هذا هو الأمر vsearch-gz الذي يمكن تشغيله في موفر الاستضافة المجاني OnWorks باستخدام إحدى محطات العمل المجانية المتعددة عبر الإنترنت مثل Ubuntu Online أو Fedora Online أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MAC OS عبر الإنترنت
برنامج:
اسم
vsearch - كشف الوهم ، التجميع ، إزالة النسخ ، الإخفاء ، المحاذاة الزوجية ،
البحث وخلط وفرز الأمبليكونات من المشاريع الميتاجينومية.
موجز
كشف الوهم:
com.vsearch --uchime_denovo فاستافيل (- chimeras | - nonchimeras | --uchimealns |
--uchimeout) ملف إلاخراج [الخيارات]
com.vsearch --uchime_ref فاستافيل (- chimeras | - nonchimeras | --uchimealns |
--uchimeout) ملف إلاخراج - ديسيبل فاستافيل [الخيارات]
تجمع:
com.vsearch (--cluster_fast | --cluster_size | --cluster_smallmem) فاستافيل (- alnout
| --blast6out | - النترويدات | - العناقيد | --مسعوط | - سموت | --uc | --userout)
ملف إلاخراج --هوية شخصية حقيقي [الخيارات]
ديربليكاتيون:
com.vsearch --ديرب_الطول فاستافيل (- إخراج | --uc) ملف إلاخراج [الخيارات]
قناع:
com.vsearch - الماسكفاستا فاستافيل --انتاج ملف إلاخراج [الخيارات]
المحاذاة الزوجية:
com.vsearch --allpairs_global فاستافيل (--النوت | --blast6out | - متطابق |
- لا مثيل لها | - سموت | --uc | --userout) ملف إلاخراج (- قبول الكل | - معرف حقيقي)
[الخيارات]
تبحث:
com.vsearch --usearch_global فاستافيل - ديسيبل فاستافيل (--النوط | --blast6out |
- سموت | --uc | --userout) ملف إلاخراج --هوية شخصية حقيقي [الخيارات]
خلط:
com.vsearch --خلط فاستافيل --انتاج ملف إلاخراج [الخيارات]
فرز:
com.vsearch (- طول قصير | - فرز) فاستافيل --انتاج ملف إلاخراج [الخيارات]
الوصف
تولد دراسات التنوع الجزيئي البيئي أو السريري كميات كبيرة من الأمبليكونات
(على سبيل المثال تسلسل SSU-rRNA) التي يجب فحصها بحثًا عن الكيميرات ، أو إلغاء النسخ ، أو المقنع ،
تم فرزها أو بحثها أو تجميعها أو مقارنتها بالتسلسلات المرجعية. الهدف من com.vsearch هو
تقدم أداة مفتوحة المصدر الكل في واحد لأداء هذه المهام ، باستخدام خوارزمية محسّنة
تطبيقات وحصاد الإمكانات الكاملة لأجهزة الكمبيوتر الحديثة ، مما يوفر سرعة
ومعالجة البيانات بدقة.
مقارنة تسلسل النوكليوتيدات هو جوهر com.vsearch. لتسريع المقارنات ، com.vsearch
تنفيذ سريع للغاية لخوارزمية Needleman-Wunsch ، والاستفادة منها
من امتدادات SIMD المتدفقة (SSE2) لوحدات المعالجة المركزية الحديثة x86-64. إذا كانت تعليمات SSE2 هي
غير متاح، com.vsearch يخرج مع رسالة خطأ. للمقارنات التي تنطوي على تسلسل
أطول من 5,000 نيوكليوتيد ، com.vsearch يستخدم طريقة محاذاة أبطأ مع ذاكرة أصغر
المتطلبات.
إدخال
com.vsearch الإدخال عبارة عن ملف fasta يحتوي على واحد أو أكثر من تسلسلات النيوكليوتيدات. لكل
التسلسل ، يتم تعريف معرف التسلسل على أنه السلسلة المكونة بين ">"
الرمز والمسافة الأولى ، أو نهاية السطر ، أيهما يأتي أولاً. بالإضافة إلى ذلك،
إذا كان السطر يبدأ بـ "> [؛] size =عدد صحيح؛ التسمية "، تحتوي على"> التسمية ؛ الحجم =عدد صحيح؛ التسمية "أو
ينتهي بـ "> التسمية ؛ الحجم =عدد صحيح[؛] "، com.vsearch سيزيل النمط [؛] الحجم =عدد صحيح[؛]
من الرأس والتفسير عدد صحيح كعدد تكرارات (أو وفرة) من
التسلسل في الدراسة. يتم استخدام هذه المعلومات الوفرة أو إنشاؤها أثناء الوهم
الكشف والتجميع وإلغاء النسخ والفرز والبحث.
يتم تعريف تسلسل النوكليوتيدات على أنه سلسلة من رموز IUPAC (ACGTURYSWKMDBHVN) ،
تبدأ بعد نهاية سطر المعرف وتنتهي قبل سطر المعرف التالي ،
أو نهاية الملف. com.vsearch يتجاهل بصمت أحرف أسكي من 9 إلى 13 ويخرج بامتداد
رسالة خطأ إذا كانت أحرف ascii من 0 إلى 8 ، ومن 14 إلى 31 ، "." أو "-" موجودة. كل الآخرين
يتم تجريد الأحرف ascii أو non-ascii والشكوى منها في تحذير بعدم الحظر
رسالة.
com.vsearch العمليات غير حساسة لحالة الأحرف ، إلا عند تنشيط الإخفاء الناعم. عند استخدام
أوامر التجميع أو الإخفاء أو البحث ، تعتبر الحالة مهمة إذا تم استخدام الإخفاء الناعم.
يتم تحديد التقنيع الناعم باستخدام الخيارين "--dbmask soft" (للبحث) أو "--qmask
soft "(للبحث والتجميع والإخفاء). عند استخدام إخفاء ناعم ، أحرف صغيرة
تشير إلى الرموز المقنعة ، بينما تشير الأحرف الكبيرة إلى الرموز العادية. الرموز المقنعة
لا يتم تضمينها في الفريد k-الرئيسات المستخدمة في البحث. عندما لا يكون اخفاء لينة
تم تنشيطه ، يتم تحويل جميع الأحرف إلى أحرف كبيرة داخليًا واستخدامها في ملفات النتائج.
عند مقارنة التسلسلات أثناء اكتشاف الوهم ، وإلغاء النسخ ، والبحث و
تعتبر المجموعات ، T و U متطابقة ، بغض النظر عن حالتها. إذا كان هناك رمزان
غير متطابقة ، ستؤدي محاذاةهم إلى نتيجة عدم تطابق سلبية (الافتراضي -4) ،
إلا إذا كان أحد الرمزين أو كلاهما غامضًا (RYSWKMDBHVN) في هذه الحالة النتيجة
هو صفر. كما أن محاذاة رمزين متطابقين غامضين (مثل R مقابل R) تتلقى أيضًا درجة
من صفر.
com.vsearch يمكن تجميعها إلى ملفات fasta المضغوطة المقبولة كمدخلات (gz و bzip2
تنسيقات). من ناحية أخرى ، لا يمكن أن تكون الملفات الخاصة مثل الأنابيب أو الأنابيب المسماة أو المقابس
تستخدم كمدخلات. لتقديم مؤشر التقدم ، com.vsearch يحتاج إلى السعي إلى نهاية
اسم الملف لمعرفة طوله. بالتالي، اسم الملف يجب أن يكون ملفًا عاديًا وليس تدفقًا.
مزيد من الخيارات
com.vsearch يتعرف على عدد كبير من خيارات سطر الأوامر. لتسهيل التنقل ، الخيارات
مجمعة أدناه حسب الموضوع (اكتشاف الوهم ، التجميع ، إزالة النسخ ، الإخفاء ،
الخلط والفرز والبحث). نبدأ بالخيارات العامة التي تنطبق على الجميع
المواضيع.
خيارات عامة:
--فاستا_عرض إيجابي عدد صحيح
تم إنتاج ملفات Fasta بواسطة com.vsearch ملفوفة (يتم كتابة التسلسلات على
خطوط عدد صحيح النيوكليوتيدات ، 80 افتراضيًا). عيّن هذه القيمة إلى 0 إلى
القضاء على الغلاف.
--مساعدة عرض تعليمات قصيرة والخروج.
--سجل اسم الملف
اكتب الرسائل إلى ملف السجل المحدد. تتضمن المعلومات المكتوبة
إصدار البرنامج ومقدار الذاكرة المتاحة وعدد النوى والأوامر
خيارات الخط. يتم أيضًا تسجيل أوقات البدء والانتهاء بالإضافة إلى ملف
الوقت المنقضي. يتم تضمين الحد الأقصى لمقدار الذاكرة المستهلكة. ال
عادةً ما تكتب الأوامر المختلفة أيضًا بعض المعلومات حول ملفات
نتائج. تتم كتابة كل من الرسائل القاتلة والتحذيرية والمعلوماتية.
- الحد الأقصى للطول إيجابي عدد صحيح
الكل com.vsearch ستتجاهل العمليات التسلسلات ذات الطول المساوي أو الأكبر
من عدد صحيح (50,000 نيوكليوتيد افتراضيًا).
- minseqlength إيجابي عدد صحيح
الكل com.vsearch ستتجاهل العمليات التسلسلات ذات الطول الأصغر من
عدد صحيح (1 نيوكليوتيد افتراضيًا للفرز أو الخلط ، 32 نيوكليوتيدات
للتجميع أو إزالة النسخ أو البحث).
