বক্সশেড - ক্লাউডে অনলাইন

কার্যক্রম:

NAME এর

বক্সশেড - একাধিক ক্রম প্রান্তিককরণের সুন্দর-মুদ্রণ

সাইনোপিসিস

বক্সশেড

বর্ণনাঃ

বক্সশেড একাধিক প্রান্তিককরণ আউটপুট সুন্দর-মুদ্রণের জন্য একটি প্রোগ্রাম। প্রোগ্রাম নিজেই
কোন প্রান্তিককরণ করে না, আপনাকে একটি একাধিক প্রান্তিককরণ প্রোগ্রাম ব্যবহার করতে হবে যেমন ClustalW বা
পাইলআপ করুন এবং BOXSHADE এর জন্য ইনপুট হিসাবে এই প্রোগ্রামগুলির আউটপুট ব্যবহার করুন।

-হেল্প
সাহায্য দেখান।

-চেক
সাহায্য দেখান এবং কমান্ড লাইন প্রসারিত করুন।

-def
ডিফল্ট ব্যবহার করুন, কোন অপ্রয়োজনীয় প্রশ্ন.

- numdef
ডিফল্ট নম্বর ব্যবহার করুন।

-ডিএনএ
DNA ক্রম অনুমান করুন, box_dna.par ব্যবহার করুন।

- বিভক্ত
একাধিক পৃষ্ঠার জন্য আলাদা ফাইল তৈরি করুন।

-toseq=রচনা
ক্রম নং অনুযায়ী শেডিং রচনা.

-এ =

ইনপুট ফাইলের নাম।

-আউট =

আউটপুট ফাইলের নাম।

-পার=

প্যারামিটার ফাইলের নাম।

-সিম=

অনুরূপ অবশিষ্টাংশ def জন্য ফাইলের নাম.

-grp=

গ্রুপিং অবশিষ্টাংশ def জন্য ফাইলের নাম.

-thr=x

x ক্রমগুলির ভগ্নাংশ যা একটি ঐক্যমতের জন্য সম্মত হওয়া আবশ্যক৷

-দেব=x

x আউটপুট ডিভাইস ক্লাস (নীচে দেখুন)।

-টাইপ=x

x ইনপুট ফাইল ফরম্যাট (নীচে দেখুন)।

-শাসক
শাসক লাইন মুদ্রণ.

-অপরাধ
ঐক্যমত্য লাইন তৈরি করুন।

-সিম্বকন=Xyz

Xyz ঐক্যমত্য প্রতীক।

-symbcons="Xyz"
উপরের একটি কাজ না হলে, এটি একটি চেষ্টা করুন.

-ইউনিক্স
আউটপুট ফাইল লাইন শুধুমাত্র LF সঙ্গে সমাপ্ত করা হয়.

-ম্যাক
আউটপুট ফাইল লাইন শুধুমাত্র CR দিয়ে শেষ করা হয়।

-ডস
আউটপুট ফাইল লাইন CRLF দিয়ে শেষ করা হয়।

এই ম্যানুয়াল পৃষ্ঠাটি Debian(TM) বিতরণের জন্য লেখা হয়েছে কারণ মূল প্রোগ্রাম
একটি ম্যানুয়াল পৃষ্ঠা নেই. উপস্থাপিত তথ্য ডকুমেন্টেশন থেকে আসে
3.21 সংস্করণের ওয়েব পরিষেবা যা ডেবিয়ান প্যাকেজ হিসাবে উপলব্ধ নয়।

BOXSHADE হল একাধিক-সারিবদ্ধ প্রোটিন বা থেকে সুন্দর চেহারার প্রিন্টআউট তৈরি করার জন্য একটি প্রোগ্রাম
ডিএনএ সিকোয়েন্স। প্রোগ্রামটি নিজে থেকে কোন প্রান্তিককরণ করে না, এটি একটি ফাইল ইনপুট হিসাবে নিতে হবে
একটি মাল্টিপল অ্যালাইনমেন্ট প্রোগ্রাম বা একাধিক ফাইল এডিটর দ্বারা প্রিপ্রসেস করা হয়। একটি জন্য নীচে দেখুন
সমর্থিত ইনপুট ফরম্যাট এবং আউটপুট ডিভাইসের তালিকা। স্ট্যান্ডার্ড BOXSHADE আউটপুটে,
মাল্টিপল-অ্যালাইনমেন্ট চার্টে অভিন্ন এবং অনুরূপ অবশিষ্টাংশ দ্বারা প্রতিনিধিত্ব করা হয়
বিভিন্ন রং বা ছায়া গো। শেডিংয়ের ধরণের বিষয়ে আরও কিছু বিকল্প রয়েছে
প্রয়োগ করা, ক্রম সংখ্যাকরণ, ঐক্যমত আউটপুট এবং তাই। ইউজার ইন্টারফেসটা একটু
এই মুহুর্তে আনাড়ি, কাঙ্খিত পাওয়ার জন্য একজনকে অনেক প্রশ্নের উত্তর দিতে হবে
আউটপুট তবে, একটি স্ট্যান্ডার্ড থেকে ডিফল্ট পরামিতি ব্যবহার করার সম্ভাবনা রয়েছে
প্যারামিটার ফাইল বা কমান্ড লাইন থেকে প্যারামিটার সহ প্রোগ্রাম সরবরাহ করতে। এ
মুহুর্তে, BOXSHADE-এর VMS এবং DOS সংস্করণে অভিন্ন ইউজার ইন্টারফেস রয়েছে।

