هذا هو الأمر t_coffee الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
t-coffee - محاذاة تسلسل متعددة
موجز
t_coffee [الخيارات]ملف
تي-كوفي محاذاة تسلسلات الحمض النووي أو البروتين المتعددة.
OPTIONS
يتم تضمين ملخص من الخيارات أدناه. للحصول على وصف كامل ، راجع
كابل بيانات.
-full_log S [0]
-run_name S [0]
-mem_mode S [0] م
-يمتد D [1] 1
-extend_mode S [0] Very_fast_triplet
-max_n_pair D [0] 10
-seq_name_for_quadruplet S [0] الكل
-المدمج S [0] الافتراضي
تنظيف S [0] لا
-do_self FL [0] 0
-do_normalise D [0] 1000
-ملف نموذجي S [0]
-seq S [0]
-في S [0] Mlalign_id_pair Mslow_pair
-pdb S [0]
-out_lib W_F [0] لا
-lib_only D [0] 0
-الوزن الخارجي W_F [0] لا
-seq_source S [0] أي
-عقوبة_التجميل D [0] -50
-جابوبن D [0] 0
-gapext D [0] 0
-fgapopen D [0] 0
-fgapext D [0] 0
-لا تطابق D [0] 0
-newtree W_F [0] الافتراضي
-usetree الترددات اللاسلكية [0]
-tree_mode S [0] بطيء
-كويكتري FL [0] 0
-ملف W_F [0] الافتراضي
-تحقيق أقصى قدر FL [1] 1
-انتاج S [0] كلوستالو
- ملف الترددات اللاسلكية [0]
-مصفوفة S [0] زهر62mt
-tg_mode D [0] 1
-profile_mode S [0] cw_profile_profile
-profile_comparison S [0] full50
-dp_mode S [0] cfasta_pair_wise
-ktuple D [0] 1
-ندياج D [0] 0
-diag_threshold D [0] 0
-diag_mode D [0] 0
-sim_matrix S [0] vasiliky
من نوع S [0]
-خارج النظام S [0] الانحياز
-seqnos S [0] خصم
-قضية S [0] احتفظ
-وحدة المعالجة المركزية D [0] 0
-maxnseq D [0] 60
-ماكسلين D [0] -1
-وزن S [0] الافتراضي
-seq_weight S [0] t_coffee
- محاذاة FL [1] 1
-موكا FL [0] 0
-اِختِصاص FL [0] 0
-بداية D [0] 0
-لين D [0] 0
-مقياس D [0] 0
-mocca_interactive FL [0] 0
-evaluate_mode S [0] t_coffee_fast
-get_type FL [0] 0
-clean_aln D [0] 0
-clean_threshold D [1] 1
-clean_iteration D [1] 1
-clean_evaluate_mode S [0] t_coffee_fast
-الملف الشخصي S [0]
-الملف الشخصي1 S [0]
-الملف الشخصي2 S [0]
-extend_matrix FL [0] 0
-prot_min_sim D [40] 40
-prot_max_sim D [60] 60
-prot_min_cov D [0] 0
-pdb_min_sim D [30] 30
-pdb_max_sim D [100] 100
-pdb_min_cov D [50] 50
-pdb_blast_server W_F [0] مصرف الشارقة الإسلامي
-prot_blast_server W_F [0] مصرف الشارقة الإسلامي
-pdb_db W_F [0] nrl3d
-protein_db W_F [0] nr
-method_log W_F [0] لا
-struc_to_use S [0]
-مخبأ W_F [0] تستخدم
-align_pdb_param_file W_F [0] لا
-align_pdb_hasch_mode W_F [0] hasch_ca_trace_bubble
-msa_mode S [0] شجرة
-lalign_n_top D [0] 10
-أعاد D [0] 0
-تقليم D [0] 0
-انشق، مزق D [0] 0
-trimfile S [0] الافتراضي
-انشق، مزق D [0] 0
-split_nseq_thres D [0] 0
-split_score_thres D [0] 0
-check_pdb_status D [0] 0
-seq_to_keep S [0]
-dpa_master_aln S [0]
-dpa_maxnseq D [0] 10
-dpa_min_score1 D [0]
-dpa_min_score2 D [0]
-dpa_keep_tmpfile FL [0] 0
-dpa_debug D [0] 0
-multi_thread S [0]
-lib_list S [0]
استخدم t_coffee عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