- notrunclabels
لا تقطع تسميات التسلسل في أول مسافة ، واستخدم الرأس الكامل في
ملفات الإخراج.
--هادئ قم بإيقاف كل الإخراج إلى stdout و stdout باستثناء التحذيرات والقاتلة
رسائل خاطئة.
--الإصدار
إخراج معلومات الإصدار والخروج.
خيارات الكشف عن Chimera:
يعتمد اكتشاف Chimera على وظيفة تسجيل يتم التحكم فيها بواسطة خمسة خيارات (--dn ،
--mindiffs ، --mindiv ، --minh ، --xn). يتم فرز التسلسلات أولاً عن طريق التناقص
وفرة (إن وجدت) ، ومقارنتها على المزيد حبلا فقط (حالة
غير حساس).
In de جديد الوضع ، يجب أن يقدم ملف fasta للإدخال تعليقات توضيحية وفيرة (نمط
[؛] الحجم =عدد صحيح[؛] في رأس فاستا). ترتيب الإدخال يؤثر على الوهم
الكشف ، لذلك نوصي بفرز التسلسلات عن طريق تقليل الوفرة (الافتراضي
--derep_fulllength الأمر). إذا كانت مجموعة التسلسل الخاصة بك بحاجة إلى الفرز ، من فضلك انظر
الأمر --sortbysize في قسم الفرز.
- أبسكيف حقيقي
عند استخدام --uchime_denovo ، يتم استخدام انحراف الوفرة للتمييز في ملف
3-اتجاهات المحاذاة أي التسلسل هو الوهم وأي الوالدين.
الافتراض هو أن الكيميرا تظهر لاحقًا في تضخيم تفاعل البوليميراز المتسلسل
عملية وبالتالي فهي أقل وفرة من والديهم. الافتراضي
القيمة 2.0 ، مما يعني أن الوالدين يجب أن يكونا على الأقل مرتين أكثر
وفيرة من وهمهم. يمكن أن تكون أي قيمة موجبة أكبر من 1.0
مستخدم.
--محاذاة إيجابي عدد صحيح
عرض المحاذاة ثلاثية الاتجاهات في إخراج مثل هذا. القيمة الافتراضية هي
80. اضبط على 0 لإزالة الالتفاف.
- الكيميرا اسم الملف
إخراج تسلسل كيميري إلى اسم الملف، بتنسيق فاستا. قد يكون ترتيب الإخراج
تختلف عند استخدام خيوط متعددة.
- ديسيبل اسم الملف
عند استخدام --uchime_ref ، اكتشف الوهم باستخدام تنسيق fasta
التسلسلات المرجعية الواردة في اسم الملف. يتم افتراض التسلسلات المرجعية
لتكون خالية من الوهم. لن يتم الكشف عن Chimeras إذا كان والديهم (أو
الأقارب المقربين بما فيه الكفاية) في قاعدة البيانات.
--dn حقيقي
لا يوجد عدد زائف للتصويت (معلمة n في وظيفة التهديف الوهم)
(القيمة الافتراضية هي 1.4).
- العقول إيجابي عدد صحيح
الحد الأدنى لعدد الاختلافات لكل مقطع (القيمة الافتراضية هي 3).
- العقل حقيقي
الحد الأدنى من الاختلاف عن أقرب الأبوين (القيمة الافتراضية هي 0.8).
- مينه حقيقي
الدرجة الدنيا (ح). تؤدي زيادة هذه القيمة إلى تقليل عدد
ايجابيات كاذبة وتقليل الحساسية. القيمة الافتراضية هي 0.28 و
يتم قبول القيم التي تتراوح من 0.0 إلى 1.0 المدرجة.
- nonchimeras اسم الملف
إخراج تسلسلات غير خيمرية إلى اسم الملف، بتنسيق فاستا. ترتيب الإخراج
قد تختلف عند استخدام خيوط متعددة.
--الذات عند استخدام --uchime_ref ، تجاهل التسلسل المرجعي عند تسميته
يطابق تسمية تسلسل الاستعلام (مفيد لتقدير إيجابية كاذبة
المعدل في التسلسلات المرجعية).
- ذاتي عند استخدام --uchime_ref ، تجاهل التسلسل المرجعي عند النيوكليوتيد الخاص به
التسلسل مطابق تمامًا لتسلسل الاستعلام.
--الخيوط إيجابي عدد صحيح
عدد سلاسل العمليات الحسابية المراد استخدامها (من 1 إلى 256) مع --uchime_ref. ال
يجب أن يكون عدد الخيوط أقل أو يساوي عدد وحدات المعالجة المركزية المتاحة
النوى. الافتراضي هو استخدام جميع الموارد المتاحة وتشغيل واحد
موضوع لكل جوهر منطقي.
--uchime_denovo اسم الملف
كشف الكيميرات الموجودة بتنسيق فاستا اسم الملف، بدون خارجي
المراجع (أي de جديد). فرز التسلسلات تلقائيًا بتنسيق اسم الملف by
تقليل الوفرة مسبقًا (راجع قسم الفرز للحصول على التفاصيل).
لا يتم دعم تعدد مؤشرات الترابط.
--uchime_ref اسم الملف
كشف الكيميرات الموجودة بتنسيق فاستا اسم الملف من خلال مقارنتها
مع تسلسل مرجعي (الخيار - ديسيبل). تعدد مدعوم.
- مثل اسم الملف
اكتب المحاذاة العمومية ثلاثية الاتجاهات (الأبأ ، الأب ، الوهم) إلى اسم الملف
باستخدام تنسيق يمكن للبشر قراءته. استخدم --alignwidth لتعديل المحاذاة
طول. قد يختلف ترتيب الإخراج عند استخدام خيوط متعددة.
--uchimeout اسم الملف
اكتب نتائج الكشف عن الوهم إلى اسم الملف باستخدام علامة التبويب uchime المفصولة
تنسيق 18 حقلاً (انظر القائمة أدناه). استخدم --uchimeout5 لاستخدام تنسيق
متوافق مع usearch v5 والإصدارات السابقة. ترتيب إخراج الصفوف قد
تختلف عند استخدام خيوط متعددة.
1. الدرجة: تعني الدرجة الأعلى وجود محاذاة خيالية أكثر احتمالا.
2. س: تسمية تسلسل الاستعلام.
3. A: أصل تسمية التسلسل.
4. ب: تسمية تسلسل الأصل ب.
5. T: تسمية التسلسل الأعلى الأصل (أي الأب الأكثر تشابهًا مع
استفسار). تتم إزالة هذا الحقل عند استخدام --uchimeout5.
6. idQM: النسبة المئوية للتشابه بين الاستعلام (Q) والنموذج (M)
شيدت كجزء من الوالد أ وجزء من الأصل ب.
7. idQA: النسبة المئوية للتشابه بين الاستعلام (Q) والأصل A.
8. idQB: النسبة المئوية للتشابه بين الاستعلام (Q) والأصل B.
9. idAB: النسبة المئوية للتشابه بين الأبوين "أ" والأصل "ب".
10. idQT: النسبة المئوية للتشابه بين الاستعلام (Q) والأصل الأعلى (T).
11. LY: نعم التصويتات في الجزء الأيسر من النموذج.
12. LN: لا توجد تصويتات في الجزء الأيسر من النموذج.
13. LA: امتنع عن التصويت في الجزء الأيسر من النموذج.
14. RY: نعم يصوت في الجزء الأيمن من النموذج.
15. آكانيوز: لا يوجد تصويت في الجزء الأيمن من النموذج.
16. RA: الامتناع عن التصويت في الجزء الأيمن من النموذج.
17. div: divergence يعرف بأنه (idQM - idQT).
18. YN: الاستعلام خيالي (Y) ، أو ليس (N) ، أو حالة حدية
(؟).
--وتشيميوت 5
عند استخدام --uchimeout ، اكتب نتائج الكشف عن الوهم باستخدام علامة تبويب-
تنسيق منفصل من 17 حقلاً (أسقط الحقل الخامس من --uchimeout) ،
متوافق مع usearch الإصدار 5 والإصدارات السابقة.
--xn حقيقي
لا وزن للتصويت (معلمة بيتا في وظيفة التسجيل) (القيمة الافتراضية هي
8.0).
خيارات التجميع:
com.vsearch يطبق خوارزمية مرور واحدة جشعة لتجميع النجوم ، على غرار خوارزمية
الخوارزميات المطبقة في usearch و DNAclust و sumaclust على سبيل المثال. مهم
المعلمات هي عتبة التجميع العالمية (--id) والهوية الزوجية
تعريف (--iddef).
--سنترويد اسم الملف
إخراج تسلسل النقطه الوسطى العنقودية ل اسم الملف، بتنسيق فاستا. ال
النقطه الوسطى هو التسلسل الذي زرع الكتلة (أي التسلسل الأول
من الكتلة).
- Cluster_fast اسم الملف
قم بتجميع تسلسلات Fasta في شكل اسم الملف، يقوم تلقائيًا بتنفيذ ملف
الفرز عن طريق تقليل طول التسلسل مسبقًا.
--حجم الكتلة اسم الملف
قم بتجميع تسلسلات Fasta في شكل اسم الملف، يقوم تلقائيًا بتنفيذ ملف
الفرز عن طريق تقليل وفرة التسلسل مسبقًا.
