شوبيبي - على الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

showpep - يعرض تسلسلات البروتين مع ميزات بتنسيق جميل

موجز

عرض -تسلسل seqall -شكل الإدارية -أشياء الإدارية [-الأحرف الكبيرة نطاق] [-تسليط الضوء نطاق]
[-حاشية. ملاحظة نطاق] [-Sourcematch سلسلة] [-طريقة سلسلة] [-مينسكور الطفو]
[-أقصى درجة الطفو] [-tagmatch سلسلة] [-valuematch سلسلة] [-العلامات التجارية منطقية]
-ثلاثة أحرف منطقية -رقم منطقية -عرض عدد صحيح -الطول عدد صحيح
-هامش عدد صحيح -اسم منطقية -وصف منطقية -عوض عدد صحيح -لغة البرمجة منطقية
-ملف ملف

عرض -مساعدة

الوصف

عرض هو برنامج سطر أوامر من EMBOSS ("البيولوجيا الجزيئية الأوروبية المفتوحة
مجموعة برامج"). إنه جزء من مجموعة (مجموعات) أوامر "العرض".

OPTIONS

إدخال قسم
-تسلسل seqall

مطلوب: قسم
-شكل الإدارية
القيمة الافتراضية: 2

-أشياء الإدارية
حدد قائمة مكونة من حرف واحد أو أكثر من أحرف التعليمات البرمجية بالترتيب الذي تريد أن تكون به الأشياء
يتم عرضها واحدة فوق الأخرى أسفل الصفحة. على سبيل المثال، إذا كنت ترغب في رؤية الأشياء
يتم عرضها بالترتيب: التسلسل، سطر التجزئة، سطر فارغ؛ ثم يجب عليك الدخول
"س، ت، ب". القيمة الافتراضية: B,N,T,S,A,F

إضافي قسم
-الأحرف الكبيرة نطاق
المناطق التي يجب وضعها بأحرف كبيرة. إذا تم ترك هذا فارغًا، فسيتم ترك حالة التسلسل
وحيد. يتم تحديد مجموعة من المناطق بواسطة مجموعة من أزواج المواضع. المواقف هي
الأعداد الصحيحة. ويتم فصلها بأي حرف غير رقمي وغير ألفا. أمثلة على المنطقة
المواصفات هي: 24-45، 56-78 1:45، 67=99;765..888 1,5,8,10,23,45,57,99

-تسليط الضوء نطاق
المناطق المراد تلوينها في حالة التنسيق لـ HTML. إذا تم ترك هذا فارغًا، فهذا يعني أن التسلسل هو
ترك وحيدا. يتم تحديد مجموعة من المناطق بواسطة مجموعة من أزواج المواضع. ال
المواقف هي أعداد صحيحة. ويتبعها أي لون خط HTML صالح. أمثلة على
مواصفات المنطقة هي: 24-45 أزرق 56-78 برتقالي 1-100 أخضر 120-156 أحمر ملف من
يمكن تحديد النطاقات للون (نطاق واحد لكل سطر) كـ "@filename".

-حاشية. ملاحظة نطاق
المناطق المراد التعليق عليها عن طريق وضع علامة. إذا تم ترك هذا فارغًا ، فلن تتم إضافة أي تعليق توضيحي. أ
يتم تحديد مجموعة من المناطق من خلال مجموعة أزواج من المواضع متبوعة بنص اختياري.
المواقف هي أعداد صحيحة. ويتبعها أي نص (ولكن ليس بأرقام عندما تكون في ملف
سطر الأوامر). أمثلة على مواصفات المنطقة هي: 24-45 مجال جديد 56-78 مطابق
Mouse 1-100 الجزء الأول 120-156 oligo ملف نطاقات للتعليق عليها (نطاق واحد لكل سطر)
يمكن تحديدها كـ "filename".

