هذا هو الأمر scrm الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
scrm - جهاز محاكاة دقيق لتسلسلات الجينوم
موجز
com.scrm نسامب nloci [-hvL] [-r تفصيل L [-l l] [-ريال سعودى b تفصيل]... ] [-I npop s1 sn [M] [-eI t s1
sn [M]] ... [-M M] [-eM t M] ... [-m i j M] [-م t i j M] ... [-ما M11 M21 مين]
[-ema t M11 M21 مين] ... [-es t i p] ... [-ه t i j] ...] [-n i n] [-في t i n] ...
[-eN t i n] ... [-g i a] [-على سبيل المثال t i a] ... [-G t a] [-على سبيل المثال t a] ... [-t ثيتا [-oSFS] [-ST b
ثيتا]... ] [-بذرة بذرة [البذور 2 البذور 3]] [-p الأرقام]
الوصف
com.scrm is a تتحد محاكاة لـ بيولوجي متواليات. مختلفاً إلى مماثل البرامج، ذلك
يمكن تقريب الرسم البياني لإعادة التركيب الأجداد بدقة تعسفية. هذا يسمح
يمكنك محاكاة التسلسلات الطويلة بسرعة مع الارتباط الجيني الصحيح بشكل أساسي بينها
المواقع.
OPTIONS
إعادة التركيب:
-r R L تعيين معدل إعادة التركيب إلى R وطول الموضع إلى L.
-ريال سعودى p R
قم بتغيير معدل إعادة التركيب R عند موضع التسلسل p.
-l l اضبط طول النافذة التقريبية على l.
السكان: بناء:
-I npop s1 sn [M]
استخدم نموذج الجزيرة مع مجموعات npop،
حيث يتم أخذ عينات من الأفراد من s1 إلى sn لكل مجموعة سكانية. اختياريا تفترض أ
معدل الهجرة المتماثل لـ M.
-eI t s1 sn [M]
عينة s1 إلى sn الأفراد من
السكان المقابلة في الوقت ر .
-M M افترض معدل هجرة متماثل M/(npop-1).
-eM t M
قم بتغيير معدل الترحيل المتماثل إلى M/(npop-1) في الوقت t.
-m i j M
اضبط معدل الهجرة من السكان j إلى السكان i إلى M
-م t i j M
ضبط معدل الهجرة من السكان j إلى
السكان من i إلى M في الوقت t.
-ما M11 M21
يضبط مصفوفة الترحيل (للخلف).
-ema t M11 M21
يغير مصفوفة الترحيل في الوقت t
-es t i p
خليط السكان. يستبدل جزءًا من 1-p من السكان i بالأفراد أ
من السكان npop + 1 والذي يتم تجاهله بعد ذلك (إلى الأمام في الوقت المناسب).
-ه t i j
حدث الانتواع في الوقت t. يخلق السكان j من أفراد السكان i.
السكان: المقاس التغييرات:
-n i n اضبط حجم السكان الحالي i على n*N0.
-في t i n
قم بتغيير حجم السكان i إلى n*N0 في الوقت t.
-eN t n
اضبط الحجم الحالي لجميع السكان على n*N0.
-g i a اضبط معدل النمو الأسي للسكان i على a.
-على سبيل المثال t i a
قم بتغيير معدل النمو الأسي للسكان i إلى a في الوقت t.
-G a تعيين معدل النمو الأسي لجميع السكان إلى أ.
-على سبيل المثال t a
تغيير معدل النمو الأسي لجميع السكان إلى في الوقت t.
الملخص إحصائيات:
-t THETA
تعيين معدل الطفرة إلى THETA = 4N_0u، حيث u هو معدل الطفرة المحايد لكل
موضع.
-T اطبع الأنساب المحلية بتنسيق نيويك.
-O اطبع سلاسل الأنساب المحلية بتنسيق الغابة الموجهة.
-L اطبع TMRCA وطول الشجرة المحلية لكل قطعة.
-oSFS طباعة الطيف الترددي للموقع. يتطلب ضبط معدل الطفرة.
-sc [مللي ثانية|ريل|القيمة المطلقة]
تحجيم مواقف التسلسل. إما نسبة إلى طول الموضع بين 0 و 1
(rel) أو المطلق في الأزواج الأساسية (abs) أو مثل ms (ms).
الآخر:
-بذرة بذرة [بذور 2 بذور 3]
البذور العشوائية المستخدمة. يأخذ ثلاثة أرقام صحيحة.
-v, --الإصدار
طباعة نسخة scrm.
-h, --مساعدة
يطبع هذا النص.
-p الأرقام
عدد الأرقام المهمة المستخدمة في الإخراج.
أمثلة
خمسة مستقل المواقع لـ 10 الأفراد استخدام كينجمان متحد:
سكرم 10 5 -t 10
A تسلسل of 10kb تبدأ من 4 الأفراد مع هيه دقيق الأرجنتين:
سكرم 4 1 -t 10 -r 4 10000
A تسلسل of 100Mb استخدام هيه SMC' تقريب:
سكرم 4 1 -t 10 -r 4000 100000000 -l 0
نفسه as في الاعلى، لكن مع أساسيا تصحيح الربط:
سكرم 4 1 -t 10 -r 4000 100000000 -l 300000
استخدم scrm عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
