هذا هو تطبيق Linux المسمى MethylExtract والذي يمكن تنزيل أحدث إصدار له باسم MethylExtract.tgz. يمكن تشغيله عبر الإنترنت في موفر الاستضافة المجاني OnWorks لمحطات العمل.
قم بتنزيل هذا التطبيق المسمى MethylExtract وتشغيله عبر الإنترنت مجانًا مع OnWorks.
اتبع هذه التعليمات لتشغيل هذا التطبيق:
- 1. قم بتنزيل هذا التطبيق على جهاز الكمبيوتر الخاص بك.
- 2. أدخل في مدير الملفات الخاص بنا https://www.onworks.net/myfiles.php؟username=XXXXX باسم المستخدم الذي تريده.
- 3. تحميل هذا التطبيق في هذا الملف.
- 4. ابدأ تشغيل OnWorks Linux عبر الإنترنت أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MACOS عبر الإنترنت من هذا الموقع.
- 5. من نظام تشغيل OnWorks Linux الذي بدأته للتو ، انتقل إلى مدير الملفات الخاص بنا https://www.onworks.net/myfiles.php؟username=XXXXX مع اسم المستخدم الذي تريده.
- 6. قم بتنزيل التطبيق وتثبيته وتشغيله.
مستخلص الميثيل
Ad
الوصف
MethylExtract هي أداة سهلة الاستخدام لإنشاء خرائط مثيلة عالية الجودة وجينوم كامل و XNUMX) لاكتشاف اختلاف التسلسل في نفس إعداد العينة. يتم تنفيذ البرنامج في نص برمجي واحد ويأخذ في الاعتبار جميع مصادر الأخطاء الرئيسية: أخطاء التسلسل ، وفشل بيسلفيت ، والقراءات النسيليّة ومتغيرات النوكليوتيدات المفردة. يكتشف MethylExtract التباين (SNVs - تباين النيوكليوتيد الفردي) بطريقة مماثلة لطريقة VarScan ، وهي طريقة حساسة جدًا تُستخدم على نطاق واسع في SNP واستدعاء النمط الجيني بناءً على قراءات غير معالجة بالكبريتيد.
المميزات
- استدعاء المثيلة و SNV من تجارب NGS BS-Seq
- يكتشف ويزيل تكرارات PCR المحتملة
- الكشف عن حالات فشل بيسلفيت المفترضة
- التحكم في أخطاء التسلسل
- تقييم فشل الإحصائي بيسلفيت
- معالجة ملفات Bisulfite SAM / BAM
- التحكم في تعدد مؤشرات الترابط والذاكرة
لغة البرمجة
بيرل
الأقسام
هذا تطبيق يمكن جلبه أيضًا من https://sourceforge.net/projects/methylextract/. تمت استضافته في OnWorks ليتم تشغيله عبر الإنترنت بأسهل طريقة من أحد أنظمتنا التشغيلية المجانية.
