هذا هو تطبيق Linux المسمى kSNP والذي يمكن تنزيل أحدث إصدار له كـ kSNP4.1-source-code.zip. يمكن تشغيله عبر الإنترنت في مزود الاستضافة المجاني OnWorks لمحطات العمل.
قم بتنزيل وتشغيل هذا التطبيق المسمى kSNP مع OnWorks عبر الإنترنت مجانًا.
اتبع هذه التعليمات لتشغيل هذا التطبيق:
- 1. قم بتنزيل هذا التطبيق على جهاز الكمبيوتر الخاص بك.
- 2. أدخل في مدير الملفات الخاص بنا https://www.onworks.net/myfiles.php؟username=XXXXX باسم المستخدم الذي تريده.
- 3. تحميل هذا التطبيق في هذا الملف.
- 4. ابدأ تشغيل OnWorks Linux عبر الإنترنت أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MACOS عبر الإنترنت من هذا الموقع.
- 5. من نظام تشغيل OnWorks Linux الذي بدأته للتو ، انتقل إلى مدير الملفات الخاص بنا https://www.onworks.net/myfiles.php؟username=XXXXX مع اسم المستخدم الذي تريده.
- 6. قم بتنزيل التطبيق وتثبيته وتشغيله.
كسنب
Ad
الوصف
يحدد kSNP4 تعدد الأشكال متعدد الجينوم في مجموعة من متواليات الجينوم ، ويقدر أشجار النشوء والتطور بناءً على تلك الأشكال المتعددة الأشكال. يعتمد اكتشاف SNP على تحليل k-mer ، ولا يتطلب محاذاة تسلسل متعددة أو اختيار جينوم مرجعي ، لذلك يمكن لـ kSNP4 أن يأخذ 100 من الجينومات الميكروبية كمدخلات. يتم تحديد موضع SNP بواسطة قليل من الطول k يحيط بأليل SNP مركزي. يمكن لـ kSNP4 تحليل كل من الجينومات الكاملة (النهائية) والجينومات غير المكتملة في contigs المجمعة أو القراءات الأولية غير المجمعة. يمكن تحليل الجينومات النهائية وغير المكتملة معًا ، ويمكن لـ kSNP تلقائيًا تنزيل ملفات Genbank للجينومات النهائية ودمج المعلومات الموجودة في هذه الملفات في تعليق SNP التوضيحي.
لا توجد مهارات برمجة مطلوبة لاستخدام kSNP4
جاردنر ، SN and Hall ، BG 2013.. بلوس وان ، 8 (12): e81760.doi: 10.1371 / journal.pone.0081760
جاردنر ، إس إن ، تي سليزاك ، وقاعة بي جي. المعلوماتية الحيوية 2015 31: 2877-2878 دوى: 10.1093 / المعلوماتية الحيوية / BTV271
الأقسام
هذا تطبيق يمكن جلبه أيضًا من https://sourceforge.net/projects/ksnp/. تمت استضافته في OnWorks ليتم تشغيله عبر الإنترنت بأسهل طريقة من أحد أنظمتنا التشغيلية المجانية.