--cluster_smallmem اسم الملف
قم بتجميع تسلسلات Fasta في شكل اسم الملف بدون تعديل تلقائي
ترتيبهم مسبقًا. من المتوقع أن يتم فرز التسلسل حسب التناقص
طول التسلسل ، ما لم يتم استخدام --usersort.
--عناقيد المجموعات سلسلة
إخراج كل مجموعة إلى ملف فاستا منفصل باستخدام البادئة سلسلة و
شريط (0 ، 1 ، 2 ، إلخ) لإنشاء المسار وأسماء الملفات.
- اتصل اسم الملف
إخراج تسلسل توافق الكتلة إلى اسم الملف. لكل عنقود ، أ
يتم حساب المحاذاة المتعددة ، ويتم إنشاء تسلسل إجماع بواسطة
أخذ رمز الأغلبية (نوكليوتيد أو فجوة) من كل عمود من أعمدة
تنسيق. يتم تخطي الأعمدة التي تحتوي على غالبية الفجوات ، باستثناء
فجوات طرفية.
--هوية شخصية حقيقي
لا تقم بإضافة الهدف إلى المجموعة إذا كانت مطابقة الزوج مع
النقطه الوسطى أقل من حقيقي (قيمة تتراوح من 0.0 إلى 1.0 متضمنة). ال
يتم تعريف الهوية الزوجية على أنها عدد (الأعمدة المطابقة) /
(طول المحاذاة - فجوات طرفية). يمكن تعديل هذا التعريف بواسطة
- ايدف.
- ايدف 0|1|2|3|4
قم بتغيير تعريف الهوية الزوجية المستخدم في --id. القيم المقبولة هي:
0. تعريف CD-HIT: (مطابقة الأعمدة) / (أقصر تسلسل
الطول).
1. تعديل المسافة: (مطابقة الأعمدة) / (طول المحاذاة).
2. تعديل المسافة باستثناء الفجوات الطرفية (مثل --id).
3. تعريف المختبر البيولوجي البحري بحساب كل فجوة ممتدة
(داخلي أو طرفي) كفرق واحد: 1.0 -
[(عدم تطابق + فجوات) / (أطول طول تسلسل)]
4. تعريف بلاست ، يعادل --iddef 2 في سياق
المحاذاة الزوجية العالمية.
--مسعوط اسم الملف
قم بإخراج محاذاة متعددة التسلسل وتسلسل إجماع لكل منهما
الكتلة ل اسم الملف، بتنسيق فاستا. تسلسل الإجماع هو
شيدت بأخذ رمز الأغلبية (نوكليوتيد أو فجوة) من كل منهما
عمود المحاذاة. الأعمدة التي تحتوي على غالبية الفجوات هي
تم تخطيها ، باستثناء الفجوات الطرفية.
- qmask بلا | غبار | ناعم
قم بإخفاء التكرارات البسيطة والمناطق منخفضة التعقيد في تسلسل باستخدام غبار
أو ال ناعم الخوارزميات ، أو لا تخفي (لا شيء). تحذير عند استخدام ناعم
إخفاء ، يصبح التجميع حساسًا لحالة الأحرف. الافتراضي هو إخفاء باستخدام
غبار.
- حجم ضع في الاعتبار كثرة التعليقات التوضيحية الموجودة في فاستا الإدخال
ملف (ابحث عن النمط "[> ؛] الحجم =عدد صحيح[؛] "في رؤوس متسلسلة).
- الحجم
أضف تعليقات توضيحية وفيرة إلى ملفات Fasta الناتجة (أضف النمط
"؛ الحجم =عدد صحيح؛ "لتسلسل الرؤوس). إذا تم تحديد --sizein ، الوفرة
يتم الإبلاغ عن التعليقات التوضيحية إلى ملفات الإخراج ، وكل نقطة مركزية للكتلة
يتلقى قيمة وفرة جديدة تتوافق مع الوفرة الإجمالية لـ
amplicons المدرجة في الكتلة (الخيار --centroids). إذا - ليس حجمين
المحدد ، يتم تعيين وفرة الإدخال على 1 لـ amplicons وإلى الرقم
من الأمبليكون لكل كتلة للنقط الوسطى.
--ساحل زائد | كلاهما
عند مقارنة التسلسلات مع البذور العنقودية ، تحقق من المزيد حبلا فقط
(افتراضي) أو تحقق على حد سواء فروع.
--الخيوط إيجابي عدد صحيح
عدد الخيوط الحسابية المراد استخدامها (من 1 إلى 256). عدد الخيوط
يجب أن يكون أقل أو يساوي عدد نوى وحدة المعالجة المركزية المتاحة. ال
الافتراضي هو استخدام جميع الموارد المتاحة وتشغيل موضوع واحد لكل
جوهر منطقي.
--uc اسم الملف
ينتج عن تجميع الإخراج اسم الملف باستخدام تنسيق يشبه uclust. ل
وصف الشكل ، انظر
<http://www.drive5.com/usearch/manual/ucout.html>.
--usersort
عند استخدام --cluster_smallmem ، اسمح بأي ترتيب إدخال تسلسلي ، وليس فقط ملف
تقليل ترتيب الطول.
تنطبق معظم خيارات البحث أيضًا على التجميع:
--alnout ، --blast6out ، - fastapairs ، - متطابق ، - لا مثيل له ، - maxaccept ،
- maxreject ، --samout ، --userout ، --userfields ، تصفية النتيجة ، الفجوة
العقوبات ، اخفاء. (انظر قسم البحث).
خيارات إزالة البيانات:
--ديرب_الطول اسم الملف
ادمج التسلسلات المتطابقة تمامًا المضمنة في اسم الملف. تطابق
يتم تعريف التسلسلات على أنها لها نفس الطول ونفس السلسلة
النيوكليوتيدات (غير حساسة لحالة الأحرف ، تعتبر T و U هي نفسها).
- أكبر حجم إيجابي عدد صحيح
تجاهل التسلسلات التي لها قيمة وفرة أكبر من عدد صحيح.
- minuniquesize إيجابي عدد صحيح
تجاهل التسلسلات ذات قيمة وفرة أصغر من عدد صحيح.
--انتاج اسم الملف
اكتب التسلسلات غير المكررة إلى اسم الملف، في شكل فاستا وفرزها
عن طريق تقليل الوفرة. تسلسلات متطابقة تتلقى رأس
التسلسل الأول لمجموعتهم. إذا تم استخدام --sizeout ، فإن عدد
تكرارات (أي وفرة) من كل تسلسل يشار في نهاية
رأس فاستا الخاص بهم باستخدام النمط "؛ الحجم =عدد صحيح؛ ".
- حجم ضع في الاعتبار كثرة التعليقات التوضيحية الموجودة في فاستا الإدخال
ملف (ابحث عن النمط "[> ؛] الحجم =عدد صحيح[؛] "في رؤوس متسلسلة).
- الحجم
أضف تعليقات توضيحية وفيرة إلى ملف Fasta الناتج (أضف النمط
"؛ الحجم =عدد صحيح؛ "لتسلسل الرؤوس). إذا تم تحديد --sizein ، فكل منهما
التسلسل الفريد يتلقى قيمة وفرة جديدة تقابل إجماليه
الوفرة (مجموع وفرة تكراراتها). إذا - ليس حجمين
المحدد ، يتم تعيين وفرة الإدخال على 1 ، وكل تسلسل فريد
يتلقى قيمة وفرة جديدة تقابل عدد مرات حدوثه
في ملف الإدخال.
--ساحل زائد | كلاهما
عند البحث عن تسلسلات متطابقة تمامًا ، تحقق من المزيد ساحل
فقط (افتراضي) أو تحقق على حد سواء فروع.
- أعلى إيجابي عدد صحيح
إخراج فقط الجزء العلوي عدد صحيح المتتاليات (أي الأكثر وفرة).
--uc اسم الملف
ينتج عن إزالة نسخ الإخراج اسم الملف باستخدام تنسيق يشبه uclust. ل
وصف الشكل ، انظر
<http://www.drive5.com/usearch/manual/ucout.html>. في سياق
إلغاء النسخ ، الخيار --uc_allhits ليس له أي تأثير على ناتج --uc.
خيارات اخفاء:
يمكن أن يتكون تسلسل الإدخال من نيوكليوتيدات منخفضة أو كبيرة. أحرف صغيرة
يتم ضبط النيوكليوتيدات بصمت على الأحرف الكبيرة قبل التقنيع ، ما لم يكن القناع - q ناعمًا
يستخدم الخيار. فيما يلي نتائج خيارات التقنيع المدمجة - qmask (أو
- قناع dbmask لتسلسل قاعدة البيانات) و - قناع صلب ، بافتراض تسلسل كل مدخلات
يحتوي على نيوكليوتيدات منخفضة وكبيرة:
qmask عمل قناع صعب
────────────────────────────────────────────────── ─────────────────
لا شيء بدون إخفاء ، جميع الرموز مكتوبة بأحرف كبيرة
لا شيء بدون إخفاء ، جميع الرموز مكتوبة بأحرف كبيرة
قم بإزالة الغبار من الرموز المقنعة بخط صغير ، والبعض الآخر أحرف كبيرة
الغبار على الرموز المقنعة تغير إلى Ns ، والبعض الآخر بأحرف كبيرة
لينة قبالة الرموز الصغيرة ملثمين ، لا يتغير أي حالة
لينة على الرموز الصغيرة مقنعة وتغييرها إلى Ns
--قناع صلب
قم بإخفاء المناطق منخفضة التعقيد عن طريق استبدالها بـ N بدلاً من الإعداد
منهم إلى الأحرف الصغيرة.
