vecscreen - عبر الإنترنت في السحابة

برنامج:

اسم

vecscreen - ابحث عن أجزاء الحمض النووي ذات الأصل المتجهي المحتمل

موجز

vecscreen [-] [-d شارع] [-f N] [-i اسم الملف] [-o اسم الملف]

الوصف

vecscreen هو نظام لتحديد أجزاء تسلسل الحمض النووي بسرعة
أن يكون من أصل ناقل. تم تطوير NCBI vecscreen للتقليل من حدوثها وتأثيرها
التلوث بالنواقل في قواعد بيانات التسلسل العام. استخدام الموظفين للتعليقات التوضيحية لبنك الجينات vecscreen
للتحقق من أن التسلسلات المقدمة لإدراجها في قاعدة البيانات خالية من
تلويث تسلسل ناقلات. يمكن فحص أي تسلسل للتلوث بالنواقل باستخدام
vecscreen.

vecscreen يبحث باستعلام عن المقاطع التي تطابق أي تسلسل في تخصص غير
قاعدة بيانات المتجهات الزائدة عن الحاجة (UniVec). يستخدم البحث BLAST مع المعلمات المعدة مسبقًا لـ
الكشف الأمثل عن التلوث بالنواقل. تلك الأجزاء من الاستعلام التي تتطابق مع المتجه
يتم تصنيف التسلسلات وفقًا لقوة المباراة ومواقعها
المعروضة (انظر المثال نتيجة إيجابية).

vecscreen تم تصميمه للتحقق بسرعة من تسلسل الحمض النووي لوجود الناقل
التلوث وإظهار الأجزاء الموجودة في التسلسل والتي قد تكون ذات أصل ناقل.
على الرغم من vecscreen البحث في UniVec لن يحدد المتجه الأكثر
المصدر المحتمل للتلوث، ويمكن عادةً استخلاص ذلك من تاريخ الاستنساخ
من الحمض النووي المتسلسل.

OPTIONS

يتم تضمين ملخص من الخيارات أدناه.

- طباعة رسالة الاستخدام

-d شارع قاعدة البيانات (الافتراضي = UniVec)

-f N تنسيق الإخراج:
0 تنسيق HTML، مع المحاذاة (افتراضي)
1 تنسيق HTML، لا توجد محاذاة
2 قائمة النص، مع المحاذاة
3 قائمة نصية، لا توجد محاذاة

-i اسم الملف
ملف الاستعلام (الافتراضي = ستدين)

-o اسم الملف
ملف إخراج تقرير VecScreen (الافتراضي = المعياري)

استخدم vecscreen عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net