ইনপুট ফরম্যাটের
BOXSHADE 3.2 নিম্নলিখিত ইনপুট ফাইল ফরম্যাট সম্পর্কে জানে: (কিছু সাধারণভাবে ব্যবহৃত হয়
শুধুমাত্র MSDOS বা VMS সিস্টেমের জন্য) + CLUSTAL এবং CLUSTALV, একাধিক অ্যালাইনমেন্ট প্রোগ্রাম,
DOS/VMS/MAC ডিফল্ট এক্সটেনশন। ALN + ESEE, একাধিক সিকোয়েন্স এডিটর, DOS ডিফল্ট এক্সটেনশন
.ESE + PHYLIP, ফাইলোজেনেটিক বিশ্লেষণ প্যাকেজ, DOS, VMS, UNIX ডিফল্ট এক্সটেনশন .PHY +
জিসিজি সিকোয়েন্স অ্যানালাইসিস প্যাকেজ ভিএমএস/ইউনিক্স ডিফল্ট এক্সটেনশনের পাইলআপ এবং সুন্দর। MSF
এবং .PRE NB!! আপনি দৃঢ়ভাবে ইনপুট হিসাবে সুন্দর বিন্যাস ব্যবহার না করার জন্য উত্সাহিত করা হয়, এটা হতে পারে
.MSF ইনপুটের সংশোধিত সংস্করণের সাথে বেমানান। আমরা আসলে ভাবতে পারি না কেন কেউ
এখন এই বিন্যাসটি ব্যবহার করবে, .MSF ফাইলগুলি সাধারণত বেশি কার্যকর। + ক্ষতিকর, একাধিক
সিকোয়েন্স এডিটর, VMS শুধুমাত্র ডিফল্ট এক্সটেনশন। MAL BOXSHADE ফাইলের ধরন নির্ধারণ করার চেষ্টা করে
এক্সটেনশন থেকে কিন্তু কাজ করবে যদি বিভিন্ন এক্সটেনশন ব্যবহার করা হয়।

