هذا هو الأمر المخمل الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة على الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
بناء الرسم البياني Velvetg - de Bruijn وإزالة الخطأ وتكرار القرار
الوصف
الاستخدام: دليل ./velvetg [خيارات]
دليل
: اسم دليل العمل
المجموعة الأساسية الخيارات:
-cov_cutoff
: إزالة العقد ذات التغطية المنخفضة بعد الحافلة السياحية أو السماح للنظام بالاستدلال عليها
(افتراضي: لا إزالة)
-بطن_الطول
: المسافة المتوقعة بين قراءتين للنهاية المزدوجة (الافتراضي: لا يوجد إقران للقراءة)
-قراءة_تركغ
: تتبع مواقع القراءة القصيرة في التجميع (افتراضي: لا يوجد تتبع)
-min_contig_lgth
: الحد الأدنى لطول contig الذي تم تصديره إلى ملف contigs.fa (افتراضي: طول التجزئة * 2)
-amos_file
: تجميع التصدير إلى ملف AMOS (افتراضي: لا يوجد تصدير)
-exp_cov
: التغطية المتوقعة لمناطق فريدة أو السماح للنظام بالاستدلال عليها
(افتراضي: لا توجد دقة قراءة طويلة أو مقترنة بنهاية)
-طويلة_القطف : إزالة العقد ذات التغطية المنخفضة للقراءة الطويلة بعد الجولة
حافلة
(افتراضي: لا إزالة)
متقدم الخيارات:
-بطن_الطول*
: المسافة المتوقعة بين قراءتين للنهاية المزدوجة في القراءة القصيرة ذات الصلة
مجموعة البيانات (الافتراضي: لا يوجد إقران للقراءة)
- طول_طول
: المسافة المتوقعة بين قراءتين طويلتين للنهاية المزدوجة (الافتراضي: لا يوجد إقران للقراءة)
-بطن_الطول* _sd
: الانحراف المعياري التقديري لمجموعة البيانات المعنية (الافتراضي: 10٪ من المقابل
الطول)
[استبدل "*" بلا شيء ، أو "2" أو "_long" حسب الضرورة]
- سقالات
: سقالات contigs تستخدم معلومات نهائية مقترنة (افتراضي: تشغيل)
-الأقصى_طول_فرع
: أقصى طول في زوج الفقاعة الأساسي (الافتراضي: 100)
-الحد الأقصى للتباعد : أقصى معدل تباعد بين فرعين في فقاعة
(افتراضي: 0.2)
-الأكبر
: الحد الأقصى لعدد الفجوات المسموح بها في محاذاة فرعي الفقاعة
(افتراضي: 3)
-min_pair_count
: الحد الأدنى لعدد الوصلات الطرفية المقترنة لتبرير إنشاء سقالة طويلة
contigs (افتراضي: 5)
-الحد الأقصى للتغطية
: إزالة العقد ذات التغطية العالية بعد الحافلة السياحية (الافتراضي: لا إزالة)
-قناع_تغطية
: الحد الأدنى من التغطية المطلوبة للمناطق الواثقة من contigs (الافتراضي: 1)
-طويلة_مولت_قطع
: الحد الأدنى لعدد القراءات الطويلة المطلوبة لدمج contigs (افتراضي: 2)
-غير مستخدمة
: تصدير القراءات غير المستخدمة في ملف UnusedReads.fa (الافتراضي: لا)
-التحالفات
: تصدير ملخص محاذاة contig للتسلسلات المرجعية (افتراضي: لا)
-تصدير تمت تصفيته
: تصدير العقد الطويلة التي تم حذفها بواسطة مرشحات التغطية (الافتراضي: لا)
تنظيف
: قم بإزالة جميع الملفات الوسيطة غير المجدية لإعادة الحساب (الافتراضي:
لا)
-نظيف جدا
: قم بإزالة جميع الملفات الوسيطة (لا يمكن إعادة الحساب) (الافتراضي: لا)
-مزدوجة_كسب_كسر
: قم بإزالة جميع الوصلات الطرفية المقترنة والتي تكون أقل من الجزء المحدد من
العدد المتوقع (الافتراضي: 0.1)
- ShortMatePaired*
: بالنسبة لمكتبات الزوجين المتزاوجين ، أشر إلى أن المكتبة قد تكون ملوثة بـ
يقرأ نهاية مقترنة (الافتراضي لا)
-ConserveLong
: الاحتفاظ بالتسلسلات التي تحتوي على قراءات طويلة (لا افتراضي)
الإخراج:
الدليل / contigs.fa
: ملف fasta من contigs أطول من ضعف طول التجزئة
الدليل / stats.txt
: ملف احصائيات (مفصول بعلامات جدولة) مفيد في تحديد قطع التغطية المناسب
الدليل / LastGraph
: ملف بتنسيق خاص يحتوي على كافة المعلومات الموجودة على الرسم البياني النهائي
الدليل / velvet_asm.afg
: (عند الطلب) ملف تجميع متوافق مع AMOS
استخدم موقع velvetg عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net