هذا هو الأمر runAdt الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
adt - AutoDockTools ، واجهة أمامية رسومية لـ AutoDock
موجز
تشغيل [الخيارات]
الوصف
تعد صفحة الدليل هذه ترجمة حرفية تقريبًا للمخرجات التي يقدمها تشغيل -h
أمر.
OPTIONS
يتم تضمين ملخص من الخيارات أدناه. للحصول على وصف كامل ، راجع
البرامج التعليمية والوثائق المتوفرة على الإنترنت.
-ح ، --مساعدة
إظهار ملخص الخيارات.
-a or --مرة أخرى
تشغيل ملف lastlog
- overwriteLog
الكتابة فوق ملف السجل
--uniqueLog
إنشاء ملف سجل باسم فريد
- noLog
أوقف التسجيل
- noSplash
قم بإيقاف تشغيل شاشة Splash
--موت لا تبدأ حلقة حدث واجهة المستخدم الرسومية
--مخصص ملف
قم بتشغيل الملف المحدد للمستخدم
--lib اسم الحزمة
إضافة مكتبات الأوامر
-v r, --رؤية يجري
تشغيل شبكات الرؤية على سطر الأوامر
-v o, --رؤية مرة
تشغيل شبكات الرؤية والخروج من ADT
-d or - dmode وسائط
حدد وضع العرض
يمكن أن تكون الأوضاع أي مزيج من وضع العرض
"cpk": cpk
"الخطوط": الخطوط
's': شريط هيكل ثانوي
'sb': العصي والكرات
'lic': عرق السوس
"مللي ثانية": السطح الجزيئي
'ca': تتبع ألفا سي
'bt': تتبع العمود الفقري
'sp': CA-spline
'sssb': هيكل ثانوي للبروتينات والعصي والكرات لـ
بقايا أخرى مع خطوط روابط لبقايا أخرى بدون روابط
-c or --cmode وسائط
حدد نظام ألوان وضع ديسبالي:
"ca": لون حسب الذرة
'cr': اللون حسب البقايا (مخطط RASMOL)
"cc": لون بسلسلة
سم: لون جزيء
'cdg': اللون باستخدام مخطط David Goodsell
'cs': بقايا اللون باستخدام مخطط جميل
'css': لون بواسطة عنصر هيكل ثانوي
EXAMPLE:
عرض البروتين كشريط ، غير بروتيني كعصي وكرات ولون حسب نوع الذرة
adt -i --dmode sssb --cmode cr myprot.pdb
adt -i -m sssb -c cr myprot.pdb
استخدم runAdt عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