আউটপুট ডিভাইস
পোস্টস্ক্রিপ্ট/ইপিএস লেজারপ্রিন্টারে প্রিন্ট করার জন্য বা আরও জন্য POSTSCRIPT(TM) ফাইল তৈরি করে
একটি POSTSCRIPT দোভাষীর সাথে রূপান্তর (যেমন GHOSTSCRIPT) + HPGL বিভিন্ন রপ্তানির জন্য
গ্রাফিক্স প্রোগ্রাম বা শেয়ারওয়্যার প্রোগ্রাম PRINTGL এর সাথে রূপান্তর/মুদ্রণের জন্য। চক্রান্ত
একটি প্লটারে BOXSHADE আউটপুট সাধারণত সুপারিশ করা হয় না + বিভিন্ন রপ্তানির জন্য RTF
ওয়ার্ড-প্রসেসিং এবং গ্রাফিক্স প্রোগ্রাম + CRT, পিসি-মনিটরে সরাসরি স্ক্রিন রাইট ব্যবহার করে।
সম্ভাব্য বিকল্পগুলি ব্যবহৃত গ্রাফিক্স অ্যাডাপ্টারের উপর নির্ভর করে। এই আউটপুট ডিভাইস শুধুমাত্র সমর্থিত
MSDOS সংস্করণে। + ANSI। একটি পিসিতে, এই বিকল্পটি একটি ANSI ডিভাইস ড্রাইভার ব্যবহার করে (ANSI.SYS)
যা আগে CONFIG.SYS এ লোড করতে হবে। সম্ভাব্য চরিত্রের উপস্থাপনা বিপরীত,
বোল্ড, আন্ডারলাইনড, ব্লিঙ্কিং ইত্যাদি। নন-ডস সিস্টেমে, এই বিকল্পটি কমবেশি আচরণ করে
VT100 আউটপুট মোড। + VT100 একটি VT100 সামঞ্জস্যপূর্ণ টার্মিনাল বা এমুলেটরে প্রদর্শনের জন্য। +
একটি ReGIS সামঞ্জস্যপূর্ণ গ্রাফিক্স টার্মিনাল বা এমুলেটরে প্রদর্শনের জন্য ReGISterm। + এর জন্য ReGIS ফাইল
প্রোগ্রাম RETOS (কপিরাইট ডিইসি) দ্বারা পরবর্তীতে রূপান্তর যাতে ডিজিটালে প্রিন্ট করা যায়
প্রিন্টার সিরিজ। + LJ250 DIGITALS LJ250 কালার প্রিন্টারে প্রিন্ট করার জন্য। + ASCII আউটপুট
হয় সংরক্ষিত অবশিষ্টাংশ বা পরিবর্তিত (অন্যকে '-' হিসাবে) দেখাচ্ছে। + জন্য FIG ফাইল
xfig 2.1. + ম্যাক এবং পিসি গ্রাফিক্স প্রোগগুলিতে আমদানির জন্য PICT ফাইল। উপরের কিছু ফরম্যাট
অক্ষর স্কেল করার এবং প্লট ঘোরানোর সম্ভাবনা অফার করে। অক্ষরের আকার
'পয়েন্ট' ইউনিটে প্রবেশ করতে হবে। স্বাভাবিক আউটপুট অভিযোজন পোর্ট্রেট মোডে আছে
(শুধুমাত্র PS/EPS/HPGL/PICT), ল্যান্ডস্কেপ ওরিয়েন্টেশনে আউটপুট পেতে, 'রোটেট প্লট = y' আছে
নির্বাচিত করা মাল্টি-পেজ আউটপুট তৈরি করার সময়, সমস্ত পেজ একটি একক আউটপুটে থাকে
ফাইল ফাইল প্রতি একটি পৃষ্ঠা পছন্দসই হলে, একজনকে কমান্ড লাইন প্যারামিটার /SPLIT ব্যবহার করতে হবে।
EPSF বা PICT ফাইল আউটপুট অনুরোধ করার সময় এটি প্রয়োগ করা হয়, কারণ বহু-পৃষ্ঠার EPSF হল একটি
একটি EPSF এবং বড় PICT ফাইলের উদ্দেশ্যের দ্বন্দ্ব সম্ভবত খুব বড় হবে
বেশিরভাগ ব্যক্তিগত কম্পিউটার। আউটপুট ডিভাইস হিসাবে টার্মিনাল ব্যবহার করার সময়, 'রিটার্ন' কী আছে
আউটপুট পরবর্তী পৃষ্ঠা প্রাপ্ত করার জন্য চাপ দিতে হবে।

ক্রম সংখ্যায়ন
সংস্করণ 2.2 থেকে শুরু করে আউটপুট ফাইলগুলিতে নম্বর যোগ করার সম্ভাবনা রয়েছে।
সংখ্যা ক্রম নাম এবং ক্রম নিজেই মধ্যে মুদ্রিত হয়. যেহেতু অধিকাংশ
ইনপুট-ফাইলগুলি হয় কোন সংখ্যায়ন ব্যবহার করে না বা প্রান্তিককরণে প্রথম অবস্থানটি সংখ্যা করে
সর্বদা একটি "1" সহ (এবং এটি অগত্যা আসল সংখ্যার মধ্যে প্রতিফলিত করে না
ক্রম), ব্যবহারকারীকে প্রতিটি সিকোয়েন্সের জন্য শুরুর অবস্থানে প্রবেশ করতে বলা হয়। আদেশ
লাইন পতাকা /DEFNUM সেই প্রশ্নটি চাপা দিয়েছে, সবার জন্য 1-এর একটি প্রারম্ভিক অবস্থান ধরে নেওয়া হয়েছে
ক্রম বক্সশেড বাম অবস্থানের জন্য প্রবেশ করা মান দিয়ে শুরু হয় এবং চলতে থাকে
প্রতিটি বৈধ চিহ্নকে সংখ্যায়ন করা, ফাঁকা স্থানগুলি এড়িয়ে যাওয়া, '-','। এবং এধরনের জিনিসপত্র.

