تنسيقات معًا. يتم حفظ المؤامرات في الملفات التي تم إنشاء أسمائها من ملف
الهدف وأسماء الاستعلام ("سطر الأوامر" إذا تم تقديمها في سطر الأوامر). هذا الخيار
يعمل فقط ، في حالة وجود مكتبات الرسومات المناسبة.

-t الملف الهدف
كل تسلسل الهدف بتنسيق الملف الهدف يخضع للتهجين مع كل منهما
من الاستعلامات (التي تكون إما من ملف_الاستعلام أو هو الاستعلام الوحيد المعطى على
سطر الأوامر؛ انظر س أدناه). التسلسل في الملف الهدف يجب أن تكون في منطقة فاستا
شكل ، أي. سطر واحد يبدأ بـ> ويتبعه مباشرة اسم ، ثم واحد أو
المزيد من الأسطر التالية مع التسلسل نفسه. يجب على كل سطر تسلسل فردي
لا يزيد عن 1000 حرف. إذا تم إعطاء no -t ، فإما الوسيطة الأخيرة (if
يتم إعطاء a -q) أو الوسيطة الأخيرة الثانية (إذا تم إعطاء no -q) إلى RNAhybrid هي
اتخذت كهدف.

-q ملف_الاستعلام
انظر الخيار أعلاه.

المراجع

معلمات الطاقة مأخوذة من:

ماثيوز دي إتش ، سابينا جي ، زوكر إم ، تيرنر د. "اعتماد تسلسل موسع للديناميكا الحرارية
تعمل المعلمات على تحسين التنبؤ بالهيكل الثانوي للحمض النووي الريبي "J Mol Biol.، 288 (5)، pp
911-940، 1999

يستخدم الإخراج الرسومي رمزًا من حزمة Vienna RNA:

Hofacker IL. "خادم الهيكل الثانوي للجيش الملكي النيبالي فيينا." أبحاث الأحماض النووية ، 31 (13) ،
الصفحات 3429-3431 ، 2003

VERSION

توثق صفحة الدليل هذه الإصدار 2.0 من RNAhybrid.

مؤلفون

مارك رومسمير ، بيتر ستيفن ، ماتياس هوشسمان.

القيود

يتم تحديد قيم الطاقة المعتمدة على الحرف فقط لـ [acgtuACGTU]. جميع الشخصيات الأخرى
تؤدي إلى قيم الصفر في هذه الحالات.

استخدم RNAhybrid عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net