هذا هو الأمر الذي يمكن تشغيله في مزود الاستضافة المجانية OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
velveth - برنامج تجزئة بسيط
الوصف
velveth - تجزئة بسيطة إصدار 1.2.09
OPTIONS
-جده_محددة
: لبيانات تسلسل نسخة محددة من حبلا (افتراضي: إيقاف)
إعادة استخدام التسلسلات
: إعادة استخدام ملف التسلسلات (أو الارتباط) موجود بالفعل في الدليل (لا حاجة لتقديم ملف أصلي
أسماء الملفات في هذه الحالة (الافتراضي: إيقاف)
إعادة استخدام ثنائي
: إعادة استخدام ملف التسلسلات الثنائية (أو الارتباط) الموجود بالفعل في الدليل (لا حاجة لتقديمه
أسماء الملفات الأصلية في هذه الحالة (الافتراضي: إيقاف)
-لاهاش
: ببساطة قم بإعداد ملف التسلسلات ، ولا تقم بقراءة التجزئة أو تحضير ملف Roadmaps
(الافتراضي: إيقاف)
-إنشاء_الثنائي
: إنشاء ملف CnyUnifiedSeq ثنائي (افتراضي: إيقاف)
ملخص:
- قصير عزباء النهاية على ما يلي:
فلفث عاصم 29 -قصيرة -سريع s_1_sequence.txt
- اقتران نهاية في صفقات يقرأ (تذكر إلى تشابك يقترن يقرأ):
فلفث عاصم 31 -قصير -فاستا معشق. fna
- قراءات قصيرة مقترنة بنهاية (باستخدام ملفات منفصلة للقراءات المقترنة)
فلفث عاصم 31 -قصير -فاستا -منفصل يسار.فا right.fa
- المستوى الثاني قنوات بعض التداول الطويل على ما يلي:
فلفث عاصم 43 -قصيرة -سريع unmapped.fna -طويلة -فاستا سانجر ريدز. فاستا
- ثلاث القنوات:
فلفث عاصم 35 -قصير -فاستا pe_lib1.fasta -قصير 2 pe_lib2.fasta
-قصيرة 3 se_lib1.fa
الإخراج:
الدليل / دليل خرائط الطريق / التسلسلات
[يتم التقاط كلا الملفين بالرسم البياني ، لذا يرجى تركهما هناك]
حقوق الطبع والنشر
حقوق النشر 2007 ، 2008 Daniel Zerbino ([البريد الإلكتروني محمي])
هذا برنامج مجاني. انظر المصدر لنسخ الشروط. لا يوجد ضمان. ليس
حتى بالنسبة لقابلية التسويق أو الملاءمة لغرض معين.
إعدادات الترجمة: CATEGORIES = 2 MAXKMERLENGTH = 31
الاستخدام: ./velveth directory hash_length {[-file_format] [- read_type] [- منفصل | -متقطع]
filename1 [filename2 ...]} {...} [خيارات]
دليل
: اسم الدليل لملفات الإخراج
hash_length
: إما عدد صحيح فردي (إذا كان زوجيًا ، فسيتم إنقاصه) <= 31 (إذا ورد أعلاه ، فسيكون
مخفض): OR: m، M، s حيث m و M أعداد صحيحة فردية (إذا لم يكن الأمر كذلك ، فسيكونان
متناقص) مع م <م <= 31 (إذا ورد أعلاه ، سيتم تخفيضه)
و s خطوة (رقم زوجي). سيقوم Velvet بعد ذلك بتجزئة من k = m إلى k = M بخطوة
s
اسم الملف
: مسار ملف التسلسل أو - للإدخال القياسي
قم بتقديم شكل الخيارات:
-فاستا -سريع -الخام -فاستا.gz -سريع.gz -الخام.gz -سام -بام -fmtAuto
(ملحوظة: -fmtAuto سيكتشف fasta أو fastq ، وسيحاول البرامج التالية لـ
تخفيف الضغط: gunzip ، pbunzip2 ، bunzip2
قم بتقديم نسق الخيارات لـ يقترن يقرأ (فقط لـ FASTA فاست ك التنسيقات):
-مدخل
: يحتوي الملف على قراءات مقترنة متداخلة في ملف واحد (افتراضي)
-منفصل
: قراءة ملفين منفصلين للقراءات المزدوجة
عرض نوع الخيارات:
-قصيرة -قصير
-قصيرة 2 -قصير 2
لونغ -طويلة
-مرجع
استخدم velveth عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