ডিফল্ট পরামিতি
BOXSHADE এর পূর্ববর্তী রিলিজগুলি ব্যবহার করে বেশ কিছু লোক আমাকে থাকার প্রয়োজনীয়তার দিকে নির্দেশ করেছে
প্রোগ্রাম দ্বারা জিজ্ঞাসা করা বিভিন্ন প্রশ্নের জন্য ডিফল্ট পরামিতি। তারা সবচেয়ে বেশি যুক্তি দেন
সাইটগুলি শুধুমাত্র এক ধরনের ইনপুট ফাইল, একটি আউটপুট ডিভাইস এবং একটি পছন্দের রঙ ব্যবহার করে
আউটপুট তাই আমি ডিফল্ট পরামিতিগুলির একটি ব্যবস্থাপনা যোগ করেছি যা দুটি স্তরের অনুমতি দেয়
ব্যবহারকারীকে সহায়তা। 1) সমস্ত ডিফল্ট পরামিতি একটি ASCII ফাইলে রয়েছে যা করতে পারে
ব্যবহারকারীদের স্বাদ মিটমাট করার জন্য সহজেই পরিবর্তন করা হবে। বিন্যাস মোটামুটি মধ্যে নথিভুক্ত করা হয়
ফাইল-শিরোনাম, এটি প্রোগ্রাম ব্যবহার করলে কীবোর্ড ইনপুট তৈরি করতে হয় তার অনুরূপ
ইন্টারেক্টিভভাবে BOXSHADE এর এই রিলিজের সাথে এই ধরনের দুটি ফাইল সরবরাহ করা হয়েছে,
BOX_DNA.PAR এবং BOX_PEP.PAR, পেপটাইডের জন্য কিছু উদাহরণ প্যারামিটার ধারণ করে এবং
ডিএনএ- তুলনা। এই দুটি মধ্যে কোন বড় পার্থক্য নেই, প্রধান এক যে
ডিএনএ-তুলনা ছায়া দেওয়ার সময় কেউ "অনুরূপ" অবশিষ্টাংশের যত্ন নেয় না। 2) প্রোগ্রাম চালানোর জন্য
ন্যূনতম ব্যবহারকারীর মিথস্ক্রিয়া সহ, আমি কমান্ড লাইন ব্যবহার করার সম্ভাবনা যুক্ত করেছি
পরামিতি এই মুহুর্তে, আপনি ব্যবহার করতে পারেন: /check : তালিকাভুক্ত সমস্ত কমান্ড লাইন পরামিতি
(এই তালিকা) এবং পরামিতি যোগ করার অনুমতি দেয়। /def: প্রোগ্রাম প্রশ্ন ছাড়াই চলে,
BOX_PEP.PAR ডিফল্ট হিসাবে ব্যবহৃত হয় /dna : প্রোগ্রামটিকে প্যারামিটার ফাইল হিসাবে BOX_DNA.PAR ব্যবহার করে
/pep : প্রোগ্রামটিকে প্যারামিটার ফাইল হিসাবে BOX_PEP.PAR ব্যবহার করে /in=xxx : প্রোগ্রামটি তৈরি করে
xxxকে ইনপুট ফাইল হিসাবে নিন /out=yyy : প্রোগ্রামটিকে yyy আউটপুট ফাইল হিসাবে গ্রহণ করে (নোট1)
/par=zzz : প্রোগ্রামটিকে একটি ডিফল্ট প্যারামিটার ফাইল হিসাবে zzz ব্যবহার করে /type=1 : তৈরি করে
প্রোগ্রাম টাইপ 1 এর একটি ইনপুট ফাইল ধরে নেয় (PRETTY/MSF) / দেব=1: প্রোগ্রামটিকে অনুমান করে তোলে এবং
টাইপ 1 (CRT) /numdef-এর আউটপুট ডিভাইস : ডিফল্ট নম্বর ব্যবহার করুন (সব সিকোয়েন্স দিয়ে শুরু
"1") /th: অবশিষ্টাংশের থ্রেশহোল্ড ভগ্নাংশ যা একটি ঐক্যমত/বিভক্তের জন্য সম্মত হওয়া আবশ্যক : বাহিনী
ফাইল আউটপুট প্রতি এক পৃষ্ঠা, একাধিক আউটপুট ফাইল তৈরি করে। /cons : প্রোগ্রাম তৈরি করে
একটি অতিরিক্ত ঐক্যমত্য লাইন (নীচে দেখুন) /symbcons=: ঐকমত্য লাইনটিকে প্রভাবিত করে
প্রদর্শিত হয়। (নীচে দেখুন) /unix : ইউনিক্স স্টাইলে আউটপুট ফাইল লেখে (শুধুমাত্র LF) (নোট2) /dos
: ডস স্টাইলে আউটপুট ফাইল লেখে (CR/LF) (নোট2) নোট1: ইউনিক্স মেশিনে, out=OUTPUT ব্যবহার করুন
ডস মেশিনে টার্মিনাল আউটপুটের জন্য, ভিএমএস মেশিনে out=con: ব্যবহার করুন, out=tt: note2: if ব্যবহার করুন
কোনো মোড নির্দিষ্ট করা নেই, মেশিনের নেটিভ স্টাইল ব্যবহার করা হয়।

