এটি হল cleanasn কমান্ড যা আমাদের একাধিক বিনামূল্যের অনলাইন ওয়ার্কস্টেশন যেমন উবুন্টু অনলাইন, ফেডোরা অনলাইন, উইন্ডোজ অনলাইন এমুলেটর বা MAC OS অনলাইন এমুলেটর ব্যবহার করে OnWorks ফ্রি হোস্টিং প্রদানকারীতে চালানো যেতে পারে।
কার্যক্রম:
NAME এর
cleanasn - NCBI ASN.1 অবজেক্টে অনিয়ম পরিষ্কার করুন
সাইনোপিসিস
পরিষ্কার [-] [-A ফাইলের নাম] [-C Str] [-D Str] [-F Str] [-K Str] [-L ফাইলের নাম] [-M ফাইলের নাম]
[-N Str] [-P Str] [-Q Str] [-R] [-S Str] [-T] [-U Str] [-V Str] [-X Str] [-Z Str] [-a Str]
[-b] [-c] [-d Str] [-f Str] [-i ফাইলের নাম] [-j ফাইলের নাম] [-k ফাইলের নাম] [-m Str] [-n পথ]
[-o ফাইলের নাম] [-p পথ] [-q পথ] [-r পথ] [-v পথ] [-x EXT]
বর্ণনাঃ
পরিষ্কার NCBI ASN.1 অবজেক্টে অনিয়ম পরিষ্কার করার জন্য একটি ইউটিলিটি প্রোগ্রাম।
বিকল্প
বিকল্পগুলির একটি সারাংশ নীচে অন্তর্ভুক্ত করা হয়েছে।
- প্রিন্ট ব্যবহার বার্তা
-A ফাইলের নাম
অ্যাক্সেস তালিকা ফাইল
-C Str সিকোয়েন্স অপারেশন, str এ ফ্ল্যাগ অনুযায়ী:
গ কম্প্রেস
ডিকম্প্রেস
v সেগমেন্টেড সিকোয়েন্সের ভিতরে ভার্চুয়াল ফাঁক
s সেগমেন্টেড সেটকে ডেল্টা সিকোয়েন্সে রূপান্তর করুন
-D Str str এ ফ্ল্যাগ অনুযায়ী বর্ণনাকারী পরিষ্কার করুন:
টি শিরোনাম সরান
গ মন্তব্য সরান
n Nuc-Prot সেট শিরোনাম সরান
e Pop/phy/Mut/Eco সেট শিরোনাম সরান
m mRNA শিরোনাম সরান
p প্রোটিন শিরোনাম সরান
-F Str str এ ফ্ল্যাগ অনুযায়ী বৈশিষ্ট্যগুলি পরিষ্কার করুন:
u ব্যবহারকারী-বস্তু অপসারণ
d db_xrefs সরান
e সরান /প্রমান এবং /অনুমান
r অপ্রয়োজনীয় জিন xrefs সরান
f ফিউজ ডুপ্লিকেট বৈশিষ্ট্য
k প্যাকেজ কোডিং-অঞ্চল বা অংশ বৈশিষ্ট্য
z EC নম্বর মুছুন বা আপডেট করুন
-K Str str এ ফ্ল্যাগ অনুযায়ী একটি সাধারণ পরিচ্ছন্নতা সম্পাদন করুন:
b BasicSeqEntryCleanup
p C++ বেসিক ক্লিনআপ (একটি বাহ্যিক ইউটিলিটির মাধ্যমে)
s SeriousSeqEntryCleanup
g GpipeSeqEntryCleanup
n বর্ণনাকারীর ক্রমকে স্বাভাবিক করুন
u NcbiCleanup ব্যবহারকারী অবজেক্টগুলি সরান
গ জেনেটিক কোড সিঙ্ক্রোনাইজ করুন
d সিডিএস আংশিক পুনরায় সিঙ্ক্রোনাইজ করুন
m mRNA আংশিক পুনরায় সিঙ্ক্রোনাইজ করুন
t পেপটাইড আংশিক পুনরায় সিঙ্ক্রোনাইজ করুন
একটি ঐক্যমত্য বিভক্তি সমন্বয়
আমি "সবচেয়ে খারাপ" সেক-আইডিতে প্রচার করি
-L ফাইলের নাম
লগ ফাইল
-M ফাইলের নাম
ম্যাক্রো ফাইল
-N Str str এ ফ্ল্যাগ অনুযায়ী লিঙ্কগুলি পরিষ্কার করুন:
o ওভারল্যাপ দ্বারা CDS mRNA লিঙ্ক করুন
p পণ্য দ্বারা CDS mRNA লিঙ্ক করুন
r বৈশিষ্ট্য আইডি পুনরায় বরাদ্দ করুন
f অনুপস্থিত পারস্পরিক বৈশিষ্ট্য আইডি ঠিক করুন
গ ফিচার আইডি সাফ করুন
-P প্রকাশনার বিকল্প:
একটি সমস্ত প্রকাশনা সরান
s ক্রমিক নম্বর সরান
f চিত্র, সংখ্যাকরণ এবং নাম সরান
r মন্তব্য সরান
u শুধুমাত্র PMID প্রকাশনা আপডেট করুন