الميزات عرض الخيارات
-Sourcematch سلسلة
يتم عرض أي مصدر ميزة في جدول الميزات افتراضيًا. يمكنك ضبط هذا لمطابقة
أي مصدر ميزة ترغب في إظهاره. عادة ما يكون اسم المصدر إما اسم ملف
البرنامج الذي اكتشف الميزة أو هو جدول الميزات (على سبيل المثال: EMBL) الذي يحتوي على
جاءت الميزة من. قد يتم حرف البدل المصدر باستخدام "*". إذا كنت ترغب في إظهار المزيد
من مصدر واحد ، افصل بين أسمائهم بالحرف "|" ، على سبيل المثال: gene * | embl الافتراضي
قيمة: *

-طريقة سلسلة
يتم عرض أي نوع ميزة في جدول الميزات بشكل افتراضي. يمكنك ضبط هذا لمطابقة
أي نوع ميزة ترغب في عرضها. يرى http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ للحصول على قائمة
من أنواع ميزات EMBL وانظر الملحق أ من دليل مستخدم Swissprot بصيغة
http://www.expasy.org/sprot/userman.html للحصول على قائمة بأنواع ميزات Swissprot.
يمكن كتابة حرف بدل باستخدام "*". إذا كنت ترغب في إظهار أكثر من نوع ،
افصل بين أسمائهم بالحرف "|" ، على سبيل المثال: * UTR | القيمة الافتراضية لـ intron: *

-مينسكور الطفو
الحد الأدنى من نقاط الميزة المراد عرضها (انظر أيضًا maxscore) القيمة الافتراضية: 0.0

-أقصى درجة الطفو
الحد الأقصى لدرجة الميزة التي سيتم عرضها. إذا كان كل من minscore و maxscore يساوي صفرًا (ملف
الافتراضي)، ثم يتم تجاهل أي نتيجة القيمة الافتراضية: 0.0

-tagmatch سلسلة
العلامات هي أنواع القيم الإضافية التي قد تحتوي عليها الميزة. بشكل افتراضي أي علامة ميزة
في جدول الميزات الموضح. يمكنك ضبط هذا ليطابق أي علامة ميزة تريدها
يعرض. يمكن إضافة أحرف البدل إلى العلامة باستخدام "*". إذا كنت ترغب في إظهار أكثر من علامة واحدة،
افصل أسمائهم بالحرف '|'، على سبيل المثال: الجين | تسمية القيمة الافتراضية: *

-valuematch سلسلة
قيم العلامة هي القيم المرتبطة بعلامة المعالم. العلامات هي أنواع الإضافات
القيم التي قد تحتوي عليها الميزة. بشكل افتراضي، أي قيمة لعلامة الميزة في جدول الميزات
معروض. يمكنك ضبط هذا ليطابق أي قيمة لعلامة الميزة التي ترغب في عرضها. الوسم
يمكن إضافة أحرف بدل باستخدام "*". إذا كنت ترغب في إظهار أكثر من قيمة علامة واحدة،
افصل أسمائهم بالحرف '|'، على سبيل المثال: pax* | 10 القيمة الافتراضية: *

-العلامات التجارية منطقية
بشكل افتراضي إذا كان أي زوج علامة / قيمة في ميزة يطابق العلامة والقيمة المحددين ،
ثم سيتم عرض جميع أزواج العلامات / القيم لهذه الميزة. إذا تم تعيين هذا ليكون
صحيح ، إذًا فقط أزواج العلامة / القيمة تلك الموجودة في الميزة التي تطابق العلامة المحددة و
سيتم عرض القيمة. القيمة الافتراضية: N

متقدم قسم
-ثلاثة أحرف منطقية
القيمة الافتراضية: N

-رقم منطقية
القيمة الافتراضية: N

-عرض عدد صحيح
القيمة الافتراضية: 60

-الطول عدد صحيح

-هامش عدد صحيح
القيمة الافتراضية: 10

-اسم منطقية
قم بتعيين هذا ليكون خطأ إذا كنت لا ترغب في عرض اسم معرف التسلسل الافتراضي
القيمة: ص

-وصف منطقية
قم بتعيين هذا ليكون خطأ إذا كنت لا ترغب في عرض وصف التسلسل
القيمة الافتراضية: ص

-عوض عدد صحيح
القيمة الافتراضية: 1

-لغة البرمجة منطقية
القيمة الافتراضية: N

الناتج قسم
-ملف ملف

استخدم showpepe عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net