মনোযোগ
ইউনিক্স সিস্টেমে, স্ল্যাশ (/) এর পরিবর্তে ড্যাশ (-) বিচ্ছেদ হিসাবে ব্যবহার করতে হবে
কমান্ড লাইন প্যারামিটারের জন্য অক্ষর। উদাহরণস্বরূপ, একটি বৈধ ইউনিক্স কমান্ড লাইন হল:
বক্সশেড -def - numdef -অপরাধ -symbcons=" .*"

শেড কৌশল (সাদৃশ্য থেকে ঐক্য or একক ক্রম)
সংস্করণ 3 থেকে শুরু করে, BOXSHADE-এর একটি নতুন শেডিং সিস্টেম রয়েছে৷ প্রথম পার্থক্য হল
অবশিষ্টাংশের একটি থ্রেশহোল্ড ভগ্নাংশের প্রবর্তন যা একটি হওয়ার জন্য অবশ্যই সম্মত হবে
ঐক্যমত পূর্বে, প্রোগ্রামটি ধরে নিয়েছিল যে কিছু অবশিষ্টাংশ সর্বদা ঐকমত্য ছিল। যদি
কোন দুটি অবশিষ্টাংশ একই ছিল না, প্রথম ক্রমটি ঐকমত্য অবশিষ্টাংশ প্রদান করে। এই
প্রান্তিক ভগ্নাংশ 0.0 এবং 1.0 এর মধ্যে যেকোনো সংখ্যা হতে পারে। যে ক্রম সংখ্যা
একটি ঐকমত্য হতে সম্মত হতে হবে, আপনি আশা করতে পারেন, এই ভগ্নাংশ বার
প্রান্তিককরণে ক্রমগুলির মোট সংখ্যা (একটি অনুক্রমের ভগ্নাংশগুলিকে এক হিসাবে গণনা করা হয়, যেমন 3.2
হয়ে যায় 4)। দ্বিতীয় পার্থক্য হল 'সাদৃশ্য দ্বারা ঐক্যমত্য' ধারণা; এই চেষ্টা করে
এমন পরিস্থিতি বিবেচনা করুন যেখানে সমস্ত অনুক্রমের (উদাহরণস্বরূপ) a তে R বা K থাকতে পারে
অবস্থান, কিন্তু সংখ্যাগরিষ্ঠ না। এক ধরনের অবশিষ্টাংশ ছায়া করা যৌক্তিক হবে না
'অভিন্ন' এবং অন্যটি 'অনুরূপ'; থ্রেশহোল্ড ফাংশন এছাড়াও নিষ্কাশন হতে পারে
উভয়ই খুব কম সংখ্যায়। অতএব, যদি একটি একক অবশিষ্টাংশ না থাকে যে
একটি অবস্থানে সংরক্ষিত (থ্রেশহোল্ডের চেয়ে বড়), প্রোগ্রামটি এর একটি 'গ্রুপ' সন্ধান করে
অ্যামিনো অ্যাসিড যা প্রয়োজনীয়তা পূরণ করে। .grp ফাইলে 'গ্রুপ' সংজ্ঞায়িত করা হয়। ব্যবহারকারীদের
এগুলিকে তাদের ব্যক্তিগত কুসংস্কার অনুসারে তৈরি করতে পারে। কোনো অ্যামিনো অ্যাসিড তালিকাভুক্ত নয় বলে ধরে নেওয়া হয়
একটি দলে থাকা একটি গ্রুপের সকল সদস্যকে পারস্পরিক অনুরূপ বলে মনে করা হয়, এর বিপরীতে
.sim ফাইল, নীচে বর্ণিত. যদি মিল দ্বারা ঐকমত্য পাওয়া যায়, সমস্ত অবশিষ্টাংশ
ব্যবহারকারীর দ্বারা সংজ্ঞায়িত 'অনুরূপ' শেডিং ব্যবহার করে ঐক্যমত্য ছায়া করা হয়। যদি ব্যবহারকারী না করে
'সাদৃশ্য দ্বারা ছায়াকরণ' নির্বাচন করুন, শুধুমাত্র পরিচয়-প্রকার ঐক্যমতের দিকে নজর দেওয়া হয়। যদি একটা
আইডেন্টিটি-টাইপ কনসেনসাস পাওয়া গেছে, এবং সাদৃশ্য শেডিং চালু আছে, প্রোগ্রাম
অবশিষ্ট অবশিষ্টাংশগুলি ঐকমত্য অবশিষ্টাংশের অনুরূপ কিনা তা দেখতে দেখায়৷ এখানে
box_xxx.sim ফাইল ব্যবহার করা হয়। এই ফাইল এবং সম্পর্কের মধ্যে প্রধান পার্থক্য
যারা .grp ফাইলে থাকে, যেমন একটি .grp ফাইলে STA লাইন মানে তিনটি
aas পারস্পরিক অনুরূপ। একটি .sim ফাইলে S TA মানে T এবং A উভয়ই বিবেচনা করা হয়
S এর অনুরূপ, যেখানে থ্রেশহোল্ড সংখ্যার চেয়ে বেশি একটি সংরক্ষিত S অবশিষ্টাংশ রয়েছে
ক্রম যাইহোক, এর মানে এই নয় যে T এবং A একে অপরের সাথে একই রকম। মনে রাখবেন যে
ক্ষেত্রে যেখানে দুটি অবশিষ্টাংশ, বা অবশিষ্টাংশের গোষ্ঠী, প্রান্তিক প্রয়োজনীয়তাগুলি পূরণ করে (যেমন
thr এর মান দিয়ে ঘটতে পারে। ভগ্নাংশ 0.5 এর চেয়ে কম বা সমান) হিসাবে গণ্য করা হয়
কোন ঐকমত্য নেই এটি একটি অনুযায়ী প্রধান আলোছায়া মডেল 'শেডিং বর্ণনা করে
ঐক্যমত'। বিকল্প মডেলটিকে 'মাস্টার সিকোয়েন্স অনুযায়ী ছায়াকরণ' বলা হয়। ভিতরে
এই ক্ষেত্রে ব্যবহারকারীকে সারিবদ্ধকরণের একটি ক্রম এবং ধারাবাহিকভাবে এটির জন্য অনুরোধ করা হয়
ক্রমটিকে 'ঐক্যমত্য' হিসাবে নেওয়া হয়। শুধুমাত্র সেই অবশিষ্টাংশগুলি ছায়াময় হয়ে যায় যা হয়
অভিন্ন বা নির্বাচিত ক্রম অনুরূপ। এই বিকল্পের সাথে প্রাপ্ত আউটপুট হতে থাকে
কম ছায়াযুক্ত এবং অন্যান্য (অ-নির্বাচিত) ক্রমগুলির মধ্যে সাদৃশ্যগুলিকে অবহেলা করে৷ শুরু হচ্ছে
V2.7-এ, এই 'মাস্টার সিকোয়েন্স' লুকানো যেতে পারে। এইভাবে, এটি শুধুমাত্র এর ছায়াকে প্রভাবিত করে
নিজেকে দেখানো ছাড়া অন্যান্য ক্রম.

