altreep - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

altree - ফাইলোজেনেটিক গাছ ব্যবহার করে অ্যাসোসিয়েশন এবং স্থানীয়করণ পরীক্ষা

সাইনোপিসিস

altree [বিকল্প]

বিকল্প:
--সংস্করণ প্রোগ্রাম সংস্করণ
--short-help|h সংক্ষিপ্ত সাহায্য বার্তা
--বিকল্প বিবরণ সহ সাহায্য সাহায্য বার্তা
--ম্যান সম্পূর্ণ ডকুমেন্টেশন
--association|a অ্যাসোসিয়েশন পরীক্ষা করে
--s-স্থানীয়করণ|l S অক্ষর ব্যবহার করে স্থানীয়করণ সম্পাদন করে
--প্রথম-ইনপুট-ফাইল|ফাইলোজেনি পুনর্গঠন প্রোগ্রাম থেকে ফলাফল_ফাইল
--second-input-file|j ফাইলে একটি হ্যাপ্লোটাইপ বহনকারী কেস/নিয়ন্ত্রণের nb রয়েছে
--আউটপুট-ফাইল|ও আউটপুট_ফাইল
--ডেটা-টাইপ|t DNA|SNP
--ডেটা-গুণ|q গুণগত|পরিমাণগত
--outgroup outgroup_name
--আউটগ্রুপ সরান
--ট্রি-বিল্ডিং-প্রোগ্রাম|পি ফিলিপ|পাউপ|পামল
--splitmode|s nosplit|chi2split
--নো-প্রলম্বন
--chi2-থ্রেশহোল্ড|n মান
--পরিবর্তন|r সংখ্যা
--বিশ্লেষণের জন্য গাছের সংখ্যা
--ট্রি-টু-বিশ্লেষণ নম্বর
--s-সাইট নম্বর নম্বর
--s-সাইট-অক্ষর পূর্বপুরুষ রাষ্ট্র -> উদ্ভূত রাষ্ট্র
--কো-ইভো|ই সিম্পল|ডবল
--প্রিন্ট-বৃক্ষ
--anc-seq পূর্বপুরুষের ক্রম (শুধু ফিলিপের সাথে)
--nb-ফাইলগুলি বিশ্লেষণ করার জন্য ইনপুট ফাইলের সংখ্যা (শুধুমাত্র অ্যাসোসিয়েশন পরীক্ষার জন্য)

বিকল্প

--সংস্করণ
প্রোগ্রাম সংস্করণ প্রিন্ট করুন এবং প্রস্থান করুন।

-- সংক্ষিপ্ত সাহায্য
একটি সংক্ষিপ্ত সাহায্য বার্তা প্রিন্ট করুন এবং প্রস্থান করুন।

--help বিকল্প বিবরণ এবং প্রস্থান সহ একটি সাহায্য বার্তা প্রিন্ট করুন।

--মানুষ ম্যানুয়াল পৃষ্ঠা প্রিন্ট করে এবং প্রস্থান করে।

--সমিতি|a
সমিতি পরীক্ষা সঞ্চালন

--s-স্থানীয়করণ|l
"S-অক্ষর পদ্ধতি" ব্যবহার করে সংবেদনশীলতা লোকাসকে স্থানীয়করণ করুন

--প্রথম-ইনপুট-ফাইল|i ফলাফল_ফাইল
ইনপুট ফাইল 1 (paup, phylip বা paml ফলাফল ফাইল)। যদি বেশ কয়েকটি ইনপুট ফাইল থাকে
বিশ্লেষণ করে, তাদের নামগুলি অবশ্যই কোলন দ্বারা পৃথক করা উচিত। উদাহরণ: input1:input2 ইত্যাদি

--সেকেন্ড-ইনপুট-ফাইল|j correspond_file
ইনপুট ফাইল 2, ডিফল্ট correspond.txt. ইনপুট ফাইল 2 এর সংখ্যা অবশ্যই একই হতে হবে
ইনপুট ফাইলের সংখ্যা হিসাবে 1. বিভিন্ন ইনপুট ফাইলের নাম 2 হতে হবে
কোলন দ্বারা বিভক্ত

--আউটপুট-ফাইল|ও আউটফাইল
আউটপুট ফাইল

--ডেটা-টাইপ|টি "DNA"|"SNP"
ডেটার ধরন: DNA (ATGCU) বা SNP (0-1)

--ডেটা-গুণ|q "গুণগত"|"পরিমাণগত"
গুণগত (কেস/নিয়ন্ত্রণ) বা পরিমাণগত ডেটা বিশ্লেষণ করুন