- الماسكفاستا اسم الملف
إخفاء التكرارات البسيطة والمناطق منخفضة التعقيد في التسلسلات الواردة في
اسم الملف. الافتراضي هو إخفاء باستخدام غبار (استخدم - qmask لتعديل ذلك
سلوك).
--انتاج اسم الملف
اكتب التسلسلات المقنعة إلى اسم الملف، بتنسيق فاستا.
- qmask بلا | غبار | ناعم
قم بإخفاء التكرارات البسيطة والمناطق منخفضة التعقيد في تسلسل باستخدام غبار
أو ال ناعم الخوارزميات ، أو لا تخفي (لا شيء). الافتراضي هو إخفاء
استخدام غبار.
--الخيوط إيجابي عدد صحيح
عدد الخيوط الحسابية المراد استخدامها (من 1 إلى 256). عدد الخيوط
يجب أن يكون أقل أو يساوي عدد نوى وحدة المعالجة المركزية المتاحة. ال
الافتراضي هو استخدام جميع الموارد المتاحة وتشغيل موضوع واحد لكل
جوهر منطقي.
خيارات المحاذاة الزوجية:
تتم كتابة نتائج n * (n - 1) / 2 المحاذاة الزوجية إلى النتيجة
الملفات المحددة بـ --alnout ، --blast6out ، --fastapairs - متطابقة ، --notmatched ،
--samout أو --uc أو --userout (انظر قسم البحث أدناه). حدد إما
- قبول جميع الخيارات لإخراج جميع المحاذاة الزوجية ، أو تحديد مستوى الهوية
مع --id لتجاهل المحاذاة الضعيفة. معظم خيارات القبول / الرفض الأخرى (انظر
يمكن أيضًا استخدام خيارات البحث أدناه). يتم محاذاة التسلسلات على المزيد
حبلا فقط.
--قبول الكل
اكتب نتائج جميع المحاذاة لملفات الإخراج. هذا الخيار يتجاوز
جميع خيارات القبول / الرفض الأخرى (بما في ذلك --id).
--allpairs_global اسم الملف
قم بإجراء محاذاة أزواج عمومية مثالية لجميع تسلسلات Fasta مقابل كل تسلسلات Fasta
الواردة في اسم الملف. هذا الأمر متعدد الخيوط.
--هوية شخصية حقيقي
ارفض تطابق التسلسل إذا كانت الهوية الزوجية أقل من حقيقي
(قيمة تتراوح من 0.0 إلى 1.0 متضمنة).
--الخيوط إيجابي عدد صحيح
عدد الخيوط الحسابية المراد استخدامها (من 1 إلى 256). عدد الخيوط
يجب أن يكون أقل أو يساوي عدد نوى وحدة المعالجة المركزية المتاحة. ال
الافتراضي هو استخدام جميع الموارد المتاحة وتشغيل موضوع واحد لكل
جوهر منطقي.
خيارات البحث:
--النوط اسم الملف
اكتب محاذاة عمومية زوجية إلى اسم الملف باستخدام ملف مقروء من قبل الإنسان
شكل. استخدم --rowlen لتعديل طول المحاذاة. قد يختلف ترتيب الإخراج
عند استخدام خيوط متعددة.
- انفجار 6 خارج اسم الملف
اكتب نتائج البحث إلى اسم الملف باستخدام تنسيق مفصول بعلامات تبويب تشبه الانفجار
من اثني عشر حقلاً (مدرجة أدناه) ، مع مطابقة سطر واحد لكل هدف استعلام
(أو عدم وجود تطابق إذا تم استخدام --output_no_hits). قد يختلف ترتيب الإخراج
عند استخدام خيوط متعددة. يمكن الحصول على مخرجات مماثلة باستخدام --userout
اسم الملف و-userfields
الاستعلام + الهدف + المعرف + alnlen + عدم الوضوح + يفتح + qlo + qhi + tlo + thi + Evalue + bits. كاملة
القائمة والوصف متاحان في قسم "Userfields" من هذا
كتيب.
1. سؤال: تسمية الاستعلام.
2. الهدف: الهدف (تسلسل قاعدة البيانات) التسمية. تم تعيين الحقل إلى
"*" إذا لم يكن هناك محاذاة.
3. id: النسبة المئوية للهوية (القيمة الحقيقية تتراوح من 0.0 إلى
100.0). يتم تحديد هوية النسبة المئوية على أنها 100 * (مطابقة
أعمدة) / (طول المحاذاة - فجوات طرفية). انظر الحقول id0
إلى id4 للحصول على تعريفات أخرى.
4. النلين: طول محاذاة الاستعلام-الهدف (عدد
أعمدة). يتم تعيين الحقل إلى 0 إذا لم يكن هناك محاذاة.
5. نفسه: عدد حالات عدم التطابق في المحاذاة (صفر أو موجب
قيمة عدد صحيح).
6. يفتح: عدد الأعمدة التي تحتوي على فجوة مفتوحة (صفر أو
قيمة عدد صحيح موجب).
7. qlo: النوكليوتيدات الأولى من الاستعلام تتماشى مع الهدف.
يساوي دائمًا 1 إذا كان هناك محاذاة ، 0 بخلاف ذلك.
8. qhi: النوكليوتيدات الأخيرة من الاستعلام تتماشى مع الهدف.
دائما يساوي طول المحاذاة الزوجية. الميدان
مضبوطة على 0 إذا لم يكن هناك محاذاة.
9. TLO: النوكليوتيدات الأولى للهدف تتماشى مع الاستعلام.
يساوي دائمًا 1 إذا كان هناك محاذاة ، 0 بخلاف ذلك.
10 ثي: النوكليوتيدات الأخيرة للهدف تتماشى مع الاستعلام.
دائما يساوي طول المحاذاة الزوجية. الميدان
مضبوطة على 0 إذا لم يكن هناك محاذاة.
11 تقييم: القيمة المتوقعة (غير محسوبة بالنسبة للنيوكليوتيدات
محاذاة). قم دائمًا بالتعيين على -1.
12 بت: درجة البت (غير محسوبة لمحاذاة النوكليوتيدات).
يتم التعيين دائمًا على 0.
- ديسيبل اسم الملف
قارن تسلسلات الاستعلام (المحددة بـ --usearch_global) إلى fasta-
تسلسلات الهدف المنسقة المضمنة في اسم الملف، باستخدام الزوج العالمي
انتقام.
--dbmask بلا | غبار | ناعم
إخفاء التكرارات البسيطة والمناطق منخفضة التعقيد في قاعدة البيانات الهدف
التسلسل باستخدام غبار أو ال ناعم الخوارزميات ، أو لا تخفي (لا شيء).
تحذير عند استخدام ناعم اخفاء أوامر البحث تصبح حساسة لحالة الأحرف.
الافتراضي هو إخفاء باستخدام غبار.
--dbmatched اسم الملف
اكتب تسلسلات هدف قاعدة البيانات المطابقة لتسلسل استعلام واحد على الأقل
اسم الملف، بتنسيق فاستا. إذا تم استخدام الخيار --sizeout ، فسيتم استخدام عدد
تتم الإشارة إلى الاستعلامات التي تطابقت مع كل تسلسل هدف باستخدام النمط
"؛ الحجم =عدد صحيح؛ ".
--dbnotmatched اسم الملف
كتابة تسلسلات هدف قاعدة البيانات لا تتطابق مع تسلسلات الاستعلام اسم الملف,
في شكل فاستا.
- فاستابيرس اسم الملف
اكتب محاذاة زوجية من الاستعلام وتسلسل الهدف اسم الملف، في
شكل فاستا.
--fulldp خيار وهمي للتوافق مع usearch. لتعظيم البحث
حساسية، com.vsearch يستخدم 8-way SIMD vectorized ديناميكية كاملة
خوارزمية البرمجة (Needleman-Wunsch) ، سواء كانت --fulldp أم لا
محدد.
- جابكست سلسلة
ضع عقوبات لتمديد الفجوة. انظر --gapopen للحصول على كامل
وصف نظام إعلان العقوبة. الافتراضي هو
تهيئة الفجوة الست لتمديد العقوبات باستخدام عقوبة 2 ل
توسيع الفجوات الداخلية وعقوبة 1 لتمديد الفجوات الطرفية ، في
كل من تسلسل الاستعلام والهدف (أي 2I / 1E).
- جابوبين سلسلة
ضع عقوبات لفتح فجوة. يمكن أن يحدث فتح فجوة في ستة مختلفة
السياقات: في الاستعلام (Q) أو في تسلسل الهدف (T) ، على اليسار (L)
أو الطرف الأيمن (R) من التسلسل ، أو داخل التسلسل (I).
يمكن دمج رموز التسلسل (Q و T) مع رموز الموقع (L ، I ،
و R) والقيم العددية لإعلان العقوبات عن كل ما هو ممكن
السياقات: aQL / bQI / cQR / dTL / eTI / fTR ، حيث تكون abcdef صفرًا أو موجبة
الأعداد الصحيحة ، ويتم استخدام "/" كفاصل.