ঐক্য প্রদর্শন
সংস্করণ 2.5 দিয়ে শুরু করে, BOXSHADE একটি অতিরিক্ত লাইন তৈরি করার সম্ভাবনা অফার করে
একটি ঐক্যমত্য প্রতীক ধারণ করা। এই লাইনটি হয় কমান্ড লাইন ব্যবহার করে প্রাপ্ত করা যেতে পারে
কোয়ালিফায়ার/CONS বা ইন্টারেক্টিভভাবে প্রশ্নের উত্তর দিয়ে 'ঐকমত্য তৈরি করুন? ' রাস্তা
এই ঐক্যমত্য লাইন প্রদর্শিত হয় কমান্ড লাইন পরামিতি দ্বারা সংশোধন করা যেতে পারে
SYMBCONS=xyz, .PAR ফাইলে সংশ্লিষ্ট এন্ট্রি সম্পাদনা করে বা ইন্টারেক্টিভভাবে। যেহেতু
SYMBCONS সিনট্যাক্স স্বজ্ঞাত নয়, এখানে একটি সংক্ষিপ্ত বিবরণ: SYMBCONS প্যারামিটার গঠিত
ঠিক তিনটি চিহ্নের মধ্যে: + প্রথমটির মানে হল 'স্বাভাবিক' ক্রম অবশিষ্টাংশ যা
কোন অনুরূপ/অনুরূপ সম্পর্কের সাথে জড়িত নয়। + দ্বিতীয় প্রতীক প্রতিনিধিত্ব করে
অবস্থান যা প্রান্তিককরণের সমস্ত ক্রম অনুরূপ। BOX_PEP.SIM ফাইলগুলো দেখুন
এবং BOX_DNA.SIM দেখুন কোন অবশিষ্টাংশগুলিকে অনুরূপ হিসাবে বিবেচনা করা হয়৷ + তৃতীয় প্রতীক প্রতিনিধিত্ব করে
অবস্থান যা প্রান্তিককরণের সমস্ত ক্রমগুলিতে অভিন্ন। একটি SYMBCONS প্যারামিটার
স্ট্রিং ".*" (খালি/বিন্দু/স্টারিস্ক) মানে: প্রান্তিককরণের সমস্ত অবস্থানের সাথে লেবেল করুন
একটি তারকাচিহ্ন দ্বারা সম্পূর্ণ অভিন্ন অবশিষ্টাংশ, একটি দ্বারা সমস্ত অনুরূপ অবশিষ্টাংশ সহ সমস্ত অবস্থান
পয়েন্ট এবং অন্যান্য অবস্থান চিহ্নিত করবেন না. এর পরিবর্তে 'B' অক্ষর ব্যবহার করা যেতে পারে
ফাঁকা, এটি প্রয়োজনীয় যেমন কমান্ড লাইন বিকল্প ব্যবহার করার সময় /SYMBCONS=B.* যা দেয়
উপরের উদাহরণ হিসাবে একই ফলাফল। /SYMBCONS= .* বিকল্পটির ফলে একটি
অপ্রত্যাশিত আচরণ কারণ MSDOS কমান্ড লাইনের বাইরে ফাঁকা স্থানগুলিকে চেপে দেয়। এছাড়া
পয়েন্ট, তারকাচিহ্ন এবং অন্যান্য চিহ্ন, দুটি বিশেষ অক্ষর আছে যখন তারা উপস্থিত হয়
SYMBCONS স্ট্রিং: 'L' এবং 'U'। একটি 'L' মানে, যে একটি ছোট হাতের উপস্থাপনা
সেই অবস্থানে সর্বাধিক প্রচুর অবশিষ্টাংশ একটি নির্দিষ্ট ঐক্যমত্য প্রতীকের পরিবর্তে ব্যবহার করতে হবে
যখন একটি 'U' মানে সেই অবশিষ্টাংশের একটি বড় হাতের অক্ষর উপস্থাপনা। একটি সম্ভাব্য
অ্যাপ্লিকেশনটি হবে SYMBCONS স্ট্রিং "LU" যেখানে অনুরূপ অবশিষ্টাংশগুলি দ্বারা প্রতিনিধিত্ব করা হয়
ছোট হাতের অক্ষর এবং বড় হাতের অক্ষর দ্বারা অভিন্ন।