# PMID দিয়ে অপ্রকাশিত প্রতিস্থাপন করুন
-Q Str প্রতিবেদন:
গ রেকর্ড গণনা
r ASN.1 BSEC রিপোর্ট
s ASN.1 SSEC রিপোর্ট
n NORM বনাম SSEC রিপোর্ট
ই PopPhyMutEco অটোডিফ রিপোর্ট
ওভারল্যাপ রিপোর্ট
l অক্ষাংশ-দ্রাঘিমাংশের দেশ পার্থক্য
d লগ SSEC পার্থক্য
g GenBank SSEC পার্থক্য
f asn2gb/asn2flat পার্থক্য
h Seg-to-delta GenBank পার্থক্য
v ভ্যালিডেটর SSEC পার্থক্য
m জিন/আরএনএ/পিসিআর আধুনিকীকরণ করুন
u অপ্রকাশিত পাব সন্ধান
p প্রকাশিত পাব লুকআপ
j আনইনডেক্সড জার্নাল রিপোর্ট
x কাস্টম স্ক্যান
-R আইডি থেকে রিমোট ফেচিং (এনসিবিআই সিকোয়েন্স ডেটাবেস)
-S Str সিলেক্টিভ ডিফারেন্স ফিল্টার (ক্যাপিটাল অক্ষর স্কিপ)
s SSEC
b BSEC
একজন লেখক
p প্রকাশনা
l অবস্থান
r RNA
q কোয়ালিফায়ার সাজানোর অর্ডার
g Genbank ব্লক
k প্যাকেজ CdRegion বা অংশ বৈশিষ্ট্য
m প্রকাশনা সরান
o ডুপ্লিকেট বায়োসেক প্রকাশনা ছেড়ে দিন
d স্বয়ংক্রিয় সংজ্ঞা লাইন
e Pop/phy/Mut/Eco সেট সংজ্ঞা লাইন
-T ট্যাক্সোনমি লুকআপ
-U Str str এ পতাকাগুলির প্রতি আধুনিকীকরণ করুন:
g জিন
r RNA
পি পিসিআর প্রাইমার
-V Str যাচাইকারীর তীব্রতা দ্বারা বৈশিষ্ট্যগুলি সরান:
r প্রত্যাখ্যান
ই ত্রুটি
w সতর্কতা
i তথ্য
-X Str বিবিধ বিকল্প, প্রতি str:
d স্বয়ংক্রিয় সংজ্ঞা লাইন
e Pop/phy/Mut/Eco সেট সংজ্ঞা লাইন
n তাত্ক্ষণিক NC শিরোনাম
m তাত্ক্ষণিক NM শিরোনাম
x বিশেষ XM শিরোনাম
p ইনস্ট্যান্টিয়েট প্রোটিন শিরোনাম
c কোডিং সিকোয়েন্সের জন্য mRNA তৈরি করুন
f পারস্পরিক প্রোটিন_আইডি/ট্রান্সক্রিপ্ট_আইডি ঠিক করুন
-Z Str নির্দেশিত ব্যবহারকারী-অবজেক্ট সরান
-a Str ASN.1 প্রকার
কোনো (ডিফল্ট)
e Seq-এন্ট্রি
b Bioseq
s বায়োসেক-সেট
m Seq- জমা দিন
t ব্যাচ প্রসেসিং [স্ট্রিং]
-b ইনপুট ASN.1 হল বাইনারি
-c ইনপুট ASN.1 সংকুচিত হয়
-d Str উৎস ডাটাবেস
কোনো (ডিফল্ট)
g GenBank
e EMBL
d DDBJ
b EMBL বা DDBJ
r RefSeq
n NCBI
v শুধুমাত্র সেগমেন্টেড সিকোয়েন্স
w সেগমেন্টেড সিকোয়েন্স বাদ দিন
x EMBL/DDBJ বাদ দিন
y gbcon, gbest, gbgss, gbhtg, gbpat, gbsts বাদ দিন
-f Str সাবস্ট্রিং ফিল্টার
-i ফাইলের নাম
একক ইনপুট ফাইল (স্টডিনে ডিফল্ট)
-j ফাইলের নাম
প্রথম ফাইলের নাম
-k ফাইলের নাম
শেষ ফাইলের নাম
-m Str ফ্ল্যাটফাইল মোড:
r মুক্তি
e Entrez
s সেকুইন
d ডাম্প
-n পথ
asn2flat এক্সিকিউটেবল (ডিফল্ট হল /netopt/ncbi_tools/bin/asn2flat)
-o ফাইলের নাম
একক আউটপুট ফাইল (stdout থেকে ডিফল্ট)
-p পথ
সমস্ত মিলে যাওয়া ফাইল প্রক্রিয়া করুন পথ
-q পথ
ffdiff এক্সিকিউটেবল (ডিফল্ট হল /netopt/genbank/subtool/bin/ffdiff)
-r পথ
ফলাফলের জন্য পথ
-v পথ
asnval এক্সিকিউটেবল (ডিফল্ট হল /netopt/ncbi_tools/bin/asnval)
-x EXT এর সাথে ব্যবহারের জন্য ফাইল নির্বাচন প্রত্যয় -p (এ ডিফল্ট .ent)
onworks.net পরিষেবা ব্যবহার করে অনলাইনে cleanasn ব্যবহার করুন