لتبسيط الإعلانات ، يمكن أن تكون رموز الموقع (L و I و R)
مجتمعة ، يمكن استخدام الرمز (E) لعلاج كلا الطرفين (L و R)
بالتساوي ، ويمكن حذف الرمزين Q و T لمعالجة الاستعلام والهدف
تسلسل بالتساوي. على سبيل المثال ، الافتراضي هو إعلان عقوبة 20
لفتح فجوات داخلية وغرامة 2 لفتح فجوات طرفية
(يسار أو يمين) ، في كل من تسلسل الاستعلام والهدف (أي 20I / 2E). فقط لو
يتم إعطاء قيمة عددية ، بدون أي تسلسل أو رمز موقع ، إذن
تنطبق العقوبة على جميع فتحات الفجوة. لمنع فتح الفجوات ، أ
يمكن الإعلان عن قيمة العقوبة اللانهائية بالرمز "*". ليستخدم com.vsearch
بصفتها مصفوفة شبه عالمية ، يمكن تطبيق عقوبة خالية على اليسار (L) أو
الفجوات اليمنى (R).
com.vsearch يقوم دائمًا بتهيئة عقوبات الفتح الست باستخدام الافتراضي
المعلمات (20I / 2E). عندئذ يكون المستخدم حرا في التصريح عن القيم فقط
يريد التعديل. ال سلسلة يتم مسحها ضوئيًا من اليسار إلى اليمين ، ويتم قبولها
الرموز هي (0123456789 / LIREQT *) ، والقيم اللاحقة تحل محل السابقة
القيم.
يرجى ملاحظة أن com.vsearch، على عكس usearch ، يسمح فقط بفجوة صحيحة
ضربات الجزاء. لأن أدنى فجوة جزاءات هي 0.5 افتراضيًا في البحث المستخدم ،
جميع النتائج الافتراضية وفجوات العقوبات في com.vsearch تضاعف ل
الحفاظ على عقوبات متكافئة وإنتاج محاذاة متطابقة.
--قناع صلب
قم بإخفاء المناطق منخفضة التعقيد عن طريق استبدالها بـ N بدلاً من الإعداد
منهم إلى الأحرف الصغيرة. لمزيد من المعلومات ، يرجى الاطلاع على قسم الإخفاء.
--هوية شخصية حقيقي
ارفض تطابق التسلسل إذا كانت الهوية الزوجية أقل من حقيقي
(قيمة تتراوح من 0.0 إلى 1.0 متضمنة). تقوم عملية البحث بفرز الهدف
التسلسل عن طريق تقليل عدد k-mers لديهم قواسم مشتركة مع
تسلسل الاستعلام ، باستخدام تلك المعلومات كبديل لتشابه التسلسل.
ستمنع هذه التصفية المسبقة الفعالة أيضًا المحاذاة الزوجية مع
تطابق الأهداف بشكل ضعيف ، حيث يجب مشاركة 6 أهداف على الأقل k-مرس
ابدأ المحاذاة الزوجية ، وواحدة على الأقل من كل 16 k-مرس من
يحتاج الاستعلام لمطابقة الهدف. وبالتالي ، فإن استخدام قيم أقل من
- ليس من المرجح أن يلتقط ID 0.5 أهدافًا مطابقة بشكل أضعف. ال
يتم تعريف هوية الزوج بشكل افتراضي على أنها عدد (مطابقة
أعمدة) / (طول المحاذاة - فجوات طرفية). يمكن أن يكون هذا التعريف
تم تعديله بواسطة --iddef.
- ايدف 0|1|2|3|4
قم بتغيير تعريف الهوية الزوجية المستخدم في --id. القيم المقبولة هي:
0. تعريف CD-HIT: (مطابقة الأعمدة) / (أقصر تسلسل
الطول).
1. تعديل المسافة: (مطابقة الأعمدة) / (طول المحاذاة).
2. تعديل المسافة باستثناء الفجوات الطرفية (مثل --id).
3. تعريف المختبر البيولوجي البحري بحساب كل فجوة ممتدة
(داخلي أو طرفي) كفرق واحد: 1.0 -
[(عدم تطابق + فجوات) / (أطول طول تسلسل)]
4. تعريف بلاست ، يعادل --iddef 2 في سياق
المحاذاة الزوجية العالمية.
يقبل الخيار --userfields الحقول id0 إلى id4 ، بالإضافة إلى الامتداد
معرّف الحقل ، للإبلاغ عن قيم الهوية الزوجية المقابلة لـ
تعاريف مختلفة.
- idprefix إيجابي عدد صحيح
ارفض تطابق التسلسل إذا كان الأول عدد صحيح نيوكليوتيدات الهدف
لا تطابق الاستعلام.
- مرفقات إيجابي عدد صحيح
ارفض تطابق التسلسل إذا كان الأخير عدد صحيح نيوكليوتيدات الهدف تفعل
لا تتطابق مع الاستعلام.
- اليسار فقط
ارفض تطابق التسلسل إذا بدأت المحاذاة الزوجية بالفجوات.
--تطابق عدد صحيح
النتيجة المخصصة لمطابقة (أي نيوكليوتيدات متطابقة) في الزوج
تنسيق. القيمة الافتراضية هي 2.
- متطابق اسم الملف
اكتب تسلسلات الاستعلام التي تطابق تسلسلات هدف قاعدة البيانات إلى اسم الملف، في
شكل فاستا.
- يقبل إيجابي عدد صحيح
الحد الأقصى لعدد الزيارات لقبولها قبل إيقاف البحث. الافتراضي
القيمة هي 1. يعمل هذا الخيار مع - maxrejects. البحث
عملية تفرز التسلسلات المستهدفة عن طريق تقليل عدد k-الأمراء لديهم فيها
مشترك مع تسلسل الاستعلام ، باستخدام هذه المعلومات كبديل لـ
تشابه التسلسل. بعد المحاذاة الزوجية ، إذا كان الهدف الأول
يمر التسلسل بمعايير القبول ، ويتم قبوله كأفضل نتيجة و
تتوقف عملية البحث عن هذا الاستعلام. إذا تم تعيين --maxaccepts على
قيمة أعلى ، يتم قبول المزيد من الزيارات. إذا - - - - - - - - -
كلاهما مضبوط على 0 ، يتم البحث في قاعدة البيانات الكاملة.
- Maxdiffs إيجابي عدد صحيح
ارفض تطابق التسلسل إذا كانت المحاذاة تحتوي على الأقل عدد صحيح
الاستبدالات أو الإدخالات أو الحذف.
- Maxgaps إيجابي عدد صحيح
ارفض تطابق التسلسل إذا كانت المحاذاة تحتوي على الأقل عدد صحيح
عمليات الإدراج أو الحذف.
- الحد الأقصى إيجابي عدد صحيح
الحد الأقصى لعدد الزيارات المراد إظهارها بمجرد إنهاء البحث (تكون النتائج
مرتبة حسب تناقص الهوية). غير محدود بشكل افتراضي. هذا الخيار ينطبق
إلى --alnout ، --blast6out ، --fastapairs ، --samout ، --uc ، أو --userout
ملفات الإخراج.
- ماكسيد حقيقي
ارفض تطابق التسلسل إذا كانت النسبة المئوية للهوية بين الاثنين
التسلسل أكبر من حقيقي.
- maxqsize إيجابي عدد صحيح
رفض تسلسلات الاستعلام ذات الوفرة الأكبر من عدد صحيح.
- maxqt حقيقي
ارفض إذا كانت نسبة طول تسلسل الاستعلام / الهدف أكبر من حقيقي.
- ماكسروتس إيجابي عدد صحيح
الحد الأقصى لعدد التسلسلات المستهدفة غير المطابقة التي يجب مراعاتها من قبل
وقف البحث. القيمة الافتراضية هي 32. يعمل هذا الخيار في أزواج
مع --أقصى. تقوم عملية البحث بفرز التسلسلات المستهدفة عن طريق التناقص
عدد من k-الأمراء لديهم قواسم مشتركة مع تسلسل الاستعلام ، باستخدام ذلك
المعلومات كوكيل للتشابه التسلسلي. بعد المحاذاة الزوجية ،
إذا لم ينجح أي من التسلسلات المستهدفة الـ 32 الأولى التي تم فحصها في القبول
المعايير ، تتوقف عملية البحث لهذا الاستعلام (بدون دخول). لو
- تم تعيين maxrejects على قيمة أعلى ، والمزيد من التسلسلات المستهدفة
يعتبر. إذا تم تعيين كل من --maxaccepts و --maxrejects على 0 ، فسيتم تعيين
يتم البحث في قاعدة بيانات كاملة.
- maxsizeratio حقيقي
ارفض إذا كانت نسبة وفرة الاستعلام / الهدف أكبر من حقيقي.
- ماكسسل حقيقي
ارفض إذا كانت نسبة طول التسلسل الأقصر / الأطول أكبر من حقيقي.
--ماكسسبس إيجابي عدد صحيح
ارفض تطابق التسلسل إذا كانت المحاذاة الزوجية تحتوي على أكثر من
عدد صحيح بدائل.
- منتصف حقيقي
ارفض تطابق التسلسل إذا كانت النسبة المئوية للهوية أقل من حقيقي
(تجاهل كل الثغرات الداخلية والطرفية).
- مينكولس إيجابي عدد صحيح
ارفض تطابق التسلسل إذا كان طول المحاذاة أقصر من عدد صحيح.
- minqt حقيقي
ارفض إذا كانت نسبة طول تسلسل الاستعلام / الهدف أقل من حقيقي.
- minsizeratio حقيقي
ارفض إذا كانت نسبة وفرة الاستعلام / الهدف أقل من حقيقي.