শেয়ারওয়্যার/পিডি প্রোগ্রাম দরকারী in সংযোগ সঙ্গে বক্সশেড
একাধিক প্রান্তিককরণ ফাইল যা BOXSHADE দ্বারা ব্যবহার করা হবে, অন্যদের মধ্যে, দ্বারা তৈরি করা যেতে পারে
নিম্নলিখিত PD/ফ্রিওয়্যার প্রোগ্রামগুলি: + জো ফেলসেনস্টাইনের PHYLIP, থেকে ftp দ্বারা উপলব্ধ
anthro.utah.edu + ESEE এরিক ক্যাবট দ্বারা, BOXSHADE এর মতো একই উত্স থেকে উপলব্ধ (দেখুন
উপরে) + ডেস হিগিন্স দ্বারা CLUSTAL, পোস্টস্ক্রিপ্ট ফাইলগুলির পূর্বরূপ/রূপান্তরের জন্য একইভাবে,
GNU সফ্টওয়্যার ফাউন্ডেশন থেকে GHOSTSCRIPT প্রোগ্রামটি অত্যন্ত সুপারিশ করা হয়। এটি সহজলভ্য
সমস্ত প্রধান MSDOS ftp-সাইট থেকে (যেমন SIMTEL বা ftp.uni-koeln.de) এর একটি সংস্করণও রয়েছে
vax0.biomed.uni-koeln.de এ উপলব্ধ বক্সশেডের সাথে ব্যবহারের জন্য পরীক্ষা করা হয়েছে যদিও এটি হতে পারে
সাম্প্রতিক রিলিজ নয়। ম্যাক ব্যবহারকারীদের জন্য, ম্যাকঘোস্টস্ক্রিপ্ট আছে, এছাড়াও পাওয়া যায়
প্রধান সংরক্ষণাগার (ইনফো-ম্যাক, উমিচ এবং তাদের আয়না)। একটি স্থাপন করার জন্য একটি *খুব* ভাল টুল
একটি ইপিএসএফ ফাইলে পূর্বরূপ চিত্র, প্রায়শই একটি অঙ্কন অন্তর্ভুক্ত করার জন্য একটি পূর্বশর্ত
প্যাকেজ, পিটার Lerup দ্বারা PS2EPS হয়. এটি ইনফো-ম্যাকে পাওয়া যাবে। পূর্বরূপ/রূপান্তরের জন্য
HPGL ফাইলগুলির মধ্যে, Cary Ravitz-এর শেয়ারওয়্যার প্রোগ্রাম PRINTGL 1.18 অত্যন্ত সুপারিশ করা হয়। এটা
অনেক MSDOS ftp সাইট এবং থেকে পাওয়া যায় [ইমেল সুরক্ষিত] - বিন্দুতে আউটপুট
প্রিন্টার - যেহেতু PRINTGL প্রিন্টার প্রকারের একটি বিস্তৃত পছন্দ অফার করে এবং এটি একটি চমৎকার প্রোগ্রাম, আই
নন-পোস্টস্ক্রিপ্ট প্রিন্টারে BOXSHADE আউটপুট প্রিন্ট করার জন্য এর ব্যবহারের সুপারিশ করুন। HPGL আউটপুট ব্যবহার করুন
বিকল্পগুলির সাথে 0F1N স্বাভাবিক অবশিষ্টাংশের জন্য 2F1N অভিন্ন অবশিষ্টাংশের জন্য 3F1N অনুরূপ
সংরক্ষিত অবশিষ্টাংশের জন্য অবশিষ্টাংশ 2F4N 8 অক্ষরের আকার ঘোরানো হয়নি (এগুলি হল
একটি HPGL ফাইল তৈরির জন্য BOX_PEP.PAR-এ মানক প্যারামিটার। (আসুন এটাকে TEST.PLT বলি) এখন
PMI কল করে ইন্টারেক্টিভভাবে PRINTGL ব্যবহার করুন অথবা একটি কমান্ড লাইন ব্যবহার করুন যেমন: PRINTGL
/Fx/S0340/Waaac/Ptest.plt যেখানে test.plt কনভার্ট করার জন্য ফাইলের নাম দিয়ে প্রতিস্থাপন করতে হবে এবং
এক্সপ্রেশনের x /Fx আপনার ব্যবহার করা প্রিন্টারের অক্ষর দ্বারা প্রতিস্থাপিত হবে। (দেখা
আরো বিস্তারিত জানার জন্য PRINTGL ডকুমেন্টেশন)