--আউটগ্রুপ আউটগ্রুপ
এই আউটগ্রুপ দিয়ে গাছ রুট করুন

--আউটগ্রুপ সরান
পরীক্ষা করার আগে গাছের আউটগ্রুপ সরান

--বৃক্ষ-বিল্ডিং-প্রোগ্রাম|পি "ফিলিপ"|"পপ"|"পামল"
ফাইলোজেনি পুনর্গঠন প্রোগ্রাম

-- স্প্লিটমোড| "nosplit"|"chi2split"
একটি স্তর থেকে অন্য স্তরে কীভাবে পরীক্ষা করা হয়

--নো-প্রলম্বন
গাছে শাখা প্রলম্বিত হয় না

--chi2-থ্রেশহোল্ড|n মূল্য
chi2 এর জন্য তাত্পর্য থ্রেশহোল্ড (ডিফল্ট মান 0.01)

--পারমিউটেশন|আর সংখ্যা
সঠিক p_values ​​গণনা করতে ব্যবহৃত স্থানান্তরের সংখ্যা (শুধুমাত্র অ্যাসোসিয়েশনের জন্য
টেস্ট)

--বিশ্লেষণ করা গাছের সংখ্যা সংখ্যা
স্থানীয়করণ বিশ্লেষণে বিশ্লেষণ করার জন্য গাছের সংখ্যা (কেবল স্থানীয়করণের জন্য
S-অক্ষর ব্যবহার করে পদ্ধতি)

--বৃক্ষ থেকে বিশ্লেষণ সংখ্যা
এই বিকল্পের সাহায্যে, আপনি ব্যবহার করার জন্য গাছটি নির্দিষ্ট করতে পারেন (এলোমেলো পরিবর্তে)। ব্যবহার করা যেতে পারে
একাধিক গাছ নির্দিষ্ট করতে কয়েকবার।

--s-সাইট নম্বর সংখ্যা
ক্রমানুসারে S অক্ষর সাইটের সংখ্যা (শুধুমাত্র স্থানীয়করণ পদ্ধতি ব্যবহার করার জন্য
এস-অক্ষর)

--s-সাইট-অক্ষর রূপান্তর
S অক্ষরের জন্য ক্যারেক্টার স্টেট: পৈতৃক অবস্থা -> প্রাপ্ত অবস্থা যেমন: G->C বা
0->1 (শুধুমাত্র S-অক্ষর ব্যবহার করে স্থানীয়করণ পদ্ধতির জন্য)

--কো-ইভো|ই "সহজ"|"ডবল"
সহ-বিবর্তন সূচকের প্রকার
সহজ: শুধুমাত্র S-এর anc -> der ট্রানজিশন ব্যবহার করা হয়
ডবল: দুটি সম্ভাব্য রূপান্তর ব্যবহার করা হয়

--প্রিন্ট-বৃক্ষ
এই বিকল্পটি নির্বাচন করা হলে, গাছটি আউটপুটে মুদ্রিত হবে

--anc-seq anc_seq
এই বিকল্পের সাহায্যে, আপনি পূর্বপুরুষের ক্রম নির্দিষ্ট করতে পারেন। এই বিকল্প শুধুমাত্র
যখন গাছটিকে ফিলিপের সাথে মিক্স প্রোগ্রাম ব্যবহার করে পুনর্গঠন করা হয় তখন দরকারী
"পূর্বপুরুষ" ফাইলে পূর্বপুরুষের রাজ্যগুলি নির্দিষ্ট করা হয়েছে

--nb-ফাইল সংখ্যা
এই বিকল্পের সাহায্যে, আপনি এটি বিশ্লেষণ করতে ইনপুট ফাইলের সংখ্যা (1 এবং 2) নির্দিষ্ট করুন৷
বিকল্পটি শুধুমাত্র সমিতি পরীক্ষার জন্য কাজ করে। গাছের সংখ্যা বেশি হলে সাবধান
বিভিন্ন ইনপুট ফাইলের জন্য একই নয়: যদি নির্বাচিত গাছটি বিদ্যমান না থাকে
একটি ফাইল, প্রোগ্রাম সঠিকভাবে কাজ করবে না

বর্ণনাঃ

এই কার্যক্রম সঞ্চালিত

(ক) প্রার্থীর জিন এবং রোগ বা একটি পরিমাণগত বৈশিষ্ট্যের মধ্যে একটি সমিতি পরীক্ষা

(খ) একটি স্থানীয়করণ পরীক্ষা: এটি সনাক্ত করার অনুমতি দেয় কোন SNP এর নির্ধারকতার সাথে জড়িত
রোগ বা পরিমাণগত বৈশিষ্ট্য

এই দুটি পরীক্ষা হ্যাপ্লোটাইপ ফাইলোজেনেটিক গাছের বিশ্লেষণের উপর ভিত্তি করে।

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে altreep ব্যবহার করুন