- مينسل حقيقي
ارفض إذا كانت نسبة طول التسلسل الأقصر / الأطول أقل من حقيقي.
- الحجم إيجابي عدد صحيح
ارفض التسلسلات المستهدفة ذات الوفرة الأقل من عدد صحيح.
--عدم تطابق عدد صحيح
النتيجة المخصصة لعدم تطابق (أي نيوكليوتيدات مختلفة) في الزوج
تنسيق. القيمة الافتراضية هي -4.
--غير متطابق اسم الملف
كتابة تسلسلات استعلام لا تتطابق مع تسلسلات هدف قاعدة البيانات اسم الملف,
في شكل فاستا.
--output_no_hits
اكتب كلاً من الاستعلامات المتطابقة وغير المطابقة إلى --alnout ، --blast6out ،
- ملفات إخراج السموت أو --userout (ملفات الإخراج --uc و --uc_allhits
تتميز دائمًا بطلبات بحث غير متطابقة). يتم تصنيف الاستعلامات غير المتطابقة
"لا يضرب" في ملفات --alnout.
- qmask بلا | غبار | ناعم
إخفاء التكرارات البسيطة والمناطق منخفضة التعقيد في تسلسل الاستعلام باستخدام
هيه غبار أو ال ناعم الخوارزميات ، أو لا تخفي (لا شيء). تحذير متى
استخدام ناعم اخفاء أوامر البحث تصبح حساسة لحالة الأحرف. الافتراضي هو
لإخفاء استخدام غبار.
--query_cov حقيقي
رفض إذا كان جزء الاستعلام المحاذي للتسلسل الهدف هو
أقل من حقيقي. يتم حساب تغطية الاستعلام على شكل (تطابقات + عدم تطابق)
/ طول تسلسل الاستعلام. لا تؤخذ الثغرات الداخلية أو النهائية في الاعتبار
حساب.
- صحيح
ارفض تطابق التسلسل إذا انتهت المحاذاة الزوجية بفجوات.
- رولين إيجابي عدد صحيح
عرض خطوط المحاذاة في - إخراج النص. القيمة الافتراضية هي 64. تعيين
إلى 0 لإزالة الالتفاف.
- سموت اسم الملف
كتابة نتائج المحاذاة إلى اسم الملف بتنسيق SAM. للحصول على وصف
من الشكل ، انظر . ترتيب الإخراج
قد تختلف عند استخدام خيوط متعددة.
--الذات ارفض تطابق التسلسل إذا كانت تسميات الاستعلام والهدف متطابقة.
- ذاتي ارفض تطابق التسلسل إذا كان الاستعلام وتسلسل الهدف صارمًا
مطابق.
- الحجم
أضف تعليقات توضيحية وفيرة إلى ناتج الخيار --dbmatched (باستخدام
النمط "؛ الحجم =عدد صحيح؛ ") ، للإبلاغ عن عدد الاستفسارات التي
يطابق كل هدف.
--ساحل زائد | كلاهما
عند البحث عن تسلسلات مماثلة ، تحقق من المزيد حبلا فقط (افتراضي)
أو تحقق على حد سواء فروع.
--target_cov حقيقي
ارفض تطابق التسلسل إذا تمت محاذاة جزء التسلسل المستهدف
إلى تسلسل الاستعلام أقل من حقيقي. يتم حساب التغطية المستهدفة
مثل (تطابق + عدم تطابق) / طول التسلسل المستهدف. داخلي أو طرفي
الثغرات لا تؤخذ في الاعتبار.
--الخيوط إيجابي عدد صحيح
عدد الخيوط الحسابية المراد استخدامها (من 1 إلى 256). عدد الخيوط
يجب أن يكون أقل أو يساوي عدد نوى وحدة المعالجة المركزية المتاحة. ال
الافتراضي هو استخدام جميع الموارد المتاحة وتشغيل موضوع واحد لكل
جوهر منطقي.
--أعلى_أوقات_فقط
إخراج فقط الضربات ذات أعلى نسبة مطابقة مع
الاستعلام.
--uc اسم الملف
نتائج البحث في الإخراج اسم الملف باستخدام تنسيق يشبه uclust. ل
وصف الشكل ، انظر
<http://www.drive5.com/usearch/manual/ucout.html>. قد يختلف ترتيب الإخراج
عند استخدام خيوط متعددة.
--uc_allhits
عند استخدام الخيار --uc ، اعرض جميع النتائج ، وليس فقط أعلى نتيجة لكل منها
الاستعلام.
--usearch_global اسم الملف
قارن تسلسلات الهدف (--db) بتسلسلات الاستعلام ذات التنسيق Fasta
الواردة في اسم الملف، باستخدام محاذاة الأزواج العالمية.
--حقول المستخدم سلسلة
عند استخدام --userout ، حدد الحقول المكتوبة في الإخراج واطلبها
ملف. الحقول مفصولة بعلامة "+" (مثل استعلام + هدف + معرف). انظر
قسم "Userfields" للحصول على قائمة كاملة من الحقول.
--مستخدم اسم الملف
كتابة إخراج مفصولة بعلامات تبويب المعرفة من قبل المستخدم إلى اسم الملف. حدد الحقول
مع الخيار --userfields. قد يختلف ترتيب الإخراج عند استخدام ملفات متعددة
الخيوط. إذا كانت --userfields فارغة أو غير موجودة ، اسم الملف فارغ.
- ضعيف حقيقي
إظهار النتائج مع نسبة هوية على الأقل حقيقي، بدون
إنهاء البحث. البحث العادي يتوقف بمجرد ما يكفي من الضربات
تم العثور عليها (كما تم تعريفها بواسطة - - maxaccepts - - maxrejects - - id). كما - ضعيف
يبلغ عن ضربات ضعيفة لم يتم استنتاجها من - القبول ، القيم العالية
يمكن استخدامها ، وبالتالي الحفاظ على السرعة والحساسية. منطقيا حقيقي
يجب أن تكون أصغر من القيمة المشار إليها بواسطة --id.
--طول كلمة إيجابي عدد صحيح
طول الكلمات (أي k-mers) لفهرسة قاعدة البيانات. نطاق ممكن
القيم من 3 إلى 15 ، ولكن يوصى عمومًا بالقيم القريبة من 8.
قد تقلل الكلمات الأطول من الحساسية لأوجه التشابه الضعيفة ، لكن يمكنها ذلك
زيادة الدقة. من ناحية أخرى ، قد تزداد الكلمات الأقصر
حساسية ، ولكن يمكن أن تقلل من الدقة. سوف وقت الحساب بشكل عام
تزيد الكلمات الأقصر وتنقص مع الكلمات الأطول. ذاكرة
تزداد متطلبات جزء من المؤشر بمعامل 4 في كل مرة
يزيد طول الكلمة بنوكليوتيد واحد ، ويصبح هذا بشكل عام
مهم للكلمات الطويلة (12 أو أكثر). القيمة الافتراضية هي 8.
خيارات الخلط:
--انتاج اسم الملف
اكتب التسلسلات التي تم خلطها اسم الملف، بتنسيق فاستا.
--بذرة إيجابي عدد صحيح
عند ترتيب التسلسل عشوائيًا ، استخدم عدد صحيح كبذور. إرادة بذرة معينة
تنتج دائمًا نفس ترتيب الإخراج (مفيد للتكرار). اضبط على 0
لاستخدام بذرة عشوائية زائفة (سلوك افتراضي).
--خلط اسم الملف
خلط عشوائي عشوائي لترتيب التسلسلات الواردة في اسم الملف.
- أعلى إيجابي عدد صحيح
إخراج فقط الجزء العلوي عدد صحيح متواليات.
خيارات الفرز:
يتم فرز إدخالات Fasta عن طريق تقليل الوفرة (--sortbysize) أو طول التسلسل
(- طول قصير). للحصول على ترتيب فرز ثابت ، يتم فرز الروابط بالتناقص
الوفرة وتسمية زيادة الترتيب ألفا العددي (- الطول الفردي) ، أو فقط من خلال
زيادة التسمية بترتيب ألفا العددي (- الترتيب الفردي). يفترض فرز الملصقات ذلك
كل التسلسلات لها تسميات فريدة. الأمر نفسه ينطبق على الفرز التلقائي
أجريت أثناء فحص الوهم (--uchime_denovo) ، إزالة النسخ
(--dep_fulllength) ، والتجميع (- cluster_fast و - cluster_size).
--اقصى حجم إيجابي عدد صحيح
عند استخدام --sortbysize ، تجاهل التسلسلات ذات القيمة الوفرة أكبر
من عدد صحيح.
- دقيقة إيجابي عدد صحيح
عند استخدام --sortbysize ، تجاهل التسلسلات ذات قيمة الوفرة الأصغر
من عدد صحيح.
--انتاج اسم الملف
اكتب التسلسلات التي تم فرزها إلى اسم الملف، بتنسيق فاستا.
- إعادة التسمية سلسلة
تسلسل إعادة التسمية باستخدام البادئة سلسلة ومؤشر (1 ، 2 ، 3 ، إلخ.) إلى
بناء رؤوس جديدة. استخدم - sizeout للحفاظ على الوفرة
شروحه.
- الحجم
عند استخدام --relabel ، أبلغ عن التعليقات التوضيحية الوفرة إلى Fasta الناتج
ملف (باستخدام النمط "؛ الحجم =عدد صحيح؛ ").
- طول قصير اسم الملف
قم بالفرز عن طريق تقليل طول التسلسلات الموجودة في اسم الملف. راجع
الخيارات العامة - minseqlength و - maxseqlength للقضاء على القصير و
تسلسلات طويلة.