বিধিনিষেধ

RTF আউটপুট এবং PHYLIP ইনপুট বাস্তবায়ন এখনও পরীক্ষামূলক। আমাকে বলুন
প্রোগ্রামের সাথে আপনার অভিজ্ঞতা। + বর্তমান ডস সংস্করণ শুধুমাত্র 13টি সিকোয়েন্স সমর্থন করে
সঙ্গে 2000 অবশিষ্টাংশ প্রতিটি. এই পরামিতি সহজে সোর্স কোড পরিবর্তন করা যেতে পারে. আপনি যদি
উত্সগুলি কম্পাইল করতে পারবেন না কারণ আপনার কাছে একটি প্যাসকেল কম্পাইলারের অভাব রয়েছে, লেখকের সাথে যোগাযোগ করুন৷
প্রি-কম্পাইল করা সংস্করণের জন্য

উদ্ধৃতি বক্সশেড

BOXSHADE-এ কোনো প্রকাশনা নেই এবং কোনোটিই পরিকল্পিত নয়। অধিকাংশ মানুষ শুধু জন্য এটি ব্যবহার
প্রকাশনার পরিসংখ্যান এবং কিছু উল্লেখ করবেন না, এটি লেখকদের জন্য ঠিক আছে
বক্সশেড। আপনি যদি সত্যিই BOXSHADE উল্লেখ করার মত মনে করেন, আপনি হয় এটি স্বীকার করতে পারেন৷
চিত্র কিংবদন্তি বা ক্রম বিশ্লেষণে ম্যাট অ্যান্ড মেথ অংশে।

onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে বক্সশেড ব্যবহার করুন