هذا هو تطبيق Linux المسمى simulate_pcr والذي يمكن تنزيل أحدث إصدار له باسم simulate_PCR-v1.2.tar.gz. يمكن تشغيله عبر الإنترنت في مزود الاستضافة المجاني OnWorks لمحطات العمل.
قم بتنزيل وتشغيل هذا التطبيق المسمى simulate_pcr مع OnWorks عبر الإنترنت مجانًا.
اتبع هذه التعليمات لتشغيل هذا التطبيق:
- 1. قم بتنزيل هذا التطبيق على جهاز الكمبيوتر الخاص بك.
- 2. أدخل في مدير الملفات الخاص بنا https://www.onworks.net/myfiles.php؟username=XXXXX باسم المستخدم الذي تريده.
- 3. تحميل هذا التطبيق في هذا الملف.
- 4. ابدأ تشغيل OnWorks Linux عبر الإنترنت أو محاكي Windows عبر الإنترنت أو محاكي MACOS عبر الإنترنت من هذا الموقع.
- 5. من نظام تشغيل OnWorks Linux الذي بدأته للتو ، انتقل إلى مدير الملفات الخاص بنا https://www.onworks.net/myfiles.php؟username=XXXXX مع اسم المستخدم الذي تريده.
- 6. قم بتنزيل التطبيق وتثبيته وتشغيله.
simulate_pcr
Ad
الوصف
يعد تقييم خصوصية التمهيدي والتنبؤ بكل من منتجات التضخيم المرغوبة وغير المستهدفة خطوة أساسية لتصميم فحص PCR قوي. يتنبأ هذا البرنامج النصي بأمبليكونات تفاعل البوليميراز المتسلسل المحتمل (PCR) في قاعدة بيانات تسلسلية كبيرة مثل NCBI nt من إما مفرد أو مجموعة كبيرة متعددة الإرسال من البادئات ، مما يسمح بتدهور قواعد التمهيدي والمسبار ، مع عدم تطابق الهدف ونطاق طول amplicon ليتم تعيينه بواسطة المستخدم. يشرح رمز محاكاة أمبليكون PCR أيضًا أمبليكون بمعلومات الجينات التي يتم تنزيلها تلقائيًا من NCBI ، ويمكنه اختياريًا التنبؤ بما إذا كانت هناك أيضًا مطابقات مسبار TaqMan / Luminex ضمن أمبليكون متوقعة. إنه برنامج نصي Perl لسطر أوامر مفتوح المصدر يسمى simulate_PCR.pl يستدعي برامج BLAST (Altschul، et al.، 1990) makeblastdb و blastn و blastdbcmd والأداة المساعدة NCBI efetch (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi).هذا تطبيق يمكن جلبه أيضًا من https://sourceforge.net/projects/simulatepcr/. تمت استضافته في OnWorks ليتم تشغيله عبر الإنترنت بأسهل طريقة من أحد أنظمتنا التشغيلية المجانية.