--الترتيب حسب حجم اسم الملف
قم بالفرز عن طريق تقليل وفرة التسلسلات الموجودة في اسم الملف (لل
نمط "[> ؛] الحجم =عدد صحيح[؛] "يجب أن يكون موجودًا). انظر الخيارات
- minsize و - maxsize للقضاء على التسلسلات النادرة والمهيمنة.
- أعلى إيجابي عدد صحيح
إخراج فقط الجزء العلوي عدد صحيح التسلسلات (أي الأطول أو الأكثر
وفير).
Userfields (الحقول المقبولة بواسطة خيار --userfields):
ن. اطبع سلسلة من M (تطابق) و D (احذف أي فجوة في الاستعلام) و I
(أدخل ، أي فجوة في الهدف) تمثل المحاذاة الزوجية.
حقل فارغ إذا لم يكن هناك محاذاة.
النلين اطبع طول محاذاة الاستعلام والهدف (عدد الأعمدة). ال
يتم تعيين الحقل إلى 0 إذا لم يكن هناك محاذاة.
بت درجة البت (غير محسوبة لمحاذاة النوكليوتيدات). يتم التعيين دائمًا على 0.
كالن تمثيل مضغوط للمحاذاة الزوجية باستخدام تنسيق CIGAR
(تقرير محاذاة الفجوة الفريدة المدمجة): M (تطابق) ، D (حذف)
وأنا (الإدراج). حقل فارغ إذا لم يكن هناك محاذاة.
تقييم القيمة الإلكترونية (غير محسوبة لمحاذاة النوكليوتيدات). قم دائمًا بالتعيين على -1.
تحويلات عدد الأعمدة التي تحتوي على امتداد فجوة (صفر أو عدد صحيح موجب
القيمة).
الفجوات عدد الأعمدة التي تحتوي على فجوة (صفر أو قيمة عدد صحيح موجب).
id نسبة الهوية (القيمة الحقيقية تتراوح من 0.0 إلى 100.0). ال
يتم تعريف هوية النسبة المئوية على أنها 100 * (أعمدة مطابقة) / (محاذاة
الطول - الفجوات الطرفية).
id0 تعريف CD-HIT للنسبة المئوية للهوية (القيمة الحقيقية تتراوح من
0.0 إلى 100.0) باستخدام طول أقصر تسلسل في الزوج
المحاذاة كمقام: 100 * (مطابقة الأعمدة) / (أقصر تسلسل
الطول).
id1 النسبة المئوية للهوية (القيمة الحقيقية تتراوح من 0.0 إلى 100.0) هي
يتم تعريفها على أنها مسافة التحرير: 100 * (مطابقة الأعمدة) / (محاذاة
الطول).
id2 النسبة المئوية للهوية (القيمة الحقيقية تتراوح من 0.0 إلى 100.0) هي
يتم تعريفها على أنها مسافة التعديل ، باستثناء الفجوات الطرفية. معرف الحقل 2 هو ملف
الاسم المستعار لمعرف الحقل.
id3 معمل الأحياء البحرية تحديد النسبة المئوية للهوية (القيمة الحقيقية
تتراوح من 0.0 إلى 100.0) ، مع احتساب كل فجوة ممتدة (داخلية أو
الطرفية) كفرق واحد وباستخدام الطول الأطول
التسلسل في المحاذاة الزوجية كمقام: 100 * (1.0 -
[(عدم التطابق + الفجوات) / (أطول طول تسلسل)]).
id4 تعريف بلاست للنسبة المئوية للهوية (القيمة الحقيقية تتراوح من
0.0 إلى 100.0) ، أي ما يعادل --iddef 2 في سياق الزوجي العام
انتقام.
IDS عدد التطابقات في المحاذاة (صفر أو قيمة عدد صحيح موجب).
نفسه عدد حالات عدم التطابق في المحاذاة (صفر أو قيمة عدد صحيح موجب).
يفتح عدد الأعمدة التي تحتوي على فجوة مفتوحة (صفر أو عدد صحيح موجب
القيمة).
أزواج عدد الأعمدة التي تحتوي على نيوكليوتيدات فقط. تلك القيمة تتوافق مع
طول المحاذاة مطروحًا منه الأعمدة التي تحتوي على فجوة (صفر أو
قيمة عدد صحيح موجب).
com.pctgaps عدد الأعمدة التي تحتوي على فجوات معبرًا عنها كنسبة مئوية من
طول المحاذاة (القيمة الحقيقية تتراوح من 0.0 إلى 100.0).
com.pctpv النسبة المئوية للأعمدة الموجبة. عند العمل مع متواليات النوكليوتيدات ،
هذا يعادل النسبة المئوية للمطابقات (القيمة الحقيقية تتراوح من
0.0 إلى 100.0).
pv عدد الأعمدة الموجبة. عند العمل مع متواليات النوكليوتيدات ، هذا
يساوي عدد المطابقات (صفر أو قيمة عدد صحيح موجب).
qcov جزء من تسلسل الاستعلام المحاذي للتسلسل الهدف
(تتراوح القيمة الحقيقية من 0.0 إلى 100.0). يتم حساب تغطية الاستعلام كـ
100.0 * (تطابق + عدم تطابق) / طول تسلسل الاستعلام. داخلي أو
لا تؤخذ الثغرات النهائية في الاعتبار. يتم تعيين الحقل إلى 0.0 إذا كان هناك
لا يوجد محاذاة.
com.qframe إطار الاستعلام (من -3 إلى +3). هذا المجال يتعلق فقط بتسلسل الترميز وهو
لا يحسب بواسطة com.vsearch. التعيين دائمًا على +0.
qhi محاذاة النوكليوتيدات الأخيرة من الاستعلام مع الهدف. دائما يساوي
طول المحاذاة الزوجية. يتم تعيين الحقل إلى 0 إذا لم يكن هناك
انتقام.
qihi محاذاة النوكليوتيدات الأخيرة من الاستعلام مع الهدف (تجاهل المحطة الطرفية
ثغرات). يبدأ ترقيم النوكليوتيدات من 1. يتم تعيين الحقل إلى 0 إذا كان هناك
لا يوجد محاذاة.
تشيلو محاذاة النوكليوتيدات الأولى من الاستعلام مع الهدف (تجاهل الأولي
ثغرات). يبدأ ترقيم النوكليوتيدات من 1. يتم تعيين الحقل إلى 0 إذا كان هناك
لا يوجد محاذاة.
ql طول تسلسل الاستعلام (قيمة عدد صحيح موجب). يتم تعيين الحقل إلى 0 إذا
لا يوجد محاذاة.
qlo النوكليوتيدات الأولى من الاستعلام تتماشى مع الهدف. دائما يساوي 1
إذا كان هناك محاذاة ، 0 خلاف ذلك.
com.qrow اطبع تسلسل مقطع الاستعلام كما هو موضح في المحاذاة الزوجية
(أي مع إدخال فجوة إذا لزم الأمر). حقل فارغ إذا لم يكن هناك
انتقام.
qs طول مقطع الاستعلام. دائما يساوي طول تسلسل الاستعلام.
com.qstrand اتجاه حبلا الاستعلام (+ أو - لتسلسل النيوكليوتيدات). حقل فارغ إذا
لا يوجد محاذاة.
سؤال تسمية الاستعلام.
الخام درجة المحاذاة الأولية (قيمة عدد صحيح سالب أو فارغ أو موجب). النتيجة
هو مجموع مكافآت المباراة مطروحًا منه عقوبات عدم التطابق وفتحات الفجوات والفجوات
ملحقات. يتم تعيين الحقل إلى 0 إذا لم يكن هناك محاذاة.
الهدف التسمية المستهدفة. يتم تعيين الحقل إلى "*" إذا لم يكن هناك محاذاة.
تكوف جزء من التسلسل الهدف الذي يتم محاذاته مع تسلسل الاستعلام
(تتراوح القيمة الحقيقية من 0.0 إلى 100.0). يتم حساب التغطية المستهدفة على أنها
100.0 * (تطابق + عدم تطابق) / طول التسلسل المستهدف. داخلي أو
لا تؤخذ الثغرات النهائية في الاعتبار. يتم تعيين الحقل إلى 0.0 إذا
لا يوجد محاذاة.
tframe الإطار المستهدف (من -3 إلى +3). هذا المجال يتعلق فقط بتسلسل الترميز وهو
لا يحسب بواسطة com.vsearch. التعيين دائمًا على +0.
ثي محاذاة النوكليوتيدات الأخيرة للهدف مع الاستعلام. دائما يساوي
طول المحاذاة الزوجية. يتم تعيين الحقل إلى 0 إذا لم يكن هناك
انتقام.
tihi محاذاة النوكليوتيدات الأخيرة للهدف مع الاستعلام (تجاهل المحطة الطرفية
ثغرات). يبدأ ترقيم النوكليوتيدات من 1. يتم تعيين الحقل إلى 0 إذا كان هناك
لا يوجد محاذاة.
الزيزفون النوكليوتيدات الأولى للهدف تتماشى مع الاستعلام (تجاهل الأولي
ثغرات). يبدأ ترقيم النوكليوتيدات من 1. يتم تعيين الحقل إلى 0 إذا كان هناك
لا يوجد محاذاة.
tl طول التسلسل المستهدف (قيمة عدد صحيح موجب). يتم تعيين الحقل إلى 0 إذا
لا يوجد محاذاة.
TLO النوكليوتيدات الأولى للهدف تتماشى مع الاستعلام. دائما يساوي 1
إذا كان هناك محاذاة ، 0 خلاف ذلك.
TROW اطبع تسلسل المقطع المستهدف كما يظهر في المحاذاة الزوجية
(أي مع إدخال فجوة إذا لزم الأمر). حقل فارغ إذا لم يكن هناك
انتقام.
ts طول المقطع المستهدف. يساوي دائمًا طول التسلسل المستهدف. الميدان
مضبوطة على 0 إذا لم يكن هناك محاذاة.
com.tstrand اتجاه الخيط المستهدف (+ أو - لتسلسل النوكليوتيدات). التعيين دائمًا على
"+" ، لذا فإن مباريات الشريط العكسي تحتوي على tstrand "+" و qstrand "-". فارغ
الحقل إذا لم يكن هناك محاذاة.
متعمد التغيرات
إذا كنت من مستخدمي البحث ، فإن هدفنا هو جعلك تشعر وكأنك في بيتك. لهذا com.vsearch
تم تصميمه ليتصرف مثل usearch إلى حد ما. مثل أي برنامج معقد ، usearch هو
ليست خالية من المراوغات والتناقضات. قررنا عدم إعادة إنتاج بعضها ، و
من أجل الشفافية الكاملة ، لتوثيق التغييرات المتعمدة التي أجريناها هنا.
أثناء البحث باستخدام usearch ، عند استخدام الخيارين --blast6out و --output_no_hits ، لـ
الاستعلامات التي لا تتطابق مع عدد الحقول المبلغ عنها هو 13 ، حيث يجب أن يكون 12. هذا هو
تصحيح في com.vsearch.
الحقل الخام لخيار --userfields ليس مفيدًا في البحث المستخدم. تم تصحيح هذا
in com.vsearch.
الحقول qlo ، qhi ، tlo ، thi لها الآن نظائر (qilo ، qihi ، tilo ، tihi) الإبلاغ
إحداثيات المحاذاة تتجاهل الفجوات الطرفية.
في usearch ، عند استخدام الخيار --output_no_hits ، تكون الاستعلامات التي لا تتلقى أي تطابق
تم الإبلاغ عنها في ملف blast6out ، ولكن ليس في ملف إخراج المحاذاة. تم تصحيح هذا في
com.vsearch.
com.vsearch يقدم أمرًا جديدًا --cluster_size يقوم بفرز التسلسلات بالتناقص
وفرة قبل التجميع.
com.vsearch تعيد تقديم تعريفات الهوية الزوجية البديلة التي تمت إزالتها
من usearch.
com.vsearch يوسع الخيار --topn لأوامر الفرز.
com.vsearch يوسع الخيار --sizein لإلغاء التكرار (--derep_fulllength) والتكتل
(- cluster_fast).
com.vsearch يعامل T و U على أنها نيوكليوتيدات متطابقة أثناء إزالة النسخ.
com.vsearch يتم تثبيت الفرز باستخدام وفرة التسلسل أو تسميات التسلسل مثل
مفاتيح ثانوية أو ثالثة.
الجدة
com.vsearch يقدم خيارات جديدة غير موجودة في البحث 7. تم وصفها في
قسم "الخيارات" في هذا الدليل. فيما يلي قائمة مختصرة:
- alignwidth (فحص الوهم)
- الكتلة_الحجم (التجميع)
- fasta_width (خيار عام)
- iddef (التجميع ، المحاذاة الزوجية ، البحث)
- الحجم الأقصى (إلغاء التكرار)
- خلط ورق اللعب (خلط ورق اللعب)
أمثلة
قم بمحاذاة جميع التسلسلات في قاعدة البيانات مع بعضها البعض وإخراج جميع المحاذاة الزوجية:
com.vsearch --allpairs_global قاعدة بيانات --النوط النتائج --قبول الكل
تحقق من وجود الكيميرا (de جديد) ؛ يجب أن يكون الوالدان على الأقل 1.5 مرة أكثر
وفيرة من الوهم. إخراج تسلسلات غير خيمرية بتنسيق Fasta (بدون التفاف):
com.vsearch --uchime_denovo الاستفسارات - nonchimeras results.fas --فاستا_عرض 0
--الانحراف 1.5
الكتلة مع عتبة تشابه 97٪ ، وجمع النقط الوسطى العنقودية ، وكتابة الكتلة
الأوصاف باستخدام تنسيق يشبه uclust:
com.vsearch - Cluster_fast الاستفسارات --id 0.97 - النقطية com.centroids.fas --uc
المجموعات
قم بإلغاء نسخ التسلسلات الواردة في queries.fas ، مع مراعاة الوفرة
المعلومات الموجودة بالفعل ، اكتب تسلسلات غير مغلفة للإخراج مع الوفرة الجديدة
معلومات ، تجاهل كل التسلسلات بكثرة 1:
com.vsearch --ديرب_الطول الاستفسارات --انتاج query_masked.fas - حجم
- الحجم - fasta_width 0 - minuniquesize 2
قم بإخفاء التكرارات البسيطة والمناطق منخفضة التعقيد في ملف fasta للإدخال (المناطق المقنعة هي
lowcased) ، واكتب النتائج إلى ملف الإخراج:
com.vsearch - الماسكفاستا الاستفسارات --انتاج query_masked.fas --قناع الغبار
استعلامات البحث في قاعدة بيانات مرجعية ، مع عتبة تشابه 80٪ ، تأخذ المحطة الطرفية
الفجوات في الاعتبار عند حساب أوجه التشابه بين الزوجين:
com.vsearch --usearch_global الاستفسارات - ديسيبل المراجع --النوط النتائج --هوية شخصية
0.8 - ديدف 1
ابحث عن مجموعة بيانات تسلسلية مقابل نفسها (تجاهل النتائج الذاتية) ، واحصل على جميع المطابقات على الأقل
60٪ الهوية ، وجمع النتائج في تنسيق مفصول بعلامات تبويب تشبه الانفجار:
com.vsearch --usearch_global الاستفسارات - ديسيبل الاستفسارات - معرف 0.6 - نفسه - انفجار 6 خارج
النتائج - الحد الأقصى يقبل 0 - أقصى عدد من المشاريع 0
قم بتبديل ملف fasta (قم بتغيير ترتيب التسلسلات) بطريقة قابلة للتكرار
(بذرة ثابتة) ، واكتب تسلسلات Fasta غير مغلفة إلى ملف الإخراج:
com.vsearch --خلط الاستفسارات --انتاج query_shuffled.fas - البذور 13 - Fasta_width
0
قم بالفرز عن طريق تقليل وفرة التسلسلات الموجودة في queries.fas (باستخدام تنسيق
"الحجم =عدد صحيح"information) ، أعد تسمية التسلسلات مع الحفاظ على الوفرة
معلومات (مع --sizeout) ، احتفظ فقط بالتسلسلات ذات الوفرة التي تساوي أو تزيد
من 2:
com.vsearch --الترتيب حسب حجم الاستفسارات --انتاج query_sorted.fas - عينة إعادة التسمية
- الحجم - الحجم الصغير 2
مؤلفون
التنفيذ بواسطة Torbjørn Rognes و Tomás Flouri ، التوثيق بواسطة Frédéric Mahé.
التبليغ بق
إرسال الاقتراحات وتقارير الأخطاء على ، ارسل
طلب سحب على ، أو تأليف ودية أو
curmudgeont البريد الإلكتروني إلى Torbjørn Rognes[البريد الإلكتروني محمي]>.
التوفر
شفرة المصدر والثنائيات متوفرة في .
حقوق الطبع والنشر
حقوق النشر (C) 2014 ، 2015 Torbjørn Rognes و Frédéric Mahé و Tomás Flouri.
هذا البرنامج هو برنامج مجاني: يمكنك إعادة توزيعه و / أو تعديله بموجب شروط
رخصة جنو أفيرو العامة كما نشرتها مؤسسة البرمجيات الحرة ، أيضًا
الإصدار 3 من الترخيص ، أو أي إصدار لاحق.
يتم توزيع هذا البرنامج على أمل أن يكون مفيدًا ، ولكن بدون أي ضمان ؛
حتى بدون الضمان الضمني لقابلية التسويق أو الملاءمة لغرض معين.
راجع رخصة جنو أفيرو العمومية لمزيد من التفاصيل.
يجب أن تكون قد تلقيت نسخة من رخصة جنو أفيرو العمومية مع هذا
برنامج. إذا لم يكن كذلك ، انظرhttp://www.gnu.org/licenses/>.
com.vsearch يتضمن رمزًا من مشروع CityHash التابع لشركة Google بواسطة Geoff Pike و Jyrki Alakuijala ،
توفير بعض وظائف التجزئة الممتازة المتاحة بموجب ترخيص معهد ماساتشوستس للتكنولوجيا.
com.vsearch يتضمن رمزًا مشتقًا من برنامج DUST الخاص بـ Tatusov و Lipman المتاح للجمهور
المجال.
com.vsearch قد تتضمن الثنائيات رمزًا من مكتبة zlib وحقوق النشر الخاصة بـ Jean-Loup Gailly و
مارك ادلر.
com.vsearch قد تتضمن الثنائيات رمزًا من مكتبة bzip2 ، حقوق الطبع والنشر لـ Julian R. Seward.
استخدم vsearch-gz عبر الإنترنت باستخدام خدمات onworks.net
